genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  28  of  120  ( 14336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7526713--7526770	29	2.0	29	89	0	89	60	0	1	37	1.07
7526695--7526849	52	3.3	50	76	20	179	61	0	1	37	1.04
7526703--7526850	42	3.1	51	74	22	158	62	0	1	36	1.04
7526819--7526862	16	2.7	16	82	3	52	61	0	0	38	0.96
7527192--7527252	25	2.4	25	97	0	113	40	3	0	55	1.16
7535769--7535807	13	3.1	13	85	3	53	33	0	2	64	1.08
7536406--7536558	22	7.0	22	90	0	225	32	14	26	26	1.94
7537202--7537255	28	1.9	28	88	7	83	18	16	7	57	1.62
7537437--7537479	21	2.1	21	86	4	61	65	2	0	32	1.06
7537447--7537513	21	3.0	21	80	8	62	59	0	0	40	0.97
7537447--7537503	17	3.1	18	80	10	53	61	0	0	38	0.96
7539576--7539628	21	2.5	21	78	3	61	15	37	26	20	1.92
7539615--7539658	21	2.1	21	86	0	61	20	36	20	22	1.95
7542485--7542785	43	7.0	42	73	6	210	29	14	21	33	1.94
7542468--7542785	129	2.5	128	90	0	483	30	14	22	33	1.94
7543183--7543379	98	2.0	98	94	0	349	38	25	8	27	1.85
7545340--7545970	44	14.7	43	71	12	361	28	22	19	28	1.98
7545606--7545970	84	4.3	84	79	5	428	29	22	20	27	1.98
7545509--7545970	256	1.8	257	88	2	723	28	23	19	28	1.98
7557039--7557068	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7558421--7558462	20	2.1	20	86	0	57	42	7	2	47	1.43
7563500--7563541	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7563844--7563868	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
7563868--7563898	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7571303--7571370	33	2.1	33	82	0	82	32	2	19	45	1.65
7575670--7575712	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
7575808--7575899	42	2.2	43	86	2	123	22	22	29	25	1.99
7575869--7575970	43	2.4	43	93	3	170	17	17	29	35	1.93
7576297--7576398	21	4.9	21	74	4	80	5	42	15	36	1.72
7576297--7576398	42	2.4	42	79	6	116	5	42	15	36	1.72
7576365--7576408	21	2.1	21	91	0	70	2	43	18	36	1.63
7576380--7576524	66	2.2	66	87	4	204	14	28	17	40	1.89
7576419--7576549	66	2.0	66	86	3	183	16	24	18	41	1.90
7581470--7581551	41	2.0	42	83	9	107	34	23	12	30	1.91
7582259--7582333	31	2.4	32	79	2	89	38	40	1	20	1.61
7582606--7582661	22	2.5	22	88	5	78	51	37	0	10	1.37
7582606--7582661	7	7.7	7	76	7	58	51	37	0	10	1.37
7582628--7582661	15	2.4	14	90	5	50	50	41	0	8	1.34
7585756--7585799	14	2.8	16	86	10	56	63	4	2	29	1.26
7589658--7589728	25	2.8	25	93	0	115	18	21	23	36	1.95
7589658--7589776	25	4.8	25	78	6	109	17	21	23	37	1.94
7594191--7594232	22	1.9	22	90	9	68	54	28	2	14	1.52
7595365--7595429	30	2.2	30	91	2	105	32	24	3	40	1.71
7599994--7600035	14	3.0	14	80	13	59	64	0	2	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7601006--7601070	29	2.2	30	81	8	71	60	3	1	35	1.22
7601017--7601093	40	1.9	40	82	10	95	62	1	1	35	1.12
7601141--7601207	19	3.5	21	76	17	74	59	2	8	28	1.42
7601443--7601518	29	2.6	29	81	10	82	34	2	0	63	1.09
7601443--7601536	9	9.9	9	70	18	57	31	2	1	64	1.12
7601461--7601516	19	3.0	18	82	7	67	37	1	0	60	1.07
7601394--7601486	10	9.3	10	70	15	50	27	2	4	65	1.23
7601604--7601660	26	2.2	26	84	6	80	36	12	12	38	1.80
7601672--7601847	89	2.0	89	84	6	232	38	11	15	34	1.84
7611579--7611886	110	2.8	109	88	2	442	32	19	17	30	1.95
7612367--7612416	15	3.3	15	94	0	91	58	0	6	36	1.23
7612367--7612419	3	17.7	3	84	0	70	58	0	5	35	1.22
7614149--7614435	44	6.6	44	70	13	171	25	26	21	26	2.00
7614118--7614563	217	2.1	217	83	5	571	26	24	21	28	1.99
7614270--7614691	173	2.4	173	75	8	412	25	23	21	29	1.99
7614403--7614826	129	3.3	128	91	0	614	27	21	20	30	1.98
7614275--7614822	44	12.7	43	69	12	191	26	22	20	29	1.99
7614666--7615965	44	29.8	44	71	10	496	27	22	19	30	1.98
7614532--7615349	308	2.7	306	84	5	1030	27	22	20	30	1.98
7614964--7615964	219	4.6	219	91	1	1517	26	22	20	30	1.98
7617189--7617255	7	10.0	7	78	15	79	14	14	1	68	1.28
7617199--7617234	6	5.7	6	87	12	54	13	13	0	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617192--7617234	13	3.3	13	96	0	77	13	11	0	74	1.07
7617189--7617255	20	3.3	20	87	8	84	14	14	1	68	1.28
7618054--7618188	40	3.5	41	72	20	137	10	11	6	71	1.29
7621492--7621799	110	2.8	109	86	3	426	32	19	18	29	1.96
7621947--7621999	12	4.3	12	77	20	56	67	7	3	20	1.31
7622296--7622447	76	2.0	76	100	0	304	59	2	7	30	1.40
7622294--7622413	15	7.9	15	75	7	109	59	1	6	32	1.33
7622285--7622416	3	44.7	3	72	6	99	59	1	6	32	1.33
7628176--7628235	18	3.4	18	71	17	63	46	13	18	21	1.83
7633515--7633540	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7639509--7639562	22	2.5	22	84	3	74	40	5	1	51	1.36
7645339--7645438	39	2.5	40	82	6	123	37	18	23	22	1.94
7645501--7645680	41	4.4	41	82	2	200	21	19	26	32	1.97
7645543--7645698	82	1.9	82	86	0	222	22	17	25	33	1.96
7645932--7645999	7	9.9	7	83	3	75	16	1	39	42	1.57
7646071--7646111	21	2.0	21	90	0	64	19	2	26	51	1.59
7647623--7647702	31	2.6	31	89	0	124	20	13	22	43	1.86
7649851--7649938	43	2.0	43	86	4	124	26	18	27	28	1.98
7653331--7653361	14	2.3	13	94	5	53	32	0	0	67	0.91
7653569--7653666	40	2.5	39	78	9	101	41	21	19	17	1.90
7653769--7653965	82	2.4	82	78	6	211	21	17	27	33	1.96
7653849--7653965	41	2.8	42	78	6	130	22	17	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7653869--7653964	42	2.3	41	85	1	120	21	16	28	33	1.95
7653769--7653977	83	2.5	81	77	7	206	21	17	28	33	1.95
7654948--7655055	7	15.1	7	77	11	112	18	0	50	31	1.48
7654930--7655055	29	4.1	29	74	15	101	19	0	49	31	1.48
7654948--7655054	43	2.5	43	81	4	135	18	0	50	30	1.47
7654970--7655055	36	2.4	35	81	7	102	19	0	48	31	1.49
7654981--7655073	28	3.3	28	79	10	100	23	1	46	29	1.59
7654947--7655113	21	7.8	21	73	7	113	22	0	45	31	1.57
7655578--7655626	24	2.0	24	100	0	98	32	12	26	28	1.92
7657935--7657964	13	2.3	13	100	0	60	36	0	13	50	1.42
7658602--7658661	33	1.9	30	80	12	68	33	8	15	43	1.76
7658810--7658911	13	7.7	13	75	16	93	45	10	1	42	1.50
7658810--7659002	40	5.1	39	79	6	184	46	10	1	41	1.47
7658942--7658991	18	2.9	17	85	5	73	48	12	0	40	1.40
7658924--7658982	31	1.9	31	89	6	93	42	13	0	44	1.44
7658933--7658986	22	2.4	23	79	17	69	42	14	0	42	1.46
7658990--7659025	17	2.1	17	89	0	54	47	0	0	52	1.00
7659263--7659597	9	39.8	9	68	17	211	45	20	2	31	1.62
7659270--7659368	20	5.1	19	69	27	73	49	18	2	30	1.59
7659282--7659331	25	2.0	24	92	3	82	48	18	4	30	1.66
7659290--7659545	25	10.2	25	75	10	177	46	20	1	31	1.60
7659289--7659592	59	5.2	58	79	9	327	46	20	1	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7659272--7659592	118	2.7	117	90	5	492	46	19	1	31	1.61
7659430--7659560	25	5.3	25	78	11	119	48	19	0	32	1.54
7659533--7659575	15	2.8	15	92	3	68	48	18	0	32	1.48
7665098--7665389	43	7.0	41	86	7	367	26	23	20	30	1.98
7665098--7665408	84	3.7	85	85	7	395	26	23	20	29	1.99
7665098--7665389	125	2.3	127	86	7	400	26	23	20	30	1.98
7668414--7668466	24	2.2	25	82	3	63	20	26	20	32	1.98
7668584--7668652	27	2.7	25	82	8	93	15	28	23	31	1.95
7668681--7668778	25	3.8	25	76	9	90	19	24	22	33	1.97
7670704--7670792	38	2.2	41	84	7	112	52	2	1	43	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120