genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7963800--7963839	13	3.2	12	86	10	53	0	15	0	85	0.61
7963805--7963839	9	3.8	9	88	3	52	0	14	0	85	0.59
7963806--7963859	18	3.0	18	84	10	74	3	16	0	79	0.87
7978108--7978263	41	3.8	41	81	9	176	26	14	26	32	1.95
7978108--7978263	81	1.9	83	86	5	228	26	14	26	32	1.95
7978933--7979177	46	5.3	46	87	0	319	27	12	16	43	1.84
7978935--7979178	24	10.6	23	72	14	137	27	12	16	43	1.84
7981681--7981710	11	2.7	11	89	0	51	13	3	0	83	0.77
7983039--7983065	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
7990216--7990378	45	3.6	45	87	3	193	44	17	17	20	1.87
7990303--7990417	45	2.5	44	89	8	169	43	15	16	24	1.87
7992576--7992638	27	2.3	27	83	5	83	30	20	19	30	1.97
7992616--7992865	27	9.3	26	77	6	169	16	17	21	44	1.86
7992617--7992865	54	4.6	55	76	8	197	16	17	20	44	1.86
7992616--7992865	81	3.1	81	77	11	260	16	17	21	44	1.86
7995894--7995975	3	27.3	3	100	0	164	0	32	0	67	0.91
7996372--7996412	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
7999191--7999245	28	2.0	28	100	0	110	40	18	5	36	1.74
8002455--8002484	8	3.8	8	90	0	51	16	0	0	83	0.65
8005866--8005907	15	2.8	16	82	17	54	59	0	2	38	1.10
8014807--8014849	19	2.3	19	88	4	61	62	2	2	32	1.20
8015691--8015789	8	12.4	8	81	6	94	57	0	1	41	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8015645--8015800	8	17.4	9	72	16	51	60	1	1	37	1.13
8018770--8018827	29	2.0	29	86	3	80	25	20	8	44	1.80
8020502--8020543	20	2.1	20	86	0	57	0	23	2	73	0.94
8026797--8026845	20	2.5	20	86	0	62	32	6	8	53	1.55
8027270--8027318	22	2.2	23	85	10	66	38	2	0	59	1.09
8028299--8028345	23	2.0	23	95	0	85	40	4	6	48	1.48
8029072--8029180	21	5.7	20	73	22	101	20	13	5	60	1.53
8029070--8029209	37	3.7	37	93	1	217	21	12	7	57	1.60
8029093--8029184	16	5.1	16	72	23	76	19	13	5	61	1.50
8030233--8030276	22	2.0	22	86	4	63	54	0	2	43	1.12
8032711--8032740	15	2.0	15	93	0	51	50	16	6	26	1.70
8032912--8032942	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
8032994--8033039	22	2.1	22	84	15	60	50	4	0	45	1.21
8033566--8033625	30	2.1	29	81	12	70	58	8	0	33	1.28
8033878--8034206	43	7.7	42	86	4	360	25	29	19	26	1.98
8033878--8034225	86	4.1	86	84	5	402	25	29	18	25	1.98
8033878--8034225	129	2.7	129	84	4	436	25	29	18	25	1.98
8036644--8036742	49	2.0	49	98	1	191	29	21	14	35	1.92
8038710--8038758	19	2.5	19	93	3	80	16	2	6	75	1.09
8039105--8039246	7	20.0	7	75	8	81	43	36	0	19	1.51
8039105--8039232	36	3.6	36	72	5	98	43	36	0	19	1.51
8040213--8040433	82	2.7	82	84	0	307	28	32	20	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040164--8040454	41	7.1	41	82	3	273	30	29	19	20	1.97
8040513--8040628	40	3.0	40	78	2	128	24	21	18	35	1.96
8047127--8047178	3	17.7	3	96	4	97	32	0	0	67	0.91
8047458--8047489	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
8048988--8049043	19	2.9	21	87	10	75	37	1	0	60	1.07
8049364--8049437	29	2.5	30	78	10	80	35	1	0	63	1.03
8051574--8051616	21	2.0	22	86	9	61	48	13	13	23	1.79
8056468--8056544	32	2.4	32	82	0	100	45	6	23	24	1.76
8056553--8056639	36	2.3	38	86	5	115	37	14	14	32	1.88
8061060--8061146	36	2.3	38	86	5	115	37	16	14	31	1.89
8062343--8062380	20	1.9	20	84	10	51	52	0	2	44	1.14
8062834--8062883	26	1.9	26	100	0	100	50	10	12	28	1.71
8067117--8067407	126	2.3	126	91	0	483	31	20	20	27	1.98
8072925--8072989	30	2.2	30	91	0	103	26	29	4	40	1.76
8076237--8076508	126	2.2	126	87	2	404	28	15	18	37	1.91
8092581--8092627	18	2.9	16	79	14	51	61	6	0	31	1.21
8106583--8106633	17	3.0	17	88	0	75	58	0	21	19	1.39
8115033--8115063	3	10.3	3	92	0	53	0	3	32	64	1.09
8120098--8120293	5	38.8	5	90	2	122	41	29	1	28	1.63
8120163--8120276	10	11.4	10	98	0	210	40	37	0	21	1.54
8120163--8120276	15	7.6	15	97	0	210	40	37	0	21	1.54
8123840--8123866	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129114--8129143	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8130614--8130676	29	2.1	30	82	8	76	26	0	4	68	1.10
8142441--8142465	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8165810--8165908	28	3.6	27	81	9	119	31	12	28	28	1.92
8165949--8166332	190	2.0	190	100	0	768	34	6	19	39	1.77
8166845--8166918	24	3.2	22	80	16	96	24	12	17	45	1.82
8166845--8166919	22	3.3	21	79	17	87	24	12	18	45	1.83
8174511--8174838	47	7.0	47	79	11	302	25	12	17	45	1.83
8174511--8174882	72	5.3	70	79	9	332	25	13	17	43	1.85
8174518--8174862	25	14.6	25	74	13	277	24	12	17	44	1.84
8174658--8174881	47	4.7	46	79	7	180	24	14	18	43	1.87
8181292--8181330	9	4.3	9	83	9	53	12	10	0	76	1.01
8181289--8181329	17	2.3	18	87	4	66	14	9	0	75	1.04
8183468--8183507	8	5.2	8	82	11	57	12	0	25	62	1.30
8185366--8185417	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8185211--8185786	120	4.8	120	96	0	1046	42	2	5	49	1.39
8185486--8185537	15	3.6	15	80	12	56	44	1	0	53	1.11
8185606--8185657	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8185726--8185777	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8185903--8186012	45	2.6	44	78	8	122	31	30	5	32	1.80
8185991--8186044	16	3.4	16	92	0	90	27	35	1	35	1.68
8189684--8189718	18	1.9	18	94	0	61	48	8	20	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189784--8189817	17	2.0	17	94	0	59	50	5	5	38	1.51
8200937--8200962	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
8214376--8214436	16	3.7	16	76	8	68	29	0	19	50	1.48
8214387--8214635	9	28.6	9	69	18	120	30	1	19	48	1.58
8214372--8214516	34	4.0	34	74	18	130	31	1	20	47	1.58
8214392--8214565	77	2.3	77	94	0	312	32	2	18	46	1.62
8214445--8214635	34	5.2	37	69	18	107	31	1	19	48	1.56
8214902--8215013	22	5.2	22	69	20	69	48	9	4	37	1.57
8214856--8214928	33	2.2	33	97	0	137	46	13	4	35	1.63
8215482--8215511	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
8220354--8220386	15	2.2	15	100	0	66	36	42	0	21	1.53
8221016--8221059	23	1.9	23	81	9	54	54	9	2	34	1.44
8220326--8221251	393	2.4	388	91	4	1443	42	23	4	29	1.74
8221765--8222134	112	3.3	112	84	5	452	31	25	18	23	1.97
8222051--8222236	84	2.2	84	95	0	336	38	28	17	15	1.91
8228022--8228065	18	2.5	18	92	3	72	63	4	0	31	1.14
8241149--8241188	20	2.0	21	95	5	73	45	0	5	50	1.23
8241651--8241768	47	2.5	48	82	14	147	20	22	22	34	1.96
8245427--8245469	19	2.2	20	80	12	54	30	18	2	48	1.60
8245652--8245721	21	3.4	21	69	15	56	35	25	18	20	1.95
8255097--8255147	21	2.5	21	81	9	61	70	1	9	17	1.24
8262979--8263025	24	2.0	24	82	0	58	59	2	12	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8268930--8268972	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
8269174--8269367	56	3.3	55	71	21	187	42	1	4	52	1.30
8269111--8269381	120	2.2	121	97	0	508	41	1	3	53	1.28
8269600--8269667	16	4.2	16	92	0	109	25	32	2	39	1.71
8272638--8272729	40	2.3	40	88	0	130	39	21	17	21	1.93
8272806--8273011	41	5.0	41	81	4	218	20	20	27	31	1.98
8277845--8278197	42	8.3	43	90	1	435	19	16	31	32	1.95
8277845--8278197	85	4.2	86	85	1	435	19	16	31	32	1.95
8281024--8281118	43	2.2	42	79	5	102	15	20	16	47	1.83
8287014--8287039	6	4.3	6	100	0	52	15	30	0	53	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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