genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  95  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28070319--28070371	26	2.0	26	100	0	106	58	11	18	11	1.62
28070515--28070545	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
28085199--28085262	22	2.9	22	95	0	110	28	7	12	51	1.67
28087286--28087323	6	6.2	6	87	6	58	15	0	44	39	1.47
28087990--28088022	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
28093139--28093226	27	3.3	27	85	0	113	19	27	18	35	1.95
28093232--28093376	57	2.5	57	85	2	193	24	23	12	39	1.89
28094998--28095057	30	2.0	31	87	9	88	21	36	0	41	1.54
28095813--28095838	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
28101903--28101944	22	1.9	22	85	0	57	21	2	2	73	1.06
28104463--28104505	21	2.0	22	82	13	63	79	2	4	13	1.00
28122131--28122173	20	2.0	22	86	8	63	37	0	11	51	1.39
28124249--28124281	14	2.4	14	95	5	59	0	9	12	78	0.95
28124451--28124518	31	2.3	29	76	14	75	13	1	16	69	1.27
28128017--28128225	37	5.7	37	84	5	246	18	12	30	38	1.88
28128017--28128226	74	2.9	74	84	7	277	18	13	30	38	1.89
28130647--28130703	22	2.6	22	82	0	69	36	24	14	24	1.92
28141833--28142044	102	2.1	103	95	0	381	36	19	6	37	1.77
28148242--28148387	22	6.6	22	90	0	211	27	26	14	31	1.95
28151318--28151387	23	3.0	23	80	0	95	22	20	25	31	1.98
28156901--28157030	64	2.0	64	93	0	224	41	15	15	27	1.87
28156907--28157060	64	2.4	63	84	6	186	43	14	14	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28165459--28165495	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
28169318--28169428	4	27.8	4	96	0	204	25	24	0	50	1.50
28171605--28171692	41	2.1	41	91	0	140	20	22	20	36	1.95
28173214--28173310	42	2.3	43	84	7	119	29	28	20	20	1.98
28176931--28176994	15	4.1	15	75	18	58	76	1	20	1	0.95
28176972--28177016	15	2.9	15	80	9	54	75	2	20	2	1.01
28177845--28178196	85	4.1	84	81	5	370	30	19	16	33	1.94
28177865--28178182	170	1.9	171	83	3	417	30	19	16	33	1.94
28179845--28180185	119	2.9	119	75	4	339	25	22	25	27	2.00
28183993--28184037	20	2.2	20	96	0	81	35	24	13	26	1.92
28184272--28184304	15	2.1	16	94	5	59	42	15	0	42	1.46
28192625--28192811	41	4.6	41	82	4	200	21	22	22	33	1.97
28195704--28195739	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
28196358--28196395	20	1.9	19	89	5	58	57	2	2	36	1.26
28212176--28212216	14	2.9	15	78	7	50	36	7	14	41	1.74
28212185--28212251	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
28214850--28214900	6	8.5	6	91	0	75	37	0	62	0	0.95
28220731--28220780	22	2.3	22	78	0	64	28	30	16	26	1.96
28228895--28228950	9	6.2	9	77	8	60	46	1	0	51	1.11
28229636--28229667	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
28231897--28231958	30	2.1	31	81	6	74	48	12	1	37	1.51
28234226--28234265	14	2.9	14	82	14	55	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28236324--28236352	12	2.4	12	100	0	58	27	17	17	37	1.92
28238161--28238202	20	2.0	21	90	4	68	28	21	11	38	1.89
28238165--28238211	20	2.3	20	81	0	58	31	23	12	31	1.92
28238637--28238664	10	2.8	10	100	0	56	71	0	0	28	0.86
28240612--28240672	3	20.3	3	86	0	77	59	1	6	32	1.33
28240750--28240810	23	2.6	22	71	19	61	70	3	1	24	1.11
28242360--28242704	44	7.7	44	74	10	241	30	21	18	30	1.97
28242357--28242715	183	2.0	182	80	4	411	29	20	18	31	1.96
28242266--28242720	227	2.0	227	89	0	703	29	20	18	31	1.96
28242838--28242951	51	2.2	51	85	0	156	28	22	14	33	1.94
28242964--28243100	51	2.7	51	79	0	148	24	24	18	31	1.98
28242736--28243467	261	2.8	260	87	0	1032	27	23	17	31	1.97
28242983--28243468	123	3.8	123	71	9	355	26	24	17	31	1.97
28249541--28249598	22	2.5	22	81	13	73	68	3	1	25	1.14
28251826--28251976	49	3.1	48	81	8	162	18	13	33	35	1.90
28255729--28255755	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28272551--28272684	68	2.0	69	86	5	193	41	2	3	51	1.35
28274855--28274925	34	2.1	34	97	0	133	36	19	16	26	1.94
28276935--28276995	21	3.0	20	77	20	63	44	13	0	42	1.43
28280866--28280908	14	3.1	14	80	10	52	41	0	0	58	0.98
28286157--28286266	33	3.3	33	79	5	107	20	26	11	40	1.87
28286273--28286429	63	2.5	63	87	4	226	19	26	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289007--28289032	3	8.7	3	100	0	52	0	65	0	34	0.93
28289043--28289367	161	2.0	161	98	0	623	26	17	19	36	1.94
28291577--28291610	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
28294312--28294369	29	2.0	30	82	3	73	36	6	17	39	1.76
28295005--28295228	43	5.3	43	84	3	274	26	29	19	24	1.99
28295005--28295228	85	2.6	85	88	2	315	26	29	19	24	1.99
28295442--28295467	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
28297479--28298120	284	2.2	286	88	3	936	41	18	18	21	1.91
28298409--28298458	21	2.3	22	82	3	66	40	38	0	22	1.54
28298442--28298614	95	1.8	94	86	3	249	45	26	1	27	1.61
28298609--28298671	29	2.2	28	82	2	72	36	34	0	28	1.58
28298629--28298673	14	3.1	14	80	3	54	28	42	0	28	1.56
28299087--28299283	41	4.8	41	89	1	297	29	23	20	25	1.99
28299087--28299283	81	2.4	83	87	7	303	29	23	20	25	1.99
28299338--28299451	40	2.9	39	87	6	151	21	22	22	32	1.98
28299504--28299547	19	2.2	20	88	8	63	38	6	15	38	1.75
28300181--28300238	20	2.8	20	84	2	80	39	6	0	53	1.28
28300154--28300317	52	3.1	52	71	18	158	34	9	3	51	1.52
28300123--28300337	106	2.0	106	90	1	344	34	7	4	53	1.49
28300167--28300337	56	3.2	55	73	18	187	35	8	4	52	1.52
28300633--28300688	24	2.3	24	75	0	58	14	3	7	75	1.16
28300352--28300754	202	2.0	202	99	0	799	23	6	7	62	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28304672--28304799	57	2.3	56	87	1	184	40	4	18	35	1.72
28319907--28320175	50	5.6	48	78	10	248	27	20	30	21	1.98
28319907--28320175	47	5.6	47	80	6	272	27	20	30	21	1.98
28319906--28320223	48	6.6	46	78	9	223	27	20	29	22	1.98
28319906--28320223	95	3.3	95	86	4	390	27	20	29	22	1.98
28320006--28320223	48	4.6	48	79	7	230	26	20	28	24	1.99
28326657--28326700	22	2.0	23	86	4	63	38	9	2	50	1.47
28332127--28332256	48	2.7	48	79	4	136	41	16	27	13	1.87
28333473--28334040	89	6.4	88	85	3	548	31	17	23	28	1.96
28333473--28334040	222	2.6	222	95	0	1019	31	17	23	28	1.96
28333473--28334040	133	4.3	132	85	1	553	31	17	23	28	1.96
28346715--28346782	31	2.2	31	82	7	77	39	4	7	48	1.51
28346916--28346974	29	2.0	30	86	3	84	45	16	6	30	1.74
28348657--28348703	25	1.9	24	82	4	58	38	4	8	48	1.53
28348806--28348856	25	2.0	26	85	7	70	49	0	1	49	1.12
28349290--28349324	18	2.0	17	88	5	52	25	14	11	48	1.77
28351003--28351043	21	2.0	21	85	0	55	60	2	9	26	1.40
28352583--28352636	27	2.0	27	85	7	74	31	12	33	22	1.92
28358167--28358243	40	1.9	40	86	0	109	37	19	20	22	1.94
28359688--28359743	7	8.0	7	79	0	58	17	1	35	44	1.60
28359689--28359764	14	5.5	14	75	7	66	21	5	31	42	1.75
28359689--28359755	21	3.2	21	84	0	98	19	2	32	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28359879--28359908	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
28360115--28360152	20	1.9	20	88	0	58	34	2	7	55	1.43
28360671--28360714	19	2.2	20	88	4	63	27	40	2	29	1.68
28361225--28361269	22	2.0	22	83	8	56	53	0	22	24	1.46
28368160--28368301	43	3.3	43	79	5	171	30	21	28	19	1.97
28368117--28368301	86	2.2	85	83	3	219	31	21	26	21	1.98
28368273--28368328	27	2.1	27	86	0	76	19	21	35	23	1.96
28368300--28368482	43	4.3	43	86	0	249	24	20	30	25	1.99
28368187--28368414	113	2.0	113	87	1	323	26	20	30	21	1.98
28368300--28368484	86	2.2	86	89	2	282	24	20	29	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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