genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6395--6429	16	2.2	16	89	0	52	40	2	8	48	1.49
10968--11008	2	20.5	2	94	0	73	0	46	0	53	1.00
13794--13924	44	3.0	44	96	0	235	26	3	23	46	1.67
16494--16570	34	2.3	34	84	4	93	29	7	27	35	1.85
16819--16878	25	2.4	25	85	0	84	48	11	23	16	1.79
17363--17393	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
29123--29147	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
31142--31182	21	2.1	19	86	9	55	26	2	9	60	1.40
45310--45343	17	2.0	17	88	0	50	35	23	35	5	1.79
55916--56023	41	2.7	40	82	5	121	19	14	38	26	1.91
59085--59115	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
62504--62547	20	2.2	20	84	8	54	52	0	0	47	1.00
73917--73964	23	2.2	21	85	7	60	45	0	4	50	1.21
77835--77884	20	2.5	19	81	9	55	28	28	10	34	1.89
80418--80442	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
85003--85052	20	2.5	19	81	9	55	28	28	10	34	1.89
86005--86110	38	2.7	38	88	2	149	20	16	39	23	1.92
91494--91552	21	2.8	21	77	7	66	25	1	30	42	1.65
117383--117575	51	3.6	51	71	14	161	32	12	19	34	1.90
117351--117622	113	2.4	113	94	0	463	31	12	19	36	1.89
118828--118853	8	3.2	8	100	0	52	0	0	11	88	0.52
123255--123279	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124511--124547	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
128058--128144	28	3.1	28	63	21	65	19	14	40	25	1.90
128051--128260	111	1.9	110	90	1	330	22	16	35	26	1.95
128051--128260	55	3.8	55	89	0	312	22	16	35	26	1.95
138014--138082	26	2.7	26	95	0	120	23	14	13	49	1.78
148673--148753	40	2.0	40	100	0	162	33	27	12	27	1.92
156932--156964	17	1.9	17	88	11	50	48	3	3	45	1.33
157185--157218	18	1.9	17	88	5	50	44	11	8	35	1.72
156771--157895	252	4.5	251	80	7	1135	33	12	7	46	1.70
161644--161692	19	2.5	20	77	9	57	28	10	0	61	1.29
164679--164728	17	2.9	17	80	14	66	56	18	8	18	1.65
169096--169308	97	2.2	97	90	0	327	39	11	33	15	1.83
169495--169555	14	4.2	14	79	8	59	44	27	11	16	1.82
174051--174090	13	3.0	13	82	17	55	32	0	20	47	1.50
173990--174263	85	3.3	85	88	2	403	36	3	17	42	1.66
174208--174261	26	2.0	27	85	7	74	38	0	16	44	1.48
174208--174382	59	2.9	60	93	1	298	36	2	18	42	1.63
174325--174547	85	2.6	85	89	1	342	39	4	15	41	1.66
176820--176923	52	2.0	52	100	0	208	28	9	23	38	1.86
177189--177310	25	4.8	25	68	13	70	37	4	9	49	1.54
177257--177327	25	2.9	25	82	2	90	40	0	7	52	1.29
177791--177841	16	3.2	16	81	8	61	74	0	7	17	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181349--181393	19	2.4	19	88	0	63	17	22	17	42	1.89
192958--192991	7	4.9	7	86	13	52	88	0	0	11	0.52
192958--192991	14	2.4	14	95	5	59	88	0	0	11	0.52
196529--196680	48	3.1	48	88	6	209	63	6	14	15	1.50
196649--196711	31	2.1	31	85	5	85	74	7	11	6	1.21
196597--196788	42	4.7	42	70	11	148	67	4	15	13	1.39
196597--196746	82	1.8	80	90	4	237	68	5	14	11	1.36
196597--196788	41	4.7	41	72	8	160	67	4	15	13	1.39
201695--201740	20	2.2	21	81	14	60	39	10	10	39	1.76
214632--214677	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
225988--226118	36	3.7	35	80	4	129	29	39	10	20	1.86
229063--229245	61	3.0	61	93	2	307	21	34	18	25	1.96
229851--229892	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
230145--230238	16	5.9	16	63	5	55	3	36	2	58	1.26
230221--230312	37	2.5	37	96	0	166	6	39	4	50	1.48
233463--233492	14	2.1	14	100	0	60	36	13	6	43	1.70
235019--235043	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
239738--239769	14	2.2	15	94	5	57	46	3	0	50	1.17
244765--244815	25	2.0	25	88	7	77	52	0	1	45	1.12
246131--246199	33	2.1	33	86	5	95	40	7	15	36	1.76
250495--250563	29	2.4	28	76	11	68	47	4	14	33	1.64
250567--250631	28	2.3	27	87	10	87	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255069--255113	18	2.5	18	100	0	90	24	24	0	51	1.49
260268--260320	24	2.2	25	83	10	65	43	7	9	39	1.65
267900--267959	30	2.0	30	100	0	120	30	30	16	23	1.96
268521--268564	22	2.0	23	86	4	63	40	27	13	18	1.88
268659--268832	55	3.3	55	67	19	152	36	22	12	28	1.91
268520--268874	103	3.5	103	86	1	453	37	22	12	27	1.90
270328--270387	30	2.1	29	81	6	68	30	6	23	40	1.80
273166--273225	30	2.0	30	96	0	111	28	15	33	23	1.94
276733--276777	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
284513--284553	7	6.0	7	86	13	59	26	0	0	73	0.84
284505--284541	17	2.1	17	95	5	65	29	0	0	70	0.88
284505--284553	14	3.0	17	75	25	52	28	0	0	71	0.86
309620--309659	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
311447--311592	42	3.5	42	85	0	184	22	32	21	23	1.98
311624--311650	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
313341--313489	73	2.0	73	93	0	253	43	8	20	27	1.81
317285--317382	36	2.7	36	81	7	119	43	20	23	12	1.85
317897--317929	10	2.9	12	82	17	52	42	9	6	42	1.61
320679--320730	26	2.0	26	84	0	68	61	0	3	34	1.14
321787--321834	21	2.3	21	75	13	53	25	2	27	45	1.64
321794--321829	7	5.1	7	89	0	54	19	0	36	44	1.51
325349--325505	64	2.5	64	89	4	228	28	17	34	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325502--325726	47	4.8	47	83	3	265	28	18	32	20	1.97
325502--325726	94	2.4	94	87	1	326	28	18	32	20	1.97
325714--325791	23	3.3	23	67	15	70	24	17	29	28	1.98
325715--325870	47	3.3	47	89	2	217	25	19	26	28	1.99
326336--326597	31	8.5	31	86	0	290	25	19	19	35	1.95
328782--329056	31	8.9	31	88	0	388	21	18	21	38	1.93
330582--330654	17	4.5	17	79	11	82	36	8	0	54	1.30
330594--330635	14	2.9	14	77	16	50	38	7	0	54	1.28
330578--330725	47	3.1	47	77	9	172	38	7	1	52	1.38
330578--330758	51	3.6	51	78	8	185	37	8	2	51	1.45
331751--332112	31	11.7	31	85	5	428	22	16	22	38	1.93
333102--333188	31	2.8	31	78	0	111	27	20	19	32	1.97
337099--337181	31	2.7	31	81	3	87	33	20	18	27	1.96
337228--337468	55	4.4	55	78	4	243	42	30	13	13	1.83
337228--337461	110	2.1	109	82	4	274	42	30	13	13	1.83
339198--339247	22	2.3	23	80	16	61	48	0	0	52	1.00
339180--339248	26	2.9	23	79	14	68	50	1	0	47	1.09
344188--344242	21	2.6	21	97	0	101	9	16	41	32	1.80
344232--344286	21	2.6	21	97	0	101	20	14	32	32	1.92
357399--357440	15	2.8	15	88	0	66	57	14	2	26	1.50
367647--367723	40	1.9	40	84	5	102	45	0	2	51	1.14
368353--368404	23	2.3	23	80	6	61	21	19	36	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370781--370822	22	1.9	22	85	0	57	28	14	11	45	1.80
370834--370916	23	3.6	23	90	0	112	34	28	14	21	1.93
370834--370942	46	2.4	46	81	3	112	33	26	13	25	1.93
370922--371050	26	5.1	26	76	11	115	41	20	9	29	1.83
370947--371066	52	2.4	49	82	8	125	42	21	8	27	1.81
377576--377634	27	2.1	27	81	9	66	54	5	0	40	1.23
377782--377812	15	2.1	15	93	0	53	67	9	0	22	1.19
384058--384100	10	4.5	10	82	11	63	20	0	0	79	0.74
384055--384098	18	2.4	18	88	0	61	27	0	0	72	0.85
384066--384101	18	2.0	18	100	0	72	16	0	0	83	0.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30