genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839606--839680	37	2.1	36	82	7	89	24	34	13	28	1.93
839859--839897	20	2.0	20	84	0	51	23	10	33	33	1.88
840854--840918	22	3.0	22	88	4	96	26	4	30	38	1.76
840947--841301	166	2.1	166	84	2	460	24	11	28	36	1.90
841270--841318	22	2.2	22	85	0	62	18	10	22	48	1.77
843764--843806	21	2.2	19	83	8	50	25	0	6	67	1.15
847953--847995	21	2.2	19	83	8	50	25	0	6	67	1.15
861353--861386	12	2.7	13	90	4	52	50	0	0	50	1.00
862369--862459	29	3.2	27	79	6	92	41	9	13	35	1.77
862369--862446	27	2.8	27	82	5	84	43	8	12	34	1.74
862475--862661	98	1.9	99	83	5	243	43	12	12	31	1.80
862558--862791	126	1.9	124	83	6	303	39	13	16	30	1.87
866991--867037	20	2.3	21	81	3	60	53	0	6	40	1.27
872436--872460	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
873845--873925	34	2.3	36	83	10	105	37	29	8	24	1.85
873836--873925	36	2.5	37	79	13	109	33	31	7	27	1.85
874691--874731	19	2.2	19	91	4	66	46	4	0	48	1.23
880697--880732	15	2.2	17	90	9	58	19	0	22	58	1.40
885899--885923	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
887140--887175	15	2.2	17	90	9	58	19	0	22	58	1.40
892238--892262	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
895724--895757	17	2.0	17	88	11	52	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895728--895768	20	2.0	20	86	9	57	19	0	2	78	0.87
896878--896925	19	2.6	19	86	3	71	39	6	0	54	1.26
897036--897200	34	5.3	32	73	20	161	27	3	21	48	1.64
897159--897228	37	1.9	36	82	8	88	28	2	20	48	1.63
900057--900089	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
903422--903533	35	3.3	35	77	9	133	29	12	25	33	1.92
903433--903590	32	4.8	32	75	9	129	25	11	27	35	1.90
903422--903589	67	2.5	67	87	3	223	27	11	25	34	1.91
903439--903608	35	5.1	35	74	17	137	28	11	27	32	1.92
908794--908859	23	2.9	23	83	0	87	27	13	33	25	1.94
908981--909050	23	3.1	22	82	8	63	28	17	30	24	1.97
908991--909059	23	3.0	23	82	4	68	28	14	31	24	1.95
909020--909075	23	2.4	23	84	0	76	33	17	26	21	1.96
909199--909368	23	7.3	23	73	4	126	28	14	30	25	1.95
909215--909368	69	2.2	69	81	4	166	29	13	30	25	1.94
910134--910209	31	2.5	31	84	0	98	34	17	15	32	1.91
911324--911482	73	2.2	73	86	2	212	41	17	16	23	1.90
911471--911592	53	2.3	53	91	0	190	36	18	23	21	1.94
920761--920813	12	4.3	12	84	11	63	1	15	0	83	0.74
920752--920798	16	2.9	16	81	9	60	4	14	0	80	0.85
920744--920813	21	3.5	20	78	7	61	4	12	1	81	0.90
920761--920821	28	2.1	29	85	8	81	3	14	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920756--920821	15	4.8	13	77	20	64	3	15	0	81	0.80
925450--925497	21	2.3	21	92	0	78	29	27	27	16	1.97
925673--926056	151	2.6	151	81	2	398	31	20	17	30	1.95
926654--926851	81	2.4	81	79	9	190	29	17	26	26	1.98
928737--928870	65	2.0	65	84	8	173	35	24	15	24	1.94
930455--931127	76	8.9	76	83	1	830	30	27	17	24	1.97
930455--931126	227	3.0	228	85	1	893	30	27	17	24	1.97
930455--931127	303	2.2	303	85	2	879	30	27	17	24	1.97
931399--931423	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
934295--934593	60	5.0	60	82	4	345	24	32	16	26	1.96
935251--935304	2	27.0	2	96	0	90	0	46	0	53	1.00
935252--935338	28	3.2	28	88	3	124	0	39	0	60	0.97
935251--935422	6	28.7	6	73	15	88	1	35	1	61	1.14
935364--935407	23	1.9	23	90	0	70	0	27	0	72	0.85
938109--938149	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
939796--939850	23	2.2	26	78	18	80	40	18	10	30	1.85
939802--939944	23	6.2	23	79	4	155	39	20	10	30	1.86
939802--939952	44	3.3	45	80	5	144	37	20	11	30	1.88
939802--939931	67	1.9	68	84	4	174	37	21	10	30	1.87
940735--940937	102	2.0	101	100	0	397	31	19	10	37	1.86
941013--941037	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
942072--942354	102	2.8	101	78	5	309	22	20	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
942290--942406	50	2.4	50	95	1	218	20	19	20	39	1.93
942475--942529	26	2.1	27	86	3	76	29	14	16	40	1.88
953946--954197	139	1.8	140	84	2	346	16	33	15	34	1.90
958179--958342	78	2.1	76	90	2	256	35	6	14	43	1.71
967247--967338	48	1.9	49	86	4	134	39	23	8	28	1.84
975549--975637	45	2.0	44	95	0	151	20	8	17	51	1.72
977573--977609	11	3.5	11	85	7	58	21	0	8	70	1.13
979589--979634	24	1.9	24	82	8	58	45	21	2	30	1.64
982077--982119	16	2.8	16	86	6	54	2	30	0	67	1.03
983823--983863	16	2.6	16	100	0	82	24	14	14	46	1.82
990306--990354	7	7.0	7	82	15	57	0	32	0	67	0.91
990300--990355	19	2.9	19	89	2	85	0	33	0	66	0.92
990315--990365	26	2.0	26	84	0	66	0	35	3	60	1.15
994927--995000	28	2.6	28	80	0	85	40	9	14	35	1.79
994982--995021	21	1.9	21	94	0	71	37	10	15	37	1.80
999173--999209	17	2.2	17	90	9	58	37	5	16	40	1.71
1000015--1000051	19	1.9	19	94	0	65	35	0	5	59	1.20
1000804--1000839	17	2.1	18	89	5	56	69	0	30	0	0.89
1001770--1001815	20	2.3	20	88	0	65	30	2	23	43	1.66
1001779--1001816	20	1.9	20	94	0	67	31	0	28	39	1.57
1004440--1004547	54	2.0	54	88	0	162	37	8	16	37	1.79
1006701--1006726	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007178--1007263	35	2.5	35	94	0	145	34	10	8	46	1.68
1021054--1021256	73	2.8	73	87	1	264	25	22	15	36	1.93
1032665--1032707	2	24.0	2	78	21	51	0	48	0	51	1.00
1036302--1036595	148	2.0	145	93	2	498	46	19	16	17	1.84
1045496--1045540	17	2.6	17	83	13	56	82	6	11	0	0.84
1045496--1045543	8	5.6	8	80	20	53	83	6	10	0	0.81
1049256--1049358	38	2.6	40	81	6	129	21	37	18	22	1.94
1050234--1050277	19	2.3	19	84	0	61	45	9	31	13	1.75
1051785--1052053	136	2.0	132	95	4	486	35	10	14	39	1.80
1058558--1058582	5	5.0	5	100	0	50	0	20	20	60	1.37
1067437--1067468	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1069736--1069866	26	5.1	26	77	6	106	37	12	19	31	1.88
1069902--1069977	28	2.7	28	80	13	77	44	17	14	23	1.85
1070320--1070381	24	2.7	22	76	16	63	25	4	11	58	1.53
1074818--1074863	19	2.4	19	82	7	58	2	17	6	73	1.14
1085783--1085815	5	6.8	5	93	6	59	39	21	0	39	1.53
1085783--1085815	14	2.3	15	94	5	59	39	21	0	39	1.53
1085850--1085895	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
1087304--1087328	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
1091769--1091806	19	2.0	19	89	0	58	42	26	0	31	1.56
1092844--1093016	67	2.6	67	87	3	233	26	14	26	32	1.94
1092844--1093003	35	4.8	33	71	13	112	26	15	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1094885--1095110	44	5.2	44	81	2	251	38	16	18	26	1.92
1094885--1095110	87	2.6	88	81	2	251	38	16	18	26	1.92
1094885--1095184	131	2.3	131	82	4	338	39	16	17	28	1.90
1094927--1095142	87	2.5	86	81	4	220	38	15	17	28	1.91
1094994--1095190	44	4.5	44	73	8	150	39	14	15	30	1.87
1102505--1102550	23	2.0	24	86	4	67	4	13	6	76	1.14
1102505--1102550	24	1.9	24	86	8	67	4	13	6	76	1.14
1105948--1106025	39	2.0	39	100	0	156	48	23	7	20	1.75
1107356--1107423	21	3.2	21	68	0	64	48	4	2	44	1.38
1107986--1108036	17	2.9	18	77	8	52	68	0	0	31	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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