genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  7  of  30  ( 3589 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300954--2300978	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2303473--2303538	31	2.2	31	91	2	107	18	30	21	30	1.97
2303774--2303878	31	3.2	31	65	23	79	33	20	8	37	1.84
2303693--2303995	68	4.5	69	82	6	300	33	19	9	37	1.84
2307529--2307858	43	7.9	43	78	7	306	28	17	30	23	1.97
2307529--2307825	83	3.6	83	88	1	427	28	17	30	22	1.97
2307589--2307834	126	2.0	126	83	4	318	29	17	30	22	1.96
2308569--2314017	171	32.0	170	78	6	4697	32	14	14	38	1.86
2316333--2316457	63	2.0	63	98	0	241	38	8	16	36	1.80
2318577--2320224	171	9.7	170	78	7	1554	33	13	13	39	1.84
2318577--2320224	517	3.2	509	79	6	1685	33	13	13	39	1.84
2323285--2324716	171	8.4	169	76	5	1225	33	14	14	37	1.87
2323289--2324716	340	4.2	339	79	5	1344	33	14	14	37	1.86
2325566--2325790	63	3.6	63	90	1	353	25	33	16	24	1.96
2327732--2328041	172	1.8	169	82	8	396	35	14	13	36	1.85
2327759--2328698	171	5.5	171	77	5	769	35	12	13	37	1.84
2332837--2332939	38	2.7	38	81	6	118	20	36	18	24	1.94
2335385--2335450	30	2.2	30	94	0	114	34	21	22	21	1.96
2345206--2345262	21	2.6	21	86	5	69	1	28	0	70	0.98
2351234--2351258	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2367320--2367700	194	2.0	195	87	2	561	30	10	24	33	1.89
2368642--2368845	102	2.0	101	83	2	257	23	20	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373999--2374056	20	2.9	19	73	19	55	31	5	0	63	1.16
2374689--2374763	30	2.6	30	82	4	82	30	21	13	34	1.92
2377196--2377360	70	2.4	70	92	2	271	7	46	15	30	1.74
2378154--2378182	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2385141--2385182	21	2.0	21	85	0	57	42	4	11	40	1.63
2389811--2389856	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
2391670--2391694	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
2394802--2394839	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
2398011--2398048	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
2399408--2399432	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
2405806--2405843	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
2417394--2417441	19	2.4	19	86	6	60	45	0	0	54	0.99
2418044--2418114	35	2.0	35	97	0	133	42	25	7	25	1.80
2425677--2425818	71	2.0	72	88	1	214	29	14	24	30	1.95
2430323--2430377	24	2.3	24	87	0	74	36	14	29	20	1.92
2440558--2440597	5	8.0	5	86	10	55	82	15	0	2	0.77
2440758--2440790	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
2441006--2441040	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
2445694--2445726	17	1.9	17	88	11	50	72	12	12	3	1.23
2452198--2452230	11	3.0	11	90	0	57	51	0	30	18	1.46
2454724--2454776	28	1.9	27	88	3	79	26	22	20	30	1.98
2454821--2454857	19	1.9	19	100	0	74	43	29	0	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2462831--2462868	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
2463537--2463580	23	2.0	22	81	4	52	40	0	6	52	1.28
2464841--2464906	32	2.1	31	82	2	78	31	33	9	25	1.87
2469055--2469079	12	2.1	12	100	0	50	32	8	44	16	1.76
2473879--2474978	549	2.0	549	96	0	2029	32	13	21	33	1.91
2482064--2482109	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
2482873--2482948	34	2.2	34	83	0	89	19	6	28	44	1.76
2483104--2483137	4	8.0	4	93	6	50	76	0	23	0	0.79
2483149--2483216	25	2.6	25	86	4	82	44	17	25	13	1.85
2487094--2487132	20	1.9	21	89	5	62	20	2	7	69	1.26
2488929--2488953	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2499028--2499082	28	2.0	28	88	0	83	34	7	21	36	1.81
2499893--2499917	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2501267--2501319	15	3.6	15	78	12	56	33	0	15	50	1.44
2508890--2508985	39	2.5	39	80	0	111	48	16	18	15	1.81
2509795--2509832	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
2509887--2509944	28	2.1	27	81	12	73	32	22	20	24	1.98
2517077--2517114	20	1.9	20	94	0	67	31	5	18	44	1.72
2522287--2522342	28	2.0	28	89	6	87	21	19	25	33	1.97
2522389--2522426	19	2.0	19	94	0	67	39	31	2	26	1.70
2534463--2534516	24	2.3	23	78	9	54	37	3	0	59	1.15
2535751--2535779	13	2.2	13	100	0	58	31	13	34	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540332--2540424	26	3.6	25	76	13	91	44	13	12	29	1.82
2540344--2540397	24	2.2	25	83	9	67	50	16	7	25	1.71
2540335--2540408	25	2.9	25	76	15	71	44	16	10	28	1.81
2540476--2540561	29	3.0	28	79	6	100	41	8	8	41	1.64
2561530--2561567	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
2571058--2571082	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2572159--2572211	28	1.9	27	88	3	79	28	16	18	35	1.93
2580198--2580235	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
2580198--2580243	20	2.3	20	92	0	74	28	4	23	43	1.73
2580291--2580346	28	2.0	28	82	6	69	30	21	21	26	1.98
2582874--2582926	22	2.4	22	83	3	61	30	7	15	47	1.73
2591048--2591076	8	3.8	8	95	4	51	65	0	34	0	0.93
2591001--2591080	14	5.6	14	67	25	51	58	3	37	0	1.16
2591159--2591222	15	4.4	14	75	20	60	68	0	31	0	0.90
2591159--2591222	29	2.2	29	84	15	87	68	0	31	0	0.90
2591263--2591303	22	1.9	21	85	5	55	63	0	31	4	1.15
2595156--2595231	31	2.5	32	76	18	83	60	2	1	35	1.19
2612335--2612376	21	2.0	21	86	4	59	50	14	11	23	1.76
2612980--2613018	19	2.1	19	95	0	69	28	0	28	43	1.55
2615824--2615864	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
2615820--2615865	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
2615900--2615932	14	2.3	15	94	5	59	39	0	21	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2615901--2615940	19	2.1	19	90	0	62	35	2	25	37	1.69
2615900--2615932	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
2623525--2623577	28	1.9	27	84	3	70	28	18	15	37	1.91
2629697--2629764	30	2.3	30	92	0	109	13	32	4	50	1.61
2637180--2638193	254	4.0	251	79	4	1055	33	12	7	46	1.70
2646736--2646781	20	2.3	20	96	0	83	32	4	21	41	1.73
2650715--2650753	20	2.0	20	94	0	69	23	15	12	48	1.79
2653935--2653986	21	2.5	20	84	3	59	42	11	13	32	1.80
2657617--2657690	35	2.1	35	87	0	103	22	17	31	28	1.97
2658589--2658627	20	1.9	21	89	5	62	28	12	20	38	1.89
2660095--2660132	20	1.9	20	88	0	58	39	15	13	31	1.86
2669378--2669489	35	3.3	35	77	9	133	27	12	26	33	1.92
2669361--2669498	67	2.1	67	86	2	188	24	13	27	34	1.92
2669394--2669498	32	3.2	32	76	7	120	24	12	27	35	1.91
2669395--2669556	67	2.4	67	84	4	193	29	14	25	30	1.94
2671939--2672060	43	2.8	42	77	9	113	24	17	36	21	1.94
2672057--2672116	23	2.6	23	91	0	93	26	1	40	31	1.66
2672461--2672552	39	2.4	39	88	0	139	22	16	22	38	1.93
2675495--2675613	43	2.8	43	89	2	177	21	21	37	19	1.94
2675505--2675626	43	2.8	43	88	2	174	22	18	39	18	1.92
2675612--2675674	20	3.2	20	86	2	92	25	4	41	28	1.75
2679621--2679789	43	4.0	43	89	2	236	23	21	34	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2679621--2679776	85	1.8	85	89	5	244	22	22	35	19	1.96
2679621--2679776	42	3.7	42	90	2	233	22	22	35	19	1.96
2682273--2682455	84	2.2	84	83	2	215	23	18	34	24	1.96
2682273--2682468	42	4.7	42	80	5	191	22	17	35	23	1.96
2682509--2682533	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2688629--2688667	20	2.0	20	94	0	69	38	2	17	41	1.64
2689168--2689220	27	2.0	27	85	14	74	22	15	9	52	1.70
2691152--2691276	35	3.7	33	76	12	103	22	14	28	35	1.93
2691169--2691289	35	3.6	32	77	17	104	23	14	27	34	1.94
2691152--2691310	67	2.4	67	84	4	205	24	15	27	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30