genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8845425--8845491	32	2.0	33	91	5	109	41	10	7	40	1.67
8846148--8846191	11	4.3	11	78	21	51	68	9	22	0	1.18
8852324--8852364	21	2.0	21	90	0	64	48	14	4	31	1.65
8854039--8854121	31	2.7	31	88	0	121	27	15	15	40	1.88
8854291--8854348	24	2.4	24	88	0	80	39	25	15	18	1.91
8854246--8854393	69	2.1	69	91	0	233	35	24	19	20	1.96
8854313--8854438	45	2.8	45	92	0	198	31	23	23	21	1.98
8854356--8854591	69	3.4	69	75	8	221	34	23	20	22	1.97
8854246--8854576	114	2.9	113	90	2	502	34	23	20	22	1.97
8854421--8854591	45	3.7	45	80	6	184	35	23	19	21	1.96
8855228--8855318	31	2.9	31	93	0	155	25	19	18	36	1.95
8858906--8859296	118	3.3	118	88	1	507	21	21	28	28	1.99
8859229--8859327	31	3.2	31	66	11	85	30	21	24	24	1.99
8861215--8861264	26	2.0	25	84	4	64	74	4	10	12	1.21
8869231--8869274	20	2.2	20	87	0	61	45	22	2	29	1.65
8869759--8869790	4	7.8	4	93	6	55	78	0	0	21	0.76
8872732--8872940	104	2.0	104	98	1	402	23	19	20	35	1.95
8879772--8879810	21	1.9	20	84	5	51	48	20	0	30	1.50
8883505--8883549	18	2.5	18	85	7	56	24	2	0	73	0.95
8883506--8883589	25	3.2	25	78	10	80	26	1	1	71	1.01
8883509--8883589	14	5.9	14	75	17	57	27	1	1	70	1.02
8883508--8883592	38	2.3	38	84	11	113	25	1	1	71	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8885204--8885237	13	2.6	13	90	0	50	11	0	11	76	1.02
8885430--8885481	25	2.0	26	85	10	72	30	25	7	36	1.84
8885460--8885529	25	2.8	25	78	8	63	37	11	8	42	1.72
8885585--8885698	59	1.9	59	89	0	174	38	10	14	35	1.81
8886116--8886162	23	2.0	23	87	0	67	63	4	8	23	1.40
8894439--8894479	21	2.0	20	90	4	64	21	4	7	65	1.37
8895210--8895257	24	2.0	24	95	0	87	35	4	14	45	1.64
8897869--8897903	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8901057--8901082	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8908196--8908259	16	3.6	17	73	22	60	45	9	1	43	1.45
8908207--8908272	19	3.5	18	73	17	62	51	7	3	37	1.46
8911278--8911317	16	2.4	17	88	12	57	45	0	2	52	1.14
8911369--8911401	13	2.4	14	85	5	50	63	0	0	36	0.95
8911366--8911398	16	2.1	16	88	5	50	57	0	0	42	0.98
8911723--8911802	16	5.3	16	70	22	66	48	5	5	41	1.46
8911706--8911806	43	2.3	43	100	0	202	50	3	3	41	1.39
8912650--8912790	26	5.6	26	78	8	121	24	14	24	37	1.92
8912628--8912785	73	2.2	73	91	0	262	23	14	25	36	1.93
8912744--8912855	23	4.8	23	78	9	93	24	15	27	33	1.95
8912866--8912942	22	3.6	21	78	7	75	45	16	11	25	1.82
8912890--8912935	21	2.2	21	88	0	65	47	21	10	19	1.80
8913973--8914021	14	3.6	13	83	8	62	42	12	14	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8913983--8914019	13	2.7	14	95	4	67	45	13	10	29	1.77
8923662--8923740	37	2.1	36	86	9	106	35	11	27	25	1.90
8926632--8926672	21	2.0	21	90	0	64	39	17	21	21	1.93
8930911--8930956	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
8931001--8931053	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
8931001--8931059	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
8938588--8938690	38	2.6	40	86	6	140	18	16	42	22	1.89
8954997--8955064	27	2.5	27	95	0	118	22	22	14	41	1.90
8956201--8956243	15	2.7	15	85	10	50	20	2	2	74	1.04
8956193--8956266	28	2.7	26	78	15	69	20	4	1	74	1.06
8956225--8956267	13	3.0	14	83	10	52	23	2	0	74	0.93
8957049--8957078	10	3.0	10	95	0	51	13	0	0	86	0.57
8957566--8957681	38	3.1	38	96	0	205	14	44	10	30	1.79
8957473--8957816	175	2.0	175	88	3	514	15	43	13	27	1.84
8957736--8957816	38	2.1	38	86	4	110	16	41	9	32	1.81
8957599--8957866	137	2.0	137	87	3	387	15	43	13	27	1.84
8967559--8967583	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8972742--8972814	37	2.0	36	100	0	137	41	13	16	27	1.86
8976394--8976461	35	1.9	35	100	0	136	23	11	38	26	1.89
8996712--8997025	31	10.1	31	88	2	434	39	20	16	23	1.92
9001464--9001543	35	2.3	35	86	4	108	20	8	31	40	1.83
9001566--9001632	33	2.1	31	86	5	89	31	7	28	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9001805--9001862	5	11.2	5	90	5	89	75	0	24	0	0.80
9001879--9001934	25	2.2	25	78	15	62	46	14	25	14	1.82
9003934--9003969	11	3.3	11	100	0	72	33	0	16	50	1.46
9016509--9016563	21	2.5	22	80	13	69	16	23	5	54	1.63
9022180--9022229	20	2.5	21	81	15	61	58	2	2	38	1.21
9024382--9024406	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
9025609--9025649	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
9025605--9025650	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
9025686--9025725	19	2.1	19	85	0	53	37	2	22	37	1.68
9025685--9025717	5	6.8	5	86	6	50	42	0	18	39	1.50
9035661--9035990	37	8.9	37	90	3	493	23	16	20	40	1.91
9036122--9036165	9	4.9	9	88	5	63	77	0	0	22	0.77
9037373--9037417	17	2.7	16	86	10	63	75	0	2	22	0.91
9037379--9037405	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9040367--9040420	23	2.3	24	77	3	56	48	1	5	44	1.37
9042516--9042540	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9048750--9048799	17	3.3	15	76	21	50	70	14	0	16	1.18
9049197--9049249	26	2.0	28	81	7	65	62	9	0	28	1.26
9059216--9059248	16	2.2	15	89	10	50	12	6	18	63	1.48
9061189--9061410	110	2.0	110	98	1	428	41	14	9	33	1.78
9079588--9079634	20	2.3	21	81	3	60	51	0	8	40	1.33
9081814--9081859	20	2.3	20	92	0	74	30	4	19	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9081904--9081956	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
9081904--9081962	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
9087171--9087202	16	1.9	17	93	6	57	59	18	6	15	1.57
9094575--9094621	15	3.1	15	82	11	60	51	17	4	27	1.64
9117459--9117504	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
9117464--9117504	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
9118219--9118323	40	2.7	38	83	4	120	23	36	16	23	1.94
9119691--9119732	16	2.6	16	85	10	59	59	9	0	30	1.29
9119691--9119732	17	2.7	15	82	13	57	59	9	0	30	1.29
9120498--9120530	16	2.1	16	94	0	57	45	15	24	15	1.84
9134282--9134317	16	2.2	17	90	5	56	63	0	27	8	1.23
9136984--9137029	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
9142422--9142466	20	2.2	20	84	7	56	64	6	22	6	1.41
9142902--9142942	21	2.0	20	86	13	57	24	2	24	48	1.63
9145822--9145966	72	2.0	71	98	1	281	35	22	10	31	1.87
9146979--9147065	38	2.3	38	97	0	165	28	32	6	32	1.84
9146979--9147076	38	2.6	37	92	4	137	27	35	7	29	1.83
9148576--9148839	55	4.8	54	85	2	305	28	37	12	21	1.90
9148568--9148839	110	2.5	110	84	3	350	28	37	12	21	1.90
9149645--9149680	17	2.2	16	90	5	54	63	0	27	8	1.23
9149671--9149704	15	2.4	14	95	5	59	67	0	32	0	0.91
9151140--9151180	19	2.2	19	95	0	73	17	39	7	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9151268--9151325	19	3.3	18	75	18	61	63	0	34	1	1.04
9163746--9164076	38	8.7	38	86	4	425	20	14	20	44	1.86
9163732--9164069	152	2.2	152	89	1	507	21	13	21	44	1.86
9164076--9164105	11	2.8	11	95	5	53	86	6	0	6	0.70
9165005--9165031	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
9167841--9167881	21	2.0	21	90	0	64	19	29	19	31	1.96
9168105--9168258	4	38.5	4	77	0	128	45	7	4	42	1.52
9168113--9168204	14	6.7	14	81	5	116	45	7	4	42	1.52
9168106--9168257	26	5.7	26	81	9	164	45	7	4	42	1.52
9168106--9168229	14	8.9	14	75	13	103	46	8	3	41	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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