genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691200--2691347	67	2.2	67	80	2	154	28	15	25	31	1.96
2695039--2695164	43	2.9	43	80	0	153	26	19	31	21	1.97
2700599--2700721	61	2.0	61	85	3	167	18	21	30	29	1.97
2701317--2701372	22	2.6	22	83	5	71	39	19	8	32	1.83
2710423--2710540	42	2.8	42	85	1	155	20	36	18	24	1.95
2731034--2731083	12	4.2	12	94	0	73	52	4	0	44	1.20
2731041--2731085	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
2734385--2734479	35	2.7	35	79	6	111	30	10	33	25	1.89
2734763--2734822	21	2.9	21	82	0	75	30	23	20	26	1.98
2738363--2738402	19	2.1	19	90	0	62	20	25	25	30	1.99
2738892--2739062	42	4.0	43	86	2	231	23	32	17	25	1.97
2743775--2743799	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2744195--2744274	31	2.4	34	80	16	105	17	15	30	37	1.90
2744362--2744461	34	3.0	33	78	8	105	35	12	28	25	1.91
2744594--2744654	5	12.4	5	87	5	81	77	0	21	1	0.86
2751554--2751636	34	2.4	34	85	2	103	24	13	31	31	1.93
2751573--2751652	34	2.4	34	91	0	124	17	12	31	38	1.87
2751590--2751665	34	2.2	34	80	0	89	25	14	26	34	1.94
2751757--2751847	34	2.6	34	79	8	103	34	13	26	26	1.93
2751975--2752035	5	12.4	5	87	5	81	77	0	21	1	0.86
2754943--2755094	35	4.3	35	83	0	187	32	9	30	27	1.88
2761677--2761701	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763733--2763757	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2770813--2770837	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2776197--2776227	5	6.4	5	92	7	55	38	19	0	41	1.51
2776197--2776227	14	2.1	15	94	5	55	38	19	0	41	1.51
2776262--2776307	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
2777508--2777532	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2783858--2783910	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
2783955--2784000	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
2788751--2788802	28	1.9	27	84	7	70	26	21	21	30	1.98
2788850--2788893	20	2.2	20	95	0	79	47	20	4	27	1.69
2792398--2792441	22	2.1	21	87	8	63	43	11	11	34	1.77
2794556--2794601	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
2803018--2803061	20	2.2	20	83	0	52	43	15	25	15	1.87
2803014--2803206	73	2.6	72	79	8	185	41	18	20	19	1.90
2810499--2810560	21	2.9	21	95	2	106	50	6	25	17	1.70
2810498--2810566	21	3.2	21	89	2	93	55	5	23	15	1.62
2847391--2847528	60	2.3	61	84	2	188	34	21	18	26	1.96
2853784--2853933	60	2.5	60	82	4	185	36	20	19	24	1.95
2854252--2854301	20	2.5	20	87	9	66	30	40	4	26	1.74
2854300--2854409	43	2.6	43	83	2	132	20	36	18	24	1.95
2867645--2867683	20	1.9	20	84	5	51	64	0	30	5	1.15
2875222--2875503	139	2.0	138	95	1	503	34	6	23	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875731--2875769	20	1.9	20	84	5	51	64	2	30	2	1.21
2878052--2880709	170	15.9	170	72	9	1322	37	14	15	33	1.87
2878221--2880044	987	1.8	988	80	4	2217	37	13	15	33	1.87
2879131--2880731	506	3.2	512	81	3	1621	38	14	15	32	1.87
2879064--2880709	170	9.7	170	79	4	1433	37	14	15	33	1.87
2880779--2882349	171	9.2	170	76	8	1297	37	13	14	34	1.86
2880749--2882349	686	2.4	670	80	6	1787	37	13	14	34	1.86
2880749--2882367	342	4.8	337	78	8	1533	37	13	15	34	1.87
2882360--2883021	172	3.9	171	77	7	610	37	14	15	31	1.88
2881751--2882975	635	1.9	635	84	4	1623	37	14	14	33	1.87
2884997--2888253	171	19.1	171	77	5	2803	37	13	15	32	1.87
2884969--2888253	341	9.6	342	79	5	2952	38	13	15	32	1.87
2884997--2888253	514	6.4	510	78	6	2799	37	13	15	32	1.87
2888509--2888558	23	2.1	24	85	10	68	58	2	20	20	1.50
2888517--2888564	23	2.0	24	84	4	62	64	0	16	18	1.29
2889650--2889768	37	3.2	37	92	2	195	27	11	36	23	1.90
2891813--2891892	25	3.0	25	77	10	79	27	26	17	28	1.98
2896768--2896886	37	3.2	36	94	4	202	28	10	36	24	1.88
2900174--2900265	43	2.2	42	92	2	148	25	36	16	21	1.94
2902079--2903868	171	10.5	171	79	5	1606	37	13	15	33	1.87
2902079--2903868	513	3.5	505	80	5	1767	37	13	15	33	1.87
2904457--2904496	20	2.0	20	95	0	71	15	37	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2911456--2911495	20	2.0	20	85	0	53	20	37	5	37	1.74
2912391--2912572	38	5.0	38	83	10	245	29	7	33	29	1.85
2912378--2912515	68	2.0	68	100	0	276	28	7	34	28	1.86
2912378--2912477	30	3.1	30	76	20	119	28	8	35	29	1.85
2914354--2914719	172	2.1	172	81	1	410	37	11	15	34	1.84
2914720--2921953	171	42.5	170	78	6	5693	37	13	15	33	1.87
2921913--2921992	40	2.0	39	92	2	133	50	16	7	26	1.71
2921952--2922547	168	3.5	169	73	11	385	39	13	13	33	1.84
2922399--2922920	275	1.9	274	81	5	624	33	15	16	34	1.90
2922652--2924874	171	13.0	170	76	5	1744	36	15	15	32	1.89
2922652--2925772	341	9.2	340	77	6	2525	37	15	15	32	1.89
2924230--2925490	667	1.9	666	81	6	1527	37	16	14	31	1.88
2924897--2925771	171	5.1	169	80	6	922	38	16	13	31	1.87
2926957--2927046	44	2.0	44	100	0	180	42	28	6	22	1.79
2928015--2928060	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
2928020--2928060	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
2933214--2933254	21	1.9	22	95	5	75	17	21	9	51	1.74
2942363--2942403	21	1.9	22	85	5	57	14	19	9	56	1.66
2948103--2949237	171	6.6	169	77	5	883	37	14	16	32	1.88
2948041--2949241	342	3.5	336	78	6	1063	36	14	16	32	1.89
2948040--2949237	513	2.3	513	77	4	1200	36	14	16	32	1.89
2955240--2958008	171	16.2	171	77	5	2248	37	14	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2955288--2958008	514	5.3	509	75	5	2056	37	14	15	32	1.88
2955288--2958135	683	4.2	678	76	6	1805	37	14	15	32	1.88
2958224--2958706	171	2.8	170	83	3	596	37	14	15	32	1.88
2958503--2958913	206	2.0	205	88	1	617	33	15	17	33	1.91
2958708--2959706	171	5.9	169	78	4	880	37	13	15	33	1.87
2958710--2959615	341	2.7	339	80	4	984	36	14	15	33	1.88
2959726--2961876	171	12.6	170	77	4	1785	37	13	15	34	1.86
2958744--2960670	964	2.0	963	100	0	3845	37	13	15	33	1.86
2959726--2961876	341	6.3	339	78	5	1918	37	13	15	34	1.86
2963758--2963793	19	1.9	19	88	5	56	52	0	2	44	1.15
2964338--2964446	35	3.1	35	71	12	96	31	6	34	27	1.82
2964325--2964506	70	2.6	70	82	6	210	26	5	37	30	1.79
2964600--2964671	2	37.0	2	86	5	103	54	1	0	44	1.08
2966526--2966584	26	2.3	26	96	0	109	10	45	13	30	1.76
2977747--2978651	171	5.3	171	79	6	881	37	14	15	33	1.88
2977806--2978658	340	2.5	338	82	5	949	37	14	15	32	1.87
2979310--2979430	35	3.4	35	85	3	163	38	14	6	39	1.73
2979339--2979395	18	3.2	18	68	22	57	43	15	7	33	1.74
2979310--2979464	70	2.2	71	88	6	235	40	14	7	38	1.73
2979330--2979471	35	4.1	35	82	6	175	42	13	7	37	1.71
2981284--2981311	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
2989642--2990011	171	2.2	169	78	6	370	35	15	13	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2991399--2991439	22	1.9	22	90	5	66	19	21	21	36	1.95
2991400--2991446	22	2.2	21	84	3	58	25	21	23	29	1.99
2998981--2999022	19	2.2	19	87	8	59	45	4	33	16	1.69
2999412--3002224	170	16.5	170	77	5	2204	34	13	13	38	1.84
2999411--3002224	341	8.2	338	77	6	2193	34	13	13	38	1.84
2999412--3002168	511	5.4	509	75	8	1616	33	13	13	38	1.85
3002240--3003155	171	5.4	170	80	6	872	33	13	13	39	1.84
3002239--3003146	341	2.7	339	80	5	983	33	13	13	39	1.84
3003098--3003321	119	1.9	117	81	9	276	32	11	12	43	1.78
3003221--3007063	170	22.6	169	78	5	3317	33	14	13	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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