genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

This is table  23  of  30  ( 3589 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8199633--8200017	101	3.7	101	69	10	294	43	10	8	37	1.69
8201335--8201391	27	2.1	27	83	0	69	49	10	3	36	1.55
8201457--8201592	56	2.4	56	90	2	202	38	5	11	44	1.64
8201457--8201607	29	5.4	28	75	6	117	38	7	10	43	1.69
8201668--8201760	27	3.4	27	83	3	114	44	10	6	38	1.65
8201832--8201901	27	2.6	27	95	2	122	37	5	14	42	1.69
8201519--8201896	154	2.4	153	79	3	398	41	10	11	37	1.75
8201950--8202032	29	2.9	28	82	5	94	37	16	12	33	1.86
8201980--8202413	126	3.4	124	79	6	388	41	14	11	32	1.82
8202365--8202434	27	2.5	27	88	4	95	45	11	8	34	1.71
8202512--8202569	27	2.1	27	93	0	98	46	6	12	34	1.68
8202429--8202666	125	1.9	125	84	3	318	43	8	13	33	1.75
8202429--8202706	125	2.2	125	81	5	296	43	10	12	33	1.78
8202653--8202733	26	2.9	27	83	9	92	45	13	8	32	1.74
8202790--8202873	25	3.4	25	81	3	98	32	16	17	33	1.93
8203065--8203216	75	2.0	75	83	5	191	44	7	32	16	1.75
8204416--8204475	30	2.1	29	81	6	68	33	8	20	38	1.82
8211504--8211531	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
8212463--8212510	2	24.0	2	95	0	87	50	0	2	47	1.12
8218147--8218234	37	2.5	35	88	3	122	55	2	0	42	1.12
8218884--8218916	16	2.2	15	89	10	50	18	6	6	69	1.30
8225153--8225437	7	40.0	7	76	11	181	13	2	45	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8225194--8225461	15	18.8	13	73	15	119	14	2	46	36	1.58
8230669--8230848	7	25.9	7	83	5	123	9	0	54	35	1.37
8230829--8230871	7	6.1	7	97	0	68	13	0	65	20	1.27
8231378--8231418	22	2.0	21	85	9	57	39	0	4	56	1.21
8251270--8251308	18	2.2	18	100	0	78	30	41	5	23	1.76
8251284--8251403	36	3.3	36	64	19	95	27	37	10	25	1.88
8251197--8251381	91	2.0	91	95	0	334	28	35	11	24	1.90
8251288--8251449	73	2.2	73	95	0	288	28	35	11	24	1.90
8251149--8251449	164	1.8	164	89	0	476	27	33	13	24	1.93
8251452--8251542	43	2.1	43	89	4	139	28	30	14	26	1.95
8251889--8251914	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
8253742--8253801	27	2.2	27	82	11	70	73	0	3	23	0.98
8253786--8253811	12	2.2	12	100	0	52	84	0	7	7	0.77
8255519--8255555	16	2.2	17	90	4	58	70	0	2	27	1.01
8255662--8255731	18	3.7	19	72	10	54	71	1	4	22	1.12
8255672--8255745	13	5.7	13	71	17	55	68	1	4	25	1.15
8255697--8255725	12	2.3	13	94	5	51	68	0	3	27	1.05
8255710--8255756	19	2.4	21	80	20	57	72	2	0	25	0.96
8258606--8258664	4	14.2	4	76	16	50	69	0	27	3	1.04
8258595--8258672	28	2.8	28	90	5	113	70	0	26	2	1.00
8258602--8258656	23	2.3	24	84	15	78	69	0	29	1	0.99
8260295--8262124	171	10.7	171	82	3	2026	32	15	14	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8260295--8262124	341	5.4	341	83	3	2039	32	15	14	37	1.88
8260295--8262124	512	3.6	512	83	3	2213	32	15	14	37	1.88
8267393--8273270	171	34.2	170	76	7	4249	31	14	15	39	1.87
8267393--8273270	342	17.1	342	78	7	5205	31	14	15	39	1.87
8267393--8273270	513	11.4	512	77	7	5096	31	14	15	39	1.87
8270410--8270517	50	2.2	50	93	0	180	35	23	14	26	1.94
8270239--8270676	221	2.0	222	90	2	702	32	15	14	36	1.89
8273445--8274565	170	6.6	171	82	3	1343	32	15	14	37	1.88
8281236--8283275	171	12.1	170	76	7	1737	31	14	15	38	1.88
8280812--8281539	377	1.9	376	84	3	955	31	13	15	39	1.86
8281228--8283275	341	6.1	339	76	6	1890	31	14	15	38	1.88
8289157--8289193	12	2.7	14	80	20	51	0	32	0	67	0.91
8289158--8289195	11	3.5	11	82	10	51	0	31	0	68	0.90
8291317--8291404	34	2.6	34	96	0	158	44	9	18	28	1.80
8293483--8293557	34	2.2	35	85	2	98	28	25	13	33	1.93
8294048--8294085	19	2.0	19	89	0	58	28	0	26	44	1.54
8295454--8295478	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8296681--8296721	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
8296677--8296722	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
8304737--8304779	14	3.1	14	73	6	52	37	18	6	37	1.78
8305161--8305207	20	2.3	21	81	3	60	51	0	8	40	1.33
8307639--8307663	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8309902--8309926	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8334783--8334867	22	3.9	22	95	0	152	42	22	3	31	1.70
8342344--8342450	43	2.5	43	82	0	124	22	16	36	24	1.94
8349698--8349757	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
8356983--8357107	35	3.5	36	83	4	155	36	6	12	45	1.67
8356978--8357128	71	2.1	71	85	7	200	35	6	13	43	1.71
8356978--8357128	35	4.2	36	77	9	150	35	6	13	43	1.71
8366410--8366444	18	1.9	18	88	0	52	48	0	0	51	1.00
8367762--8367816	27	2.0	27	92	0	92	30	5	16	47	1.69
8368390--8368440	2	26.0	2	96	4	95	49	0	0	50	1.00
8371204--8371232	15	1.9	15	100	0	58	6	0	13	79	0.93
8373710--8373799	44	2.0	44	97	0	171	36	11	25	26	1.89
8380572--8380599	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
8380599--8380641	2	21.5	2	90	9	70	48	2	0	48	1.14
8380599--8380641	13	3.6	12	87	12	70	48	2	0	48	1.14
8384713--8384989	139	2.0	138	100	0	545	35	12	8	42	1.74
8398853--8398884	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
8400033--8400076	17	2.6	17	85	0	61	25	2	0	72	0.96
8414870--8414908	19	2.1	19	85	9	53	41	23	5	30	1.76
8416403--8416448	2	23.5	2	86	4	67	45	0	2	52	1.13
8417716--8417825	37	3.0	37	79	0	94	26	35	10	27	1.90
8421068--8421129	16	3.7	17	72	16	58	24	3	0	72	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8421081--8421121	21	2.0	21	85	0	55	24	2	0	73	0.96
8421055--8421132	26	2.9	26	81	7	77	26	2	0	70	1.00
8422206--8422233	13	2.2	13	100	0	56	7	39	0	53	1.28
8422384--8422437	28	1.9	28	88	7	83	7	37	11	44	1.68
8428358--8428467	37	3.0	37	79	0	94	26	35	10	27	1.90
8430632--8430680	24	2.0	24	100	0	98	63	8	8	20	1.48
8445732--8445783	28	1.9	27	84	7	70	28	19	19	32	1.96
8445829--8445874	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
8460808--8460894	39	2.2	40	85	2	113	33	24	18	24	1.97
8461259--8461390	43	3.1	43	84	2	158	21	37	18	22	1.94
8465141--8465187	22	2.1	23	84	11	62	29	6	14	48	1.69
8467854--8467908	21	2.7	21	88	2	76	40	18	20	21	1.92
8469346--8469375	12	2.5	12	100	0	60	73	6	0	20	1.05
8470710--8470788	35	2.3	35	91	4	124	20	8	32	37	1.83
8471042--8471100	5	11.2	5	87	7	73	72	0	27	0	0.84
8471038--8471087	16	2.8	19	80	17	63	70	0	30	0	0.88
8471120--8471176	25	2.3	25	82	8	71	47	15	24	12	1.80
8474285--8474444	60	2.7	60	74	5	144	28	18	23	30	1.97
8474878--8474903	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8478594--8478639	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
8479041--8479078	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
8480322--8480346	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8483888--8483919	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8485350--8485394	19	2.3	19	80	3	54	66	4	11	17	1.38
8486082--8486141	30	2.0	30	96	0	111	30	8	31	30	1.87
8497725--8497782	27	2.1	27	93	0	98	34	20	18	25	1.96
8500691--8500739	15	3.1	16	86	11	66	10	8	8	73	1.25
8500981--8501119	55	2.5	56	73	10	133	46	10	14	29	1.77
8501122--8501242	51	2.3	54	77	9	133	42	9	8	38	1.68
8504652--8504678	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
8504647--8504689	23	1.9	22	95	4	77	25	18	18	37	1.94
8515117--8515227	50	2.2	50	82	4	143	43	9	7	39	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30