genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7407862--7407900	20	2.0	20	100	0	78	48	0	0	51	1.00
7410161--7410198	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
7416430--7416454	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7429433--7429470	19	2.0	19	89	0	58	31	0	28	39	1.57
7434971--7435008	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
7438962--7439001	20	2.0	20	85	5	53	22	2	5	70	1.19
7440366--7440410	23	2.0	23	82	8	56	44	0	20	35	1.51
7440555--7440732	58	3.1	58	95	0	322	36	9	16	37	1.82
7445210--7445354	73	2.0	72	100	0	281	24	11	13	49	1.75
7445611--7445654	22	2.0	22	90	0	70	34	6	15	43	1.74
7462525--7462599	37	2.0	38	86	5	107	24	13	34	28	1.93
7467837--7467882	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
7475269--7475298	11	2.6	12	94	5	53	6	26	3	63	1.35
7481064--7481213	76	2.0	76	83	0	192	55	7	11	26	1.61
7485278--7485316	20	1.9	21	89	5	62	0	17	7	74	1.05
7502921--7502958	14	2.8	14	92	4	60	34	0	10	55	1.34
7518715--7518765	19	2.7	19	96	0	93	19	29	23	27	1.98
7519032--7519114	43	1.9	43	88	9	125	20	31	18	30	1.96
7526485--7526527	22	2.0	22	85	0	59	39	16	9	34	1.80
7531303--7531408	38	2.7	40	82	2	135	22	39	16	21	1.92
7535103--7535127	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7536954--7536979	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7537141--7537177	2	18.0	2	88	5	56	51	0	2	45	1.15
7536927--7537322	198	2.0	198	98	1	760	50	3	15	30	1.59
7540794--7540849	28	2.0	29	89	3	87	21	19	25	33	1.97
7556592--7556637	20	2.3	20	88	0	65	43	19	8	28	1.80
7558484--7559044	280	2.0	280	97	0	1052	35	16	13	34	1.88
7561782--7562028	123	2.0	123	98	1	478	39	14	16	29	1.88
7565353--7565418	29	2.3	29	83	0	87	0	34	0	65	0.93
7565365--7565417	22	2.5	22	81	12	65	0	35	0	64	0.94
7565353--7565417	14	4.6	14	75	19	55	0	35	0	64	0.94
7565355--7565429	36	2.1	36	90	5	116	0	36	0	64	0.94
7565913--7565944	15	2.1	15	94	0	55	28	43	6	21	1.77
7571454--7571490	11	3.5	11	85	7	58	21	0	8	70	1.13
7575230--7575266	11	3.5	11	88	7	58	18	0	10	70	1.16
7590954--7591005	21	2.5	21	87	6	70	19	25	23	32	1.97
7601324--7601418	30	3.2	30	86	0	127	33	9	6	50	1.60
7608786--7608822	14	2.6	14	95	0	65	21	18	10	48	1.78
7609662--7609839	55	3.2	54	76	3	176	12	11	32	43	1.79
7609879--7609936	23	2.5	23	85	0	89	24	22	31	22	1.99
7609917--7609998	31	2.6	31	86	3	103	25	18	23	32	1.97
7613478--7613777	31	9.7	31	79	2	307	40	21	16	21	1.91
7614353--7614394	23	2.0	21	86	13	59	47	4	14	33	1.65
7614441--7614501	14	4.1	15	81	8	63	47	6	13	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7614451--7614508	16	3.9	15	82	10	59	51	5	12	31	1.61
7614451--7614508	31	2.0	28	83	10	71	51	5	12	31	1.61
7614451--7614508	14	3.9	15	78	14	59	51	5	12	31	1.61
7615979--7616344	31	11.8	30	73	8	186	39	20	19	20	1.92
7615983--7616326	62	5.5	63	78	6	274	40	20	19	20	1.92
7616017--7616332	93	3.4	93	82	6	329	41	20	18	19	1.91
7616699--7617181	156	3.1	155	85	4	598	28	19	17	34	1.94
7616699--7617239	156	3.5	155	83	3	453	30	18	17	34	1.94
7618827--7619048	31	7.2	30	87	3	252	36	20	18	24	1.94
7618827--7619046	93	2.4	94	86	7	292	37	20	17	24	1.94
7628966--7629106	64	2.2	64	84	0	174	26	19	16	36	1.93
7629269--7629306	20	1.9	20	84	10	51	13	10	18	57	1.63
7637528--7637599	28	2.5	28	82	6	74	47	11	19	22	1.80
7639578--7639624	9	4.9	9	80	14	58	59	12	0	27	1.34
7640383--7640438	15	3.7	15	72	9	51	12	33	5	48	1.64
7640374--7640441	30	2.3	30	94	0	118	13	33	4	48	1.62
7651887--7651936	25	2.0	25	92	0	82	70	16	12	2	1.26
7660946--7660991	20	2.3	20	92	0	74	30	4	19	45	1.70
7666334--7666395	32	1.9	32	83	0	79	30	17	27	24	1.97
7673479--7673549	36	2.0	36	97	0	133	53	11	19	15	1.72
7676149--7678048	144	13.2	144	85	3	2452	35	11	22	30	1.89
7682317--7682364	15	3.0	15	87	9	60	4	12	0	83	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7682642--7682680	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
7684650--7684838	92	2.1	92	83	9	235	35	7	5	51	1.54
7684910--7684977	33	2.1	33	97	0	127	36	16	4	42	1.68
7685106--7685146	13	3.2	13	92	0	73	14	12	7	65	1.45
7686516--7687893	144	9.6	144	90	2	1984	34	12	23	29	1.91
7687122--7687343	72	3.1	71	61	19	161	33	11	25	30	1.91
7693154--7693203	17	3.1	17	77	5	50	72	2	0	26	0.96
7698853--7698905	16	3.4	15	82	10	70	45	0	1	52	1.11
7704333--7704704	185	2.0	186	89	2	570	40	12	20	25	1.89
7720916--7720940	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
7721141--7721210	29	2.4	29	87	0	104	47	10	24	18	1.79
7721495--7721571	35	2.2	35	85	0	100	20	20	18	40	1.92
7723487--7723579	43	2.2	43	82	7	109	24	32	16	26	1.96
7725141--7725200	25	2.4	25	97	0	111	41	21	23	13	1.88
7728538--7728586	25	2.0	25	95	0	89	32	38	10	18	1.84
7730553--7730585	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7739671--7739752	19	4.3	19	70	14	69	20	15	24	39	1.92
7744400--7744444	3	16.0	3	82	17	53	0	28	0	71	0.87
7744392--7744445	18	3.0	17	80	19	65	0	27	0	72	0.85
7744401--7744442	15	2.8	15	92	0	66	0	28	0	71	0.86
7744783--7744829	18	2.8	17	81	12	53	19	12	0	68	1.21
7744797--7744838	22	1.9	22	90	9	68	21	7	2	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7748467--7748517	18	2.7	20	67	14	54	21	0	27	50	1.48
7759750--7759790	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
7759750--7759794	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
7759748--7759795	21	2.3	20	79	10	60	56	6	22	14	1.61
7764287--7764351	30	2.2	30	83	5	80	30	7	16	44	1.76
7781391--7781457	32	2.0	33	91	5	109	40	7	11	40	1.70
7781407--7781457	16	3.1	16	71	20	50	41	9	9	39	1.71
7788405--7788455	15	3.4	15	84	10	68	50	19	1	27	1.58
7790783--7790846	28	2.2	29	83	2	76	45	18	6	29	1.74
7792289--7792360	28	2.6	28	90	0	117	19	18	16	45	1.85
7796669--7796722	22	2.4	22	81	6	63	42	1	50	5	1.36
7796684--7796721	16	2.4	16	82	8	51	42	0	55	2	1.14
7799716--7799971	35	7.3	35	79	3	212	44	12	6	36	1.69
7799716--7799964	107	2.4	106	79	4	274	43	12	6	36	1.69
7807266--7807300	16	2.2	16	90	5	54	31	0	28	40	1.57
7807367--7807432	16	4.3	15	70	11	53	30	0	4	65	1.13
7807367--7807430	32	2.0	33	84	9	87	31	0	4	64	1.14
7812839--7812863	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7814720--7814883	28	5.8	27	78	9	166	43	7	10	37	1.69
7814728--7814864	59	2.4	57	81	7	161	45	8	10	35	1.67
7816039--7816109	33	2.2	33	87	2	99	35	2	11	50	1.53
7816104--7816156	19	3.0	17	76	15	54	39	0	1	58	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7816306--7816341	17	2.1	18	89	5	56	44	0	2	52	1.15
7823998--7824043	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
7824431--7824476	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
7824521--7824573	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
7824521--7824579	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
7825694--7825718	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7836972--7837005	18	1.9	17	88	5	50	38	0	2	58	1.13
7838895--7839063	28	5.8	29	79	12	152	42	8	10	39	1.70
7839207--7839239	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
7842433--7842517	25	3.3	26	78	8	84	27	18	30	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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