genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7845946--7845970	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7851188--7851220	5	6.8	5	93	6	59	39	21	0	39	1.53
7851188--7851220	14	2.3	15	94	5	59	39	21	0	39	1.53
7851255--7851300	15	3.1	15	90	0	74	56	15	2	26	1.50
7852500--7852524	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7853950--7853987	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
7855994--7856076	21	4.0	21	85	0	103	33	16	20	28	1.95
7876784--7876866	35	2.3	35	83	6	105	30	40	9	19	1.83
7879616--7879648	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7885938--7885986	23	2.1	23	84	0	62	36	28	8	26	1.85
7886298--7886336	21	1.9	20	89	5	60	64	5	7	23	1.40
7892493--7892525	12	2.5	13	85	14	50	66	0	33	0	0.92
7893217--7893252	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
7893846--7893879	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
7901777--7901917	29	4.9	28	77	11	124	41	7	7	43	1.62
7901767--7901904	30	4.7	29	76	13	106	42	7	6	43	1.60
7903839--7903878	2	22.0	2	80	19	52	55	0	0	45	0.99
7903841--7903877	5	7.0	5	90	9	56	56	0	0	43	0.99
7903841--7903878	16	2.4	16	100	0	76	55	0	0	44	0.99
7909841--7909882	12	3.7	12	84	12	52	0	23	0	76	0.79
7909846--7909882	6	6.5	6	81	12	51	0	18	0	81	0.70
7909847--7909881	16	2.2	16	94	0	61	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7910740--7910799	19	3.2	19	90	2	95	48	3	0	48	1.18
7919197--7919253	15	3.9	15	72	23	50	0	28	0	71	0.86
7920059--7920120	19	3.4	18	76	14	65	48	0	0	51	1.00
7920619--7920679	32	1.9	32	86	6	88	26	14	26	32	1.95
7920586--7920758	67	2.6	67	81	1	195	27	12	24	35	1.91
7922578--7922731	53	2.8	54	83	4	184	39	15	15	29	1.88
7922976--7923010	18	1.9	18	88	0	52	34	25	17	22	1.96
7936918--7937016	29	3.4	28	81	5	108	18	29	8	44	1.78
7944399--7944429	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
7944675--7944782	2	54.5	2	87	9	159	47	0	1	49	1.18
7944878--7944917	13	3.1	13	81	0	53	82	7	2	7	0.92
7945706--7945803	29	3.4	29	81	1	99	17	28	8	45	1.77
7947840--7947880	21	2.0	21	85	0	55	36	4	14	43	1.67
7948398--7948479	39	2.0	42	83	6	107	39	21	14	24	1.91
7948488--7948518	9	3.4	9	90	0	53	41	19	9	29	1.83
7948480--7948518	18	2.2	18	95	0	69	41	17	10	30	1.83
7965952--7967331	171	8.1	170	81	5	1570	32	14	14	38	1.87
7979355--7979393	11	3.5	11	85	0	51	28	5	17	48	1.68
7979423--7979452	5	6.0	5	96	0	51	36	0	23	40	1.55
7992071--7992279	27	7.4	27	82	10	231	17	34	22	24	1.95
7992047--7992222	54	3.3	53	87	4	235	18	32	22	26	1.97
7992199--7992271	35	2.1	35	94	0	128	12	35	23	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7999647--7999685	2	21.0	2	85	15	57	51	0	0	48	1.00
8000671--8000725	28	2.0	28	100	0	110	21	14	25	38	1.92
8001680--8001883	100	2.1	98	88	4	302	41	10	2	44	1.54
8010122--8010178	29	2.0	29	83	10	73	8	19	1	70	1.23
8014439--8014506	22	3.1	22	80	0	73	27	7	14	50	1.70
8018876--8018922	24	2.0	24	83	8	60	40	8	14	36	1.77
8018969--8019076	53	2.1	49	80	14	112	39	17	13	28	1.88
8019038--8019092	26	2.1	27	86	10	78	36	12	18	32	1.88
8019012--8019089	26	3.2	23	76	16	77	39	16	15	28	1.89
8019038--8019141	29	3.7	29	80	8	117	37	12	15	34	1.85
8019060--8019154	29	3.3	28	81	7	86	32	11	16	38	1.85
8022092--8022129	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8022563--8022606	23	1.9	23	90	9	72	50	9	29	11	1.69
8026894--8026945	20	2.6	21	84	6	72	40	15	17	26	1.89
8029040--8029081	20	2.1	20	82	8	50	45	9	4	40	1.58
8030796--8030822	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8031957--8032039	41	2.0	41	100	0	166	38	9	16	34	1.82
8032374--8032564	81	2.6	70	82	9	193	38	13	8	40	1.74
8032880--8033068	25	7.1	25	76	14	155	37	13	23	25	1.91
8032892--8033002	31	3.8	29	79	13	113	38	14	23	23	1.91
8032880--8033029	56	2.7	56	89	0	219	38	14	24	23	1.92
8033033--8033189	79	2.0	79	86	2	217	36	12	20	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8033125--8033258	54	2.5	54	82	2	153	35	11	21	31	1.90
8033046--8033310	133	2.0	133	85	0	359	37	13	19	29	1.90
8033229--8033283	25	2.2	25	86	0	74	43	9	14	32	1.77
8034122--8034179	8	6.5	8	78	18	53	20	1	0	77	0.86
8034122--8034214	27	3.3	26	72	18	71	22	4	0	73	1.01
8034135--8034200	30	2.1	32	86	8	91	22	4	0	72	1.02
8034129--8034215	38	2.3	38	80	13	90	22	4	0	72	1.03
8036042--8036121	11	7.1	11	76	10	63	12	1	5	81	0.91
8036041--8036119	14	5.4	14	75	11	68	11	1	5	82	0.89
8041376--8041413	19	2.0	19	94	0	67	23	0	34	42	1.55
8046826--8046866	21	2.1	19	86	9	55	29	0	9	60	1.28
8056860--8056897	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
8056941--8056999	28	2.1	28	84	6	75	32	22	22	23	1.98
8067782--8067809	11	2.5	11	100	0	56	53	14	0	32	1.41
8070101--8070125	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8072253--8072299	22	2.1	22	77	18	53	19	17	6	57	1.60
8086625--8086726	37	2.8	37	89	1	143	22	35	12	29	1.91
8088077--8088330	54	4.7	54	89	2	386	21	15	37	25	1.93
8095910--8095964	21	2.6	21	85	2	74	41	16	14	27	1.87
8097406--8097447	19	2.2	19	83	8	50	71	4	2	21	1.16
8103093--8103168	28	2.8	28	79	2	82	27	17	9	46	1.78
8103987--8104050	18	3.6	18	73	0	65	42	18	12	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8107876--8107933	28	2.1	28	84	9	75	24	22	22	31	1.99
8107987--8108024	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
8118416--8118453	20	1.9	20	94	0	67	42	21	7	28	1.81
8120085--8120109	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8127774--8127821	4	12.0	4	82	12	55	0	25	2	72	0.95
8127753--8127832	18	4.7	18	71	14	62	1	31	1	66	1.08
8127778--8127840	28	2.2	29	88	8	94	0	28	1	69	0.97
8127782--8127843	23	2.6	23	84	7	70	0	29	1	69	0.98
8133285--8133328	22	2.0	22	86	8	63	40	6	20	31	1.79
8134023--8134131	35	3.1	35	93	0	173	27	10	36	25	1.88
8138832--8138886	25	2.2	25	86	0	74	32	16	20	30	1.94
8142227--8142446	98	2.2	97	84	5	248	34	13	11	40	1.80
8142251--8142446	98	2.0	99	88	5	290	33	14	11	40	1.81
8142408--8142474	28	2.3	29	84	2	91	31	16	10	41	1.82
8142726--8142771	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
8149214--8149282	28	2.5	28	83	4	88	36	15	11	36	1.84
8149310--8149420	56	2.0	56	85	1	150	37	10	11	39	1.77
8149523--8149574	26	2.0	26	88	0	77	28	15	13	42	1.85
8152666--8153602	253	3.7	254	77	5	871	33	12	6	48	1.66
8154139--8154191	21	2.5	21	81	0	70	22	26	20	30	1.98
8157247--8157289	20	2.2	20	82	0	50	20	32	6	39	1.80
8158215--8158323	35	3.1	35	87	0	146	33	6	31	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162527--8162579	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
8162624--8162669	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
8166373--8166433	29	2.1	29	84	3	77	42	18	8	31	1.79
8176721--8176826	35	3.1	36	77	6	112	28	29	13	29	1.94
8178650--8178861	53	3.9	54	83	8	232	53	12	3	30	1.54
8178661--8178883	59	4.0	59	87	4	252	52	12	3	30	1.56
8179059--8179159	32	3.0	33	71	12	89	50	7	3	37	1.50
8179130--8179186	28	2.0	28	93	0	96	45	8	5	40	1.58
8179252--8179336	42	2.0	42	93	0	143	34	17	9	38	1.82
8199602--8199983	209	1.8	207	89	3	606	44	10	7	37	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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