genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515211--8515300	32	2.9	32	91	3	139	47	12	5	34	1.64
8515428--8515578	49	3.1	50	83	7	193	44	13	8	33	1.75
8515325--8515561	130	1.8	129	82	9	284	43	13	8	34	1.74
8515554--8515632	41	1.9	41	82	10	99	39	21	7	31	1.81
8515660--8515710	22	2.3	23	82	3	59	35	7	19	37	1.81
8517143--8517180	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
8518579--8518604	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
8519803--8519848	15	3.1	15	83	0	65	23	2	17	56	1.52
8519883--8519915	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
8519883--8519915	14	2.3	15	94	5	59	39	0	21	39	1.53
8529918--8529959	10	4.1	10	84	6	57	2	35	0	61	1.09
8550714--8550773	27	2.1	28	84	6	77	41	23	5	30	1.75
8550937--8550974	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8552326--8552358	5	6.8	5	93	6	59	39	21	0	39	1.53
8552326--8552358	14	2.3	15	94	5	59	39	21	0	39	1.53
8552396--8552441	15	3.1	15	78	12	58	56	10	4	28	1.53
8553639--8553663	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
8559359--8559407	17	2.9	18	77	20	52	51	2	0	46	1.12
8559393--8559499	46	2.3	47	79	8	119	50	1	6	41	1.39
8559515--8559585	23	3.1	23	67	15	65	54	2	2	39	1.29
8559559--8559629	22	3.2	22	69	15	65	49	0	8	42	1.33
8560559--8560598	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8566969--8567004	18	2.1	18	89	5	56	30	13	8	47	1.73
8568402--8568607	23	9.0	23	74	5	141	38	17	12	32	1.87
8568450--8568551	44	2.3	44	89	1	150	42	17	9	30	1.82
8568545--8568584	12	3.4	12	79	6	55	27	20	15	37	1.92
8568837--8568943	54	2.0	54	86	0	151	35	11	27	26	1.90
8577367--8577425	18	3.3	18	80	0	64	25	16	22	35	1.95
8577465--8577598	51	2.6	51	88	3	191	32	15	13	38	1.86
8577449--8577598	25	6.0	25	72	6	90	30	16	14	38	1.88
8580989--8581028	19	2.0	20	85	4	55	27	17	7	47	1.74
8581176--8581297	34	3.6	34	87	0	181	36	23	11	27	1.90
8584744--8584862	39	3.0	39	83	3	130	42	19	12	25	1.86
8584952--8584991	15	2.7	15	88	0	62	67	0	0	32	0.91
8584969--8585024	15	3.7	15	75	17	53	64	7	0	28	1.20
8593194--8593228	18	1.9	18	94	0	61	42	2	34	20	1.66
8593222--8593304	32	2.6	32	82	0	112	3	16	45	33	1.65
8594258--8594295	20	1.9	20	94	0	67	26	5	26	42	1.76
8599267--8599455	104	1.8	104	86	4	274	20	15	14	49	1.79
8603203--8603271	36	1.9	36	87	0	102	36	10	10	43	1.72
8604724--8604785	28	2.1	30	85	5	83	30	6	22	40	1.79
8620436--8620488	26	2.0	26	100	0	106	39	3	7	49	1.49
8621144--8621285	69	2.1	69	98	0	275	26	16	21	35	1.95
8622620--8622668	24	2.0	24	96	0	89	28	14	20	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8625080--8625339	72	3.6	72	82	9	341	26	20	16	36	1.94
8627789--8627818	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
8631511--8631904	93	4.2	92	81	3	446	33	17	12	37	1.87
8631508--8631904	189	2.1	186	84	4	521	33	17	12	36	1.87
8631897--8631922	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8640845--8640890	22	2.1	22	88	8	67	15	4	30	50	1.63
8643104--8643141	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
8651568--8651610	11	3.9	11	90	0	59	27	2	20	48	1.62
8651641--8651684	5	8.8	5	92	0	70	38	0	22	38	1.55
8655990--8656222	116	2.0	116	96	0	430	36	11	20	30	1.88
8664596--8664655	20	3.0	20	80	7	70	53	0	6	40	1.27
8667939--8667985	19	2.5	19	86	6	60	44	0	4	51	1.21
8667951--8667989	19	2.1	19	95	0	69	35	0	7	56	1.28
8694839--8694925	23	3.8	23	89	0	111	33	26	10	29	1.90
8694918--8695089	69	2.5	69	75	1	166	36	20	12	30	1.90
8694849--8695162	23	13.7	23	69	6	70	35	22	11	29	1.90
8695240--8695312	23	3.2	23	78	3	76	30	23	10	35	1.89
8695638--8695700	26	2.4	26	86	0	81	60	9	11	19	1.57
8707657--8707685	12	2.4	12	100	0	58	13	13	0	72	1.13
8709531--8709697	40	4.2	40	80	6	207	14	12	25	46	1.80
8712823--8712855	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8712935--8712969	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8716231--8716316	28	3.1	28	87	0	127	23	6	17	52	1.69
8721466--8721511	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
8722154--8722204	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
8722776--8722850	27	2.9	27	78	4	73	49	13	25	12	1.76
8722812--8722882	25	2.8	25	86	0	97	45	11	23	19	1.83
8722810--8722896	25	3.5	25	81	10	83	48	10	24	17	1.78
8724451--8724588	70	2.0	70	95	0	249	34	16	18	30	1.93
8731815--8731856	20	2.0	21	86	4	59	69	9	11	9	1.38
8732145--8732200	28	1.9	29	82	13	71	71	1	21	5	1.15
8734706--8734765	26	2.3	26	88	0	84	28	43	3	25	1.70
8734784--8734875	42	2.2	42	94	0	157	22	32	22	21	1.98
8738561--8738614	27	2.0	28	85	10	76	22	18	24	35	1.96
8738561--8738614	28	2.0	27	85	3	72	22	18	24	35	1.96
8739861--8740023	71	2.3	71	96	0	299	20	12	43	22	1.86
8740988--8741610	171	3.6	173	83	6	732	32	13	13	40	1.83
8747113--8747492	170	2.2	170	86	5	525	31	13	15	39	1.86
8748204--8748244	21	1.9	22	95	5	75	53	7	21	17	1.67
8748203--8748250	21	2.2	21	85	3	69	60	6	18	14	1.55
8750557--8751821	171	7.4	171	81	3	1283	33	13	13	38	1.85
8750557--8751821	343	3.7	340	80	3	1333	33	13	13	38	1.85
8750583--8751825	514	2.4	510	82	4	1442	33	13	13	38	1.85
8754362--8757671	171	19.2	171	81	4	3358	32	13	14	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8754362--8758042	343	10.7	342	81	5	3798	32	13	14	39	1.85
8754362--8758042	514	7.2	513	81	5	3781	32	13	14	39	1.85
8756407--8756457	24	2.1	24	96	0	93	25	31	9	33	1.88
8757515--8757993	171	3.0	150	79	11	469	33	14	14	37	1.86
8757667--8758034	171	2.2	170	88	2	540	32	13	14	39	1.85
8757925--8758162	127	1.9	127	88	1	361	31	14	11	41	1.82
8757742--8758339	298	2.0	298	87	3	855	32	14	13	38	1.86
8758040--8758577	171	3.1	169	83	6	688	35	14	13	36	1.86
8760522--8760559	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8764311--8764354	5	9.0	5	90	5	72	38	20	2	38	1.65
8764389--8764434	15	3.1	15	81	12	58	56	17	2	23	1.52
8767146--8767183	19	2.0	19	89	0	58	44	26	0	28	1.54
8775400--8775492	47	2.0	47	82	4	116	41	7	18	32	1.78
8775642--8775764	58	2.1	58	83	0	147	19	8	34	36	1.83
8775876--8775917	14	2.9	15	79	17	52	52	0	0	47	1.00
8784119--8784168	24	2.0	25	88	7	75	64	18	4	14	1.44
8789246--8789362	15	7.9	14	77	10	108	47	4	33	15	1.65
8789245--8789363	30	4.0	30	95	1	204	47	4	33	15	1.64
8792710--8792811	38	2.6	40	81	4	127	24	41	14	19	1.89
8792923--8792961	2	20.0	2	94	5	71	51	48	0	0	1.00
8792961--8792988	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8801494--8801673	63	2.9	63	94	0	297	22	33	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8807054--8807079	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8811453--8811494	20	2.1	20	82	8	50	23	4	7	64	1.38
8816492--8816553	26	2.4	26	91	0	97	32	38	3	25	1.72
8816788--8816953	42	4.0	42	95	0	287	22	33	22	22	1.98
8825347--8825387	21	2.0	20	86	13	57	24	0	24	51	1.49
8828769--8828848	35	2.3	35	85	8	101	26	0	10	63	1.25
8829259--8829314	30	1.9	29	86	13	80	32	12	14	41	1.83
8839329--8839367	17	2.2	18	86	4	53	76	0	17	5	0.96
8840677--8840793	53	2.2	53	81	6	130	44	14	17	23	1.85
8845425--8845477	18	3.1	18	74	15	58	41	7	9	41	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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