genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chrUn_random
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10571689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973212--1973249	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
1973212--1973257	20	2.3	20	92	0	74	28	4	23	43	1.73
1974848--1974877	10	3.0	10	95	0	51	30	0	16	53	1.44
1976907--1976947	21	2.0	21	90	0	64	70	0	21	7	1.11
1977651--1977691	2	21.5	2	85	9	59	43	0	0	56	0.99
1977647--1977692	21	2.2	20	88	7	74	41	0	0	58	0.98
1977753--1977986	116	2.0	114	93	2	378	38	17	13	29	1.88
1979985--1980044	27	2.2	27	88	5	86	63	1	28	6	1.29
1980738--1980766	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1984690--1984727	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
1986117--1986171	21	2.8	18	77	17	56	10	7	0	81	0.86
1986128--1986168	17	2.3	19	87	8	59	14	4	0	80	0.87
1993255--1993303	24	2.0	25	84	4	64	14	10	18	57	1.65
1993997--1994077	2	43.5	2	81	18	104	48	0	1	50	1.08
1999415--1999470	23	2.4	23	93	0	94	16	30	8	44	1.78
2000290--2000371	43	1.9	43	92	2	139	25	15	35	23	1.94
2000408--2000434	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2000661--2000706	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
2007722--2007789	30	2.3	30	92	0	109	50	4	32	13	1.61
2007775--2007825	12	4.2	12	75	9	50	52	1	25	19	1.56
2007775--2007810	6	6.0	6	86	0	54	55	0	27	16	1.42
2010166--2010224	25	2.4	25	97	0	109	33	6	5	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011739--2011834	30	3.2	29	77	5	84	29	16	16	37	1.91
2021131--2021192	12	5.1	13	72	20	53	59	3	37	0	1.13
2028084--2028133	23	2.3	21	79	6	55	68	2	8	22	1.26
2029418--2029577	79	2.0	78	95	2	293	34	4	20	40	1.73
2031630--2031657	11	2.5	11	100	0	56	39	0	7	53	1.28
2032240--2032304	30	2.2	29	81	5	69	30	7	20	41	1.80
2039116--2039153	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
2042257--2042310	11	4.6	11	78	17	56	61	1	35	1	1.18
2042648--2042681	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2043494--2043703	28	7.4	28	79	7	174	37	10	11	40	1.75
2043521--2043708	28	6.6	28	79	10	193	37	9	11	41	1.73
2044284--2044325	10	4.0	10	90	6	57	23	2	0	73	0.94
2057111--2057150	21	2.0	21	95	5	73	40	15	17	27	1.89
2058980--2059014	17	2.1	17	88	0	52	8	34	22	34	1.85
2059090--2059142	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
2059533--2059590	29	2.0	29	89	0	89	56	10	5	27	1.54
2072241--2072281	21	1.9	22	85	5	57	14	21	9	53	1.70
2077648--2077677	15	2.0	15	100	0	60	33	0	20	46	1.51
2078595--2078634	19	2.2	19	86	4	55	52	2	2	42	1.28
2086212--2086300	39	2.3	39	84	5	110	59	14	22	3	1.50
2094096--2094157	20	3.0	20	92	4	97	33	41	0	24	1.55
2094162--2094305	43	3.4	43	82	3	157	20	35	19	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094189--2094309	42	2.8	43	85	5	165	19	36	19	23	1.95
2098523--2098585	33	1.9	33	83	6	83	30	9	23	36	1.87
2099664--2099729	20	3.3	20	93	0	105	31	6	16	45	1.72
2106693--2106767	38	2.0	38	82	10	91	48	12	5	34	1.63
2108041--2108203	29	5.7	28	80	10	179	38	12	11	37	1.79
2108037--2108203	59	2.9	58	83	8	191	37	13	10	38	1.79
2119294--2119326	17	2.0	17	88	5	50	45	6	9	39	1.61
2131774--2131800	13	2.1	13	100	0	54	33	0	7	59	1.25
2140362--2140416	28	2.0	28	100	0	110	21	5	29	43	1.75
2142136--2142218	42	2.0	42	95	0	148	20	36	24	19	1.95
2151017--2151044	11	2.5	11	100	0	56	32	0	14	53	1.41
2157541--2157703	52	3.2	52	85	5	242	25	15	35	23	1.94
2157541--2157702	49	3.2	49	88	2	234	25	15	35	23	1.94
2164022--2164067	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
2164027--2164067	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
2166115--2166139	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
2166840--2166865	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2166896--2167004	42	2.6	42	85	2	139	25	18	32	23	1.97
2169304--2169346	22	2.0	22	81	9	52	62	6	18	11	1.50
2173899--2174298	200	2.0	199	97	0	755	33	11	21	32	1.89
2178821--2178890	33	2.1	33	100	0	140	27	31	21	20	1.98
2181401--2181460	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192559--2192595	5	7.6	5	85	14	51	78	2	18	0	0.87
2192582--2192637	27	2.1	27	96	0	103	51	17	23	7	1.70
2203203--2204699	341	4.4	337	77	4	1382	33	15	13	37	1.86
2203094--2204699	170	9.5	170	77	4	1390	33	15	13	38	1.86
2203094--2206268	511	6.3	508	80	6	2921	32	14	14	37	1.87
2204557--2204836	148	1.9	149	83	5	370	33	16	14	35	1.89
2204702--2206268	170	9.3	167	77	7	1309	32	14	15	37	1.88
2204692--2206246	333	4.6	334	77	9	1374	32	14	15	37	1.87
2205063--2206137	169	6.4	165	76	8	494	32	14	15	37	1.89
2207345--2207899	278	2.0	277	98	0	1074	33	10	25	30	1.90
2210377--2212654	171	13.2	169	72	11	1133	32	14	15	38	1.87
2210377--2212654	341	6.6	338	72	12	1370	32	14	15	38	1.87
2211517--2212654	170	6.8	170	78	7	938	32	13	15	38	1.87
2213030--2213094	30	2.2	29	81	5	69	30	7	20	41	1.80
2218467--2218528	28	2.2	29	82	8	74	43	20	8	27	1.80
2218696--2218733	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
2219107--2222001	171	17.2	172	77	7	2332	32	14	14	38	1.86
2219107--2221911	341	8.3	337	76	9	2037	32	13	14	39	1.86
2220129--2221411	324	3.9	325	79	9	1198	32	14	14	39	1.85
2220457--2222001	506	3.1	500	80	5	1517	32	14	14	37	1.87
2223224--2223394	83	2.1	83	93	2	292	25	35	13	25	1.92
2223267--2223394	47	3.0	44	70	26	139	27	35	12	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2224132--2224171	20	2.0	20	90	0	62	40	10	35	15	1.80
2230873--2231037	60	2.7	59	87	1	231	34	20	21	23	1.97
2231436--2231486	20	2.5	21	78	6	61	49	0	7	43	1.32
2234262--2234377	43	2.7	43	77	7	119	19	37	17	25	1.94
2234275--2234378	43	2.4	43	83	3	129	19	35	19	25	1.95
2240964--2241023	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
2244718--2247160	171	14.3	170	80	5	2151	32	13	14	39	1.85
2247763--2250290	170	14.9	169	78	5	2093	33	14	14	37	1.87
2247763--2250290	511	5.0	506	78	6	2124	33	14	14	37	1.87
2250331--2250996	169	3.9	169	77	5	648	33	14	13	39	1.84
2252131--2252351	107	2.1	102	85	5	289	35	5	13	45	1.67
2252131--2252351	35	6.3	35	83	4	259	35	5	13	45	1.67
2254226--2255598	172	8.0	169	79	6	1233	32	14	15	36	1.88
2254228--2255598	513	2.7	509	80	6	1495	32	14	15	37	1.88
2259315--2260867	345	4.5	339	77	7	1182	32	13	14	39	1.85
2259315--2260868	517	3.0	507	78	6	1521	32	13	14	38	1.85
2259315--2260868	172	9.0	170	76	8	1208	32	13	14	38	1.85
2263709--2268684	341	14.8	335	75	8	2365	33	13	14	38	1.85
2263946--2265216	171	7.5	170	77	5	1059	34	13	14	38	1.85
2265071--2265360	144	2.0	145	81	2	341	34	12	12	40	1.81
2265218--2265616	170	2.3	169	84	4	525	32	14	14	38	1.86
2265475--2265753	145	1.9	145	84	1	371	34	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265620--2268683	341	9.0	340	78	5	2610	33	13	14	38	1.85
2265620--2268683	171	18.0	171	78	4	2542	33	13	14	38	1.85
2282434--2283936	342	4.4	335	78	5	1189	32	15	14	36	1.89
2282442--2283974	171	9.0	168	74	9	853	32	15	14	37	1.88
2285230--2288050	171	16.6	170	75	7	2028	31	15	15	37	1.89
2285237--2288050	341	8.3	338	76	8	2129	31	15	15	37	1.89
2288710--2292304	341	10.5	341	77	6	2873	32	14	15	38	1.87
2288710--2292304	171	21.1	170	76	6	2914	32	14	15	38	1.87
2288887--2292174	853	3.9	845	75	7	2418	32	14	15	38	1.87
2298148--2298186	19	2.1	19	90	9	62	35	10	0	53	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30