genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224--262	17	2.3	17	86	8	53	61	2	2	33	1.23
307--942	242	2.7	243	80	8	657	45	7	9	37	1.66
503--942	243	1.8	243	86	5	638	45	7	9	37	1.65
11180--11206	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11662--11689	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19031--19064	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
22073--22225	13	11.8	13	68	25	60	26	5	15	52	1.64
22078--22191	9	12.3	9	68	23	60	26	5	15	52	1.64
22068--22207	51	2.8	50	89	2	201	25	6	16	51	1.68
22473--22642	42	4.0	42	100	0	340	40	12	18	28	1.87
23245--23282	18	2.1	18	100	0	76	57	5	15	21	1.57
23712--23824	56	2.0	56	100	0	226	35	21	15	27	1.94
29949--30000	18	2.8	18	74	5	50	59	1	5	32	1.32
30150--30174	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
38337--38407	22	3.2	22	79	13	74	36	14	5	43	1.68
40319--40344	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
43301--43341	21	2.0	21	85	9	57	70	0	17	12	1.16
44628--45274	132	4.9	132	95	1	1104	27	19	24	28	1.98
45339--45576	132	1.8	132	85	5	338	29	17	25	27	1.97
45030--45629	309	1.9	308	85	4	807	28	17	24	29	1.97
46899--46951	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
48988--49030	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49066--49108	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
54212--54237	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
61055--61095	21	1.9	22	85	5	57	68	7	14	9	1.39
61510--61656	43	3.4	43	76	4	136	25	22	17	34	1.95
62848--62881	17	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
68114--68228	51	2.3	51	93	0	194	27	30	0	41	1.56
68229--68293	30	2.2	28	83	10	76	41	0	0	58	0.98
69870--69904	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
73597--73639	19	2.3	19	80	8	52	53	2	2	41	1.26
75537--75595	31	1.9	31	92	0	100	32	10	13	44	1.77
76224--76273	25	2.0	25	100	0	100	44	16	16	24	1.86
80586--80661	30	2.5	30	81	10	75	38	6	10	44	1.65
85742--85843	31	3.3	32	78	9	97	39	8	7	44	1.65
85794--85920	63	2.1	60	80	12	134	41	17	4	36	1.70
86753--86781	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
96632--96692	20	3.1	19	73	15	61	39	3	0	57	1.15
99733--100615	441	2.0	441	99	0	1730	27	17	22	32	1.97
103788--103846	27	2.1	28	81	12	68	32	6	6	54	1.53
104645--104682	11	3.4	11	96	3	67	39	2	0	57	1.12
104664--104730	27	2.5	27	85	0	80	34	1	5	58	1.32
111811--111851	18	2.4	17	92	8	73	12	17	36	34	1.87
112420--112778	129	2.8	128	75	10	306	25	11	19	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112660--112920	122	2.1	123	80	4	305	26	12	16	44	1.83
121728--122017	118	2.4	119	82	6	320	26	11	17	44	1.83
121808--122057	122	2.0	123	79	3	270	26	14	17	42	1.86
126267--126307	18	2.4	17	92	8	73	12	17	36	34	1.87
141092--141493	117	3.4	119	78	10	380	28	13	16	41	1.86
140952--141493	239	2.2	242	79	9	534	27	12	17	42	1.85
142838--144954	720	2.9	720	89	3	3095	26	19	19	34	1.96
147687--147780	37	2.6	38	81	5	104	14	14	40	29	1.87
147687--147767	36	2.2	36	84	4	99	16	16	37	30	1.90
152084--152125	21	2.0	21	95	0	75	28	35	4	30	1.78
155424--155566	67	2.1	70	87	6	204	25	11	18	44	1.84
163727--163752	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
163944--163986	21	2.0	21	86	9	59	44	2	0	53	1.13
173951--173983	7	4.7	7	100	0	66	60	15	12	12	1.59
173938--173986	21	2.4	20	80	6	62	65	18	8	8	1.44
174676--174763	31	2.9	29	70	17	72	43	13	9	34	1.76
177035--177103	27	2.6	25	77	9	66	27	1	4	66	1.19
183529--183586	29	2.0	29	86	0	80	43	6	15	34	1.74
185694--185982	144	2.0	144	99	0	569	20	16	20	42	1.89
188485--188534	17	3.1	16	80	16	50	64	2	0	34	1.05
188795--188852	28	2.1	28	87	6	82	51	3	0	44	1.18
189988--190014	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204893--204970	31	2.6	30	84	8	97	56	8	6	28	1.55
204943--204988	24	1.9	24	82	8	58	56	13	4	26	1.55
209917--210016	42	2.4	42	87	0	146	20	26	15	39	1.91
214219--214257	20	2.0	20	85	10	53	33	23	5	38	1.77
222787--222815	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
225157--225195	21	1.9	20	85	15	53	17	28	12	41	1.87
227556--227622	34	1.9	35	87	3	100	32	8	13	44	1.75
237935--238015	40	2.0	40	97	0	153	35	11	13	39	1.80
240321--240387	29	2.3	28	82	7	80	52	4	11	31	1.58
250172--250206	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
253709--253963	127	2.0	128	99	0	503	44	14	5	35	1.68
268381--268419	19	2.0	20	90	5	62	28	5	10	56	1.54
268549--268622	36	2.1	36	84	0	94	37	10	16	35	1.83
270773--270807	17	2.1	17	100	0	70	28	14	17	40	1.88
281917--281960	23	1.9	22	90	9	70	56	0	0	43	0.99
289720--289765	22	2.1	22	84	8	58	34	30	17	17	1.93
293885--293943	19	3.4	19	68	22	65	59	3	22	15	1.51
293881--293947	33	2.0	33	100	0	134	55	5	20	17	1.63
294970--295612	210	3.1	210	95	0	1182	31	20	18	30	1.96
295480--295746	133	2.0	134	94	2	466	29	22	17	30	1.97
295270--295956	343	2.0	344	96	1	1263	31	20	17	30	1.96
295060--296155	553	2.0	553	92	2	1853	31	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295613--296097	210	2.3	210	96	0	871	31	20	17	30	1.96
295613--296226	210	2.9	210	88	2	637	32	21	17	28	1.96
300385--300594	42	5.0	42	98	0	393	26	6	30	36	1.81
304650--304714	32	2.0	34	87	6	98	61	4	1	32	1.26
305383--305442	30	2.0	31	86	3	86	63	3	1	31	1.20
305566--305599	13	2.6	14	86	13	54	79	0	0	20	0.73
305583--305657	32	2.4	29	75	14	69	72	4	6	17	1.23
312245--313733	210	7.2	209	83	7	1630	32	19	17	30	1.95
312622--313669	210	5.0	210	93	0	1650	32	19	17	30	1.95
323301--324919	210	7.7	210	88	1	2192	32	17	18	30	1.95
323413--325209	630	2.9	627	82	5	1625	32	19	18	29	1.95
328477--328719	43	5.7	42	83	2	288	28	32	17	21	1.96
328477--328739	86	3.1	85	82	7	327	29	32	17	20	1.96
330139--330175	16	2.3	16	100	0	74	40	16	18	24	1.90
331584--331664	41	1.9	43	85	5	112	61	1	1	35	1.12
333227--333266	14	2.9	14	84	0	62	40	47	0	12	1.41
333441--333505	14	4.6	14	79	5	69	35	38	0	26	1.57
333441--333519	28	2.8	29	82	3	81	37	39	0	22	1.55
333592--333629	14	2.7	14	91	0	67	44	28	0	26	1.54
333918--334114	41	4.8	40	86	6	261	32	27	21	17	1.96
340181--341786	210	7.6	210	89	1	2182	33	18	18	30	1.95
342244--342918	210	3.2	210	91	0	1017	31	18	19	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347950--347976	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
348373--348397	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
355653--355681	5	5.8	5	100	0	58	20	17	20	41	1.90
363094--363157	34	2.0	31	82	14	76	46	28	6	18	1.73
368413--368474	31	2.0	31	83	0	79	37	9	12	40	1.77
370961--371025	33	1.9	34	84	9	89	33	20	16	29	1.95
378898--379009	59	1.9	60	83	3	147	50	8	15	25	1.72
378897--379064	58	2.9	57	79	8	153	52	8	14	23	1.69
382836--382971	60	2.3	58	81	6	150	52	10	16	21	1.73
389314--389344	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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