genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8480830--8480881	23	2.2	24	86	10	72	19	0	7	73	1.07
8489245--8489299	27	2.0	27	92	0	92	34	21	9	34	1.85
8498052--8498159	41	2.6	43	83	8	141	30	25	18	25	1.98
8508880--8508930	3	17.3	3	95	4	95	31	0	0	68	0.90
8509462--8509541	22	3.3	22	66	21	61	47	2	1	48	1.23
8519714--8519764	22	2.3	22	82	3	66	45	17	5	31	1.72
8527070--8527094	13	1.9	13	100	0	50	64	0	28	8	1.22
8531990--8532025	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
8532350--8532410	31	2.0	31	83	0	77	37	4	11	45	1.62
8535491--8536556	539	2.0	539	89	0	1650	38	15	22	23	1.92
8538986--8539242	128	2.0	129	92	0	426	33	14	24	28	1.94
8544441--8544629	41	4.5	42	82	5	192	27	23	19	29	1.98
8551625--8551803	42	4.3	42	82	2	200	27	18	21	32	1.97
8551621--8551797	84	2.1	83	86	3	239	27	19	20	32	1.97
8555215--8555281	29	2.3	29	81	0	80	20	22	22	34	1.97
8558151--8558183	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8565319--8565464	33	4.4	33	76	6	107	30	25	12	31	1.92
8565317--8565511	101	1.9	101	86	2	275	30	24	13	31	1.94
8574617--8574676	21	2.9	21	92	0	93	50	16	21	11	1.77
8578480--8578514	15	2.3	15	95	0	61	65	17	0	17	1.27
8578521--8578557	13	2.7	14	80	20	51	64	8	5	21	1.40
8578763--8578806	21	2.1	21	82	0	52	52	2	4	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8579840--8579881	22	1.9	22	85	9	59	73	2	2	21	1.06
8581976--8582000	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8583058--8583102	18	2.3	20	88	11	67	17	2	4	75	1.07
8596458--8596517	18	3.1	18	79	18	50	3	23	1	71	1.10
8601830--8602511	363	1.9	362	98	0	1310	24	22	19	32	1.97
8607090--8607120	16	1.9	16	93	0	53	38	22	9	29	1.86
8608913--8608952	20	2.0	20	95	0	71	37	25	7	30	1.83
8611406--8611467	7	9.3	7	75	19	53	20	4	0	74	1.00
8614769--8614817	15	3.3	14	83	11	62	12	6	24	57	1.58
8615513--8615541	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
8615848--8615897	18	3.0	17	85	8	59	40	2	2	56	1.22
8616167--8616208	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8616158--8616199	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8616353--8616443	45	2.0	44	85	10	123	39	28	3	28	1.72
8616422--8616491	16	4.4	16	92	0	104	27	34	2	35	1.72
8621219--8621252	8	4.1	8	88	3	50	17	0	0	82	0.67
8626520--8626646	60	2.1	59	88	5	193	40	30	7	20	1.81
8626520--8626690	59	2.9	60	83	7	190	40	29	7	22	1.81
8626518--8626716	30	6.7	30	73	14	137	40	28	9	21	1.84
8633474--8633561	44	2.0	44	97	0	167	37	6	13	42	1.71
8640750--8640778	12	2.5	12	94	5	51	24	34	0	41	1.55
8648153--8648182	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8649143--8649779	44	14.8	43	69	13	305	26	20	20	32	1.98
8649141--8649558	129	3.2	129	92	0	674	25	21	21	31	1.98
8649143--8649775	85	7.4	84	74	9	354	26	20	20	31	1.98
8649316--8649772	214	2.1	214	89	0	689	26	20	20	32	1.98
8649141--8649731	129	4.6	129	86	3	642	25	21	20	32	1.98
8649530--8649778	129	1.9	129	90	0	399	28	20	19	32	1.97
8649772--8650145	45	8.4	45	80	3	389	28	26	16	28	1.97
8649762--8650159	134	3.0	134	81	2	444	28	26	17	27	1.97
8651099--8651137	5	7.6	5	82	5	51	0	17	2	79	0.84
8651099--8651137	16	2.5	16	91	4	62	0	17	2	79	0.84
8655512--8655567	26	2.0	29	86	10	82	64	3	7	25	1.35
8656871--8656897	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
8660708--8660901	64	3.0	64	100	0	388	26	23	18	31	1.97
8666057--8666094	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
8666307--8666353	16	2.9	16	93	0	76	19	31	8	40	1.81
8666760--8666821	30	2.1	30	96	0	115	30	3	8	58	1.43
8666797--8666966	84	2.0	83	93	1	286	25	5	12	57	1.56
8675741--8675803	32	2.0	32	93	3	110	46	11	9	33	1.72
8680927--8680969	12	3.5	13	84	9	54	2	18	4	74	1.10
8681495--8681559	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
8683184--8683513	164	2.0	165	99	0	653	37	13	7	41	1.72
8690447--8690500	27	2.0	27	85	10	74	50	3	3	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8692039--8692087	24	2.0	24	100	0	98	38	4	20	36	1.72
8694508--8694623	40	3.0	40	82	7	139	37	21	16	25	1.94
8694681--8694872	41	4.7	41	87	5	248	17	19	30	31	1.95
8694675--8694872	81	2.4	80	84	5	247	17	19	31	31	1.95
8700348--8700475	43	3.0	43	92	0	202	20	19	33	26	1.96
8700448--8700505	30	1.9	30	96	0	107	24	22	31	22	1.99
8700405--8700548	73	2.0	73	94	0	252	21	20	33	25	1.97
8700478--8700581	43	2.4	43	93	0	172	23	20	33	23	1.97
8700362--8700578	116	1.9	116	91	0	353	21	20	33	24	1.97
8704071--8704172	42	2.4	43	86	3	134	22	18	25	33	1.97
8704161--8704355	43	4.5	43	93	0	300	24	40	18	16	1.91
8704363--8704444	42	2.0	41	82	2	101	35	28	15	20	1.94
8710287--8710340	24	2.2	25	86	3	74	25	22	5	46	1.73
8713050--8713106	9	6.6	9	91	4	91	78	8	0	12	0.95
8714379--8715277	100	9.0	100	86	0	1165	29	22	22	26	1.99
8714382--8715282	50	18.1	49	66	5	343	29	22	22	26	1.99
8715301--8715707	44	9.5	43	69	10	208	31	21	20	26	1.98
8715289--8715573	129	2.2	129	91	2	457	31	22	20	25	1.98
8715474--8715649	85	2.1	85	91	0	271	30	22	19	27	1.98
8715342--8715751	129	3.2	125	80	6	340	30	21	20	27	1.98
8715644--8715807	85	1.9	85	82	0	202	30	17	21	31	1.96
8715301--8715839	214	2.5	213	82	4	681	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8722402--8722470	29	2.4	30	78	7	88	30	15	14	39	1.88
8724176--8724409	41	5.7	41	95	0	396	31	29	20	17	1.96
8728124--8729067	473	2.0	474	95	0	1710	27	17	18	35	1.94
8732864--8732902	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
8736489--8736541	26	2.0	26	92	0	88	33	20	18	26	1.96
8737922--8737965	13	3.5	12	84	9	61	77	4	18	0	0.94
8737917--8738008	6	14.8	6	72	18	64	80	2	14	3	0.93
8737948--8738009	19	2.8	24	68	27	64	79	1	12	6	1.00
8737957--8738007	19	2.8	18	91	5	77	80	0	13	5	0.89
8738295--8738590	97	2.9	99	84	6	362	29	15	8	47	1.73
8739304--8739970	46	14.5	46	90	0	974	25	16	28	29	1.97
8741649--8741734	43	2.0	43	97	0	163	25	15	4	54	1.60
8746121--8746170	25	2.0	25	84	0	64	56	16	10	18	1.67
8750494--8750523	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
8750570--8750613	20	2.2	20	88	4	63	63	9	22	4	1.42
8751806--8751904	40	2.5	40	71	5	101	51	2	3	43	1.28
8752601--8752630	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
8752965--8753024	28	2.2	28	96	3	113	36	11	16	35	1.85
8754286--8754367	23	3.6	23	88	3	103	8	10	29	51	1.67
8754277--8754381	46	2.3	46	83	8	133	10	9	29	50	1.68
8754309--8754383	23	3.3	22	82	14	80	9	10	28	52	1.67
8754375--8754433	24	2.5	24	80	0	73	28	15	10	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8760303--8760638	72	4.7	72	88	3	466	24	6	15	53	1.65
8763799--8763856	18	3.4	18	66	22	52	44	22	1	31	1.63
8763798--8763863	33	2.0	33	96	0	123	43	24	1	30	1.63
8765491--8765519	14	2.1	14	100	0	58	6	34	20	37	1.80
8770450--8770504	3	18.7	3	75	17	53	32	0	3	63	1.12
8770524--8770556	16	2.1	16	100	0	66	36	18	6	39	1.75
8772728--8772774	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
8775415--8775457	17	2.5	17	92	3	68	81	0	16	2	0.79
8775427--8775459	11	3.0	11	87	12	50	81	0	18	0	0.68
8777567--8778153	87	6.7	87	89	0	913	29	22	23	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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