genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24521593--24521663	20	3.7	20	67	27	55	29	2	15	52	1.57
24521893--24521923	9	3.4	9	90	0	53	25	12	19	41	1.87
24521977--24522013	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
24524352--24524547	50	3.9	50	82	0	239	20	29	22	27	1.99
24531937--24532168	50	4.8	50	75	11	189	20	28	21	28	1.98
24532046--24532124	39	2.0	39	90	0	122	18	31	17	31	1.95
24531996--24532163	89	1.9	89	89	0	264	20	30	22	27	1.98
24536005--24536050	24	1.9	24	86	0	65	13	43	8	34	1.74
24536563--24536626	29	2.3	29	84	10	82	25	1	17	56	1.50
24536557--24536631	29	2.6	29	80	4	80	25	1	17	56	1.49
24536640--24536666	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
24542743--24542767	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
24544294--24544334	5	8.4	5	79	15	50	60	2	0	36	1.10
24544299--24544335	19	1.9	19	89	10	58	59	2	0	37	1.12
24546016--24546092	17	4.3	17	71	19	59	42	5	2	49	1.39
24546587--24546611	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
24548758--24548797	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
24548833--24548895	31	2.1	31	90	3	101	23	3	12	60	1.47
24549285--24549323	21	2.0	20	85	10	53	51	7	12	28	1.67
24551760--24552006	120	2.1	120	100	0	494	48	22	8	21	1.76
24551760--24552060	120	2.5	118	87	5	302	49	21	7	21	1.74
24552487--24552560	25	2.9	26	81	4	87	36	21	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24552484--24552546	26	2.5	26	86	2	92	33	23	19	23	1.97
24556908--24556961	26	2.1	26	82	0	63	42	12	9	35	1.75
24560207--24560710	114	4.4	114	90	0	742	25	22	26	25	2.00
24562512--24562541	8	3.6	8	91	8	51	26	0	33	40	1.57
24563558--24563615	31	1.9	30	92	3	98	41	13	0	44	1.44
24563576--24563666	18	4.9	18	75	19	89	43	13	0	42	1.43
24563589--24563691	41	2.5	42	85	9	158	43	11	0	44	1.40
24564670--24564864	9	21.6	9	71	19	95	45	14	0	39	1.50
24564675--24564707	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
24564716--24564827	31	3.8	31	86	11	171	48	11	0	40	1.40
24564713--24564852	31	5.0	27	81	14	133	47	12	0	40	1.46
24564713--24564855	57	2.5	58	89	4	211	46	12	0	39	1.47
24571882--24571918	19	1.9	19	89	10	58	32	5	2	59	1.34
24571962--24572010	24	2.0	25	96	4	91	12	8	28	51	1.68
24572126--24572304	43	4.2	42	82	10	211	24	21	19	34	1.96
24572142--24572304	85	1.9	87	87	5	242	22	20	20	36	1.95
24583729--24583773	22	2.0	23	83	12	58	68	0	0	31	0.89
24584449--24584493	5	9.0	5	100	0	90	40	0	0	60	0.97
24584542--24584828	142	2.0	143	99	0	567	25	17	9	48	1.76
24586594--24586633	13	3.0	13	85	7	53	70	0	0	30	0.88
24593840--24594236	127	3.2	126	92	2	640	32	17	21	29	1.96
24599278--24599309	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24599479--24599516	20	1.9	20	84	10	51	55	10	2	31	1.48
24600284--24600346	11	5.6	12	83	9	53	44	1	30	23	1.63
24611705--24611792	23	3.8	23	69	23	67	31	21	28	18	1.97
24611786--24611843	26	2.3	26	93	3	100	37	24	22	15	1.93
24611786--24611854	26	2.7	26	88	6	88	37	21	23	17	1.94
24612571--24612618	22	2.2	22	96	0	87	54	18	8	18	1.68
24618588--24618618	14	2.2	14	100	0	62	48	12	16	22	1.80
24618552--24618659	55	2.0	54	90	1	171	37	23	15	23	1.93
24618602--24618684	41	2.0	41	100	0	166	34	24	16	24	1.95
24624910--24624981	26	2.8	26	87	6	112	30	25	29	15	1.96
24645044--24645176	70	1.9	67	87	4	194	42	13	12	31	1.81
24646686--24646759	20	3.7	20	81	0	94	9	28	21	40	1.84
24653981--24654152	72	2.4	71	81	11	192	29	23	24	23	1.99
24655072--24655148	40	2.0	40	85	12	106	20	2	37	38	1.67
24657974--24658046	33	2.3	31	86	6	94	19	19	23	38	1.93
24671078--24671144	21	3.2	21	75	8	64	31	17	47	2	1.63
24671365--24671398	14	2.4	14	100	0	68	11	8	23	55	1.63
24676734--24676998	42	6.3	42	77	3	273	24	26	25	23	2.00
24677493--24677559	29	2.3	27	80	14	64	31	1	17	49	1.56
24680171--24680199	14	2.0	15	93	6	51	41	13	0	44	1.44
24681301--24681331	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
24693211--24693289	27	2.9	27	82	0	104	18	22	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24696233--24696684	51	8.9	51	77	6	427	29	25	14	29	1.95
24696234--24696684	102	4.4	102	90	1	631	29	25	14	29	1.95
24702646--24702699	3	18.3	3	77	11	58	0	38	0	61	0.96
24702636--24702699	29	2.2	29	83	10	78	0	37	0	62	0.95
24703754--24703817	32	2.0	33	85	14	89	67	3	4	25	1.25
24703774--24703826	25	2.1	25	82	0	61	67	3	3	24	1.23
24705092--24705134	22	1.9	22	85	4	59	20	51	9	18	1.74
24705321--24705372	25	2.0	26	85	3	70	46	15	9	28	1.77
24709294--24709363	29	2.3	30	80	11	81	47	15	11	25	1.79
24709730--24709768	20	2.0	20	90	5	62	38	10	7	43	1.67
24709876--24709923	22	2.1	23	88	3	71	47	0	2	50	1.12
24710357--24710391	18	1.9	18	88	11	54	62	2	2	31	1.24
24718321--24718446	19	6.7	18	73	14	96	33	3	0	62	1.16
24718320--24718446	29	4.5	28	73	13	118	33	3	0	62	1.17
24718321--24718448	9	13.7	9	71	16	82	33	3	0	62	1.16
24718608--24718782	86	2.1	83	80	7	192	34	9	17	37	1.83
24718994--24719231	86	2.8	84	78	9	243	37	15	12	34	1.85
24719336--24719396	10	6.3	10	78	14	65	73	3	0	22	0.97
24719336--24719396	11	6.2	11	76	18	55	73	3	0	22	0.97
24719450--24719497	19	2.6	18	83	9	60	27	4	0	68	1.07
24721465--24721532	16	4.3	15	75	5	55	35	11	16	36	1.85
24722922--24723068	43	3.4	43	95	0	258	40	15	14	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24723605--24723634	12	2.5	12	94	0	51	33	0	3	63	1.11
24725523--24725614	22	4.2	22	84	5	132	31	28	0	40	1.57
24728496--24728753	138	1.9	138	87	1	383	34	21	14	29	1.93
24729665--24729868	90	2.3	90	83	5	236	36	20	10	32	1.87
24729963--24730008	19	2.4	19	92	0	74	60	0	6	32	1.22
24729973--24730025	19	2.8	19	82	0	52	62	1	3	32	1.24
24729983--24730051	29	2.4	29	83	11	81	63	1	4	30	1.22
24729965--24730051	10	9.2	9	69	12	50	62	1	5	31	1.26
24730149--24730212	19	3.4	19	76	6	58	64	4	6	25	1.37
24730151--24730222	20	3.7	20	75	3	74	68	4	4	23	1.25
24730493--24730564	27	2.6	28	80	12	94	36	4	0	59	1.17
24730460--24730550	47	1.9	48	84	6	123	36	2	2	59	1.22
24730452--24730562	46	2.4	46	77	7	118	36	3	1	58	1.26
24734914--24735021	11	9.6	11	73	18	57	33	2	0	62	1.15
24734902--24735031	39	3.4	39	93	4	228	29	2	0	67	1.08
24735058--24735087	15	1.9	16	93	6	53	0	30	60	10	1.30
24741816--24742107	153	1.9	152	91	2	478	40	17	15	26	1.89
24743268--24743323	21	2.8	19	76	10	58	21	0	8	69	1.15
24743278--24743318	12	3.7	12	78	18	52	24	0	7	68	1.15
24750320--24750540	9	23.3	9	65	25	50	58	0	5	34	1.26
24750320--24750414	29	3.3	28	75	17	81	55	1	6	36	1.32
24750464--24750515	8	6.4	8	80	10	61	71	0	3	25	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24750463--24750515	26	2.0	26	85	7	72	71	0	3	24	1.02
24750471--24750520	17	3.0	17	76	23	61	68	0	6	26	1.13
24763314--24763372	28	2.1	29	90	3	93	10	13	10	66	1.46
24765364--24765434	19	3.7	19	71	17	65	60	4	0	35	1.16
24766758--24766806	17	2.9	17	96	0	89	38	14	6	40	1.71
24768593--24768637	22	2.0	23	91	4	74	42	11	4	42	1.60
24768653--24768687	17	2.1	17	88	0	52	17	5	5	71	1.25
24778411--24778470	17	3.5	17	71	13	52	18	15	31	35	1.91
24782104--24782136	17	1.9	17	93	0	57	21	21	24	33	1.97
24783770--24784507	246	2.9	248	86	3	960	21	18	20	39	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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