genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   

This is table  6  of  109  ( 13028 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1880613--1880742	37	3.3	39	78	7	147	31	23	19	25	1.98
1881662--1881752	35	2.6	36	77	10	98	43	4	2	49	1.34
1886419--1886454	18	2.1	17	94	5	63	27	5	13	52	1.63
1887622--1887647	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1889969--1890016	20	2.3	22	75	14	55	45	0	0	54	0.99
1889977--1890014	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
1895220--1895292	29	2.4	30	84	9	94	32	5	13	47	1.66
1895422--1895541	31	3.9	31	79	10	99	45	7	6	40	1.59
1896468--1896518	11	4.5	11	77	18	50	35	0	1	62	1.06
1896481--1896566	20	4.2	20	73	11	77	36	1	6	55	1.34
1899150--1899187	16	2.5	15	91	4	58	60	0	0	39	0.97
1903356--1903411	27	2.1	27	82	0	67	48	0	35	16	1.46
1913704--1913748	2	23.5	2	91	8	76	0	48	0	51	1.00
1925368--1925544	69	2.6	69	86	1	239	37	11	23	27	1.89
1930986--1931053	33	2.1	33	100	0	136	42	13	26	17	1.86
1931027--1931316	69	4.2	69	92	0	454	37	13	24	24	1.91
1940877--1940933	26	2.2	26	84	9	71	59	0	7	33	1.24
1941163--1941225	29	2.2	29	85	0	81	52	3	1	42	1.27
1941463--1941509	20	2.3	20	82	13	53	61	2	0	36	1.08
1945974--1946288	69	4.6	69	90	0	468	36	13	24	24	1.92
1947000--1947028	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1956866--1956910	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1963088--1963237	44	3.5	42	78	10	144	26	24	20	28	1.99
1963526--1963580	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
1968346--1968385	6	6.7	6	100	0	80	70	15	0	15	1.18
1968346--1968419	12	6.3	12	80	12	64	72	9	5	12	1.25
1968346--1968419	18	4.2	18	77	6	71	72	9	5	12	1.25
1970715--1970771	12	4.8	11	77	10	51	75	8	3	12	1.16
1970708--1970790	42	2.0	42	85	4	114	79	6	6	8	1.05
1970709--1970766	30	1.9	30	86	6	82	77	8	3	10	1.10
1971650--1971678	14	2.0	15	93	6	51	68	0	17	13	1.20
1972970--1974122	44	26.7	43	68	11	299	29	20	23	27	1.99
1972915--1974119	218	5.6	218	87	2	1298	29	20	23	26	1.99
1973578--1974120	85	6.4	85	77	7	282	29	22	20	27	1.98
1973635--1973907	128	2.1	128	91	0	447	30	21	20	27	1.98
1973798--1973995	85	2.3	85	92	0	324	29	20	20	29	1.98
1973883--1974122	128	1.9	128	91	0	390	28	22	21	27	1.99
1973878--1974146	128	2.1	129	86	2	380	28	22	20	28	1.98
1974858--1974890	10	3.3	10	88	12	50	9	9	0	81	0.87
1978410--1978462	25	2.1	25	82	0	61	49	3	1	45	1.31
1982834--1982864	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
1990349--1990390	15	2.9	15	80	16	52	40	0	2	57	1.12
1990942--1990983	20	2.1	20	86	8	59	59	4	4	30	1.39
1994962--1995004	16	2.6	16	85	10	52	37	0	4	58	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1994958--1995004	17	2.8	17	78	15	53	36	0	4	59	1.17
1996107--1996184	40	2.0	40	82	7	97	32	5	19	43	1.73
2003291--2003337	21	2.2	21	81	7	51	61	10	0	27	1.29
2003794--2003864	35	2.0	35	100	0	142	49	8	16	25	1.74
2012013--2012068	12	4.5	12	72	14	51	26	17	8	46	1.78
2017174--2017216	6	6.8	6	87	10	50	23	0	0	76	0.78
2017984--2018008	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2031042--2031105	28	2.3	28	88	0	92	54	1	9	34	1.42
2032489--2032532	22	2.0	22	95	0	79	59	11	18	11	1.61
2032649--2032691	22	2.0	22	100	0	86	65	11	13	9	1.48
2032430--2032844	164	2.4	169	93	4	687	47	16	10	25	1.78
2032747--2032781	11	3.2	11	100	0	70	34	8	11	45	1.71
2038639--2038693	27	2.0	27	96	0	101	40	23	9	27	1.85
2045543--2045585	19	2.3	19	84	8	52	51	9	0	39	1.34
2045588--2045650	21	3.0	21	71	13	58	44	1	0	53	1.10
2048303--2048347	20	2.2	20	96	0	81	20	31	44	4	1.71
2050871--2050912	16	2.6	16	78	14	50	14	26	0	59	1.35
2059254--2059283	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2061043--2061205	81	2.0	82	98	1	319	36	6	7	49	1.56
2061290--2061355	31	2.1	31	94	0	114	30	4	10	54	1.54
2065297--2065324	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
2068915--2068966	21	2.5	21	90	0	77	50	5	38	5	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070221--2070263	21	2.0	22	86	13	63	34	9	2	53	1.46
2072703--2072751	24	2.0	24	100	0	98	32	16	8	42	1.77
2077483--2077513	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
2078798--2078826	11	2.5	12	94	5	51	72	6	0	20	1.07
2085252--2085324	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
2097169--2097234	31	2.2	30	84	7	82	33	7	15	43	1.74
2097195--2097251	29	1.9	30	85	3	80	31	14	17	36	1.89
2097441--2097504	31	2.1	30	85	5	85	43	15	9	31	1.78
2098367--2098391	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2104605--2104725	26	4.4	26	67	15	91	43	4	4	47	1.44
2104584--2104757	84	2.1	85	98	1	341	43	5	5	44	1.51
2107153--2107192	20	2.0	20	85	0	53	57	0	5	37	1.21
2116316--2116345	10	2.9	10	95	5	51	86	0	3	10	0.67
2120235--2120274	17	2.2	17	86	8	53	52	0	15	32	1.43
2120951--2121454	252	2.0	244	83	8	635	48	14	11	25	1.77
2128466--2128511	20	2.4	19	82	13	58	60	4	0	34	1.16
2130191--2130223	13	2.5	13	95	0	57	9	33	36	21	1.85
2133411--2133447	18	2.1	17	90	5	56	56	0	0	43	0.99
2135311--2135341	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2135394--2135430	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2136257--2136287	5	6.2	5	100	0	62	19	19	19	41	1.90
2139456--2139520	34	1.9	34	84	6	87	36	18	16	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161269--2161339	31	2.2	32	85	2	90	45	9	18	26	1.81
2161280--2161364	32	2.9	28	74	17	75	43	12	15	28	1.83
2163959--2163994	3	12.0	3	88	11	56	66	0	2	30	1.06
2168046--2168187	70	2.0	70	98	0	275	37	14	16	32	1.88
2171318--2171524	114	1.8	115	98	1	407	29	7	10	52	1.63
2177259--2177305	21	2.2	22	84	3	60	74	0	0	25	0.82
2190185--2190259	28	2.7	28	77	8	89	53	1	12	33	1.46
2197845--2198221	195	1.9	196	85	3	528	42	19	7	29	1.79
2202592--2202616	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2202512--2202669	85	1.9	85	86	5	230	32	6	17	42	1.76
2213791--2214005	57	3.8	56	84	5	179	37	18	21	22	1.94
2213847--2214011	57	2.9	57	88	3	233	38	19	20	21	1.94
2214620--2214656	18	2.1	18	100	0	74	32	10	21	35	1.88
2218976--2219001	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2223495--2223533	19	2.0	20	85	5	53	43	2	2	51	1.29
2223528--2223588	20	3.1	20	79	13	56	39	3	4	52	1.39
2223526--2223583	29	2.0	29	83	6	73	43	1	5	50	1.35
2227654--2227680	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2229126--2229184	31	1.9	31	89	6	93	25	11	6	55	1.60
2229157--2229195	20	2.0	20	94	0	69	30	12	5	51	1.62
2229277--2229322	22	2.1	22	84	4	58	17	4	2	76	1.06
2229614--2229666	17	3.0	17	76	10	61	56	1	3	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238934--2238959	6	4.3	6	100	0	52	19	34	15	30	1.93
2249936--2249984	21	2.4	21	83	12	59	59	4	0	36	1.17
2249936--2249976	22	1.9	21	85	5	55	63	2	0	34	1.08
2250445--2250476	16	1.9	17	93	6	57	31	12	0	56	1.37
2250869--2251588	242	3.0	242	89	3	1033	19	13	13	53	1.72
2255202--2255238	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2257305--2257998	104	6.6	104	74	8	521	29	12	17	40	1.86
2257307--2257998	211	3.3	210	88	3	998	29	12	17	40	1.87
2262497--2262537	7	5.7	7	94	5	73	87	0	0	12	0.53
2264064--2264103	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109