genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28393772--28393932	84	1.9	84	93	0	277	34	13	28	24	1.92
28396923--28397417	44	10.9	44	74	9	350	32	16	21	29	1.96
28396964--28397413	140	3.3	137	75	8	398	32	16	21	30	1.95
28397054--28397153	51	2.0	51	83	0	128	32	17	21	30	1.95
28399275--28399352	13	5.8	13	75	20	56	19	7	2	70	1.23
28399338--28399404	23	2.9	22	79	14	73	22	11	1	64	1.35
28399397--28399457	27	2.3	27	77	11	72	19	9	3	67	1.34
28399368--28399440	32	2.2	34	82	7	87	20	8	2	68	1.28
28399450--28399479	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
28399368--28399495	59	2.2	57	80	12	138	23	9	1	65	1.30
28399558--28399584	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
28399524--28399567	23	1.9	23	81	9	54	22	6	4	65	1.35
28406907--28406955	24	2.0	24	96	0	89	24	6	28	40	1.79
28408556--28408612	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
28409075--28409115	17	2.5	17	88	4	57	51	4	7	36	1.51
28409075--28409130	16	3.4	17	85	4	62	48	5	7	39	1.54
28409262--28409331	16	4.3	16	73	8	52	48	4	5	41	1.46
28415157--28415202	14	3.2	14	84	3	56	54	2	43	0	1.12
28417738--28417802	27	2.4	27	92	2	114	40	0	7	52	1.30
28420403--28420451	18	2.6	18	87	9	62	2	24	2	71	1.07
28420508--28420585	27	2.9	27	75	3	86	24	33	23	19	1.97
28422067--28422118	22	2.4	21	78	6	59	65	9	3	21	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28422315--28422572	75	3.5	74	79	8	224	25	25	10	37	1.88
28422312--28422661	72	4.8	74	78	5	300	26	24	12	36	1.91
28428459--28428502	22	2.0	22	86	4	61	54	4	4	36	1.41
28431184--28431214	10	3.1	10	95	0	53	16	0	45	38	1.47
28432606--28432630	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
28433649--28433742	49	1.9	49	95	0	170	23	25	8	42	1.82
28436016--28436061	14	3.4	14	82	17	62	0	23	0	76	0.79
28436016--28436064	22	2.2	23	88	3	73	0	24	0	75	0.80
28436016--28436061	18	2.6	18	82	10	58	0	23	0	76	0.79
28436572--28436609	13	2.8	14	76	8	51	36	0	0	63	0.95
28436825--28436856	15	2.0	17	88	11	50	50	6	0	43	1.27
28438489--28438534	14	3.4	14	82	17	62	0	23	0	76	0.79
28438489--28438537	22	2.2	23	88	3	73	0	24	0	75	0.80
28438489--28438534	18	2.6	18	82	10	58	0	23	0	76	0.79
28439045--28439082	13	2.8	14	76	8	51	36	0	0	63	0.95
28439298--28439329	15	2.0	17	88	11	50	50	6	0	43	1.27
28440567--28441858	646	2.0	646	100	0	2584	33	8	19	37	1.83
28447257--28447344	40	2.2	41	79	2	97	35	29	19	15	1.93
28447360--28447397	16	2.4	16	100	0	76	31	26	18	23	1.97
28448595--28448704	30	3.8	28	77	9	112	27	24	25	22	2.00
28448824--28448918	26	3.7	26	78	2	111	36	26	23	13	1.92
28449110--28449213	27	3.9	27	75	3	93	21	17	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28449109--28449522	54	7.7	54	77	4	264	23	16	18	40	1.91
28449164--28449557	27	14.7	27	78	7	295	24	16	18	41	1.89
28452711--28452758	18	2.7	17	81	9	60	37	16	4	41	1.68
28456719--28456758	21	1.9	21	89	0	62	55	0	7	37	1.29
28457522--28457567	23	2.0	22	84	12	58	30	0	21	47	1.51
28460084--28460133	23	2.2	23	88	0	73	6	8	12	74	1.22
28460512--28460561	23	2.2	23	100	0	100	28	12	28	32	1.92
28477833--28477907	32	2.3	32	93	0	123	30	22	25	21	1.99
28477856--28478035	32	5.6	31	75	6	130	35	23	20	21	1.96
28478310--28478498	27	7.1	27	80	3	195	24	22	17	34	1.95
28478321--28478498	81	2.2	81	87	5	254	24	21	18	34	1.96
28481280--28481370	35	2.6	34	73	11	87	24	20	23	31	1.98
28481348--28481518	40	4.4	39	80	6	188	22	21	20	35	1.96
28481383--28481559	74	2.4	75	80	4	180	21	22	21	35	1.96
28485247--28485283	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
28486809--28486993	35	5.2	35	67	21	114	24	21	21	32	1.98
28486786--28487036	74	3.4	75	84	6	320	24	21	20	33	1.97
28487685--28487881	97	2.0	97	97	0	367	21	19	23	36	1.95
28491862--28491886	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
28499886--28499925	16	2.5	16	83	0	53	35	5	0	60	1.19
28503559--28503761	99	2.0	100	97	2	383	37	17	9	34	1.83
28504465--28504512	23	2.1	23	100	0	96	31	27	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28512084--28512167	35	2.4	35	85	2	105	17	14	27	40	1.88
28516505--28516562	28	2.0	29	86	3	82	55	8	1	34	1.41
28516515--28516797	100	2.9	96	79	10	288	46	6	3	43	1.46
28518783--28518833	25	2.1	24	89	7	77	64	0	31	3	1.11
28519298--28519400	30	3.2	32	68	15	102	50	9	0	38	1.42
28519306--28519412	30	3.4	30	69	14	97	50	9	1	38	1.46
28519297--28519445	66	2.3	66	100	0	298	47	8	1	42	1.43
28524944--28524994	21	2.4	20	78	12	57	37	13	19	29	1.90
28532132--28532189	18	3.4	18	86	6	68	39	24	6	29	1.81
28535289--28535327	20	1.9	21	84	5	53	61	5	5	28	1.39
28541532--28541569	18	2.1	19	85	5	51	13	7	21	57	1.60
28542295--28542344	3	17.0	3	78	19	52	62	2	2	34	1.18
28542296--28542342	15	3.1	15	82	11	60	61	2	2	34	1.20
28544021--28544220	105	1.9	105	100	0	400	36	19	12	32	1.88
28544703--28544741	12	3.2	12	85	0	51	30	0	20	48	1.50
28546628--28546734	45	2.4	45	82	0	124	24	24	20	30	1.98
28546677--28546982	129	2.4	129	88	1	470	25	20	21	32	1.98
28546677--28547004	45	7.6	45	65	17	138	25	20	21	32	1.98
28546887--28547175	44	6.7	43	71	8	160	23	22	23	30	1.99
28546677--28547042	129	2.8	129	83	4	355	25	21	21	31	1.98
28546966--28547175	87	2.4	87	91	0	339	23	22	22	31	1.98
28547031--28547172	43	3.3	43	71	9	135	23	21	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28548693--28548750	6	9.8	6	77	22	61	3	15	0	81	0.83
28548695--28548738	5	8.8	5	85	7	54	2	15	0	81	0.78
28548695--28548750	11	4.9	11	83	12	69	3	14	0	82	0.81
28548693--28548750	17	3.4	17	82	17	75	3	15	0	81	0.83
28548695--28548750	24	2.4	23	91	8	87	3	14	0	82	0.81
28549368--28549423	28	2.0	28	100	0	112	39	17	21	21	1.93
28552560--28552644	42	2.0	42	97	0	161	41	16	17	24	1.90
28553975--28554001	6	4.5	6	100	0	54	14	0	33	51	1.43
28553972--28554013	16	2.5	17	80	7	50	23	0	26	50	1.50
28559706--28559747	21	2.0	22	95	4	77	71	0	0	28	0.86
28559767--28559811	24	1.9	23	81	4	54	71	2	2	24	1.09
28569815--28569846	3	10.7	3	93	0	55	3	0	65	31	1.08
28569831--28569927	36	2.7	35	87	6	133	14	6	49	29	1.67
28571442--28571517	37	2.0	38	97	2	145	63	7	2	26	1.35
28571878--28571921	22	1.9	24	86	9	65	27	4	9	59	1.48
28571878--28571928	23	2.3	22	80	12	61	29	3	7	58	1.44
28571910--28571951	20	2.0	21	86	13	61	33	0	9	57	1.31
28572113--28572178	31	2.2	31	84	13	84	66	7	1	24	1.26
28580704--28580781	32	2.5	30	80	13	95	52	7	2	37	1.44
28581086--28581357	111	2.5	111	100	0	544	35	12	0	52	1.39
28593092--28593119	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
28593103--28593161	16	3.8	16	70	14	52	28	6	3	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28594798--28594967	84	2.0	85	98	1	333	51	6	4	37	1.49
28606451--28606501	6	8.5	6	85	8	59	78	0	1	19	0.85
28611434--28611466	16	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
28613886--28614588	350	2.0	351	99	0	1399	44	13	10	31	1.78
28621802--28621859	20	2.9	19	74	5	53	65	3	0	31	1.09
28625493--28625527	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
28625785--28625834	21	2.4	21	80	6	57	38	36	24	2	1.67
28625916--28626065	78	1.9	79	95	1	275	40	1	8	50	1.42
28626118--28626432	29	12.5	23	72	23	171	45	26	0	27	1.59
28626159--28626218	21	2.9	21	95	5	104	48	25	0	26	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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