genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   

This is table  26  of  109  ( 13028 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778276--8778581	44	7.2	42	70	15	130	32	22	20	24	1.98
8778269--8778607	127	2.7	127	89	1	500	32	21	21	24	1.98
8780066--8780123	3	19.7	3	80	16	68	32	0	1	65	1.03
8780649--8780698	18	2.7	19	70	14	50	32	12	6	50	1.64
8804368--8804404	18	2.1	17	90	5	56	45	0	2	51	1.15
8805168--8805205	5	7.4	5	96	3	67	21	0	0	78	0.74
8808527--8808872	173	2.0	173	98	1	676	39	6	9	44	1.65
8825980--8826009	12	2.5	12	94	0	51	0	10	3	86	0.67
8829030--8829066	5	7.2	5	90	3	56	21	2	0	75	0.92
8833499--8833524	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8835952--8836180	115	2.0	114	99	0	449	29	12	17	40	1.86
8837298--8837322	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8841068--8841123	27	2.1	27	96	0	103	16	19	55	8	1.67
8844086--8844133	17	2.8	17	87	6	62	52	0	6	41	1.27
8848577--8848737	22	7.0	22	76	10	144	38	18	24	18	1.93
8848574--8848746	47	3.7	47	91	2	271	38	19	24	17	1.92
8848879--8848913	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
8849715--8849758	5	8.8	5	100	0	88	59	0	0	40	0.98
8850502--8850562	25	2.4	25	86	0	77	22	22	16	37	1.93
8855831--8855868	12	3.2	12	81	7	51	18	2	0	78	0.86
8855835--8855868	11	3.0	11	86	4	50	17	2	0	79	0.86
8865421--8865551	45	3.0	44	78	10	117	51	1	9	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8865517--8865565	26	1.9	26	83	4	64	51	2	8	38	1.43
8867060--8867089	15	1.9	16	93	6	53	6	0	33	60	1.23
8867908--8868509	44	13.7	44	64	14	195	27	25	19	27	1.99
8867854--8868515	132	5.0	132	91	0	1011	26	25	19	28	1.98
8868732--8868765	17	2.0	17	88	0	50	0	23	0	76	0.79
8874802--8874932	45	3.0	44	78	10	117	51	1	9	38	1.43
8874898--8874946	26	1.9	26	83	4	64	51	2	8	38	1.43
8876471--8876500	15	1.9	16	93	6	53	6	0	33	60	1.23
8877153--8877185	5	6.6	5	96	0	57	78	0	3	18	0.87
8877827--8877976	76	2.0	77	98	1	293	53	14	4	28	1.60
8877829--8877997	76	2.2	76	90	5	243	55	13	4	26	1.58
8878018--8878047	14	2.1	14	93	0	51	53	6	16	23	1.66
8882159--8882203	22	2.0	23	83	12	58	42	0	0	57	0.98
8882128--8882210	32	2.6	31	87	7	114	40	2	1	55	1.21
8882128--8882220	31	3.0	31	77	14	93	40	2	1	55	1.19
8884595--8884647	22	2.5	22	84	9	65	22	0	5	71	1.06
8889371--8889427	29	2.0	29	89	0	87	21	26	28	24	1.99
8891822--8891856	17	2.1	17	88	0	52	60	14	5	20	1.54
8893070--8893113	23	2.0	22	81	4	52	18	2	13	65	1.36
8893133--8893191	3	19.7	3	76	13	59	28	3	5	62	1.32
8893133--8893205	36	2.0	36	84	5	94	27	6	5	60	1.45
8896775--8896811	19	2.0	18	89	5	56	32	24	8	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8900466--8900540	37	2.0	37	89	5	116	32	17	0	50	1.46
8905060--8905382	44	7.3	43	70	12	188	30	15	20	33	1.94
8904922--8905358	225	1.9	226	84	5	591	32	16	20	31	1.94
8904922--8905413	223	2.2	225	81	5	541	32	16	19	31	1.94
8905397--8905480	44	1.9	44	90	0	132	36	19	15	28	1.92
8911819--8911870	17	3.1	17	82	0	68	32	7	21	38	1.82
8917522--8917591	24	3.0	24	91	2	115	30	7	18	44	1.76
8921679--8921714	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
8921681--8921720	18	2.2	18	90	0	62	32	22	12	32	1.91
8925351--8925405	16	3.4	16	74	0	65	52	5	21	20	1.66
8925334--8925404	32	2.2	32	92	5	117	49	7	21	22	1.73
8925367--8925456	41	2.2	41	92	2	146	47	6	24	21	1.74
8934315--8934387	8	8.2	8	82	14	83	47	1	1	49	1.18
8936023--8936064	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
8936651--8936695	23	2.0	22	82	4	54	20	2	13	64	1.38
8936816--8936849	18	1.9	17	94	5	59	11	11	55	20	1.67
8953902--8953991	37	2.4	38	84	1	110	26	41	14	17	1.88
8958111--8958258	41	3.6	41	91	0	233	29	20	24	25	1.99
8958234--8958285	26	2.0	26	96	0	95	17	19	34	28	1.94
8958264--8958411	43	3.5	43	79	8	144	22	16	24	36	1.94
8962587--8962741	45	3.4	44	85	5	204	40	19	19	21	1.92
8963378--8963408	10	3.0	10	95	4	53	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8963376--8963408	14	2.3	15	94	5	59	24	0	0	75	0.80
8965074--8965121	25	2.0	24	83	4	60	39	6	0	54	1.26
8965194--8965292	51	1.9	51	83	4	128	43	6	13	37	1.68
8967338--8967373	14	2.4	16	78	21	51	38	0	11	50	1.38
8967935--8967976	21	2.0	22	85	4	59	26	2	4	66	1.23
8969247--8969281	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
8972616--8972657	21	2.0	22	90	4	68	38	0	4	57	1.20
8973327--8973375	23	2.1	23	85	7	64	26	0	8	65	1.20
8979183--8979243	30	2.0	31	90	3	97	37	0	42	19	1.52
8979292--8979328	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
8982117--8982640	156	3.3	156	86	3	692	30	22	21	25	1.99
8982824--8982880	21	2.8	19	75	15	51	21	1	24	52	1.56
8983130--8983174	13	3.4	13	84	6	63	13	2	33	51	1.53
8983208--8983252	22	2.0	22	87	8	65	17	6	42	33	1.76
8983489--8983541	21	2.5	21	78	6	63	22	0	24	52	1.47
8983986--8984087	23	4.5	22	69	11	71	24	37	1	36	1.67
8983986--8984087	46	2.2	46	78	0	114	24	37	1	36	1.67
8984473--8985030	295	1.9	295	98	0	1091	20	11	24	43	1.85
8986258--8986533	9	32.4	9	74	13	237	45	21	0	32	1.55
8986268--8986533	25	10.5	25	78	10	215	45	21	0	32	1.55
8986258--8986507	16	14.8	16	73	16	152	46	20	0	32	1.55
8986513--8986591	35	2.3	35	76	8	83	45	16	0	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8988333--8988502	66	2.6	66	86	1	216	38	16	30	15	1.89
8988473--8988564	21	4.4	21	81	0	103	35	15	43	5	1.69
8988885--8989203	43	7.5	43	85	3	396	27	19	28	24	1.99
8995331--8995380	25	2.0	24	85	11	66	36	4	0	60	1.16
8999724--8999803	40	2.0	40	90	0	124	37	21	27	13	1.91
9001406--9001439	17	1.9	18	88	5	52	58	20	2	17	1.51
9001984--9002077	26	3.4	28	79	19	101	61	7	4	26	1.41
9001984--9002064	26	3.2	26	86	10	107	62	7	4	24	1.41
9004471--9004497	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
9013186--9013281	1	96.0	1	70	0	66	85	7	3	4	0.82
9013187--9013271	8	9.9	8	77	17	82	84	8	2	4	0.83
9013208--9013271	8	7.8	8	83	13	85	85	9	3	1	0.76
9013186--9013280	17	5.5	17	80	14	97	85	7	3	4	0.82
9013184--9013281	9	11.1	9	82	10	98	84	8	3	4	0.84
9013199--9013271	33	2.2	33	87	4	103	84	8	2	4	0.83
9014135--9015359	75	15.9	76	85	5	1309	27	17	20	34	1.95
9014138--9015359	156	7.9	153	80	8	1256	27	17	20	34	1.95
9015528--9015699	30	5.8	30	80	5	152	30	23	5	40	1.76
9015528--9015697	89	1.9	89	80	4	200	31	22	5	40	1.76
9016037--9016066	3	10.0	3	92	0	51	63	0	36	0	0.95
9016308--9016354	14	3.4	13	80	19	51	25	42	31	0	1.55
9016383--9016472	11	7.9	11	76	11	83	81	0	18	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9016398--9016474	9	8.1	9	82	16	68	79	0	20	0	0.74
9016387--9016474	32	2.8	31	79	16	108	80	0	19	0	0.71
9016609--9016639	14	2.3	13	94	5	53	29	0	0	70	0.87
9016789--9016897	21	5.4	20	69	21	75	33	12	11	43	1.78
9017075--9017636	18	31.2	18	68	21	158	33	11	11	43	1.77
9017092--9017150	19	3.2	19	88	9	86	38	15	6	38	1.74
9017356--9017441	44	2.0	44	88	4	129	37	6	12	43	1.70
9017473--9017636	17	9.2	18	68	18	85	33	12	12	42	1.79
9017467--9017527	19	3.3	19	70	11	54	32	16	8	42	1.78
9017483--9017600	53	2.2	52	82	5	139	32	11	12	43	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109