genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26991868--26991934	23	2.9	23	95	0	116	29	29	4	35	1.77
26993014--26993073	20	3.1	19	80	2	57	40	1	6	51	1.38
26995649--26995734	43	2.0	43	97	0	163	38	20	29	11	1.88
26997110--26997302	44	4.5	43	72	10	142	30	22	18	29	1.97
26997329--26997753	45	9.5	45	78	10	378	30	24	17	27	1.97
26997329--26997753	89	4.7	90	74	10	322	30	24	17	27	1.97
27011758--27011789	5	6.2	5	96	3	55	3	59	37	0	1.13
27012626--27012673	19	2.6	18	75	15	53	37	0	2	60	1.09
27012627--27012666	18	2.2	18	86	8	55	37	0	2	60	1.11
27019487--27019563	25	3.0	25	81	7	84	25	16	19	37	1.93
27031200--27031280	41	2.0	42	95	2	146	28	14	18	38	1.90
27040903--27041016	43	2.7	43	82	5	126	33	28	19	19	1.96
27045568--27045919	174	2.0	175	99	0	697	38	7	7	46	1.61
27051137--27051193	30	1.9	30	86	10	82	59	3	1	35	1.25
27054876--27054914	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27076533--27076699	63	2.6	63	76	6	158	22	26	25	26	2.00
27079229--27079266	21	1.9	20	89	10	60	71	0	0	28	0.87
27086177--27086218	16	2.6	16	92	0	66	33	0	35	30	1.58
27086452--27086533	15	5.9	15	69	22	63	51	1	0	47	1.08
27086599--27086886	91	3.0	93	83	6	325	48	4	2	44	1.35
27086699--27086759	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
27086706--27086849	47	3.1	46	65	23	113	49	4	1	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27086674--27086879	91	2.3	91	91	0	331	47	4	2	45	1.37
27086699--27086841	44	3.2	43	68	16	119	48	4	1	46	1.30
27086724--27086862	47	3.0	47	68	17	137	49	5	1	43	1.33
27090972--27091002	11	2.7	11	95	5	53	70	0	6	22	1.09
27091031--27091065	17	1.9	18	88	11	54	68	0	31	0	0.90
27091933--27092056	37	3.2	38	76	10	108	24	17	23	34	1.96
27095538--27095588	25	2.0	25	92	0	84	43	17	1	37	1.61
27096283--27096381	25	4.0	25	75	15	80	37	21	23	18	1.94
27107512--27107634	43	2.9	43	83	11	162	30	29	20	19	1.97
27118286--27118394	43	2.6	43	82	2	123	44	22	10	22	1.82
27118286--27118446	85	1.9	86	82	6	202	42	21	11	23	1.86
27118384--27118564	85	2.1	87	84	5	233	40	22	14	22	1.90
27118384--27118564	43	4.2	43	76	5	168	40	22	14	22	1.90
27118443--27118564	42	2.8	45	79	9	164	40	22	13	23	1.89
27118564--27118853	47	6.2	47	81	4	282	27	22	18	31	1.97
27118564--27118772	71	3.0	71	82	4	208	28	22	16	32	1.96
27118564--27118854	94	3.1	93	82	4	336	27	22	18	31	1.97
27118564--27118854	23	12.4	23	81	4	278	27	22	18	31	1.97
27118593--27118853	71	3.7	70	80	4	269	26	22	19	31	1.97
27118881--27118929	25	2.0	25	87	0	71	34	18	10	36	1.85
27120446--27120511	18	3.7	18	80	10	64	66	6	0	27	1.15
27120449--27120522	17	4.4	17	74	16	64	66	5	0	28	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27121961--27122039	38	2.1	37	83	6	97	37	15	21	25	1.92
27138466--27138499	17	2.0	17	88	0	50	26	8	14	50	1.72
27154430--27154462	15	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
27154759--27154783	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
27155338--27155392	16	3.4	16	75	9	58	56	12	5	25	1.58
27163284--27163361	27	2.9	27	78	1	86	48	23	15	12	1.79
27163571--27163647	26	3.0	26	94	0	127	19	20	22	37	1.94
27163742--27163799	28	2.1	28	93	0	98	24	27	22	25	2.00
27163738--27163830	28	3.0	32	74	18	88	25	24	21	27	1.99
27168959--27169070	54	2.1	53	88	5	163	45	19	14	20	1.85
27168959--27169070	27	4.2	26	84	7	136	45	19	14	20	1.85
27169264--27169318	26	2.1	26	89	0	83	20	21	23	34	1.97
27169418--27169476	28	2.1	28	90	0	91	22	23	23	30	1.99
27181707--27181762	24	2.2	24	78	9	58	60	0	0	39	0.97
27181754--27181784	16	1.9	16	100	0	62	58	3	6	32	1.40
27185907--27185986	25	3.2	25	80	1	90	33	21	27	17	1.96
27186570--27186609	21	1.9	21	89	0	62	40	20	0	40	1.52
27187643--27187680	15	2.5	15	91	0	58	76	0	5	18	0.97
27193173--27193210	17	2.2	17	86	9	51	55	13	2	28	1.51
27196227--27196528	148	2.0	149	92	1	498	27	20	28	23	1.99
27198354--27198396	23	2.0	22	86	9	61	20	6	6	65	1.41
27203843--27203891	25	1.9	26	87	4	73	16	12	10	61	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27204765--27204930	44	3.8	44	90	1	244	27	18	25	28	1.98
27205179--27205362	100	1.8	100	82	0	233	26	23	24	25	2.00
27205009--27205821	267	3.0	267	90	0	1257	27	20	25	26	1.99
27205829--27205948	44	2.7	46	80	3	138	25	20	28	25	1.99
27210104--27210182	38	2.1	38	95	0	140	45	31	7	15	1.74
27210351--27210393	16	2.7	15	82	10	50	83	4	4	6	0.89
27210351--27210393	18	2.3	18	84	11	52	83	4	4	6	0.89
27215536--27215597	28	2.3	27	81	10	72	45	8	9	37	1.67
27217242--27217275	15	2.3	15	90	10	52	26	14	0	58	1.36
27221712--27221897	24	7.6	24	76	8	153	17	24	20	37	1.94
27221728--27221915	99	1.9	98	83	3	243	18	24	19	37	1.94
27221728--27221916	49	3.8	49	78	7	170	18	24	19	37	1.94
27225585--27225621	18	2.1	18	94	0	65	45	8	10	35	1.69
27246914--27249390	328	7.6	328	100	0	4954	34	14	15	35	1.88
27249877--27249911	11	3.2	11	87	0	52	20	34	2	42	1.66
27249876--27249929	22	2.5	22	82	14	67	24	31	1	42	1.65
27249876--27249929	11	4.9	11	78	14	51	24	31	1	42	1.65
27251273--27251307	11	3.2	11	87	0	52	20	34	2	42	1.66
27251272--27251325	22	2.5	22	82	14	67	24	31	1	42	1.65
27251272--27251325	11	4.9	11	78	14	51	24	31	1	42	1.65
27251450--27251896	21	20.2	22	78	12	418	46	27	0	25	1.56
27251721--27251772	27	1.9	27	88	0	77	50	23	1	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27251450--27251896	157	2.9	156	86	5	598	46	27	0	25	1.56
27251980--27252198	21	10.0	21	79	9	224	47	26	0	25	1.52
27252206--27252476	114	2.4	113	94	3	472	40	10	7	41	1.67
27255480--27256011	125	4.3	125	90	0	780	31	22	17	29	1.96
27255480--27256011	249	2.1	249	87	0	778	31	22	17	29	1.96
27256045--27256075	7	4.4	7	91	0	53	48	41	0	9	1.36
27256036--27256082	21	2.1	22	84	7	60	51	38	0	10	1.37
27256923--27256997	12	6.6	12	69	21	54	52	2	0	45	1.15
27256930--27256980	17	2.8	18	82	11	68	50	1	0	47	1.12
27258591--27258625	14	2.5	14	90	0	52	65	14	8	11	1.46
27260976--27261192	117	1.9	117	86	3	312	15	16	23	44	1.86
27261116--27261260	71	2.0	71	87	0	209	15	20	22	42	1.89
27261931--27262252	161	2.0	161	94	1	565	28	14	22	34	1.93
27265334--27265382	26	1.9	25	87	4	71	20	22	20	36	1.95
27265364--27265417	23	2.3	23	83	6	63	18	25	20	35	1.95
27265401--27265466	25	2.7	25	83	6	73	18	28	19	33	1.95
27266187--27266223	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
27267051--27267099	26	1.9	25	87	4	71	20	22	20	36	1.95
27267081--27267134	23	2.3	23	83	6	63	18	25	20	35	1.95
27267118--27267183	25	2.7	25	83	6	73	18	28	19	33	1.95
27272514--27272546	16	2.1	16	88	11	50	12	12	0	75	1.04
27272525--27272570	24	1.9	24	81	0	56	15	17	0	67	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27273739--27273789	25	2.0	25	100	0	102	49	3	27	19	1.66
27275026--27275050	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27276757--27276834	39	2.0	38	85	7	104	46	14	10	29	1.77
27278520--27278565	20	2.3	20	85	3	58	30	2	0	67	1.03
27278520--27278614	9	10.2	9	70	15	52	30	1	2	66	1.10
27282842--27282885	23	1.9	23	100	0	88	20	31	15	31	1.94
27283216--27283251	17	2.1	17	100	0	72	16	16	16	50	1.79
27283531--27283555	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
27283515--27283664	40	3.7	40	90	6	214	33	3	0	63	1.11
27283553--27283614	9	6.4	9	72	20	54	27	1	0	70	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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