genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19006331--19006675	179	1.9	182	95	2	624	38	18	11	31	1.86
19006916--19007127	47	4.5	47	86	2	266	42	16	13	26	1.86
19007006--19007128	22	5.3	23	78	18	146	45	14	13	26	1.81
19006936--19007114	25	7.6	24	73	16	142	43	17	14	25	1.87
19008060--19008130	28	2.6	27	86	10	99	30	26	12	29	1.93
19009768--19009845	34	2.3	34	95	2	138	25	12	12	48	1.77
19011342--19012042	245	2.9	245	99	0	1377	39	14	12	33	1.84
19021229--19021385	77	2.0	78	97	1	298	33	11	12	42	1.78
19023908--19023952	21	2.2	21	84	11	58	73	0	6	20	1.05
19024327--19024380	26	2.0	27	92	3	92	38	9	14	37	1.79
19029980--19030026	18	2.4	19	86	10	60	51	4	0	44	1.21
19029990--19030040	18	2.8	18	85	5	59	52	7	0	39	1.30
19029977--19030035	19	3.1	19	82	7	66	52	6	0	40	1.28
19030062--19030117	20	3.0	19	82	7	62	67	5	5	21	1.31
19038794--19038822	10	2.7	11	94	5	51	89	6	3	0	0.57
19039106--19039144	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
19039118--19039146	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
19039735--19039799	27	2.3	29	89	7	100	50	0	7	41	1.31
19039735--19039801	28	2.4	27	90	7	100	49	0	8	41	1.34
19040426--19040515	10	9.4	10	71	18	75	1	31	0	67	0.98
19040407--19040515	38	2.9	39	85	8	145	0	29	0	68	1.01
19040433--19040499	18	3.6	18	78	7	80	1	31	0	67	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19040426--19040530	28	3.8	28	75	12	85	0	30	0	68	0.96
19040470--19040527	15	4.1	14	78	10	55	0	25	0	74	0.82
19040433--19040509	18	4.2	18	71	21	52	1	31	0	67	0.99
19040579--19040659	27	3.0	27	76	7	101	9	43	20	25	1.83
19040685--19040718	13	2.7	13	90	4	52	0	2	11	85	0.71
19040721--19040789	28	2.5	28	92	2	113	49	1	10	39	1.46
19052299--19052480	50	3.5	50	82	6	188	28	20	25	25	1.99
19052355--19052490	49	2.7	49	83	5	150	27	22	25	25	1.99
19055278--19055355	36	2.1	36	83	7	93	38	11	20	29	1.88
19055719--19055903	48	3.9	47	77	8	183	31	18	28	20	1.97
19056070--19056216	75	1.9	76	94	2	260	44	11	15	28	1.82
19064891--19065116	6	37.7	6	95	1	292	26	16	7	49	1.72
19065315--19065389	6	12.5	6	100	0	150	33	0	16	50	1.45
19071292--19071343	19	2.7	19	88	5	70	26	23	7	42	1.81
19079109--19079634	44	11.7	44	73	11	341	32	18	19	29	1.96
19079147--19079443	89	3.4	88	83	5	343	33	17	19	29	1.95
19082239--19082382	72	2.0	71	91	4	236	38	11	10	38	1.76
19086664--19086733	34	2.1	34	83	5	88	40	32	12	14	1.84
19095397--19095427	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
19096287--19096332	22	2.1	22	95	0	83	26	23	13	36	1.91
19099646--19099894	124	2.0	125	97	2	475	35	17	19	28	1.94
19108549--19108586	18	2.3	16	83	16	51	55	26	0	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19109879--19111020	570	2.0	571	99	0	2277	35	15	16	32	1.90
19112078--19112168	44	2.1	44	89	4	139	50	9	7	31	1.64
19115143--19115197	29	2.0	27	86	13	76	47	0	5	47	1.25
19116143--19116181	17	2.1	19	86	13	55	56	2	0	41	1.13
19117130--19117168	15	2.4	17	83	12	55	64	0	5	30	1.15
19118569--19118644	38	2.0	38	97	0	143	38	7	5	48	1.55
19118742--19118825	42	2.1	40	82	10	102	42	8	9	39	1.68
19121610--19121687	39	2.0	39	89	0	120	50	7	8	33	1.63
19126175--19126201	7	3.9	7	100	0	54	14	0	55	29	1.40
19130100--19130156	18	2.9	21	77	17	59	31	24	12	31	1.92
19136629--19136681	21	2.5	22	87	9	74	66	5	24	3	1.31
19136646--19136683	12	3.3	12	82	10	53	63	7	26	2	1.35
19137767--19137826	24	2.5	24	97	2	113	15	21	23	40	1.91
19138376--19138460	43	2.0	43	92	0	143	31	4	17	45	1.69
19154332--19154532	103	2.0	103	85	2	278	30	16	19	33	1.94
19161457--19161482	12	2.2	12	100	0	52	38	11	7	42	1.70
19169119--19169337	117	1.9	118	82	8	277	26	5	26	41	1.77
19171550--19171619	23	3.0	23	79	12	88	51	8	8	31	1.63
19173175--19173383	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
19173311--19173358	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
19173533--19173574	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
19173524--19173565	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19173790--19173825	16	2.2	16	95	0	63	38	33	0	27	1.57
19180044--19180101	28	2.1	28	96	0	107	63	12	6	17	1.49
19182490--19182521	15	2.1	16	94	5	57	18	3	6	71	1.20
19182606--19182633	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
19185327--19185385	32	1.9	30	86	6	82	62	8	3	25	1.39
19188745--19188789	22	2.0	22	87	8	65	13	17	6	62	1.52
19193244--19193277	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
19195083--19195173	44	2.1	44	100	0	182	42	21	13	21	1.87
19195186--19195214	14	2.0	15	93	6	51	27	27	0	44	1.54
19198368--19198618	23	10.7	23	82	5	288	27	12	19	40	1.88
19198368--19198606	71	3.4	71	89	0	336	26	12	19	41	1.87
19198364--19198599	48	5.0	48	80	7	257	26	12	19	41	1.87
19198364--19198618	94	2.7	94	80	6	318	27	12	19	40	1.88
19199618--19199682	19	3.4	18	74	17	69	38	6	7	47	1.57
19199609--19199685	38	2.0	38	100	0	154	33	7	7	50	1.60
19202530--19202612	24	3.6	23	83	4	71	43	21	10	24	1.84
19202546--19202612	24	2.8	24	88	0	98	43	22	10	23	1.84
19203147--19203195	17	2.8	18	78	12	57	57	0	6	36	1.24
19203589--19203646	21	2.7	22	81	10	66	62	1	1	34	1.16
19203611--19203651	21	2.0	21	85	9	57	65	0	0	34	0.93
19206544--19206640	49	2.0	49	82	11	119	40	11	1	47	1.46
19207736--19207768	14	2.4	14	94	0	57	69	6	0	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19209291--19209330	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
19209279--19209344	34	1.9	34	87	6	98	46	12	7	33	1.69
19212310--19212386	27	2.9	27	90	3	120	16	24	38	19	1.92
19214911--19214948	19	2.0	20	84	5	51	47	0	5	47	1.24
19244945--19245113	59	2.9	59	98	0	320	57	10	10	21	1.60
19245037--19245066	12	2.5	12	94	0	51	56	13	6	23	1.60
19245123--19245165	22	2.0	22	81	9	52	60	2	23	13	1.45
19245250--19245276	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
19245233--19245351	59	2.0	59	98	0	229	51	17	16	14	1.77
19245309--19245335	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
19246208--19246246	20	2.0	20	90	10	62	53	0	0	46	1.00
19249253--19249281	12	2.3	13	88	11	51	20	0	0	79	0.74
19250966--19251031	34	1.9	34	87	6	98	19	12	21	46	1.82
19257386--19257475	23	4.0	23	81	7	96	37	17	20	24	1.93
19258435--19258483	9	5.4	9	80	9	55	4	16	4	75	1.11
19258435--19258484	18	2.7	19	81	9	68	6	16	4	74	1.17
19258480--19258509	14	2.1	14	100	0	60	20	6	0	73	1.05
19263424--19263453	11	2.7	11	100	0	60	30	16	16	36	1.91
19270729--19270794	31	2.1	31	97	0	123	39	9	19	31	1.83
19282940--19282977	19	2.0	20	89	5	60	39	31	0	28	1.57
19284310--19284350	21	2.0	21	90	0	64	51	9	12	26	1.70
19287596--19287806	105	2.0	106	99	0	415	48	6	6	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19291304--19291342	15	2.6	15	87	0	51	35	5	2	56	1.35
19292846--19292883	19	2.1	18	85	9	51	68	2	0	28	1.03
19295700--19295945	123	2.0	123	80	3	271	50	6	8	34	1.58
19296418--19296451	7	4.7	7	96	3	59	23	0	0	76	0.79
19296407--19296452	7	5.8	8	82	12	51	21	0	2	76	0.90
19302504--19302534	14	2.2	14	100	0	62	58	0	22	19	1.40
19304101--19304156	28	2.0	28	100	0	112	53	7	17	21	1.67
19308099--19308146	3	16.0	3	100	0	96	66	33	0	0	0.92
19309454--19309698	128	1.9	129	81	4	298	29	22	18	29	1.97
19309591--19309698	44	2.5	44	84	3	128	31	21	20	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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