genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616357--2616429	36	2.0	36	94	0	128	30	9	31	28	1.89
2619654--2619692	19	2.1	19	85	9	53	41	10	5	43	1.61
2622790--2622822	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
2626286--2626354	34	2.0	34	100	0	138	34	17	11	36	1.86
2638650--2638687	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2638786--2639145	106	3.4	106	89	2	544	33	17	15	33	1.91
2643740--2643796	20	2.8	20	83	2	69	75	3	19	1	1.04
2644057--2644383	106	3.1	106	90	0	501	25	15	9	49	1.74
2644841--2644898	24	2.4	24	88	5	82	31	6	25	36	1.83
2645257--2645928	132	5.1	132	89	1	983	28	19	25	25	1.99
2645275--2645863	44	13.4	44	64	14	196	28	19	26	25	1.99
2645912--2646146	44	5.5	42	69	11	138	31	22	19	26	1.98
2645936--2646252	130	2.4	129	84	2	395	32	19	20	27	1.97
2645957--2646425	44	10.8	44	70	9	264	29	19	22	28	1.98
2646171--2646455	44	6.5	44	71	11	147	29	18	22	29	1.97
2648367--2648411	20	2.2	21	84	11	58	24	11	6	57	1.57
2648452--2648863	107	3.9	104	88	3	581	31	17	17	34	1.93
2648450--2648857	214	1.9	212	91	1	663	30	17	17	34	1.93
2655592--2655629	18	2.1	19	90	5	60	65	5	0	28	1.14
2656655--2656710	24	2.4	23	78	18	62	33	3	5	57	1.39
2661557--2661581	6	4.2	6	100	0	50	16	16	32	36	1.90
2662240--2662270	2	16.0	2	93	6	55	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662599--2662657	31	1.9	31	92	0	100	35	11	5	47	1.62
2665513--2665566	22	2.5	22	79	8	67	50	0	0	50	1.00
2669642--2669697	26	2.1	27	93	3	96	19	0	3	76	0.93
2669640--2669675	18	2.1	18	89	5	56	19	0	2	77	0.88
2669670--2669711	19	2.3	18	84	8	50	21	0	4	73	1.01
2669654--2669711	26	2.2	26	87	3	80	20	0	3	75	0.94
2671117--2671191	29	2.6	28	83	12	98	42	1	4	52	1.28
2673520--2673563	16	2.6	17	85	3	54	9	18	40	31	1.81
2673520--2673567	17	2.9	16	87	3	60	8	16	41	33	1.78
2673922--2673973	23	2.2	23	83	13	61	1	25	0	73	0.94
2673895--2673961	32	2.1	32	83	5	82	2	32	1	62	1.19
2674514--2674585	30	2.5	29	88	4	101	43	5	25	26	1.76
2674620--2674650	14	2.2	14	100	0	62	19	6	0	74	1.03
2676302--2676586	140	2.0	140	95	0	516	23	29	25	21	1.99
2678362--2678434	25	2.9	25	93	0	119	31	13	20	34	1.92
2679371--2679536	29	5.7	29	79	7	140	30	24	4	40	1.75
2680081--2680131	12	4.1	13	80	14	63	74	0	25	0	0.82
2680081--2680139	12	4.9	12	81	10	59	76	0	23	0	0.79
2681045--2681346	17	17.4	17	72	15	158	33	13	11	42	1.79
2681056--2681180	53	2.4	52	81	2	135	29	12	12	45	1.78
2681082--2681321	126	1.9	126	88	3	367	30	14	11	44	1.79
2681056--2681347	69	4.2	68	79	9	284	32	13	11	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681056--2681346	34	8.3	33	72	14	192	31	13	11	43	1.79
2683786--2683879	47	2.0	47	100	0	188	40	14	12	31	1.84
2685499--2685539	21	2.0	21	85	9	57	65	0	26	7	1.18
2685964--2686065	37	2.8	36	70	12	91	35	2	1	59	1.23
2686027--2686117	9	10.6	9	69	21	61	38	1	2	58	1.18
2686013--2686117	26	4.0	27	72	14	87	38	0	2	58	1.20
2686019--2686116	43	2.3	43	80	8	110	37	1	2	59	1.16
2686019--2686161	8	17.0	8	68	18	51	39	2	1	57	1.19
2688747--2688782	18	2.1	18	94	5	65	41	0	5	52	1.24
2688716--2688782	25	2.6	25	79	6	73	49	1	4	44	1.31
2690088--2690192	49	2.1	50	87	1	149	39	3	10	46	1.56
2696210--2696248	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2702251--2702315	28	2.4	26	80	10	76	56	3	4	35	1.35
2706599--2706732	67	2.0	67	98	0	259	34	4	23	38	1.75
2708081--2708125	22	2.0	24	91	8	76	22	17	2	57	1.50
2708694--2708768	5	15.4	5	81	15	59	52	0	0	48	1.00
2711815--2711843	14	2.0	15	93	6	51	62	6	3	27	1.37
2711853--2711992	24	6.1	22	73	19	101	52	2	7	37	1.46
2711915--2712023	46	2.4	44	84	13	134	54	3	4	37	1.39
2712868--2712906	19	2.1	19	85	0	51	38	0	0	61	0.96
2712925--2713001	35	2.2	35	92	0	127	10	16	41	31	1.82
2713093--2713148	23	2.7	19	75	19	67	28	10	12	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713097--2713141	23	1.9	24	95	4	83	24	11	11	53	1.68
2713445--2713651	102	2.0	102	98	1	398	33	14	18	34	1.90
2714010--2714059	16	3.1	16	88	0	64	32	0	32	36	1.58
2714275--2714316	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2714284--2714325	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2714491--2714538	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
2714446--2714674	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
2716260--2716332	36	2.0	36	100	0	146	32	24	17	24	1.97
2717547--2717602	12	4.8	12	78	14	55	48	1	8	41	1.45
2718257--2718281	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
2720887--2720935	22	2.2	22	82	13	57	69	10	16	4	1.32
2721449--2721497	22	2.2	22	82	13	57	69	10	16	4	1.32
2724229--2724270	20	2.0	21	86	13	61	52	9	7	30	1.61
2726948--2726995	23	2.0	24	88	11	73	22	25	4	47	1.69
2727500--2727638	46	3.0	46	93	0	242	28	27	8	35	1.86
2729876--2729920	18	2.4	18	85	3	54	62	4	15	17	1.49
2733179--2733203	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
2734576--2734705	41	3.2	41	94	0	215	30	21	26	20	1.98
2734548--2734705	41	3.9	41	89	0	208	31	20	25	23	1.98
2745393--2745444	23	2.4	21	82	17	70	67	5	1	25	1.23
2750689--2750857	2	84.5	2	97	0	320	50	48	0	0	1.05
2751150--2751183	14	2.3	15	90	5	52	76	14	5	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2759098--2759125	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2761648--2761681	17	2.0	17	88	0	50	0	23	0	76	0.79
2763539--2763564	13	2.0	13	100	0	52	23	0	38	38	1.55
2770682--2770755	29	2.5	29	82	4	85	25	13	13	47	1.79
2771311--2771379	29	2.3	29	85	5	84	47	15	14	21	1.81
2775466--2775505	21	1.9	21	89	0	62	70	5	7	17	1.30
2790384--2790459	21	3.4	21	81	7	80	34	15	28	21	1.94
2790998--2791027	15	1.9	16	93	6	53	60	6	6	26	1.47
2791020--2791103	44	1.9	44	87	0	123	45	16	10	27	1.81
2795344--2795370	10	2.7	10	100	0	54	7	7	29	55	1.55
2795679--2795759	42	1.9	42	89	0	126	20	25	24	28	1.99
2809796--2809834	20	1.9	20	84	5	51	41	41	0	17	1.50
2810157--2810198	7	6.1	7	78	15	52	19	0	26	54	1.44
2810257--2810323	7	9.7	7	73	3	64	16	1	26	55	1.50
2810263--2810316	28	1.9	28	84	0	72	16	1	27	53	1.53
2810219--2810302	21	4.0	21	68	7	55	16	2	29	51	1.57
2810286--2810337	21	2.5	20	81	9	68	17	3	23	55	1.58
2816055--2816092	19	2.0	19	90	10	60	42	7	10	39	1.69
2816057--2816108	20	2.6	19	78	6	59	34	7	9	48	1.65
2816127--2816152	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
2816799--2816844	7	6.9	7	82	5	51	73	2	0	23	0.94
2816786--2816824	15	2.5	16	84	16	55	69	5	0	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816802--2816839	19	2.0	20	94	5	69	71	2	0	26	1.00
2816786--2816844	13	4.1	15	72	20	54	71	3	0	25	1.02
2823630--2823654	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2845899--2845935	18	2.1	18	90	10	58	32	0	0	67	0.91
2846786--2846988	111	1.8	112	88	6	313	27	17	22	33	1.96
2851701--2851811	46	2.4	46	89	0	168	37	9	24	28	1.86
2853210--2853402	44	4.4	44	96	0	350	49	11	1	37	1.48
2853444--2854155	48	14.9	48	98	0	1358	64	0	10	25	1.25
2854142--2854242	5	18.6	5	80	13	69	65	2	11	19	1.38
2854142--2854242	22	4.6	21	78	9	96	65	2	11	19	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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