genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   

This is table  67  of  109  ( 13028 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21689257--21689354	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
21693859--21693956	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
21702660--21702722	8	7.8	8	73	16	58	61	1	0	36	1.05
21702666--21702722	5	10.6	5	78	14	60	61	1	0	36	1.07
21705708--21705756	25	2.0	24	84	11	64	38	10	8	42	1.68
21705864--21705921	28	2.0	29	86	3	82	55	1	5	37	1.33
21705854--21705983	67	2.0	65	86	8	183	51	4	3	40	1.38
21705927--21706002	37	2.1	36	85	11	102	53	2	1	42	1.23
21710309--21710371	8	7.8	8	73	16	58	61	1	0	36	1.05
21710315--21710371	5	10.6	5	78	14	60	61	1	0	36	1.07
21713357--21713405	25	2.0	24	84	11	64	38	10	8	42	1.68
21713511--21713584	25	3.1	24	75	13	71	52	2	2	41	1.29
21715194--21715218	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21729345--21729464	41	2.9	41	81	0	141	33	25	21	20	1.97
21731516--21731549	11	3.2	11	95	4	61	50	0	0	50	1.00
21735540--21735655	38	3.1	38	80	0	124	37	28	15	18	1.91
21741167--21741303	30	4.6	30	81	8	122	32	24	3	38	1.73
21741163--21741320	59	2.7	60	77	13	148	32	23	4	39	1.75
21741742--21741782	20	2.0	20	85	0	55	68	14	17	0	1.22
21741753--21741808	20	2.9	19	82	10	60	60	8	30	0	1.27
21741884--21741953	4	17.5	4	77	11	72	78	0	21	0	0.75
21741897--21741951	9	6.1	9	78	17	53	78	0	21	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21741882--21741953	22	3.2	23	82	9	87	77	0	22	0	0.76
21741881--21741953	28	2.6	29	82	12	98	78	0	21	0	0.76
21741881--21741953	35	2.1	36	87	7	105	78	0	21	0	0.76
21742043--21742079	18	2.0	20	84	10	51	64	10	18	5	1.43
21742873--21743103	18	13.1	18	73	12	149	29	13	11	45	1.78
21742897--21743066	35	4.9	34	75	15	118	27	13	12	46	1.79
21742875--21743064	53	3.6	52	78	10	199	26	14	12	46	1.79
21749052--21749086	17	2.1	17	100	0	70	28	42	11	17	1.83
21754952--21755046	1	95.0	1	72	0	73	86	11	2	0	0.66
21754955--21755046	9	10.7	9	87	8	113	85	11	2	0	0.68
21754955--21755038	17	4.9	17	85	11	111	85	13	1	0	0.65
21755925--21756736	74	11.0	74	99	0	1581	26	14	19	39	1.90
21757543--21757698	30	5.2	30	78	9	140	31	23	4	41	1.74
21757536--21757696	59	2.7	59	78	8	148	32	22	4	40	1.74
21758267--21758316	4	12.5	4	79	8	57	78	0	22	0	0.76
21758264--21758316	15	3.4	15	82	7	61	77	0	22	0	0.77
21758401--21758437	18	2.0	20	89	10	60	64	13	18	2	1.39
21758565--21758589	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
21759198--21759384	53	3.5	52	78	11	193	26	13	12	48	1.77
21759201--21759437	18	13.4	18	72	10	168	29	12	11	46	1.77
21759201--21759437	35	6.7	34	74	9	181	29	12	11	46	1.77
21759937--21760053	54	2.2	54	82	3	146	18	20	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21759937--21760063	27	4.7	27	80	3	130	18	19	18	42	1.89
21762179--21762273	16	5.5	17	70	19	63	62	0	2	35	1.07
21764294--21764329	15	2.4	15	100	0	72	44	13	13	27	1.82
21766500--21766560	30	2.0	30	96	0	113	44	13	21	21	1.86
21769906--21769940	16	2.2	16	94	0	61	25	2	0	71	1.00
21769962--21770017	19	3.0	18	81	5	58	41	3	1	53	1.29
21770512--21770563	26	1.9	27	92	7	88	46	1	7	44	1.43
21771749--21771930	42	4.3	42	86	4	249	21	20	20	36	1.95
21771746--21771930	85	2.2	83	87	5	264	21	21	21	36	1.96
21779151--21779206	23	2.5	23	86	11	73	37	1	0	60	1.07
21781629--21781661	18	1.9	18	88	11	52	69	0	6	24	1.10
21789499--21789575	37	2.1	37	97	0	145	49	12	2	35	1.55
21796696--21796835	41	3.3	43	69	12	103	27	22	20	29	1.98
21799644--21799677	10	3.3	10	88	8	50	50	5	2	41	1.42
21800387--21800422	7	5.1	7	100	0	72	27	0	0	72	0.85
21806393--21806654	37	7.1	36	77	8	235	24	21	18	35	1.95
21806411--21806647	73	3.2	73	77	7	248	23	23	16	36	1.94
21807082--21807121	11	3.5	11	83	6	53	52	0	2	45	1.14
21810717--21810780	29	2.1	31	83	11	80	50	0	9	40	1.35
21811669--21811722	28	1.9	28	88	0	81	40	31	5	22	1.77
21821878--21821999	60	2.0	60	82	0	145	38	17	19	24	1.93
21823449--21823493	20	2.2	20	96	0	81	8	6	8	75	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21823521--21823552	11	3.1	11	91	8	50	25	6	9	59	1.52
21830993--21831049	10	6.1	10	78	12	50	61	0	0	38	0.96
21830997--21831046	19	2.8	17	79	11	55	64	0	0	36	0.94
21830997--21831046	9	5.6	9	79	11	50	64	0	0	36	0.94
21832769--21832802	17	1.9	18	94	5	61	11	23	47	17	1.81
21834114--21834175	30	2.1	30	100	0	124	33	0	12	53	1.39
21834344--21834373	15	2.0	15	100	0	60	46	26	6	20	1.75
21835135--21835171	19	1.9	19	89	10	58	72	0	0	27	0.84
21835135--21835171	10	3.8	10	83	16	51	72	0	0	27	0.84
21835260--21835299	19	2.2	19	90	4	64	65	0	0	35	0.93
21835773--21835821	20	2.5	20	77	9	57	34	2	0	63	1.06
21836014--21836053	20	2.0	21	90	5	64	22	2	5	70	1.19
21836942--21836968	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21843352--21843386	17	2.0	18	88	5	54	42	5	2	48	1.41
21851392--21851500	25	4.4	24	81	6	101	24	18	20	36	1.94
21851389--21851496	50	2.2	50	87	0	153	26	18	18	36	1.94
21851408--21851596	25	7.5	24	73	8	99	24	18	20	37	1.94
21851408--21851596	75	2.5	76	78	0	209	24	18	20	37	1.94
21856303--21856346	1	44.0	1	90	0	61	93	2	4	0	0.42
21856303--21856355	27	2.0	27	96	0	97	86	3	9	0	0.68
21856736--21856774	20	1.9	21	84	5	53	30	10	23	35	1.88
21858953--21858986	15	2.2	16	89	5	52	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21864441--21864465	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
21864884--21864917	17	2.0	17	100	0	68	17	17	11	52	1.73
21867716--21867851	43	3.2	42	78	15	140	33	27	16	21	1.95
21870422--21870479	28	2.1	28	83	0	71	32	1	0	65	1.03
21873398--21873436	16	2.5	16	87	4	53	33	7	28	30	1.85
21873654--21873712	21	3.0	20	85	7	84	42	0	1	55	1.09
21873661--21873707	21	2.2	21	96	0	85	36	0	0	63	0.94
21873654--21873713	18	3.1	19	84	13	77	41	0	1	56	1.09
21873684--21873722	18	2.2	18	90	0	60	46	0	0	53	1.00
21873727--21873771	20	2.2	21	88	7	67	31	2	8	57	1.41
21874100--21874149	25	2.0	25	88	0	73	26	6	40	28	1.79
21877610--21877706	30	3.2	28	74	11	77	36	23	4	36	1.74
21877631--21877706	30	2.6	29	75	10	82	32	25	5	36	1.78
21878424--21878472	12	4.2	12	80	20	50	75	0	24	0	0.80
21878435--21878472	12	3.5	11	85	7	51	78	0	21	0	0.74
21878418--21878473	21	2.8	20	84	7	69	75	0	25	0	0.81
21878437--21878498	19	3.2	19	82	13	56	79	0	14	6	0.93
21878911--21878948	20	1.9	20	88	0	58	36	13	7	42	1.73
21879169--21879303	17	8.2	17	67	17	72	31	12	12	43	1.80
21879177--21879255	35	2.2	36	82	6	99	27	12	12	46	1.78
21879201--21879342	61	2.3	61	85	8	180	26	11	12	49	1.75
21879207--21879299	44	2.1	43	84	7	116	21	12	13	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21879251--21879308	17	3.3	18	83	9	75	25	13	12	48	1.77
21879251--21879316	17	3.8	17	84	8	71	24	13	12	50	1.76
21879342--21879382	19	2.2	18	91	4	64	43	4	4	46	1.46
21879377--21879510	17	7.6	18	71	12	64	30	12	11	45	1.77
21879251--21879513	18	14.1	18	71	17	137	31	11	10	46	1.75
21886301--21886399	1	99.0	1	67	0	54	83	7	5	4	0.89
21886319--21886398	8	9.9	8	76	20	69	83	8	5	2	0.87
21886301--21886399	18	5.4	17	77	11	72	83	7	5	4	0.89
21887318--21887679	78	4.6	77	80	10	359	29	15	20	34	1.94
21887841--21887940	49	2.0	49	98	0	191	27	10	12	51	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109