genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7813207--7813268	25	2.4	26	81	7	74	3	20	4	70	1.19
7813644--7813718	31	2.4	31	95	0	141	14	26	40	18	1.90
7814269--7814333	34	1.9	34	87	0	94	29	10	16	43	1.82
7814566--7814627	31	2.0	30	87	9	90	16	3	22	58	1.52
7817685--7817715	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7817769--7817805	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7818849--7819021	86	2.0	87	98	1	339	36	9	21	32	1.85
7829651--7829786	40	3.4	39	77	9	125	36	22	22	19	1.95
7829811--7829901	41	2.2	40	81	7	112	26	21	23	28	1.99
7830659--7830721	19	3.2	20	79	6	74	15	26	4	52	1.63
7830660--7830730	20	3.7	20	81	5	92	14	30	4	50	1.61
7852736--7852786	19	2.7	18	82	14	50	37	0	1	60	1.08
7866441--7866503	19	3.2	21	69	17	71	38	15	6	39	1.73
7866437--7866509	38	1.9	38	100	0	146	36	15	8	39	1.77
7866731--7867152	54	7.8	54	76	1	342	27	17	15	40	1.89
7866731--7867157	163	2.6	163	81	1	464	27	17	15	39	1.89
7867155--7867268	54	2.1	54	88	0	165	34	20	10	35	1.87
7867166--7867281	54	2.1	54	83	0	142	33	20	11	34	1.88
7881956--7881996	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
7885154--7885209	29	1.9	29	88	0	85	30	14	17	37	1.90
7885148--7885215	29	2.3	29	79	2	82	27	16	16	39	1.89
7885294--7885324	11	2.8	11	95	0	53	9	19	48	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7885441--7885510	22	3.2	22	91	0	113	31	28	0	40	1.57
7885482--7885540	30	2.0	30	89	0	91	30	33	0	35	1.58
7885460--7885562	52	2.0	51	84	5	136	33	31	0	35	1.58
7885512--7885553	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
7885595--7885651	30	1.9	30	92	7	98	36	0	1	61	1.07
7885750--7885783	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
7892197--7892564	45	8.3	45	80	9	162	39	14	16	29	1.88
7892267--7892564	45	6.6	45	83	4	354	41	13	16	28	1.86
7892433--7892547	14	7.8	15	68	17	62	44	11	17	26	1.82
7893295--7893345	20	2.7	19	69	19	52	52	5	1	39	1.37
7894697--7894795	37	2.7	37	84	6	128	32	30	16	21	1.95
7895016--7895044	10	3.0	10	95	5	51	37	10	0	51	1.36
7900087--7900121	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
7906946--7907079	42	3.2	40	82	8	151	29	19	23	27	1.98
7907519--7907590	21	3.4	21	84	0	90	5	43	15	36	1.70
7912859--7913147	9	33.4	9	74	15	211	32	1	19	46	1.58
7912924--7912969	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
7912924--7913140	41	5.2	39	78	12	141	32	0	20	46	1.57
7912931--7913174	27	9.4	27	77	12	158	32	1	19	46	1.58
7913251--7913284	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
7913272--7913304	17	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
7913292--7913388	43	2.1	43	83	9	113	38	2	15	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7914685--7915774	337	3.2	336	80	5	1121	33	17	18	30	1.94
7916775--7916939	73	2.2	74	89	1	251	29	27	20	22	1.98
7916717--7917240	187	2.8	184	84	4	674	29	26	20	23	1.99
7916953--7917130	73	2.4	73	86	1	241	26	25	21	25	2.00
7917026--7917581	114	4.9	114	81	4	613	27	25	22	24	2.00
7917026--7917565	229	2.4	227	82	4	620	27	25	22	24	2.00
7921119--7921268	41	3.7	41	96	0	266	26	30	22	21	1.99
7925215--7925256	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
7929219--7929252	18	1.9	17	88	5	50	52	5	8	32	1.56
7938153--7938816	220	3.0	220	93	0	1114	28	12	19	39	1.88
7942991--7943043	26	2.0	26	82	7	63	37	0	5	56	1.23
7949786--7949860	37	2.0	37	94	0	132	36	10	21	32	1.88
7953731--7953761	14	2.2	14	100	0	62	29	0	12	58	1.35
7956486--7956547	31	2.0	31	93	0	106	46	11	6	35	1.65
7962924--7962954	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
7964717--7964779	12	5.5	11	76	12	56	80	0	17	1	0.78
7964717--7964772	13	4.2	13	76	24	55	82	0	17	0	0.68
7966238--7966272	19	1.9	17	88	11	52	20	17	0	62	1.32
7966375--7966405	15	2.1	15	93	0	53	19	9	16	54	1.68
7969203--7969259	21	3.0	18	73	14	60	29	21	19	29	1.97
7981300--7981344	22	2.0	22	95	0	81	37	24	17	20	1.93
7985610--7985819	104	2.0	105	99	0	413	35	27	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8000680--8000713	17	2.0	17	88	0	50	55	14	2	26	1.53
8000692--8000760	34	2.0	34	86	5	95	47	13	4	34	1.62
8000717--8000760	17	2.6	18	82	10	56	43	15	2	38	1.60
8000822--8000865	23	2.0	23	86	4	63	31	22	13	31	1.93
8009961--8010778	127	6.4	127	99	0	1627	53	2	5	38	1.38
8010849--8011021	85	2.0	86	97	2	330	30	6	4	58	1.45
8015185--8015230	19	2.4	19	96	0	83	13	41	30	15	1.85
8016666--8016975	132	2.3	132	93	1	532	28	23	17	30	1.97
8018558--8018596	12	2.9	14	81	18	55	12	12	0	74	1.08
8018535--8018587	21	2.7	19	88	8	72	13	13	0	73	1.10
8019402--8019433	7	4.6	7	92	0	55	0	15	0	84	0.63
8019447--8019560	1	114.0	1	67	0	57	1	0	14	83	0.73
8019454--8019562	6	18.2	6	97	2	202	0	0	16	82	0.72
8027239--8027264	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
8048574--8048753	31	5.7	30	68	17	116	53	1	5	38	1.34
8048701--8048748	14	3.2	14	72	16	51	56	0	4	39	1.19
8055366--8055534	43	4.0	43	74	9	148	31	26	17	23	1.97
8058000--8058037	15	2.5	15	95	0	67	73	0	26	0	0.83
8065018--8065070	21	2.5	21	87	0	79	32	37	9	20	1.85
8066949--8066976	14	2.0	14	100	0	56	14	7	28	50	1.69
8067375--8067413	12	3.2	12	88	3	51	30	0	0	69	0.89
8067660--8067694	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8072480--8072604	62	2.0	62	98	0	241	28	26	16	29	1.96
8078397--8078424	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
8083237--8083276	14	2.7	15	80	7	55	55	10	2	32	1.47
8089017--8089060	18	2.5	18	85	10	56	45	0	0	54	0.99
8088991--8089059	24	3.0	24	71	16	74	42	1	2	53	1.24
8090187--8090230	20	2.3	19	84	4	52	65	13	15	4	1.41
8090757--8090911	79	2.0	79	87	2	222	45	14	10	29	1.79
8096288--8096340	13	4.1	13	76	9	54	43	22	7	26	1.80
8096277--8096340	26	2.5	26	78	14	69	43	20	6	29	1.76
8104962--8105017	17	3.3	17	76	0	67	41	28	10	19	1.85
8105274--8105316	22	2.0	21	86	4	59	51	25	2	20	1.60
8106197--8106221	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8110346--8110381	17	2.1	18	94	5	65	55	0	13	30	1.39
8112450--8112823	50	7.5	50	70	7	294	26	22	18	32	1.97
8112367--8112878	100	5.1	100	91	1	771	25	22	19	31	1.98
8117606--8117721	56	2.1	57	98	1	225	29	22	20	27	1.99
8124269--8124294	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8124388--8124423	17	2.1	18	94	5	65	55	0	13	30	1.39
8125145--8125176	16	2.0	16	93	0	55	12	56	28	3	1.51
8127003--8127048	8	5.8	8	100	0	92	36	0	13	50	1.41
8135322--8135372	24	2.1	24	85	0	66	23	23	3	49	1.67
8135380--8135595	107	2.0	107	95	0	387	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8136272--8136318	24	2.0	24	100	0	94	36	12	17	34	1.87
8138383--8138453	25	2.8	26	87	8	103	38	22	22	16	1.93
8139542--8139583	5	8.2	5	89	5	66	59	0	0	40	0.97
8139537--8139583	8	6.0	8	80	14	62	59	0	0	40	0.97
8149478--8149503	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
8160143--8160193	22	2.3	23	79	3	59	21	11	7	58	1.58
8163637--8163696	30	2.0	31	83	9	79	18	36	0	45	1.50
8167657--8167714	28	2.1	28	100	0	116	53	10	15	20	1.71
8169133--8169368	41	5.7	41	81	2	238	28	25	20	25	1.99
8169133--8169382	42	6.0	42	79	3	236	30	24	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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