genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23947755--23947789	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23947911--23947945	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23948067--23948101	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23949368--23949407	19	2.2	19	86	8	57	25	0	2	72	0.97
23950712--23950748	3	12.3	3	94	0	56	62	32	5	0	1.18
23956275--23956316	21	2.0	21	95	4	77	30	2	0	66	1.04
23957103--23957185	44	1.9	44	82	7	107	55	13	4	26	1.58
23957789--23958002	111	1.9	113	83	6	283	30	8	16	44	1.78
23959228--23959297	31	2.3	31	79	0	86	35	10	10	44	1.72
23961454--23961488	18	2.0	18	88	5	54	54	2	0	42	1.15
23967870--23967916	18	2.5	20	86	13	80	46	25	19	8	1.77
23969765--23969834	29	2.3	29	82	4	77	24	14	14	47	1.81
23970176--23970228	21	2.5	21	96	0	97	54	3	35	5	1.42
23978278--23978308	8	4.0	8	95	4	55	22	0	0	77	0.77
23985474--23985594	60	2.0	61	98	1	235	43	4	4	46	1.47
23988040--23988174	67	2.0	67	100	0	270	40	22	16	20	1.91
23992656--23992843	94	2.0	92	85	9	256	39	19	12	27	1.88
23994518--23994567	26	1.9	26	87	0	73	54	4	6	36	1.44
23996194--23996247	22	2.5	22	78	0	63	61	18	12	7	1.54
24000996--24001038	16	2.4	17	85	14	52	39	4	11	44	1.62
24009573--24009621	6	8.2	6	100	0	98	16	48	18	16	1.81
24012813--24012987	82	2.1	81	80	3	181	40	19	6	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24019533--24019649	38	3.1	38	97	0	216	25	6	17	50	1.70
24021005--24021110	43	2.5	42	82	13	128	18	18	27	34	1.95
24022853--24022932	39	2.1	39	95	0	142	22	3	16	57	1.55
24035114--24035174	31	2.0	31	100	0	122	36	14	13	36	1.85
24039273--24039461	94	2.0	95	89	5	294	35	7	16	40	1.77
24039530--24039635	41	2.6	41	90	0	176	26	19	23	30	1.98
24039531--24039678	41	3.6	41	83	1	136	27	20	23	28	1.99
24048571--24048633	29	2.3	27	83	5	72	63	9	1	25	1.34
24050864--24050937	6	13.2	6	74	14	61	77	0	20	2	0.90
24050864--24050925	16	3.9	16	86	0	88	79	0	19	1	0.82
24050864--24050925	32	1.9	32	93	0	106	79	0	19	1	0.82
24051279--24051373	45	2.1	47	82	7	115	44	6	3	46	1.44
24051913--24051971	27	2.2	27	85	8	77	76	5	1	16	1.05
24055293--24055363	36	2.0	36	91	0	115	42	14	18	25	1.87
24058536--24058576	20	2.0	20	95	0	73	36	29	12	21	1.90
24059004--24059047	3	14.7	3	95	0	79	63	0	2	34	1.07
24059046--24059089	3	14.7	3	90	0	70	34	4	0	61	1.16
24084965--24085024	27	2.3	26	80	5	66	30	6	3	60	1.39
24086547--24086577	15	2.1	15	93	0	53	51	12	0	35	1.40
24087869--24087910	11	3.7	11	81	6	57	2	9	2	85	0.77
24087865--24087910	23	2.1	23	88	11	71	2	10	2	84	0.79
24093972--24094751	44	18.0	44	77	8	566	31	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24093970--24094399	132	3.3	132	91	2	641	31	24	14	29	1.94
24094246--24094697	166	2.7	166	88	5	613	30	24	15	30	1.95
24094114--24094697	298	2.0	298	93	2	996	30	24	15	30	1.95
24095622--24095670	26	1.9	26	84	12	66	61	8	12	18	1.55
24110261--24110294	16	2.1	17	94	5	61	70	0	5	23	1.09
24110339--24110397	16	3.6	16	86	4	73	45	0	3	50	1.18
24115198--24115690	100	4.9	100	86	2	618	26	18	21	33	1.96
24115325--24115662	50	6.8	50	67	4	191	25	19	21	33	1.97
24115671--24115774	44	2.3	45	85	3	129	22	22	26	28	1.99
24115830--24115933	45	2.3	45	81	1	120	28	29	15	25	1.96
24115696--24116338	217	3.0	218	88	0	964	28	25	18	27	1.98
24116175--24116467	129	2.3	129	89	1	444	30	22	18	28	1.97
24115958--24116637	347	2.0	346	87	2	981	29	24	17	27	1.98
24115789--24116634	44	19.5	44	68	11	339	30	25	17	27	1.97
24116626--24117028	129	3.1	129	92	0	662	25	22	19	32	1.98
24117026--24117116	44	2.1	44	93	4	157	20	24	20	34	1.97
24118378--24118419	7	6.1	7	84	15	61	14	14	0	71	1.15
24119248--24119323	6	12.8	6	83	8	75	13	7	10	68	1.39
24119240--24119324	41	2.0	42	86	2	118	11	10	9	68	1.40
24119255--24119328	35	2.1	35	85	2	96	10	6	12	70	1.34
24129672--24129714	22	2.0	21	86	4	59	48	0	2	48	1.14
24129946--24129979	16	2.1	16	88	0	50	38	0	2	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24129900--24130107	94	2.2	96	93	4	359	34	6	9	50	1.60
24130040--24130073	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
24138240--24138364	61	2.1	60	93	1	214	41	5	23	29	1.77
24141381--24141451	30	2.3	31	80	2	90	42	0	19	38	1.52
24144997--24145042	11	4.4	11	74	20	53	43	2	0	54	1.12
24144989--24145076	20	4.8	18	72	20	67	43	3	1	52	1.25
24149333--24149842	254	2.0	255	98	0	986	38	10	18	32	1.85
24153479--24153528	18	2.8	18	81	9	66	46	0	14	40	1.44
24161183--24161258	21	3.6	21	78	3	73	31	3	21	43	1.71
24161482--24161523	20	2.1	20	82	8	50	35	21	16	26	1.94
24162371--24162520	39	3.9	38	78	8	169	45	20	4	30	1.69
24162371--24162522	78	2.0	77	88	3	225	45	20	3	30	1.69
24170202--24170744	88	6.2	87	85	3	694	23	25	24	26	2.00
24170202--24170744	264	2.1	264	89	0	825	23	25	24	26	2.00
24171997--24172028	15	2.1	16	94	5	57	0	18	0	81	0.70
24172010--24172056	24	2.0	24	83	8	60	12	17	0	70	1.17
24183043--24183108	21	3.2	20	82	8	78	31	1	19	46	1.59
24183051--24183122	21	3.4	21	79	7	74	29	2	19	48	1.63
24184958--24184982	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
24190201--24190403	43	4.7	43	82	3	230	30	25	18	25	1.98
24191851--24192063	7	29.9	7	74	9	117	44	33	0	21	1.56
24191852--24192068	14	15.2	14	75	8	143	45	32	0	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24191896--24191964	29	2.4	28	85	7	86	43	40	0	15	1.47
24191952--24192000	15	3.4	15	76	18	50	46	30	0	22	1.52
24192485--24192575	40	2.3	40	86	0	128	26	24	21	27	1.99
24192509--24192786	106	2.6	106	87	2	396	28	20	19	32	1.96
24192718--24192816	40	2.5	40	94	0	171	28	21	22	28	1.99
24200325--24200379	3	18.3	3	96	0	101	30	1	34	32	1.69
24204655--24204687	11	2.8	12	86	13	50	27	21	0	51	1.48
24209803--24209850	18	2.7	18	81	15	55	41	14	0	43	1.45
24210786--24210820	17	2.0	18	88	5	54	11	45	28	14	1.79
24219773--24219866	28	3.4	28	84	0	116	32	22	11	32	1.90
24222221--24222250	14	2.1	14	93	0	51	16	6	6	70	1.31
24223577--24223619	19	2.3	19	83	0	50	53	2	6	37	1.41
24224055--24224165	37	3.1	36	82	11	115	43	0	2	53	1.21
24224055--24224165	12	9.8	11	72	19	79	43	0	2	53	1.21
24227874--24227939	29	2.3	28	86	2	87	33	7	15	43	1.74
24240149--24240215	20	3.0	22	77	18	68	58	4	0	37	1.19
24258639--24258829	98	1.9	98	92	0	319	36	25	10	27	1.89
24260675--24260708	15	2.3	15	90	5	52	17	14	29	38	1.90
24260960--24261080	44	2.8	44	79	2	127	28	20	16	34	1.94
24260828--24261168	131	2.6	130	80	4	400	25	23	19	31	1.98
24261029--24261313	154	1.9	154	88	0	435	25	21	19	32	1.97
24260924--24261461	285	1.9	285	87	2	785	25	22	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24261183--24261458	131	2.1	131	93	2	473	24	23	21	31	1.98
24273635--24273679	21	2.1	21	84	8	56	62	4	2	31	1.27
24283452--24283551	35	2.9	35	90	0	155	20	12	28	40	1.87
24283448--24283570	35	3.5	34	84	4	147	18	13	30	38	1.89
24294289--24294336	16	3.1	16	76	14	55	56	2	6	35	1.36
24294292--24294340	20	2.5	20	80	6	55	55	2	4	38	1.31
24294672--24294718	22	2.2	22	84	3	60	8	19	19	53	1.70
24294707--24294748	22	1.9	22	85	9	59	21	14	7	57	1.61
24295987--24296251	29	9.3	29	81	3	229	36	22	16	24	1.94
24297100--24297173	24	3.2	24	62	14	64	36	13	2	47	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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