genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28626163--28626271	21	4.9	20	82	14	94	46	27	0	25	1.53
28626234--28626432	29	7.1	29	86	6	302	44	26	0	28	1.58
28626211--28626432	58	4.0	56	91	5	316	45	26	0	27	1.58
28626416--28626575	21	7.8	21	72	20	124	45	26	0	28	1.59
28626431--28626503	35	2.1	35	97	0	137	47	23	0	28	1.52
28626471--28626605	67	1.9	69	88	7	202	44	27	0	28	1.55
28626471--28626587	21	5.4	21	77	10	112	43	29	0	27	1.55
28626709--28626750	17	2.4	18	80	4	50	42	7	4	45	1.52
28629714--28630192	249	1.9	249	90	3	775	31	21	16	30	1.95
28629714--28630192	124	3.8	124	91	3	746	31	21	16	30	1.95
28651255--28651332	38	2.1	38	97	0	147	35	7	3	52	1.48
28661185--28661215	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
28661710--28661810	30	3.2	30	76	15	112	32	24	13	28	1.94
28663884--28664147	130	2.0	130	97	0	492	33	17	16	33	1.92
28664664--28664722	21	2.8	21	92	0	100	25	8	37	28	1.85
28665346--28665370	13	1.9	13	100	0	50	36	32	8	24	1.84
28672906--28672943	20	1.9	20	84	10	51	57	15	10	15	1.64
28684707--28684751	20	2.3	20	96	3	83	60	0	0	40	0.97
28688536--28688564	11	2.5	12	94	5	51	79	6	0	13	0.93
28689803--28689827	7	3.6	7	100	0	50	40	12	16	32	1.84
28700786--28700829	13	3.4	13	77	0	52	29	9	22	38	1.85
28701314--28701344	16	1.9	16	100	0	62	51	3	6	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28724575--28724683	21	5.2	21	69	7	69	16	21	19	43	1.88
28725948--28726737	400	2.0	400	95	0	1409	33	21	16	28	1.95
28731882--28731932	17	2.9	17	77	11	59	25	0	3	70	1.04
28733487--28733530	19	2.3	19	84	7	54	56	0	4	38	1.20
28749138--28749259	51	2.4	51	90	4	183	27	28	0	42	1.61
28749260--28749324	30	2.2	30	91	5	105	38	0	0	61	0.96
28749417--28749446	14	2.1	15	93	6	53	26	0	6	66	1.16
28750174--28750198	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
28750414--28750444	15	2.1	15	100	0	62	19	6	38	35	1.77
28751301--28751485	71	2.6	71	93	0	316	37	2	14	45	1.59
28751491--28751573	30	2.8	29	82	10	123	43	26	1	28	1.62
28751550--28751783	18	14.6	18	69	23	184	47	22	0	30	1.52
28751546--28751778	47	5.0	47	100	0	466	47	23	0	29	1.52
28754666--28755014	125	2.8	125	94	0	626	32	21	16	30	1.95
28756791--28756849	31	1.9	31	89	3	93	49	8	11	30	1.69
28769845--28769896	28	1.9	26	92	7	86	50	0	7	42	1.31
28770618--28770700	42	2.0	43	83	11	109	19	20	28	31	1.97
28773449--28773659	64	3.1	64	64	18	165	45	3	7	43	1.47
28773434--28773712	139	2.0	140	99	0	551	47	3	7	40	1.50
28773473--28773755	139	2.0	138	87	4	408	49	4	7	38	1.54
28774949--28774997	22	2.2	22	100	0	98	26	28	18	26	1.98
28778483--28778795	51	6.5	51	69	17	193	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28778427--28778643	92	2.4	92	88	1	310	28	17	17	36	1.93
28778621--28779249	45	13.7	45	72	13	376	28	19	18	33	1.95
28778704--28779237	181	2.9	181	89	0	816	28	19	17	33	1.95
28789147--28789203	24	2.3	25	85	11	73	47	7	0	45	1.30
28794204--28794279	26	3.0	25	83	12	84	30	0	7	61	1.24
28794233--28794284	26	2.0	26	100	0	104	26	0	11	61	1.30
28794390--28794443	24	2.2	24	83	6	65	48	0	7	44	1.31
28795502--28795544	21	2.0	22	86	8	63	6	9	4	79	1.06
28797527--28797569	21	2.0	22	86	8	63	6	9	4	79	1.06
28799096--28799130	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
28807251--28807289	18	2.2	18	86	9	53	79	5	2	12	1.00
28807602--28807628	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
28808453--28808495	19	2.3	19	79	0	50	11	9	2	76	1.10
28809301--28809337	3	12.0	3	94	5	65	32	2	0	64	1.07
28815762--28816225	189	2.5	189	81	4	528	30	18	19	31	1.96
28815715--28816199	44	10.5	44	66	20	170	31	19	18	30	1.96
28815932--28816182	50	5.2	48	70	17	182	30	19	18	31	1.95
28815762--28816225	94	4.9	94	82	2	493	30	18	19	31	1.96
28818031--28818077	22	2.1	22	85	14	62	23	6	4	65	1.33
28821495--28821641	75	2.0	75	95	0	267	40	12	20	25	1.88
28823379--28823447	28	2.5	27	80	13	79	46	1	4	47	1.31
28825681--28825709	14	2.0	15	93	6	51	41	0	6	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28826113--28826160	15	3.1	15	74	14	53	29	8	8	54	1.60
28826389--28826436	15	3.1	15	74	14	53	29	8	8	54	1.60
28826046--28826598	276	2.0	277	99	0	1099	41	7	10	40	1.68
28826972--28827021	23	2.2	23	81	0	55	4	20	6	70	1.25
28829005--28829052	25	2.0	24	84	8	62	52	2	6	39	1.39
28834387--28834856	235	2.0	235	99	0	922	30	18	17	33	1.94
28838189--28838221	15	2.1	16	88	5	50	33	12	9	45	1.73
28838795--28838846	27	1.9	27	84	7	70	38	1	17	42	1.60
28840192--28840299	25	4.2	25	64	13	65	46	10	0	42	1.44
28840150--28840309	79	2.0	80	98	1	313	46	10	1	41	1.45
28856449--28856487	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
28862600--28862856	128	2.0	129	99	0	507	23	12	4	59	1.52
28864322--28864356	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
28865981--28866027	18	2.6	18	83	9	60	29	2	4	63	1.25
28866698--28866761	32	2.0	32	93	0	110	43	12	12	31	1.80
28876793--28876854	28	2.2	30	75	19	69	45	12	9	32	1.75
28884388--28884530	58	2.5	57	89	2	216	41	13	18	27	1.87
28884388--28884560	56	3.1	56	83	3	177	43	12	17	26	1.84
28891119--28891172	6	9.3	6	78	6	58	50	31	3	14	1.61
28892942--28893004	4	15.8	4	89	0	99	20	0	28	50	1.48
28894498--28894558	24	2.7	22	75	9	59	65	4	8	21	1.38
28896837--28897065	42	5.5	42	86	2	311	28	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28896837--28897054	83	2.6	83	88	2	296	29	19	21	29	1.98
28896837--28897108	125	2.2	125	86	4	390	29	19	23	27	1.98
28899136--28899192	19	3.2	19	88	11	77	43	0	0	56	0.99
28899108--28899192	10	8.3	10	75	19	70	40	0	3	56	1.16
28899136--28899192	2	32.5	2	74	25	58	43	0	0	56	0.99
28899136--28899192	7	8.1	8	76	23	58	43	0	0	56	0.99
28912243--28912343	43	2.4	42	83	1	112	19	20	29	29	1.97
28912374--28912617	43	5.7	42	76	13	198	29	28	16	25	1.97
28912327--28912591	128	2.1	127	81	5	302	27	27	16	27	1.97
28912374--28912617	85	2.9	82	74	15	219	29	28	16	25	1.97
28917378--28917619	41	5.9	41	88	1	324	21	17	28	31	1.97
28918909--28919010	9	12.3	9	66	21	53	38	0	16	44	1.55
28918920--28918998	34	2.3	34	82	0	95	40	1	13	44	1.52
28918945--28919044	41	2.4	43	78	10	107	41	2	14	43	1.56
28918998--28919837	34	29.6	34	59	34	243	42	1	10	44	1.49
28919031--28919075	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28918998--28919856	56	15.3	56	100	0	1718	42	1	10	44	1.49
28919087--28919131	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919143--28919187	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919199--28919243	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919255--28919299	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919311--28919355	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28919367--28919411	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919423--28919467	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919479--28919523	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919535--28919579	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919591--28919635	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919647--28919691	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919703--28919747	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919759--28919803	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28919815--28919856	22	1.9	22	95	0	75	40	0	11	47	1.40
28925054--28925334	41	6.9	41	82	4	196	37	24	23	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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