genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28134143--28134185	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
28154403--28154552	22	7.0	22	69	16	93	26	2	30	41	1.67
28154470--28154552	44	1.9	43	82	2	103	26	3	31	38	1.74
28154561--28154611	27	1.9	26	84	4	66	33	0	27	39	1.57
28154591--28154631	7	6.0	7	88	2	57	17	0	39	43	1.49
28157021--28157120	51	2.0	51	88	4	148	43	3	26	28	1.69
28157098--28157155	11	5.2	11	87	2	80	43	1	32	22	1.64
28157101--28157155	22	2.4	23	90	6	94	43	1	30	23	1.64
28157820--28157872	19	2.9	17	74	17	52	66	5	1	26	1.25
28161380--28161428	25	2.1	24	82	14	59	14	14	2	69	1.28
28174621--28174646	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
28174652--28174749	40	2.5	40	83	3	126	38	22	19	19	1.93
28174828--28175064	41	5.8	41	88	0	330	17	20	31	31	1.95
28176745--28177014	58	4.7	58	99	0	522	55	7	5	31	1.49
28181848--28182106	42	6.1	42	81	4	254	23	17	30	27	1.97
28181848--28182106	85	3.1	86	81	3	294	23	17	30	27	1.97
28181863--28182099	127	1.9	128	84	2	325	23	19	31	26	1.98
28182154--28182196	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
28182316--28182371	28	2.0	28	85	0	76	44	12	1	41	1.53
28182437--28182481	16	2.5	19	79	13	51	35	13	4	46	1.63
28182578--28182721	30	4.9	29	83	5	182	35	15	5	43	1.71
28182577--28182721	59	2.5	59	87	7	199	35	15	5	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28182934--28182965	14	2.2	15	94	5	57	59	9	9	21	1.57
28182936--28182965	15	2.0	15	93	0	51	63	6	10	20	1.47
28183082--28183125	21	2.1	22	91	8	74	77	0	22	0	0.77
28183150--28183197	16	2.8	16	84	12	60	20	52	22	4	1.64
28183333--28183378	24	1.9	24	95	0	83	21	34	34	8	1.84
28183384--28183454	34	2.1	33	82	10	81	29	40	26	2	1.70
28183459--28183498	16	2.4	16	91	4	62	82	0	17	0	0.67
28183460--28183489	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
28183459--28183497	9	4.6	9	84	9	55	84	0	15	0	0.62
28183620--28183682	33	1.9	34	90	6	103	22	6	11	60	1.53
28183620--28183695	33	2.3	33	84	11	93	25	5	9	60	1.48
28183832--28183940	17	5.7	18	77	15	69	33	11	10	44	1.75
28183849--28183933	22	4.0	22	75	17	99	36	10	9	43	1.72
28183893--28183968	18	4.3	17	75	9	55	31	13	9	46	1.74
28183893--28183968	35	2.1	36	81	11	86	31	13	9	46	1.74
28187383--28187631	129	1.9	129	89	1	383	26	17	21	34	1.95
28187648--28187929	50	5.6	50	74	0	240	27	22	20	29	1.98
28187640--28187935	100	3.0	100	87	1	423	27	22	19	30	1.98
28188134--28188569	45	9.8	45	75	8	340	24	22	23	29	1.99
28188123--28188516	89	4.4	89	85	1	450	24	23	23	29	1.99
28188312--28188576	134	2.0	134	85	4	356	25	21	21	30	1.98
28197819--28197855	16	2.3	16	86	13	58	62	5	2	29	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28197817--28198166	105	3.5	104	77	13	349	55	14	1	29	1.46
28198523--28198613	45	2.0	44	87	2	128	34	28	5	31	1.80
28198592--28198629	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
28211929--28211979	18	2.8	18	77	13	59	27	1	5	64	1.27
28211978--28212007	7	4.4	7	95	4	53	23	0	0	76	0.78
28212717--28212755	21	1.9	19	90	10	60	5	15	7	71	1.26
28212810--28212856	24	1.9	25	86	4	69	10	0	31	57	1.33
28216256--28216298	19	2.3	19	87	0	59	53	4	2	39	1.34
28216948--28217025	24	3.0	26	67	22	74	48	7	8	34	1.63
28216947--28217005	22	2.6	22	76	12	66	50	6	6	35	1.55
28217039--28217120	3	28.3	3	72	16	57	64	1	4	29	1.22
28219047--28219112	33	2.0	33	93	0	114	40	10	10	37	1.74
28223080--28223152	11	6.9	11	72	20	50	52	1	1	45	1.18
28223142--28223184	14	3.0	14	81	15	52	58	0	4	37	1.19
28229400--28229472	19	3.9	18	72	15	58	13	8	20	57	1.62
28232595--28232619	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
28236030--28236064	17	2.1	17	88	0	52	20	2	2	74	1.08
28246667--28246736	25	2.8	26	80	6	81	30	17	25	27	1.97
28246691--28246847	25	6.3	25	71	13	94	34	19	25	21	1.96
28246800--28246882	25	3.3	25	78	9	71	34	19	27	18	1.95
28248262--28248329	28	2.7	24	79	18	75	50	7	14	27	1.70
28248494--28248558	27	2.4	27	94	5	114	29	23	30	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28248680--28248719	14	2.9	13	85	10	53	65	0	35	0	0.93
28248892--28248939	23	2.1	23	96	0	87	25	2	10	62	1.38
28248891--28248980	19	4.5	19	82	12	108	30	1	11	57	1.40
28249073--28249121	21	2.5	20	86	6	73	26	0	14	59	1.36
28249088--28249172	29	3.0	28	82	6	118	28	0	12	58	1.35
28249095--28249172	27	2.8	28	86	5	122	29	0	12	57	1.36
28248873--28249113	61	4.0	61	81	10	273	29	0	13	56	1.43
28249165--28249286	60	2.0	60	85	3	165	31	0	14	53	1.47
28251050--28251079	6	5.0	6	91	0	51	30	33	33	3	1.74
28252463--28252540	27	2.9	27	84	3	86	23	34	23	19	1.96
28255036--28255067	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
28255632--28255674	6	6.8	6	81	7	50	44	16	20	18	1.87
28260855--28261217	181	2.0	182	98	0	710	50	8	14	26	1.72
28267873--28267941	31	2.3	31	89	2	104	44	5	11	37	1.65
28269303--28269342	16	2.5	16	87	0	53	50	2	2	45	1.28
28269337--28269476	75	1.9	74	95	1	253	41	5	8	44	1.59
28269687--28269743	20	2.9	19	92	5	96	66	5	7	21	1.36
28270903--28273104	92	23.9	92	99	0	4377	39	10	11	38	1.78
28273992--28274032	18	2.3	18	87	4	57	36	17	12	34	1.87
28275162--28275974	407	2.0	407	98	0	1563	32	20	23	22	1.98
28277890--28278075	93	2.0	93	97	0	354	29	16	25	29	1.96
28281837--28281870	17	2.1	17	94	5	61	70	11	0	17	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28289978--28290034	13	4.4	12	74	21	53	43	5	0	50	1.24
28290016--28290199	91	2.0	92	98	1	361	46	10	3	39	1.55
28292914--28292960	23	2.1	23	84	4	60	74	2	23	0	0.93
28294697--28294727	14	2.1	15	94	5	55	0	16	0	83	0.64
28314146--28314198	12	4.2	12	77	13	52	45	3	7	43	1.50
28325541--28325626	41	2.0	42	86	13	120	61	11	2	24	1.41
28333399--28333468	15	4.7	15	71	10	54	4	18	2	74	1.11
28333848--28333872	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28336712--28336754	21	2.0	22	90	4	70	16	9	34	39	1.80
28340589--28340648	24	2.4	26	76	21	65	61	0	0	38	0.96
28340969--28341017	22	2.2	23	82	10	57	53	24	0	22	1.47
28342194--28342369	93	1.9	93	86	0	253	30	19	11	38	1.88
28342528--28342562	18	1.9	18	88	0	52	31	8	14	45	1.75
28342584--28342708	62	2.0	62	96	0	232	40	8	10	40	1.70
28342757--28342806	26	1.9	26	95	0	91	46	10	10	34	1.71
28351673--28351743	28	2.6	27	71	13	63	45	2	5	46	1.41
28354392--28354459	27	2.4	28	82	4	75	63	1	5	29	1.27
28355384--28355426	21	2.0	22	86	13	63	53	0	13	32	1.41
28356601--28356662	29	2.2	28	80	8	72	27	4	9	58	1.50
28368334--28368376	12	3.6	12	82	17	54	37	0	2	60	1.10
28368336--28368378	13	3.4	13	77	6	52	32	0	2	65	1.06
28369073--28369302	124	1.9	122	85	3	318	31	12	10	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28375734--28375775	22	2.0	22	85	4	59	33	9	4	52	1.55
28383144--28383179	15	2.4	15	100	0	72	63	13	11	11	1.51
28384774--28384896	4	30.8	4	68	9	72	21	6	3	68	1.27
28384773--28384893	53	2.3	53	79	9	133	22	6	3	67	1.28
28384916--28385001	26	3.3	26	75	12	86	23	11	2	62	1.40
28384983--28385021	3	13.0	3	84	10	53	30	5	0	64	1.15
28385098--28385126	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
28388407--28388447	21	1.9	22	85	5	57	46	12	26	14	1.80
28388805--28388854	19	2.6	20	87	6	68	28	24	6	42	1.78
28391999--28392037	15	2.6	15	95	0	69	56	5	33	5	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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