genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  109  ( 13028 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20975260--20975662	188	2.1	187	87	0	581	25	24	23	26	2.00
20975170--20975756	302	2.0	299	89	1	895	25	24	23	26	2.00
20975453--20975774	114	2.8	113	86	2	414	26	24	23	25	2.00
20976496--20976639	42	3.5	43	73	13	158	47	4	6	41	1.50
20976485--20976653	81	2.1	82	98	1	331	49	4	5	40	1.48
20981583--20981649	32	2.1	32	88	5	100	38	1	26	32	1.66
20981583--20981641	16	3.7	16	90	0	91	40	0	28	30	1.57
20981888--20981938	17	3.1	16	81	10	59	60	0	1	37	1.08
20981876--20981921	20	2.3	19	82	10	56	60	0	0	39	0.97
20984004--20984082	38	2.1	38	100	0	158	53	11	10	25	1.68
20986501--20986556	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
20993579--20993705	25	5.3	24	81	10	120	37	19	24	18	1.94
20993571--20993705	50	2.8	48	80	13	145	37	19	23	19	1.94
21003331--21003429	53	1.9	50	89	6	153	57	3	6	33	1.38
21004400--21004487	44	2.0	44	100	0	176	31	11	18	38	1.86
21007545--21007668	40	3.1	40	78	11	139	40	21	16	21	1.91
21007778--21007805	13	2.2	13	100	0	56	35	28	28	7	1.84
21007737--21007845	53	2.0	54	94	5	195	25	22	29	22	1.99
21008440--21008513	7	10.4	7	75	13	53	22	0	40	36	1.55
21008457--21008540	21	4.1	20	76	14	73	22	0	41	35	1.54
21008469--21008530	21	3.0	21	81	9	74	22	0	46	30	1.52
21008468--21008514	7	7.0	7	88	9	62	19	0	51	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21008476--21008514	12	3.1	12	88	7	51	17	0	51	30	1.46
21008476--21008529	26	2.1	26	82	0	63	22	0	46	31	1.52
21008796--21009106	157	2.0	154	89	3	471	43	5	9	42	1.58
21013504--21013641	43	3.2	43	90	0	213	21	18	31	28	1.97
21013739--21013782	22	2.0	22	90	0	70	45	27	18	9	1.79
21015074--21015109	3	12.7	3	88	11	58	66	0	0	33	0.92
21022380--21022418	6	6.5	6	93	0	69	48	0	35	15	1.45
21044135--21044190	28	2.1	26	86	6	76	57	1	1	39	1.20
21045994--21046399	177	2.3	177	87	1	580	30	18	18	32	1.95
21046305--21046542	131	1.8	132	84	3	327	27	21	21	30	1.98
21046334--21046543	44	4.8	44	76	4	192	26	22	20	30	1.99
21054610--21054640	10	3.1	10	100	0	62	51	0	19	29	1.47
21058851--21058901	25	2.1	25	82	10	61	56	1	1	39	1.22
21059501--21059639	69	2.0	70	98	1	271	21	19	21	37	1.94
21063593--21063636	23	2.0	23	86	4	63	47	0	2	50	1.13
21063677--21063725	20	2.7	18	77	22	57	48	4	2	44	1.33
21064378--21065149	409	1.9	411	88	2	1185	34	16	14	35	1.89
21065141--21065184	23	2.0	23	86	4	63	47	0	2	50	1.13
21065225--21065273	20	2.7	18	77	22	57	48	4	2	44	1.33
21068419--21068482	21	3.0	20	86	4	83	46	15	23	14	1.82
21074583--21074737	46	3.4	46	91	0	238	38	7	24	29	1.83
21078097--21078141	21	2.1	21	91	0	72	46	11	8	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21087627--21087798	74	2.3	73	78	4	175	18	26	22	33	1.96
21087700--21087786	25	3.5	25	78	9	106	14	26	20	37	1.92
21087717--21087798	25	3.3	25	82	1	85	17	28	21	32	1.96
21091111--21091142	15	2.1	15	100	0	64	56	0	0	43	0.99
21092822--21092881	27	2.2	28	79	8	70	26	5	1	66	1.21
21101109--21101138	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
21102996--21103085	41	2.2	41	81	0	108	32	11	21	35	1.88
21126646--21126714	28	2.4	29	87	7	113	44	0	2	52	1.16
21127932--21127962	13	2.4	13	94	0	53	54	38	0	6	1.26
21129031--21129089	29	2.0	31	83	6	77	32	5	5	57	1.42
21129602--21129652	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
21144296--21144538	44	5.7	44	77	6	239	29	22	19	28	1.98
21144301--21144541	129	1.9	129	90	1	385	29	21	20	28	1.98
21144382--21144538	85	1.8	85	90	0	251	29	22	19	28	1.98
21144305--21144583	129	2.2	129	84	3	357	30	21	20	27	1.98
21146171--21146224	27	1.9	29	81	7	67	31	5	7	55	1.51
21149486--21149517	16	2.1	15	94	5	55	31	34	6	28	1.82
21149565--21149607	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
21154362--21154419	29	2.0	29	100	0	116	44	10	6	37	1.65
21154362--21154426	29	2.3	29	92	5	98	46	10	6	36	1.64
21165559--21165622	9	7.2	9	92	3	94	39	28	10	21	1.87
21170287--21170331	20	2.3	20	88	3	65	66	4	0	28	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21181004--21181276	105	2.6	105	94	0	465	30	16	19	33	1.94
21183397--21183475	25	3.2	23	63	16	59	24	12	20	43	1.86
21183505--21183567	23	2.7	22	72	18	65	17	9	22	50	1.74
21184186--21184210	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
21184115--21184221	53	2.1	53	85	3	146	47	5	12	34	1.64
21185776--21185875	48	2.2	47	82	12	120	31	10	13	46	1.75
21188654--21188695	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21188917--21188965	16	3.1	16	93	0	80	22	32	4	40	1.73
21188923--21188970	16	3.0	16	90	0	69	25	35	2	37	1.68
21189982--21190045	27	2.4	27	83	0	74	35	12	29	21	1.91
21193454--21193495	21	2.0	21	86	9	59	38	2	0	59	1.10
21193496--21193533	20	1.9	20	88	0	58	52	0	5	42	1.24
21193574--21193607	13	2.5	13	90	4	50	50	2	0	47	1.16
21194294--21194330	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21196831--21196931	52	2.1	49	85	14	140	56	2	8	31	1.45
21198308--21198417	44	2.5	44	78	8	116	29	20	21	28	1.98
21210893--21210947	3	18.3	3	77	7	58	60	3	1	34	1.25
21213732--21213769	14	2.7	15	88	8	53	65	0	15	18	1.27
21222441--21222500	26	2.3	26	82	5	77	63	0	3	33	1.11
21227152--21227185	15	2.4	14	90	9	52	38	11	2	47	1.55
21227742--21227794	25	2.1	25	96	0	97	24	30	15	30	1.95
21230101--21230175	40	1.9	40	81	5	91	40	6	4	49	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230293--21230431	63	2.2	64	87	6	205	42	10	4	43	1.58
21230889--21231024	72	1.9	71	90	1	218	30	17	17	34	1.93
21233400--21233482	37	2.2	37	91	0	130	14	12	33	39	1.83
21235772--21235883	25	4.5	24	76	5	91	37	21	19	21	1.94
21248750--21249189	222	2.0	223	99	0	873	40	12	12	35	1.80
21251156--21251225	31	2.2	32	82	5	90	55	2	5	35	1.38
21251231--21251271	20	2.0	21	86	13	59	58	0	4	36	1.20
21251228--21251294	24	2.8	23	69	17	57	55	2	5	35	1.40
21252798--21253270	44	10.8	44	73	8	263	26	22	19	31	1.98
21252806--21253320	45	11.8	45	71	12	315	26	22	20	30	1.98
21252795--21253334	219	2.5	218	85	3	550	26	23	19	30	1.98
21254208--21254256	25	1.9	26	91	4	82	59	10	16	14	1.61
21264383--21264455	36	2.0	37	97	2	139	27	19	17	35	1.94
21269664--21269750	45	1.9	46	84	11	117	43	9	14	32	1.77
21273594--21273634	18	2.2	19	87	12	59	63	0	0	36	0.95
21283201--21283225	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
21283639--21283694	29	1.9	29	100	0	112	33	28	3	33	1.75
21302439--21302517	20	3.9	20	88	1	95	8	29	24	37	1.85
21303181--21303310	24	5.5	24	71	14	90	23	14	23	37	1.92
21303187--21303404	47	4.6	47	84	4	235	23	15	23	37	1.93
21303258--21303379	23	5.2	22	68	18	61	26	15	22	35	1.94
21303187--21303409	94	2.4	94	86	0	293	23	15	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21303548--21303590	21	2.1	20	83	12	52	51	2	13	32	1.54
21308936--21308983	23	2.1	23	88	0	69	27	8	20	43	1.80
21309386--21309544	43	3.7	42	79	6	133	30	25	16	27	1.97
21309394--21309535	43	3.3	44	79	6	148	28	25	19	26	1.98
21317929--21318003	19	3.8	19	93	6	132	37	10	16	36	1.83
21317929--21318026	19	4.7	22	80	14	95	36	9	16	37	1.80
21318232--21318276	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
21318688--21318721	7	4.7	7	88	3	50	20	0	0	79	0.73
21318730--21318773	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
21321939--21322196	128	2.0	128	100	0	516	37	16	6	39	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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