genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14756441--14756773	165	2.0	166	99	0	659	42	6	8	42	1.61
14758312--14758371	19	3.2	18	79	9	66	33	3	1	61	1.22
14760278--14760557	152	1.8	152	82	1	355	30	14	18	36	1.91
14769570--14769618	14	3.2	14	76	18	53	51	8	8	32	1.61
14769708--14769771	27	2.4	26	89	2	92	39	4	6	50	1.49
14769853--14769929	38	2.0	38	90	9	122	49	7	15	27	1.72
14777558--14777591	15	2.3	15	90	10	52	38	5	17	38	1.74
14779761--14779871	27	4.1	27	82	4	134	25	23	9	41	1.85
14781311--14781363	25	2.2	24	82	3	61	18	20	20	39	1.92
14781962--14782001	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
14781985--14782024	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
14781970--14782036	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
14781964--14782040	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
14784464--14784514	18	2.8	18	69	0	57	41	3	41	13	1.63
14793433--14793489	28	2.2	25	81	15	62	64	0	15	19	1.28
14795000--14795167	89	1.9	89	100	0	336	32	10	17	39	1.84
14798096--14798136	18	2.3	18	84	12	50	19	14	4	60	1.51
14798087--14798141	17	3.2	17	75	14	58	23	14	5	56	1.59
14805017--14805182	24	6.8	24	69	17	74	37	19	22	19	1.94
14813094--14813125	12	2.7	12	100	0	64	62	6	25	6	1.42
14816874--14816907	15	2.1	16	89	10	52	52	8	0	38	1.33
14817869--14817916	25	1.9	25	100	0	96	41	4	0	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14820623--14820961	178	1.9	177	87	3	502	24	11	19	44	1.84
14826945--14826980	5	7.2	5	93	0	63	58	2	0	38	1.13
14829631--14829779	78	1.9	78	82	10	189	57	6	2	33	1.36
14832422--14832466	22	2.0	23	87	12	67	66	2	0	31	1.04
14836058--14836254	51	3.9	50	76	8	202	24	18	27	29	1.98
14836255--14836341	45	1.9	45	90	0	138	24	17	24	34	1.96
14842510--14842629	45	2.7	45	80	0	132	21	20	17	40	1.91
14842607--14842724	45	2.6	45	84	0	146	19	16	16	46	1.84
14848990--14849065	29	2.7	29	72	8	68	32	3	19	43	1.70
14849656--14849694	18	2.2	18	85	0	51	30	10	17	41	1.83
14850355--14850401	17	2.7	18	87	6	62	34	6	14	44	1.71
14856828--14856863	10	3.5	10	92	3	54	41	0	0	58	0.98
14860496--14860614	36	3.3	36	82	2	141	12	11	34	41	1.80
14864124--14865598	136	10.8	136	99	0	2914	33	22	6	37	1.80
14867484--14867583	26	3.8	26	84	2	121	42	20	20	18	1.90
14867770--14868115	27	12.9	27	74	9	208	21	17	19	42	1.89
14867758--14868102	81	4.3	81	82	4	385	21	17	18	42	1.89
14867758--14868115	54	6.6	54	75	9	293	21	17	18	42	1.89
14875347--14875448	26	4.0	26	73	7	100	39	19	23	17	1.92
14875656--14875995	27	12.7	26	80	5	198	24	15	18	42	1.88
14875679--14875995	107	3.0	106	83	8	383	24	15	18	41	1.90
14875717--14875995	54	5.2	54	83	8	331	25	16	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14875666--14875995	80	4.1	81	82	7	361	24	15	18	41	1.89
14876665--14876705	20	2.0	21	90	4	66	53	0	41	4	1.22
14880032--14880266	50	4.7	50	80	4	253	23	28	20	28	1.99
14884407--14884484	29	2.7	29	91	0	129	21	2	8	66	1.32
14886253--14886295	4	10.2	4	80	9	50	69	4	2	23	1.18
14887303--14887677	44	8.7	44	70	11	168	28	22	19	29	1.98
14887271--14887692	217	1.9	218	91	1	695	27	22	20	30	1.98
14888057--14888193	44	3.1	44	93	4	240	30	25	18	24	1.98
14889448--14889499	6	8.3	6	85	10	61	0	23	0	76	0.78
14889446--14889493	11	4.2	12	87	12	66	0	25	0	75	0.81
14889446--14889491	17	2.6	19	83	13	62	0	23	0	76	0.79
14889448--14889490	18	2.3	18	92	8	68	0	23	0	76	0.78
14897488--14897908	210	2.0	210	98	0	808	34	16	15	33	1.90
14898159--14898286	15	7.9	15	67	18	62	0	28	14	56	1.44
14898144--14898286	48	3.0	48	76	8	155	0	30	12	56	1.41
14898144--14898291	33	4.6	33	78	9	135	0	31	12	56	1.41
14898147--14898304	48	3.3	46	72	19	137	0	31	12	55	1.42
14900268--14900328	28	2.2	28	82	5	70	59	1	1	37	1.17
14900456--14900490	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
14900814--14900841	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
14903256--14903295	21	1.9	21	85	10	55	37	2	10	50	1.50
14903962--14904000	20	1.9	21	89	5	62	33	0	2	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14924343--14924400	15	3.9	15	76	13	57	62	0	3	34	1.12
14926125--14926175	24	2.1	24	88	0	75	52	3	3	39	1.38
14927741--14927786	24	2.0	23	82	4	56	60	28	0	10	1.30
14934058--14934170	55	2.0	56	96	3	210	35	12	21	30	1.90
14934431--14934488	15	3.9	15	76	13	57	62	0	3	34	1.12
14936213--14936263	24	2.1	24	88	0	75	52	3	3	39	1.38
14937829--14937874	24	2.0	23	82	4	56	60	28	0	10	1.30
14943545--14943599	17	3.2	17	71	0	56	18	27	34	20	1.95
14947269--14947323	28	1.9	29	92	3	94	20	30	21	27	1.98
14950878--14950926	10	5.0	10	79	20	59	40	0	0	59	0.98
14964503--14964551	18	2.8	18	81	9	57	18	38	28	14	1.90
14965611--14965674	31	2.1	31	100	0	128	48	23	6	21	1.73
14966521--14966564	16	2.8	16	89	0	70	47	11	0	40	1.39
14978022--14978046	10	2.5	10	100	0	50	40	44	8	8	1.63
14980954--14980995	15	2.9	15	82	13	52	14	16	7	61	1.53
14982760--14982818	22	2.7	22	91	0	73	44	0	13	42	1.44
14983749--14983820	25	2.9	25	81	2	74	20	29	15	34	1.93
14991186--14991254	25	2.8	25	82	6	77	21	28	18	30	1.97
14991212--14991266	25	2.2	25	90	0	83	20	30	18	30	1.96
14992913--14992972	20	3.0	20	76	11	61	38	5	5	51	1.45
14996017--14996054	19	2.0	19	94	0	67	5	28	0	65	1.14
14996471--14996505	16	2.2	16	89	0	52	22	0	17	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15004348--15004387	19	2.1	19	86	9	55	57	7	0	35	1.27
15006671--15006720	21	2.4	20	75	24	50	32	16	12	40	1.84
15007389--15007419	10	3.1	10	100	0	62	9	29	0	61	1.28
15024753--15024804	19	2.9	17	83	10	68	38	7	17	36	1.78
15024776--15024820	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
15024786--15024830	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
15025007--15025045	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
15031283--15031324	9	4.6	9	77	16	50	83	0	11	4	0.79
15032916--15033587	44	15.5	44	68	14	231	29	19	22	28	1.98
15032869--15033415	173	3.2	172	89	2	801	28	20	22	28	1.98
15033089--15033724	217	2.9	217	78	6	501	29	20	22	28	1.98
15033138--15033419	84	3.3	84	68	10	237	27	19	23	29	1.98
15032869--15033505	346	1.8	346	83	4	856	28	19	23	28	1.98
15032869--15033505	173	3.7	172	86	4	768	28	19	23	28	1.98
15034070--15034127	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
15034235--15034261	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
15037016--15037056	15	2.6	15	88	7	55	65	0	2	31	1.05
15042886--15042991	53	2.0	53	92	0	176	35	22	7	33	1.83
15049610--15049686	36	2.1	36	88	4	111	16	14	27	41	1.87
15054276--15054365	32	2.9	31	93	3	153	46	13	10	30	1.75
15054277--15054369	31	3.0	31	93	3	159	45	12	9	32	1.75
15060964--15061023	32	1.9	31	96	3	111	0	13	10	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15064099--15064131	12	2.6	13	85	9	50	9	0	15	75	1.03
15072257--15072331	25	3.0	25	76	9	80	40	8	14	37	1.76
15075683--15075757	25	3.0	25	76	9	80	40	8	14	37	1.76
15081727--15081761	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
15083100--15083199	52	2.0	50	87	11	145	35	16	14	35	1.88
15084863--15084983	57	2.1	57	83	6	147	50	8	17	23	1.73
15089543--15089568	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
15098279--15098327	5	9.8	5	86	8	64	4	0	14	81	0.83
15098288--15098327	21	1.9	21	94	0	71	2	0	15	82	0.77
15100417--15101020	22	28.0	21	80	9	539	43	30	0	25	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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