genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2265975--2266009	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
2271418--2271469	6	8.7	6	100	0	104	50	15	0	34	1.45
2274309--2274347	14	2.7	15	84	4	53	64	12	2	20	1.40
2275104--2275156	26	2.0	27	81	3	63	37	0	26	35	1.57
2275651--2275690	20	2.0	20	85	0	53	22	5	2	70	1.19
2275913--2275944	15	2.2	15	94	5	57	28	18	9	43	1.81
2294752--2294806	27	2.0	28	82	3	67	36	0	25	38	1.56
2295300--2295339	20	2.0	20	85	0	53	22	5	2	70	1.19
2296149--2296421	43	6.3	43	88	0	345	28	26	20	23	1.99
2296149--2296421	86	3.2	86	90	1	404	28	26	20	23	1.99
2296149--2296466	129	2.5	129	82	5	378	30	26	19	23	1.98
2302762--2302804	19	2.3	19	80	11	52	65	4	4	25	1.32
2302809--2302966	41	3.9	41	92	0	253	29	24	22	24	1.99
2303006--2303098	40	2.3	39	83	9	114	18	21	24	35	1.95
2303988--2304038	14	3.6	14	74	12	50	17	13	35	33	1.89
2304633--2305230	101	5.9	101	92	0	937	25	25	20	27	1.99
2307347--2307414	14	4.9	14	72	15	52	16	11	38	33	1.85
2307989--2308018	9	3.3	9	95	0	51	50	3	6	40	1.45
2308419--2308480	27	2.3	27	94	0	106	11	38	29	20	1.88
2308884--2308945	32	1.9	32	83	6	81	24	1	8	66	1.28
2309630--2309696	33	2.0	33	97	0	125	38	19	11	29	1.88
2321142--2321219	29	2.7	29	84	5	95	38	0	2	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330405--2330466	31	2.0	31	90	0	97	43	6	20	29	1.77
2330575--2330614	18	2.4	18	80	12	50	32	0	7	60	1.25
2332594--2332633	18	2.4	18	80	12	50	32	0	7	60	1.25
2334203--2334307	52	2.0	52	90	3	167	20	24	25	29	1.99
2335797--2335856	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
2337543--2337781	120	2.0	119	98	0	460	28	27	14	29	1.95
2338117--2338213	33	2.8	35	72	20	89	44	3	1	51	1.24
2338382--2338406	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
2348434--2348467	17	2.0	17	88	11	52	50	14	11	23	1.76
2352541--2352578	16	2.3	16	82	17	51	7	13	0	78	0.94
2361541--2361568	11	2.5	11	100	0	56	0	0	21	78	0.75
2384830--2384884	4	13.8	4	92	0	74	25	7	23	43	1.79
2384830--2384884	16	3.4	16	89	0	83	25	7	23	43	1.79
2384835--2384884	20	2.5	20	100	0	100	26	8	24	42	1.82
2387267--2387314	20	2.4	21	75	10	55	43	8	6	41	1.60
2394357--2394431	14	5.3	14	76	13	73	56	2	1	40	1.22
2398410--2398453	15	2.9	15	75	3	52	61	0	0	38	0.96
2404140--2404211	20	3.5	21	74	14	78	33	23	16	26	1.96
2412861--2412927	34	1.9	35	87	3	100	47	8	8	34	1.66
2419189--2419233	3	15.3	3	86	13	67	35	0	0	64	0.94
2429857--2429931	31	2.3	32	86	4	98	8	26	33	32	1.85
2438184--2438302	25	4.7	24	74	14	69	52	8	14	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438179--2438302	12	9.8	12	70	13	70	50	8	14	26	1.70
2438246--2438309	13	4.7	13	77	9	65	54	7	12	25	1.64
2438569--2438602	17	2.0	17	94	0	59	8	14	5	70	1.31
2439216--2439242	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2439962--2440266	17	16.8	17	66	18	93	35	13	9	41	1.77
2439988--2440075	33	2.7	33	78	16	101	36	12	10	40	1.77
2440111--2440273	39	4.4	39	77	11	141	34	12	10	42	1.78
2440150--2440191	22	2.0	21	86	9	59	42	14	7	35	1.73
2440169--2440221	18	2.9	18	83	5	63	35	11	11	41	1.77
2440303--2440335	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
2441628--2441675	17	2.9	17	85	11	57	39	8	4	47	1.53
2442266--2442299	15	2.3	15	89	0	50	0	11	8	79	0.94
2443418--2443474	30	1.9	29	86	10	80	28	3	7	61	1.39
2464414--2464451	18	2.2	18	86	9	53	68	2	5	23	1.23
2469699--2469748	15	3.3	15	88	0	64	62	12	2	24	1.40
2469714--2469749	12	3.0	12	91	0	54	63	11	2	22	1.39
2470207--2470231	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
2472929--2472964	18	2.0	18	88	0	54	55	0	0	44	0.99
2472957--2473143	61	3.1	61	68	11	159	47	6	4	41	1.50
2472909--2473204	120	2.5	119	92	1	475	47	5	3	43	1.43
2472915--2473239	57	5.5	55	66	21	158	48	4	3	43	1.39
2473154--2473236	29	2.9	29	71	8	80	54	1	1	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488096--2488178	26	3.2	26	78	1	76	59	8	4	27	1.47
2488226--2488265	21	1.9	21	84	0	53	70	2	2	25	1.13
2493087--2493143	25	2.3	25	84	6	71	33	12	17	36	1.87
2493055--2493193	75	1.9	75	82	8	176	31	11	21	35	1.89
2493077--2493224	75	2.0	75	80	7	167	33	10	21	34	1.88
2495518--2495633	58	2.0	58	98	0	223	21	12	22	43	1.87
2495521--2495653	58	2.3	58	89	2	178	23	12	22	41	1.88
2503351--2503391	20	2.0	21	85	4	57	60	2	2	34	1.23
2506624--2506676	19	2.7	20	73	8	54	26	56	7	9	1.57
2511554--2511579	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
2511505--2511645	63	2.2	64	88	3	203	48	5	18	26	1.70
2511617--2511661	18	2.4	18	85	3	54	62	4	17	15	1.49
2513224--2513272	21	2.3	21	83	10	64	44	2	16	36	1.59
2513350--2513396	24	2.0	24	83	8	60	51	0	4	44	1.21
2515339--2515579	120	2.0	120	96	1	448	34	31	10	24	1.89
2522374--2522402	6	4.8	6	100	0	58	34	0	65	0	0.93
2525432--2525480	21	2.3	21	83	10	64	44	2	16	36	1.59
2527503--2527548	24	1.9	24	95	0	83	36	4	23	34	1.75
2528664--2528824	42	3.9	42	85	5	222	34	28	18	18	1.95
2530073--2530118	24	1.9	24	95	0	83	36	4	23	34	1.75
2531234--2531394	42	3.9	42	85	5	222	34	28	18	18	1.95
2532252--2532319	23	3.0	23	77	12	77	35	20	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532252--2532342	46	2.0	46	82	8	114	39	20	6	32	1.79
2533783--2533896	39	3.2	38	63	29	95	38	10	13	37	1.79
2533782--2533920	69	2.0	69	97	0	260	39	9	11	39	1.74
2534050--2534107	19	3.1	17	79	18	62	53	0	6	39	1.28
2534385--2534438	10	5.3	10	76	12	56	38	1	1	57	1.20
2534371--2534443	30	2.4	29	84	10	94	42	4	2	50	1.35
2534698--2534735	15	2.6	15	83	4	51	44	39	0	15	1.47
2534693--2534798	21	5.0	21	68	13	63	47	30	1	20	1.61
2534760--2534798	14	2.8	14	84	0	51	51	33	0	15	1.44
2535097--2535337	72	3.3	73	80	3	261	26	25	19	28	1.98
2535359--2535531	73	2.4	72	81	11	217	26	28	18	27	1.98
2534983--2535531	261	2.1	261	92	3	944	26	26	19	27	1.99
2535192--2535646	187	2.4	188	83	4	551	26	25	19	29	1.99
2535445--2535760	114	2.8	115	85	2	415	26	25	19	28	1.99
2535551--2536104	186	3.0	185	71	11	482	26	24	20	28	1.99
2539533--2539569	17	2.2	17	95	0	65	40	2	27	29	1.70
2546472--2546519	25	1.9	25	95	0	87	4	31	31	33	1.77
2548007--2548171	82	2.0	82	95	0	294	30	18	23	28	1.97
2572488--2572527	19	2.0	21	90	9	66	37	0	0	62	0.95
2576109--2576138	12	2.5	12	94	0	51	26	3	0	70	1.03
2577622--2577655	17	2.0	17	88	0	50	41	0	5	52	1.25
2578561--2578604	20	2.2	20	95	0	79	38	20	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2590590--2590721	67	2.0	67	95	0	237	28	32	18	20	1.96
2590848--2590956	57	1.9	57	90	3	175	22	26	20	30	1.98
2595547--2595750	106	1.9	106	97	0	390	40	18	4	36	1.72
2595968--2596013	23	2.0	23	100	0	92	52	17	17	13	1.75
2600331--2600487	44	3.6	44	82	2	183	35	21	20	23	1.96
2600641--2600719	40	2.0	40	97	0	149	32	22	7	36	1.83
2603061--2603091	16	1.9	16	93	0	53	19	12	3	64	1.41
2606314--2606371	28	2.0	30	83	6	75	55	12	5	27	1.58
2607146--2607198	21	2.5	22	90	3	81	35	0	3	60	1.15
2610113--2610176	27	2.4	27	87	12	96	31	3	15	50	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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