genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25415603--25415822	97	2.3	97	83	1	289	34	13	20	31	1.91
25415869--25415907	17	2.3	17	100	0	78	43	20	12	23	1.86
25415899--25416033	34	4.0	33	72	13	105	42	14	13	28	1.84
25430101--25430154	12	4.5	12	79	6	56	70	1	1	25	1.07
25439883--25439920	14	2.7	14	100	0	76	57	0	5	36	1.21
25441435--25441532	28	3.5	27	91	2	142	31	12	24	31	1.92
25442256--25442708	70	6.4	71	88	1	653	26	14	17	41	1.88
25442256--25442708	141	3.2	141	90	0	685	26	14	17	41	1.88
25442256--25442708	211	2.1	212	92	0	775	26	14	17	41	1.88
25442258--25442821	23	24.1	23	71	4	376	26	13	18	41	1.88
25442351--25442795	94	4.8	94	73	10	292	26	13	18	40	1.88
25442707--25442895	75	2.6	74	89	4	294	28	11	19	41	1.85
25451315--25451354	20	2.0	20	90	9	64	30	17	7	45	1.76
25455711--25455746	15	2.2	18	85	14	51	58	5	11	25	1.54
25459612--25459664	26	2.0	26	92	0	88	35	11	16	35	1.85
25472411--25472493	43	1.9	43	97	0	157	33	20	12	33	1.89
25474887--25474949	24	2.6	24	92	0	99	34	0	41	23	1.55
25475586--25475791	27	7.6	27	84	6	181	34	18	21	25	1.96
25475598--25475876	54	4.9	54	74	11	218	33	19	22	25	1.97
25475599--25475791	81	2.4	80	86	3	260	34	17	22	25	1.96
25475792--25475875	27	3.1	27	85	0	114	30	23	21	23	1.99
25475725--25475858	67	2.0	67	83	2	171	29	20	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25475696--25475874	94	1.9	94	90	0	286	31	19	22	26	1.98
25475796--25475886	27	3.4	27	84	1	112	31	17	25	25	1.97
25475936--25475993	24	2.4	24	82	5	73	20	8	24	46	1.78
25476065--25476121	27	2.1	27	84	12	73	22	24	21	31	1.98
25476076--25476127	27	1.9	27	84	7	70	25	26	17	30	1.97
25476119--25476174	26	2.2	26	83	0	67	14	23	28	33	1.94
25476165--25476384	32	6.9	32	88	0	296	23	20	17	38	1.93
25476391--25476437	22	2.1	22	84	7	60	23	14	14	46	1.82
25480589--25480718	51	2.5	51	78	2	136	23	17	24	33	1.96
25480729--25480814	45	1.9	45	87	0	127	29	17	20	32	1.96
25484916--25485275	27	13.4	27	84	0	416	41	21	17	19	1.90
25489324--25489376	25	2.1	25	100	0	106	18	3	28	49	1.65
25489652--25489712	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
25489671--25489712	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
25500388--25500599	105	2.0	107	98	1	410	43	8	3	44	1.51
25503949--25503974	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
25504969--25505013	20	2.2	21	84	4	56	35	2	4	57	1.31
25505291--25505355	33	2.0	33	90	0	103	44	7	13	33	1.73
25508923--25508962	20	2.0	20	100	0	80	15	25	0	60	1.35
25509966--25509998	17	1.9	18	88	11	52	24	18	0	57	1.40
25510989--25511040	18	2.8	18	88	2	68	51	3	0	44	1.19
25523065--25523123	24	2.4	24	80	8	66	59	3	1	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25523166--25523246	24	3.5	22	79	15	85	58	1	4	35	1.28
25523181--25523315	47	2.9	46	78	10	118	57	3	5	33	1.41
25524887--25525126	85	2.8	86	72	6	216	28	20	20	30	1.97
25524701--25525216	173	3.0	171	79	5	540	27	19	20	32	1.97
25525102--25525230	44	2.9	44	76	8	104	25	19	22	32	1.97
25525318--25525614	89	3.3	89	87	1	407	25	24	23	26	2.00
25528460--25528788	44	7.5	44	66	11	136	26	26	19	27	1.99
25528428--25528797	132	2.8	132	89	0	596	26	25	20	27	1.99
25528742--25529061	88	3.6	88	79	1	370	28	26	19	25	1.98
25528806--25529035	45	5.2	45	75	6	234	29	26	16	26	1.97
25530166--25530249	42	2.0	42	86	9	118	23	33	13	29	1.93
25537399--25537536	45	2.7	53	71	24	141	28	26	16	28	1.97
25537567--25538182	132	4.7	132	87	1	799	25	25	19	29	1.98
25538151--25538453	88	3.4	88	79	3	356	27	26	19	26	1.99
25538198--25538427	45	5.2	45	75	6	234	29	26	16	26	1.97
25546312--25546376	22	2.9	22	80	14	71	56	4	4	33	1.40
25550077--25550426	123	2.8	125	84	2	454	30	16	20	33	1.94
25552861--25553238	104	3.7	103	89	1	553	31	28	20	18	1.97
25556189--25556225	18	2.1	18	89	0	56	45	5	27	21	1.73
25558026--25558053	11	2.5	11	100	0	56	50	0	28	21	1.49
25581516--25581555	19	2.1	19	95	0	71	17	35	15	32	1.91
25589148--25589220	26	2.9	25	86	8	94	35	23	6	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25590760--25590932	75	2.3	76	79	1	186	22	12	27	36	1.91
25590716--25590934	38	5.8	38	79	4	165	23	13	27	35	1.92
25604079--25604200	43	2.8	43	80	9	149	33	30	17	18	1.94
25621819--25621860	8	5.2	8	86	8	59	73	0	26	0	0.83
25623246--25623293	25	1.9	25	83	8	62	33	4	14	47	1.63
25626720--25626750	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
25627469--25628568	555	2.0	546	91	3	1776	40	11	9	38	1.74
25629034--25629282	124	2.0	125	98	0	482	51	5	14	28	1.63
25629674--25630087	121	3.4	121	99	0	812	51	4	0	43	1.26
25630211--25630269	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
25634586--25635065	101	4.7	101	85	8	619	36	15	17	30	1.91
25634610--25635024	214	2.0	207	88	4	616	35	14	17	32	1.90
25637547--25637712	54	3.1	54	92	3	282	29	11	9	49	1.71
25637548--25637712	52	3.1	52	94	1	276	29	11	9	49	1.71
25637654--25637864	96	2.2	99	93	5	358	27	17	12	42	1.85
25641050--25641095	22	2.1	22	100	0	92	32	8	36	21	1.84
25646536--25646593	30	1.9	30	92	0	98	27	29	1	41	1.66
25646610--25646774	57	2.9	56	82	7	174	20	32	6	40	1.77
25646607--25646774	56	3.0	56	80	10	173	20	33	6	39	1.78
25647034--25647074	3	14.0	3	89	5	66	65	0	31	2	1.05
25650706--25650737	3	11.0	3	93	6	57	68	31	0	0	0.90
25651047--25651088	21	2.0	21	90	0	66	45	19	4	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25652237--25652396	47	3.4	47	87	0	221	35	21	13	30	1.92
25652442--25652482	21	2.0	21	90	4	66	36	17	0	46	1.48
25652625--25652692	32	2.1	32	100	0	136	41	13	8	36	1.75
25658847--25659363	27	19.2	26	85	3	539	44	20	18	17	1.87
25659736--25659811	28	2.7	28	89	0	116	25	23	25	26	2.00
25660681--25660731	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
25666268--25666369	49	2.1	49	90	3	161	59	11	5	22	1.53
25667175--25667230	20	2.7	21	83	8	69	48	3	3	44	1.37
25667454--25667487	6	5.7	6	100	0	68	17	0	14	67	1.23
25667354--25667569	116	1.8	118	83	7	289	39	5	6	47	1.54
25667922--25667963	20	2.0	20	95	4	75	64	0	0	35	0.94
25667953--25668003	11	4.5	11	82	4	66	64	0	1	33	1.05
25667922--25668028	51	2.1	50	88	8	155	62	0	1	35	1.06
25667956--25668003	22	2.2	22	92	0	78	66	0	2	31	1.03
25671700--25671770	35	2.0	35	97	0	133	36	9	15	38	1.81
25674814--25674860	15	3.1	15	81	0	58	29	14	0	55	1.40
25682161--25682233	19	3.6	19	68	20	58	39	2	4	53	1.34
25685399--25685521	49	2.5	49	94	0	210	26	14	25	33	1.94
25685399--25685537	49	2.8	49	89	4	208	26	15	25	33	1.95
25685655--25685743	42	2.1	42	97	0	169	30	7	24	37	1.84
25688890--25689006	62	1.9	61	86	5	166	49	4	4	41	1.42
25688985--25689033	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25689968--25690016	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
25692030--25692062	12	2.7	12	95	4	57	21	12	30	36	1.90
25696184--25696239	29	1.9	29	89	7	87	41	19	16	23	1.90
25701531--25701560	15	2.0	15	93	0	51	83	0	13	3	0.77
25706825--25706982	67	2.4	67	94	0	271	22	22	24	29	1.99
25722338--25722505	65	2.6	66	76	14	168	36	4	16	42	1.70
25724595--25724642	18	2.7	18	78	9	53	37	14	4	43	1.65
25729854--25729907	24	2.2	24	86	0	72	33	3	7	55	1.45
25735084--25735190	19	5.2	21	80	10	73	42	15	5	36	1.71
25735084--25735141	22	2.6	22	81	7	64	43	17	1	37	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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