genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22889997--22890301	132	2.3	131	81	4	337	18	10	53	18	1.71
22890246--22890295	15	3.3	15	75	10	57	20	4	64	12	1.43
22890255--22890301	15	3.1	15	79	11	60	19	4	61	14	1.49
22890749--22890807	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
22890814--22890855	17	2.5	17	84	0	57	59	0	0	40	0.97
22890875--22892701	913	2.0	913	100	0	3654	31	14	14	39	1.86
22893031--22893081	24	2.1	24	82	7	59	33	3	0	62	1.13
22899762--22899811	4	12.5	4	91	0	82	46	26	4	24	1.70
22899760--22899811	20	2.6	20	100	0	104	44	25	5	25	1.76
22908254--22908327	36	2.1	36	94	0	130	22	27	14	35	1.94
22908387--22908492	54	2.0	54	90	3	169	22	21	25	30	1.99
22913929--22914238	152	2.0	153	99	0	613	42	9	7	40	1.64
22920590--22920624	17	2.1	17	100	0	70	60	0	28	11	1.32
22921685--22921724	19	2.1	19	85	0	53	0	22	0	77	0.77
22924046--22924335	126	2.3	125	87	2	420	32	19	21	26	1.97
22928224--22928267	14	3.1	14	90	3	52	29	0	2	68	1.02
22928234--22928267	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
22928836--22928870	17	2.0	18	88	5	54	37	5	2	54	1.39
22928855--22928892	20	1.9	20	94	0	67	36	0	0	63	0.95
22935020--22935091	30	2.4	30	93	2	128	27	25	5	41	1.77
22935410--22935459	3	16.0	3	80	15	57	64	0	36	0	0.94
22935413--22935459	10	4.6	10	84	5	67	63	0	36	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22935424--22935477	21	2.6	21	81	0	63	74	0	25	0	0.83
22935562--22935611	23	2.2	22	86	10	66	58	24	14	4	1.53
22936078--22936110	15	2.1	16	88	5	50	24	15	9	51	1.72
22936269--22936373	17	5.8	17	70	12	75	28	17	12	41	1.85
22936266--22936386	17	6.7	17	68	11	53	25	19	12	42	1.86
22936266--22936368	36	2.8	36	79	2	98	24	18	12	44	1.84
22936441--22936494	20	2.7	19	88	5	81	40	11	12	35	1.79
22936457--22936566	37	3.1	34	79	14	116	39	8	11	40	1.72
22940507--22940550	15	2.8	16	82	10	54	27	2	2	68	1.14
22944851--22944898	25	1.9	25	86	0	69	22	10	12	54	1.68
22947252--22947301	24	2.1	23	89	10	75	66	2	32	0	1.03
22952944--22953009	33	2.0	33	100	0	132	39	12	9	39	1.74
22959563--22959641	40	2.0	37	80	9	86	36	21	24	17	1.94
22959710--22960499	228	3.5	229	82	7	925	31	19	22	26	1.98
22959728--22960587	115	7.7	113	78	8	786	31	19	22	26	1.98
22961207--22961287	29	2.8	31	73	19	84	29	3	32	34	1.75
22962019--22962091	23	3.1	22	74	16	67	19	39	1	39	1.60
22962021--22962093	24	3.2	22	77	12	76	17	42	1	38	1.58
22962078--22962106	15	1.9	15	100	0	58	20	44	0	34	1.52
22963568--22963679	9	13.1	9	77	11	110	46	20	1	31	1.61
22963568--22963679	25	4.4	25	85	2	134	46	20	1	31	1.61
22966741--22966882	42	3.3	43	90	3	205	25	22	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22974834--22974867	14	2.4	15	90	9	54	26	0	14	58	1.36
22980228--22980323	41	2.3	41	80	0	102	25	19	10	44	1.82
22984973--22985025	20	2.7	20	72	21	65	62	13	7	16	1.53
22999408--22999503	51	1.9	50	82	2	120	37	8	1	53	1.38
22999445--22999528	43	2.0	43	88	4	125	36	8	0	54	1.31
23014399--23014782	135	2.8	135	91	0	590	44	12	8	34	1.72
23015046--23015075	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
23015378--23015436	30	2.0	30	82	0	73	44	0	8	47	1.33
23018734--23018784	24	2.1	25	85	3	68	7	5	29	56	1.51
23021800--23021855	17	3.4	16	78	11	60	41	0	1	57	1.09
23021800--23021854	5	11.2	5	74	18	53	40	0	1	58	1.09
23021801--23021856	27	2.0	29	86	6	80	42	0	1	55	1.10
23031815--23031892	30	2.8	28	79	9	86	42	0	15	42	1.47
23034788--23034897	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
23036852--23036882	14	2.2	14	100	0	62	19	32	12	35	1.90
23042113--23042215	43	2.3	43	88	3	152	23	30	26	20	1.99
23044086--23044168	37	2.4	34	77	16	82	38	2	3	55	1.30
23044673--23044708	15	2.4	15	90	0	54	52	0	13	33	1.41
23055656--23055717	30	2.1	31	81	6	74	46	14	1	37	1.54
23063161--23063197	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
23063198--23063306	52	2.1	53	89	3	166	31	0	23	44	1.60
23067479--23067510	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23068610--23068669	28	2.1	28	84	0	75	31	11	23	33	1.91
23078818--23078879	31	2.0	31	93	0	106	20	24	19	35	1.96
23084321--23084360	21	2.0	20	85	5	53	70	5	7	17	1.30
23084547--23084586	16	2.4	18	80	16	50	20	0	7	72	1.08
23087201--23087253	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
23088303--23088354	21	2.4	21	83	3	68	57	1	3	36	1.28
23089147--23089194	17	2.6	19	81	15	57	47	0	2	50	1.12
23093152--23093384	50	4.7	50	82	5	262	21	28	22	27	1.99
23102359--23102409	16	3.2	16	75	8	50	52	3	0	43	1.19
23110812--23110902	40	2.3	39	81	5	103	41	21	17	18	1.90
23117141--23117203	31	2.0	32	87	9	94	17	4	19	58	1.56
23120722--23120912	23	8.3	23	88	0	274	23	18	25	32	1.97
23124038--23124085	20	2.4	20	89	0	69	56	2	16	25	1.51
23124038--23124102	20	3.2	20	84	0	58	53	6	16	23	1.65
23127977--23128001	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
23132866--23132890	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
23137331--23137411	42	1.9	42	94	0	144	39	20	8	30	1.83
23139203--23139264	31	2.0	31	87	0	88	41	12	9	35	1.76
23139370--23139401	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23139556--23139588	14	2.3	15	89	5	50	69	0	0	30	0.88
23140751--23140796	24	1.9	24	86	0	65	67	2	0	30	1.03
23141328--23141450	57	2.1	61	86	6	173	22	13	13	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23142721--23142745	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
23145032--23145064	6	5.7	6	89	7	50	69	0	3	27	1.03
23145032--23145064	11	2.8	12	86	9	50	69	0	3	27	1.03
23147966--23148079	56	2.0	56	98	0	219	39	7	16	36	1.76
23157306--23157435	43	3.0	43	76	14	133	31	27	18	22	1.97
23158787--23158891	21	5.0	21	72	6	95	40	15	25	18	1.89
23158787--23158902	43	2.7	43	84	5	139	42	15	25	17	1.88
23161220--23161270	11	4.7	10	78	21	50	0	21	1	76	0.88
23161204--23161264	11	5.3	11	75	24	54	1	26	1	70	1.06
23162373--23162415	14	3.1	14	80	12	54	60	0	2	37	1.10
23164157--23164358	108	1.9	105	85	4	278	32	19	18	29	1.95
23167885--23168040	35	4.6	33	73	10	102	30	16	24	29	1.96
23167913--23168106	33	5.8	33	71	12	110	30	17	25	27	1.97
23167881--23168140	101	2.6	100	85	2	333	30	16	25	28	1.97
23168016--23168139	66	1.9	66	81	6	153	29	18	28	24	1.98
23175177--23175205	10	3.0	10	95	5	51	79	10	0	10	0.94
23176029--23176079	13	4.5	11	85	12	59	78	0	11	9	0.97
23176029--23176086	22	2.7	21	86	10	73	77	0	12	10	0.99
23177239--23177612	46	8.1	46	86	1	482	25	15	29	29	1.96
23178458--23178654	44	4.5	44	66	12	134	29	17	27	24	1.98
23178468--23178788	132	2.4	132	92	0	516	30	19	25	25	1.98
23182372--23182424	25	2.2	24	79	3	61	43	1	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23184574--23184656	43	1.9	43	92	0	139	25	27	28	18	1.98
23195045--23195086	19	2.2	20	87	8	61	59	2	0	38	1.10
23195172--23195213	20	2.0	21	90	4	68	52	7	0	40	1.29
23199631--23199672	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23199640--23199681	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23199847--23199894	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23199802--23200030	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
23202571--23202601	15	2.0	16	93	6	55	64	25	3	6	1.33
23204017--23204169	80	1.9	82	86	5	222	37	5	10	46	1.61
23205185--23205346	88	1.9	86	94	5	290	24	9	21	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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