genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   

This is table  77  of  109  ( 13028 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24784019--24784506	261	1.9	261	91	0	798	21	18	20	39	1.93
24815766--24815797	15	2.2	15	94	5	57	71	0	0	28	0.86
24830943--24830980	12	3.2	12	100	0	76	47	7	15	28	1.74
24832652--24832682	14	2.1	15	94	5	55	54	6	6	32	1.51
24840338--24840384	23	2.0	23	84	8	60	31	2	4	61	1.27
24842554--24842578	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24844848--24844909	17	3.4	18	73	10	54	46	0	29	24	1.53
24845260--24845296	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
24845350--24845380	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24861906--24861972	33	2.0	33	100	0	134	28	11	32	26	1.92
24867892--24868008	22	5.6	22	78	11	129	10	17	30	41	1.83
24867872--24868029	60	2.6	60	86	0	217	12	18	30	39	1.87
24877693--24877730	19	2.0	19	100	0	76	31	31	10	26	1.90
24879949--24879988	20	2.0	20	100	0	80	20	20	15	45	1.86
24890018--24890063	18	2.6	18	100	0	92	21	34	0	43	1.53
24892008--24892100	43	2.2	43	82	0	114	32	25	17	24	1.97
24893809--24894015	45	4.6	45	100	0	414	36	6	20	36	1.80
24899299--24899338	15	2.7	15	100	0	80	35	15	30	20	1.93
24899727--24899833	27	4.0	27	85	2	144	42	20	18	18	1.90
24899724--24899835	54	2.1	54	89	3	172	41	20	18	19	1.91
24902980--24903019	21	1.9	21	90	10	64	50	17	5	27	1.67
24903605--24903645	7	6.1	7	88	5	50	87	9	2	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24907299--24907476	43	4.2	43	91	2	288	21	19	30	28	1.97
24907292--24907476	85	2.2	87	90	4	297	22	19	29	28	1.98
24907546--24907589	21	2.1	21	86	0	61	43	27	15	13	1.85
24907825--24908107	41	6.9	41	83	1	307	24	16	25	32	1.96
24908110--24908155	20	2.4	19	89	7	67	26	2	4	67	1.21
24908439--24908482	14	3.1	14	86	3	52	29	2	31	36	1.70
24908481--24908748	134	2.0	134	97	0	500	24	3	31	40	1.73
24908491--24908779	134	2.1	134	91	2	454	24	3	31	40	1.73
24908821--24908869	21	2.3	20	80	10	53	24	2	42	30	1.66
24908548--24908943	213	1.9	208	81	6	485	27	3	27	41	1.72
24909480--24909514	15	2.3	15	90	5	52	37	2	11	48	1.54
24911453--24911492	21	1.9	21	94	0	71	40	25	15	20	1.90
24911771--24911848	17	4.9	17	76	17	96	37	5	6	51	1.50
24911789--24911816	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
24911812--24911896	15	5.6	15	71	15	59	40	2	7	50	1.42
24911782--24911881	45	2.2	46	94	1	175	40	4	7	49	1.49
24911927--24912436	9	60.4	9	67	17	206	46	20	2	31	1.62
24911960--24912015	19	3.3	19	63	31	54	53	12	0	33	1.39
24911973--24912049	8	9.5	8	71	21	54	55	11	1	31	1.44
24911953--24912027	31	2.4	31	97	0	141	53	12	0	34	1.38
24911973--24912049	15	5.3	14	73	16	52	55	11	1	31	1.44
24912066--24912436	34	10.9	34	72	9	118	45	21	2	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24912094--24912160	25	2.7	25	85	0	80	47	22	2	26	1.65
24912114--24912204	25	3.6	26	76	11	82	50	21	1	26	1.56
24911927--24912436	16	29.8	16	66	18	165	46	20	2	31	1.62
24912343--24912453	25	4.3	25	72	8	87	45	17	3	34	1.66
24912119--24912408	120	2.4	117	82	7	370	46	21	2	30	1.62
24915437--24915545	55	2.0	56	98	1	211	41	21	9	28	1.83
24919219--24919256	19	2.0	19	94	0	67	28	10	2	57	1.45
24919455--24919771	43	7.4	43	86	0	411	25	17	30	25	1.97
24920930--24920989	28	2.2	28	87	3	86	31	33	15	20	1.93
24920948--24921011	14	4.5	14	74	3	56	23	34	21	20	1.97
24921111--24921150	14	2.9	14	92	0	62	25	17	30	27	1.97
24922610--24922654	13	3.4	14	84	9	58	71	2	0	26	0.98
24925805--24925881	36	2.1	36	100	0	154	37	19	10	32	1.86
24927740--24927780	16	2.5	17	76	11	50	31	2	4	60	1.30
24932784--24933118	175	1.9	175	100	0	670	39	23	10	27	1.87
24934613--24934686	16	4.7	15	75	11	58	52	1	13	32	1.49
24934931--24935001	36	2.0	36	94	0	124	57	22	1	18	1.48
24935609--24935928	169	1.9	169	92	0	541	39	16	17	26	1.90
24940419--24940778	139	2.6	139	79	5	341	29	23	21	26	1.99
24940000--24940778	70	11.1	70	74	6	441	32	22	18	26	1.97
24941855--24941908	24	2.2	24	86	0	81	27	27	12	31	1.93
24948620--24948652	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24948620--24948668	14	3.1	17	80	16	52	46	0	6	46	1.27
24948724--24948757	14	2.4	14	90	9	52	38	0	26	35	1.57
24955740--24955817	38	2.1	37	95	2	138	42	2	6	48	1.42
24956386--24956422	11	3.4	11	88	0	56	29	40	8	21	1.82
24957267--24957420	84	1.8	84	94	0	272	30	13	13	42	1.83
24963331--24963404	27	2.7	27	95	0	130	22	31	28	17	1.97
24963622--24963648	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
24968497--24968595	3	35.0	3	70	15	52	0	32	0	67	0.91
24968499--24968646	34	4.2	33	76	17	111	0	31	0	68	0.95
24968541--24968679	13	10.3	13	70	21	63	0	30	0	69	0.94
24968509--24968637	10	12.7	10	66	16	52	0	28	0	70	0.93
24968543--24968680	4	35.0	4	76	18	87	0	30	0	68	0.94
24968515--24968679	34	4.5	36	78	11	140	0	30	0	69	0.94
24968543--24968680	70	2.0	71	84	9	185	0	30	0	68	0.94
24968486--24968690	75	2.7	77	76	20	209	0	32	0	66	0.99
24968757--24968795	10	3.9	10	86	6	53	10	25	12	51	1.71
24968805--24968864	24	2.4	25	88	2	86	53	0	8	38	1.31
24968805--24968864	25	2.5	24	86	8	77	53	0	8	38	1.31
24974971--24975003	6	5.5	6	100	0	66	15	18	33	33	1.92
24977162--24977253	11	8.4	11	83	8	98	22	32	0	44	1.53
24977162--24977249	33	2.7	32	82	8	115	23	31	0	44	1.54
24978461--24978486	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24979091--24979133	18	2.4	18	84	0	50	18	25	11	44	1.84
24981338--24981878	126	4.3	127	93	1	901	26	21	19	32	1.97
24986307--24986555	128	1.9	129	85	0	347	53	15	16	15	1.74
24988256--24988284	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
24988947--24988989	22	2.0	22	95	0	77	27	9	13	48	1.73
24989257--24989291	15	2.2	16	90	5	54	37	2	5	54	1.39
24990371--24990408	16	2.3	17	90	4	60	42	5	0	52	1.24
24994208--24994268	29	2.1	29	84	0	77	27	9	13	49	1.73
24998476--24998505	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
24999476--24999540	27	2.4	27	87	5	96	26	26	27	20	1.99
24999621--24999660	11	3.7	11	83	6	55	72	0	27	0	0.85
24999621--24999654	10	3.4	10	92	8	52	73	0	26	0	0.83
24999684--24999722	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
24999768--24999805	3	12.3	3	88	5	58	31	0	5	63	1.17
24999804--25000636	3	277.7	3	100	0	1666	0	0	33	66	0.92
25007969--25008012	21	2.1	21	100	0	88	34	22	4	38	1.75
25009099--25009132	13	2.6	14	81	18	54	41	0	0	58	0.98
25014172--25014585	71	5.8	71	83	4	399	40	17	14	26	1.88
25014244--25014583	23	14.5	23	73	5	277	41	17	15	25	1.88
25014244--25014583	48	7.2	46	71	8	263	41	17	15	25	1.88
25014494--25014549	25	2.2	25	80	3	67	46	17	16	19	1.84
25014224--25014585	71	5.1	71	85	4	471	41	17	14	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25014224--25014585	141	2.6	142	86	3	489	41	17	14	25	1.88
25017672--25017699	13	2.2	13	100	0	56	50	21	0	28	1.49
25018437--25018517	28	3.0	24	75	20	72	30	23	12	33	1.92
25018446--25018517	28	2.6	28	90	0	108	29	26	12	31	1.93
25019334--25019370	16	2.4	16	86	8	51	29	5	0	64	1.15
25021449--25021560	43	2.6	43	73	16	106	25	18	26	29	1.98
25027634--25027696	30	2.1	31	82	8	76	52	4	1	41	1.32
25030090--25030134	23	2.0	23	82	8	56	66	2	4	26	1.22
25030519--25030574	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
25031026--25031052	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109