genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22195481--22195600	9	12.8	9	77	18	104	0	6	10	83	0.81
22195484--22195585	26	3.8	26	78	16	91	0	6	9	83	0.81
22195493--22195598	56	1.9	55	84	9	144	0	6	10	83	0.82
22195493--22195598	20	4.2	25	71	23	89	0	6	10	83	0.82
22199165--22199200	16	2.2	16	90	0	54	50	13	13	22	1.77
22204078--22204117	16	2.6	15	88	4	53	30	0	10	60	1.30
22204255--22204286	14	2.4	13	94	5	55	65	0	0	34	0.93
22204967--22205076	34	3.4	33	67	14	93	32	5	9	52	1.56
22209791--22209829	18	2.2	18	100	0	78	64	10	0	25	1.25
22217241--22217317	33	2.3	32	80	6	82	28	22	15	33	1.94
22224762--22224883	58	2.2	55	86	4	163	26	13	12	47	1.78
22227886--22228289	44	9.3	44	61	15	106	28	24	16	29	1.97
22227773--22228218	132	3.4	132	88	1	626	30	23	17	28	1.97
22228133--22228302	84	2.0	84	96	0	313	27	25	17	30	1.97
22228133--22228257	40	3.0	40	67	11	108	25	27	16	30	1.97
22228001--22228434	216	2.0	216	93	0	742	29	23	17	30	1.97
22228172--22228301	44	3.0	44	67	11	126	27	23	18	30	1.97
22228225--22228572	132	2.7	131	93	2	592	29	21	18	30	1.97
22229982--22230025	21	2.1	21	87	8	63	4	11	4	79	1.02
22234986--22235164	54	3.1	54	64	25	134	53	5	8	33	1.53
22234961--22235197	117	2.0	118	97	2	451	53	5	8	33	1.53
22235216--22235245	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22250291--22250329	16	2.4	16	95	0	69	58	2	0	38	1.12
22252653--22252691	4	10.0	4	91	5	62	28	25	0	46	1.53
22271844--22271868	6	4.2	6	100	0	50	68	16	16	0	1.22
22273007--22273138	38	3.5	38	83	8	164	39	10	3	46	1.57
22285314--22285435	23	5.3	23	90	0	199	30	27	21	21	1.98
22285314--22285433	46	2.6	46	97	0	222	30	27	21	20	1.98
22293748--22293779	14	2.3	14	94	0	55	56	6	0	37	1.25
22296811--22296845	17	2.0	18	88	5	54	17	2	8	71	1.23
22297277--22297315	21	1.9	21	89	5	62	23	2	2	71	1.10
22301495--22301534	3	13.3	3	94	0	71	70	0	30	0	0.88
22301834--22301859	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
22302789--22302821	3	11.0	3	93	0	57	66	0	30	3	1.06
22303938--22304576	44	14.2	44	76	6	433	34	16	17	31	1.93
22303938--22304329	88	4.5	88	87	3	497	33	15	18	32	1.92
22304250--22304416	89	1.9	89	82	2	210	34	14	17	32	1.91
22304155--22304450	133	2.2	132	82	4	337	33	15	17	33	1.92
22304432--22304569	51	2.7	51	90	0	213	33	19	20	26	1.96
22306902--22306935	17	2.0	17	88	0	50	76	5	8	8	1.15
22307580--22307908	139	2.4	139	80	4	378	28	20	20	31	1.97
22307825--22308155	130	2.5	130	88	0	500	31	19	17	31	1.95
22308076--22308280	41	4.8	42	71	15	136	31	21	17	29	1.96
22308076--22308316	85	2.8	84	85	1	302	31	22	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22308078--22308316	44	5.6	44	70	14	158	31	22	16	30	1.95
22308163--22308366	41	4.8	42	73	12	148	31	20	17	30	1.96
22308081--22308366	85	3.4	85	84	1	261	31	20	17	30	1.96
22308166--22308397	85	2.7	85	82	4	245	30	21	17	31	1.96
22308581--22309158	220	2.6	220	86	0	807	26	24	19	29	1.99
22309087--22309467	87	4.4	88	68	13	205	27	24	19	29	1.98
22309087--22309553	44	10.7	44	68	12	255	27	25	18	28	1.98
22308981--22309556	131	4.4	131	89	1	850	27	25	18	28	1.98
22310466--22310507	6	6.7	6	80	20	50	2	16	0	80	0.81
22310464--22310518	17	2.9	19	86	7	69	3	18	1	76	1.02
22310467--22310517	12	4.4	11	81	13	50	1	17	1	78	0.94
22310952--22311070	1	119.0	1	71	0	85	0	0	13	85	0.64
22310952--22311070	23	5.1	22	80	18	118	0	0	13	85	0.64
22310951--22311069	7	17.0	7	81	16	140	0	0	14	84	0.66
22314632--22314679	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22314615--22315531	148	6.2	148	99	0	1816	50	1	10	37	1.45
22314780--22314827	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22314928--22314975	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22315076--22315123	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22315224--22315271	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22315372--22315419	18	2.6	19	80	12	55	54	0	6	39	1.26
22315728--22315793	3	21.0	3	75	9	60	56	3	3	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22315739--22315776	20	1.9	20	88	0	58	57	5	5	31	1.43
22316467--22316499	16	2.1	16	94	0	57	78	6	9	6	1.08
22317029--22317067	15	2.4	17	87	12	64	25	12	2	58	1.47
22317046--22317126	25	3.2	24	72	11	65	27	6	9	56	1.55
22318395--22318442	18	2.6	18	76	3	51	37	12	0	50	1.41
22319860--22319898	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
22320048--22320084	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22321420--22321660	116	2.1	116	96	0	439	36	11	8	43	1.72
22339408--22339484	31	2.6	30	85	8	95	55	1	0	42	1.07
22340487--22340518	14	2.3	14	100	0	64	28	18	21	31	1.97
22343880--22343910	16	1.9	16	93	0	53	51	22	3	22	1.62
22365020--22365100	29	2.9	30	75	21	93	43	8	19	28	1.81
22368296--22368323	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
22370088--22370112	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
22376933--22377054	65	1.9	65	86	3	174	22	23	5	48	1.72
22377990--22378045	21	2.6	21	91	5	85	46	1	30	21	1.62
22378216--22378275	28	2.1	28	87	9	86	56	6	28	8	1.54
22378235--22378275	15	2.9	14	85	7	64	60	4	26	7	1.43
22383115--22383141	6	4.5	6	100	0	54	48	14	0	37	1.45
22384225--22384276	26	2.0	27	88	3	79	23	19	13	44	1.86
22384830--22384870	10	4.1	10	84	9	57	58	2	0	39	1.11
22395038--22395083	23	2.0	24	91	4	76	28	2	6	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22395344--22395401	19	3.0	20	71	21	59	67	0	3	29	1.07
22395355--22395443	45	2.0	45	82	8	110	64	2	2	31	1.18
22395406--22395462	29	1.9	30	82	3	71	59	5	1	33	1.30
22395985--22396059	19	3.8	19	70	16	55	24	5	5	65	1.35
22404578--22404700	57	2.1	58	87	1	176	46	5	20	27	1.73
22404682--22404735	6	8.7	6	85	6	54	77	0	11	11	0.99
22404682--22404735	19	2.9	19	81	10	67	77	0	11	11	0.99
22404682--22404737	18	3.1	18	77	12	60	76	0	12	10	1.01
22412128--22412153	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22412032--22412273	120	2.0	121	97	1	459	55	15	15	13	1.69
22412248--22412294	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
22412835--22412878	22	2.0	23	86	13	65	29	2	15	52	1.55
22414553--22414596	22	2.0	23	86	13	65	29	2	15	52	1.55
22415976--22416009	17	2.0	17	88	11	52	38	2	0	58	1.13
22416041--22416065	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22419393--22419418	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
22424318--22424354	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
22424332--22424463	65	2.0	66	98	1	257	48	15	6	30	1.69
22432881--22432916	17	2.1	17	90	10	56	72	0	0	27	0.85
22433109--22433151	22	2.0	22	86	9	61	46	13	6	32	1.71
22445625--22445775	23	6.5	23	68	19	82	39	18	10	31	1.85
22445625--22445804	47	3.9	45	79	10	177	40	17	11	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22445679--22445808	24	5.7	22	71	16	86	41	16	13	29	1.85
22445663--22445795	24	5.6	23	70	14	76	39	18	12	30	1.86
22446152--22446186	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
22446829--22446958	43	3.0	43	81	14	178	29	29	19	22	1.98
22449559--22449606	22	2.2	22	96	0	87	10	8	29	52	1.65
22452222--22452341	37	3.2	37	63	21	95	48	13	6	31	1.68
22452186--22452341	76	2.0	76	98	1	303	49	11	5	33	1.61
22461048--22461463	97	4.3	97	99	0	814	34	24	11	29	1.90
22462590--22462681	19	4.8	19	91	0	157	38	14	9	38	1.79
22462567--22462681	38	2.9	38	87	5	158	40	13	8	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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