genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169167--8169382	85	2.6	84	82	3	256	31	25	18	24	1.98
8170151--8170202	21	2.5	21	84	9	70	7	44	13	34	1.72
8174373--8174407	18	1.9	18	94	0	61	40	17	28	14	1.88
8175191--8175232	21	2.0	21	90	0	66	57	9	0	33	1.31
8175750--8175792	22	2.0	21	90	4	68	51	30	0	18	1.47
8175752--8175798	22	2.2	21	84	3	58	55	31	0	12	1.38
8176535--8177039	114	4.4	113	79	5	500	23	21	19	34	1.96
8177552--8177593	18	2.3	18	91	0	66	57	7	0	35	1.26
8195678--8195724	24	1.9	25	86	4	69	27	12	2	57	1.47
8198756--8198789	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
8199755--8199808	26	2.1	26	100	0	108	37	11	11	40	1.76
8200406--8200454	24	2.0	25	96	4	91	20	14	48	16	1.80
8207241--8207514	44	6.2	44	68	13	109	32	18	19	29	1.96
8207641--8207774	50	2.7	51	72	9	132	32	22	19	26	1.97
8208433--8208477	14	2.9	16	78	21	51	73	17	2	6	1.15
8209222--8209268	24	2.0	24	82	0	58	25	12	2	59	1.45
8213698--8213912	30	7.2	30	73	13	108	25	14	26	33	1.95
8213711--8213802	15	6.3	15	78	2	80	25	14	27	33	1.94
8213741--8213912	15	11.6	15	75	4	134	26	15	25	32	1.96
8223967--8224013	20	2.4	19	83	13	60	70	8	0	21	1.14
8226770--8226801	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8228397--8228469	19	3.9	19	73	20	64	39	2	4	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8228398--8228593	62	3.2	59	75	15	159	41	3	4	51	1.38
8228702--8228753	25	2.0	26	85	3	70	40	9	11	38	1.74
8230095--8230150	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
8230319--8230485	31	5.7	27	79	12	127	38	10	1	49	1.47
8230319--8230501	30	6.2	30	85	5	239	38	9	1	50	1.44
8230519--8230700	58	3.1	59	78	13	171	13	50	3	32	1.57
8230595--8230697	28	3.6	28	71	15	93	10	53	3	32	1.54
8230602--8230691	21	4.4	21	62	27	50	10	54	4	31	1.53
8230683--8230726	6	7.2	6	89	5	70	15	45	0	38	1.47
8230683--8230726	19	2.4	19	92	3	72	15	45	0	38	1.47
8231630--8231878	122	2.0	123	98	0	482	37	27	9	26	1.87
8231872--8231898	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8233538--8233567	14	2.1	14	93	0	51	30	3	23	43	1.70
8234767--8234795	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
8238316--8238408	42	2.2	42	80	5	107	44	17	19	19	1.87
8241844--8241976	21	5.8	21	66	20	70	34	8	17	39	1.79
8241825--8242004	48	3.8	48	91	3	283	32	8	18	40	1.81
8241816--8241908	27	3.7	27	69	19	83	30	11	15	43	1.82
8241913--8242003	27	3.6	27	67	19	79	31	7	20	39	1.81
8248652--8248721	30	2.3	31	85	9	90	50	1	0	48	1.09
8248651--8248718	31	2.2	30	82	7	84	50	1	0	48	1.10
8253612--8253646	18	1.9	18	94	0	61	14	5	14	65	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8259765--8259806	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
8261179--8261375	89	2.2	89	87	0	288	20	25	25	27	1.99
8261405--8261620	102	2.1	103	93	1	371	50	8	7	32	1.62
8261652--8261693	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
8263086--8263183	44	2.2	44	80	3	108	29	24	20	25	1.99
8263573--8263855	132	2.1	132	86	2	390	31	22	17	27	1.97
8268943--8268968	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8270651--8270692	21	2.0	21	86	9	59	57	4	0	38	1.20
8282055--8282112	27	2.2	26	82	11	73	20	3	12	63	1.42
8292497--8292596	11	9.4	11	67	13	57	24	28	3	45	1.68
8292497--8292561	22	2.9	22	80	11	78	24	27	3	44	1.68
8292919--8292954	14	2.6	14	90	0	63	25	25	30	19	1.98
8301202--8301283	42	2.0	41	86	9	114	48	7	8	35	1.61
8301477--8301523	23	2.0	23	83	0	58	31	21	10	36	1.88
8305549--8305610	32	1.9	32	96	0	115	29	33	8	29	1.86
8309025--8309072	26	1.9	25	83	8	62	39	2	0	58	1.10
8315381--8315422	18	2.4	17	81	18	50	38	2	19	40	1.64
8315648--8315720	23	3.2	23	90	0	119	24	21	21	31	1.98
8315853--8315925	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
8322078--8322121	18	2.4	19	81	14	56	47	2	0	50	1.13
8325685--8325730	23	2.0	23	95	0	83	13	28	8	50	1.70
8325729--8325808	28	2.9	28	80	10	92	25	26	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8331368--8331412	20	2.2	19	88	11	63	64	0	35	0	0.94
8333237--8333316	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
8333711--8333857	41	3.6	41	84	2	197	33	21	19	25	1.97
8342377--8342451	36	2.1	36	87	0	105	34	13	14	37	1.85
8345493--8345526	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8346316--8346342	7	3.9	7	100	0	54	29	0	25	44	1.54
8357144--8357186	19	2.3	19	84	8	52	69	4	2	23	1.18
8358809--8359690	50	17.7	50	68	7	425	26	21	21	30	1.99
8358809--8359695	199	4.5	199	91	1	1357	25	22	21	30	1.99
8359767--8360245	44	11.0	43	73	2	346	30	27	15	26	1.96
8359767--8360245	87	5.5	85	75	9	331	30	27	15	26	1.96
8359766--8360219	131	3.5	131	86	1	491	29	28	15	27	1.96
8365208--8365250	13	3.2	13	80	6	50	62	6	0	30	1.21
8365208--8365259	14	3.8	14	75	10	54	63	5	0	30	1.18
8365270--8365371	53	1.9	54	80	9	120	63	6	3	25	1.37
8366829--8366861	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8367614--8367660	16	2.9	16	87	0	67	44	6	31	17	1.73
8367640--8367736	44	2.2	44	88	5	142	31	5	28	34	1.79
8367893--8367927	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8368195--8368235	21	2.0	21	100	0	82	56	9	0	34	1.32
8374516--8374832	160	2.0	160	94	0	553	47	15	22	14	1.82
8379471--8379530	29	2.1	29	96	0	111	46	5	8	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8388779--8388844	29	2.3	29	83	0	78	21	21	22	34	1.96
8391786--8391828	23	1.9	22	85	4	59	65	6	6	20	1.41
8397817--8398145	27	12.2	27	86	3	425	43	18	20	17	1.88
8398299--8398358	27	2.3	26	82	2	66	15	23	25	36	1.93
8398321--8398393	26	2.8	26	85	0	92	13	21	24	39	1.90
8401001--8401032	9	3.7	9	95	4	57	56	0	9	34	1.32
8414386--8414480	40	2.4	40	87	0	136	8	14	29	47	1.74
8416045--8416423	189	2.0	189	98	0	731	32	20	12	35	1.89
8419548--8419725	86	2.1	86	95	1	322	39	20	10	28	1.86
8420663--8420839	37	4.8	37	83	2	214	20	14	28	36	1.91
8423120--8423249	28	4.7	28	74	6	113	30	20	13	35	1.91
8431256--8431314	21	2.8	22	84	7	77	49	16	18	15	1.80
8437825--8437868	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
8437913--8438006	45	2.1	45	91	0	152	30	24	20	24	1.98
8438012--8438138	50	2.5	50	85	8	152	30	26	15	26	1.96
8439204--8439246	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
8439938--8440084	25	6.4	24	69	21	102	39	16	23	21	1.92
8440002--8440083	43	1.9	43	92	0	137	41	17	20	20	1.90
8439938--8440084	69	2.1	69	87	6	210	39	16	23	21	1.92
8442332--8442358	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8444868--8445152	50	5.7	50	83	5	344	27	21	30	21	1.98
8444868--8445111	102	2.4	100	88	2	364	26	21	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8459066--8459097	16	2.1	16	94	5	57	37	0	18	43	1.51
8475628--8475685	3	19.3	3	74	0	53	58	5	3	32	1.37
8477246--8478343	88	12.5	88	88	1	1560	27	24	20	27	1.99
8478314--8478579	44	6.0	44	89	3	378	28	25	16	29	1.97
8480780--8480823	6	7.0	6	83	16	54	0	18	0	81	0.68
8480780--8480820	11	3.8	11	78	15	50	0	17	0	82	0.66
8480780--8480815	17	2.1	17	90	10	56	0	16	0	83	0.65
8480790--8480821	15	2.2	15	94	5	57	0	15	0	84	0.63
8480785--8480823	21	1.9	20	94	5	69	0	17	0	82	0.68
8480827--8480871	20	2.3	20	88	3	65	17	0	4	77	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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