genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   

This is table  75  of  109  ( 13028 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24297083--24297177	46	2.1	46	97	0	181	37	12	3	46	1.58
24298348--24298376	14	2.1	14	100	0	58	37	27	0	34	1.57
24301525--24301768	28	8.8	28	80	1	199	27	23	14	34	1.93
24301534--24301736	111	1.8	111	89	2	318	27	23	14	34	1.93
24301552--24301768	56	3.9	56	80	4	242	28	23	14	34	1.94
24301541--24301788	111	2.2	111	82	2	284	27	24	14	33	1.94
24302272--24302334	31	2.0	31	84	0	81	25	12	20	41	1.88
24304073--24304182	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
24309420--24309507	42	2.1	42	97	0	167	37	21	17	23	1.94
24309890--24309930	20	2.0	20	95	0	73	48	7	17	26	1.73
24311993--24312225	51	4.6	51	94	0	385	33	15	24	27	1.95
24313306--24313371	18	3.8	18	80	4	73	27	15	10	46	1.78
24317055--24324907	415	19.0	415	88	2	10835	36	16	16	30	1.91
24321375--24321442	32	2.2	31	82	12	77	44	10	33	11	1.75
24324905--24333449	415	20.6	415	88	2	11987	35	16	16	31	1.91
24324905--24333449	829	10.3	830	88	2	11969	35	16	16	31	1.91
24333022--24333067	21	2.2	21	100	0	92	28	17	10	43	1.82
24333798--24333835	18	2.1	18	85	9	51	31	0	0	68	0.90
24333819--24333857	21	1.9	20	89	5	60	38	2	0	58	1.12
24340450--24340476	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
24340948--24341024	41	1.9	39	86	5	109	59	3	1	35	1.24
24340950--24341025	19	3.8	19	70	10	71	61	3	1	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24341041--24341066	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
24368064--24368103	20	2.0	20	90	4	64	47	12	12	27	1.77
24368536--24368643	38	2.8	38	88	0	153	37	21	11	30	1.88
24383249--24383317	16	4.3	16	92	0	102	42	5	30	21	1.76
24383297--24383382	46	1.9	44	83	4	109	26	6	26	39	1.82
24386255--24386296	18	2.4	18	92	4	68	50	14	11	23	1.76
24393525--24393640	20	5.7	20	70	8	54	23	12	10	53	1.69
24393515--24393620	21	5.1	21	73	8	92	23	11	11	53	1.68
24393515--24393641	41	3.1	40	78	10	132	23	12	10	53	1.69
24396329--24396366	18	2.2	17	86	13	51	26	5	2	65	1.27
24397908--24398056	76	2.0	76	95	0	271	40	8	9	40	1.68
24398091--24398124	16	2.1	17	88	5	52	32	2	0	64	1.08
24406452--24406495	20	2.2	20	83	0	52	77	0	6	15	0.97
24406448--24406503	27	2.2	25	87	6	76	71	0	7	21	1.09
24406478--24406553	34	2.3	33	80	8	84	65	6	6	21	1.39
24406546--24406601	26	2.1	27	83	9	71	64	1	12	21	1.36
24416302--24416402	9	11.9	9	72	16	65	36	0	15	47	1.46
24416292--24416485	41	4.6	42	76	13	166	37	0	14	47	1.45
24416292--24416356	19	3.3	19	75	12	76	41	0	15	43	1.47
24416347--24416411	34	2.0	34	88	8	100	33	0	15	50	1.44
24416390--24416432	15	2.9	15	89	0	68	32	0	13	53	1.41
24416381--24416478	39	2.6	37	88	3	142	35	0	14	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24418439--24418495	15	3.6	16	79	11	64	31	8	1	57	1.39
24418431--24418476	18	2.5	17	86	13	65	30	4	0	65	1.12
24418432--24418476	3	14.7	3	82	13	56	31	4	0	64	1.13
24420965--24421003	20	2.0	20	100	0	78	35	0	35	28	1.58
24421440--24421547	7	15.1	7	70	7	56	37	37	0	23	1.61
24421414--24421749	14	23.6	14	69	13	96	39	36	2	22	1.67
24421414--24421530	21	5.5	21	72	11	78	39	34	2	23	1.69
24421597--24421732	7	19.3	7	70	7	51	39	38	0	20	1.58
24421577--24421760	71	2.5	73	82	10	236	39	38	1	21	1.61
24421688--24421755	21	3.1	21	76	16	66	38	39	1	20	1.62
24421765--24421803	14	2.8	14	84	0	51	56	15	0	28	1.40
24421814--24421844	7	4.4	7	95	0	53	67	16	0	16	1.23
24422039--24422169	40	3.3	40	83	2	147	24	25	20	29	1.99
24424362--24424410	20	2.5	18	78	18	53	42	4	0	53	1.20
24425054--24425116	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
24426795--24427064	90	3.0	90	82	2	292	37	13	20	28	1.91
24428692--24429011	159	2.0	158	96	0	595	34	3	25	37	1.72
24430351--24430387	19	2.1	19	85	10	51	70	5	2	21	1.20
24431900--24431934	18	1.9	18	88	0	52	14	37	14	34	1.86
24432118--24432418	128	2.3	131	84	5	378	25	20	21	31	1.98
24432064--24432408	44	7.9	43	68	13	213	26	20	21	31	1.98
24432426--24433624	100	12.1	100	86	2	1612	24	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24432426--24433624	299	4.0	299	91	1	1877	24	21	22	31	1.98
24432833--24433593	50	15.3	50	67	8	206	24	22	22	31	1.99
24432426--24433624	199	6.0	199	87	2	1608	24	21	22	31	1.98
24434874--24434907	17	2.1	16	88	5	50	2	17	0	79	0.86
24439708--24440621	456	2.0	455	97	0	1722	42	14	14	27	1.85
24443526--24443681	36	4.1	40	75	14	143	25	22	19	32	1.98
24443652--24443767	35	3.3	35	71	2	115	23	22	23	31	1.99
24443641--24443805	71	2.3	71	83	6	215	26	21	21	30	1.98
24448370--24448411	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24448361--24448402	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24452921--24452946	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24453291--24453365	33	2.3	33	82	15	86	68	5	2	24	1.24
24458990--24459023	11	3.1	11	100	0	68	26	17	29	26	1.98
24461846--24462049	51	4.0	51	99	0	399	48	7	6	37	1.58
24462478--24462531	21	2.5	21	82	11	65	40	1	1	55	1.21
24462684--24462737	21	2.5	21	82	11	65	40	1	1	55	1.21
24462386--24462799	206	2.0	206	98	0	803	38	6	12	42	1.68
24462806--24462839	16	2.1	16	100	0	68	38	8	17	35	1.81
24465598--24466225	237	2.7	236	85	2	812	25	18	18	36	1.94
24466143--24466753	94	6.6	93	67	15	285	28	19	15	35	1.93
24466240--24466562	92	3.5	92	68	14	257	29	19	15	36	1.92
24466146--24466655	186	2.7	185	85	3	659	28	19	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24466546--24466749	93	2.2	94	80	9	213	30	17	16	35	1.92
24466332--24466973	279	2.3	280	79	4	704	28	19	16	35	1.93
24466799--24466973	94	1.9	94	80	2	208	27	21	16	34	1.95
24475327--24475788	229	2.0	230	92	0	764	29	14	19	35	1.92
24488168--24488248	41	2.0	41	95	0	144	55	7	9	27	1.59
24488668--24488733	25	2.6	25	80	4	71	33	22	21	22	1.97
24488764--24488830	27	2.5	27	76	9	75	37	20	26	14	1.92
24490972--24491036	34	1.9	34	93	0	112	36	21	4	36	1.74
24511989--24512030	18	2.4	17	84	11	50	23	0	4	71	1.05
24512944--24512989	24	2.0	22	87	12	65	47	4	6	41	1.49
24515217--24515295	29	2.5	32	84	13	94	22	5	18	53	1.64
24515281--24515657	49	7.7	49	93	0	630	20	5	19	54	1.64
24515281--24515657	195	1.9	196	92	0	630	20	5	19	54	1.64
24515821--24516006	43	4.4	43	79	8	218	24	29	19	25	1.99
24515836--24515995	84	1.9	85	85	6	227	23	26	21	27	1.99
24516335--24516418	21	4.0	21	82	3	89	3	40	20	35	1.70
24519512--24519592	40	2.0	40	82	0	99	38	1	43	17	1.57
24519553--24519619	23	2.9	24	74	14	68	40	1	40	17	1.59
24519781--24520191	115	3.6	116	82	3	506	39	21	12	25	1.89
24520366--24520748	7	53.9	7	68	9	87	42	32	2	22	1.67
24520399--24520428	15	2.1	14	93	6	51	33	36	3	26	1.73
24520445--24520481	13	2.7	14	87	8	58	51	29	2	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24520503--24520569	13	5.2	13	72	16	59	43	28	1	26	1.64
24520494--24520571	27	2.9	26	81	9	86	44	26	1	26	1.62
24520395--24520648	14	18.1	14	72	11	110	44	29	1	24	1.62
24520574--24520636	22	2.8	22	86	11	83	46	31	0	22	1.52
24520604--24520651	15	3.2	15	77	16	55	43	33	0	22	1.54
24520657--24520708	22	2.4	22	83	6	70	34	46	5	13	1.67
24520904--24520988	39	2.2	39	83	8	102	30	25	17	25	1.97
24521475--24521557	25	3.6	25	70	20	72	25	0	15	59	1.37
24521532--24521578	18	2.6	19	80	12	64	21	4	14	59	1.52
24521649--24521719	4	17.2	4	88	5	106	25	1	22	50	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109