genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27287782--27287824	21	2.0	23	81	9	54	44	11	11	32	1.77
27287857--27287901	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
27289808--27289856	25	2.0	25	95	0	89	36	22	6	34	1.79
27290732--27290910	34	5.3	34	83	5	227	42	15	24	17	1.88
27291163--27291200	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
27291294--27291320	14	1.9	14	100	0	54	37	11	7	44	1.68
27291579--27291614	16	2.2	16	90	0	54	80	5	11	2	0.98
27295012--27295166	3	51.3	3	92	3	258	68	0	30	0	0.95
27298912--27299045	40	3.4	39	71	16	107	25	17	25	31	1.97
27301844--27301877	15	2.3	15	100	0	68	29	5	23	41	1.78
27304289--27304334	18	2.5	19	86	10	60	41	6	0	52	1.27
27315946--27315978	15	2.1	16	94	5	59	27	3	0	69	1.03
27316363--27316396	18	1.9	18	88	5	52	61	2	2	32	1.26
27324744--27324970	79	2.9	79	86	1	294	30	10	15	43	1.80
27327446--27327492	6	7.6	7	82	17	52	17	8	0	74	1.05
27327440--27327492	18	2.8	20	81	18	69	16	7	0	75	1.02
27340817--27340860	22	1.9	24	86	9	65	6	25	2	65	1.28
27347323--27347361	21	2.0	20	85	10	53	30	15	20	33	1.94
27352367--27352418	21	2.5	21	84	12	63	42	0	9	48	1.36
27353774--27353822	21	2.4	21	86	6	66	30	16	18	34	1.93
27357902--27357942	11	4.0	11	75	18	52	56	0	7	36	1.27
27357899--27357944	19	2.5	19	92	3	76	60	0	6	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27357910--27357955	19	2.3	20	85	3	58	52	0	4	43	1.21
27364098--27364139	22	1.9	22	85	9	59	57	4	2	35	1.33
27366011--27366038	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27374937--27374973	5	7.0	5	88	11	56	0	24	0	75	0.80
27374939--27374975	11	3.3	11	96	3	65	0	27	0	72	0.84
27374937--27374973	16	2.3	16	90	9	58	0	24	0	75	0.80
27375792--27375869	34	2.3	34	86	4	113	26	15	16	41	1.88
27375919--27375965	21	2.2	21	85	7	60	23	12	23	40	1.89
27376239--27376289	21	2.4	21	90	0	75	35	21	15	27	1.94
27382525--27382678	76	2.0	76	96	0	281	33	16	22	27	1.95
27388755--27388782	14	2.0	14	100	0	56	28	7	7	57	1.52
27389563--27389643	33	2.4	32	78	15	76	40	2	2	54	1.27
27390865--27391006	41	3.5	40	71	8	110	34	24	16	23	1.95
27392219--27392284	20	3.2	20	72	24	57	0	27	4	68	1.09
27392227--27392296	18	3.7	18	75	12	61	1	22	4	71	1.12
27398017--27398068	26	2.0	26	100	0	104	34	11	19	34	1.88
27398990--27399073	37	2.3	36	83	8	107	41	13	11	33	1.80
27403984--27404088	44	2.5	40	76	18	106	32	28	4	34	1.78
27404070--27404102	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
27404406--27404445	11	3.5	11	83	12	53	37	2	0	60	1.11
27405209--27405236	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27410328--27410683	27	13.2	27	87	4	456	41	17	21	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27410835--27410909	26	2.9	27	86	4	91	16	22	24	37	1.93
27410863--27410912	26	1.9	26	100	0	100	12	24	26	38	1.90
27411034--27411109	28	2.7	28	93	0	125	22	27	26	23	1.99
27418498--27418524	10	2.7	10	100	0	54	70	0	11	18	1.16
27419160--27419375	113	1.9	114	85	2	301	32	20	13	33	1.92
27431868--27431921	26	2.1	26	86	6	74	37	1	0	61	1.07
27431988--27432057	23	3.0	23	83	8	97	25	18	17	38	1.92
27432855--27432897	16	2.7	15	79	13	50	58	2	2	37	1.24
27434466--27434514	25	1.9	26	87	4	73	59	0	2	38	1.09
27435055--27435091	15	2.2	17	86	13	51	64	0	0	35	0.94
27435065--27435113	25	1.9	26	87	4	73	59	0	2	38	1.09
27434449--27435648	599	2.0	600	99	0	2393	48	9	15	27	1.75
27441531--27441611	40	2.0	40	100	0	162	25	19	24	29	1.99
27441788--27442000	82	2.6	81	90	2	329	36	23	24	16	1.94
27441788--27442000	41	5.2	40	76	4	203	36	23	24	16	1.94
27447145--27447281	41	3.3	41	83	4	168	16	24	32	27	1.96
27447217--27447349	68	2.0	68	83	3	169	15	24	29	30	1.96
27447285--27447375	41	2.2	41	86	0	128	20	21	25	31	1.98
27447176--27447376	109	1.8	109	81	2	251	17	23	27	30	1.97
27449319--27449345	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27449773--27449797	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
27452232--27452275	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27452259--27452425	85	2.0	85	89	1	255	34	6	17	41	1.75
27452392--27452619	43	5.3	43	86	0	287	22	17	32	27	1.96
27453365--27453416	18	3.1	17	81	10	70	26	9	13	50	1.72
27460705--27460767	13	4.8	13	76	0	63	38	25	4	31	1.77
27460705--27460767	26	2.4	26	78	0	72	38	25	4	31	1.77
27463370--27463451	31	2.7	30	75	7	76	40	0	4	54	1.22
27463401--27463439	18	2.0	20	85	9	55	38	0	5	56	1.22
27469513--27469555	21	2.1	21	91	4	70	37	0	2	60	1.10
27469554--27469591	20	2.0	20	89	5	60	39	0	7	52	1.31
27470158--27470436	113	2.5	113	79	4	303	34	18	21	25	1.96
27470381--27470488	55	2.0	55	86	0	153	37	17	20	25	1.94
27470439--27470959	207	2.5	207	80	4	575	31	19	22	26	1.97
27471291--27471357	21	3.1	22	77	10	66	11	0	43	44	1.41
27471308--27471347	15	2.7	15	88	3	55	15	0	37	47	1.45
27472505--27472569	21	3.1	21	90	0	94	33	21	43	1	1.62
27473018--27473322	85	3.6	85	83	7	354	24	22	21	31	1.98
27473018--27473314	42	7.0	43	84	5	349	23	22	21	31	1.98
27476566--27476701	61	2.2	60	84	5	184	31	17	17	33	1.94
27478614--27478683	32	2.2	32	86	0	95	61	22	2	12	1.45
27488292--27488343	16	3.3	16	71	15	54	25	13	5	55	1.60
27496439--27496727	43	6.6	43	73	8	199	25	19	28	26	1.98
27496439--27496727	86	3.3	84	77	10	285	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499023--27499048	10	2.6	10	100	0	52	38	0	11	50	1.39
27499168--27499225	16	3.6	16	92	0	98	44	5	3	46	1.42
27499199--27499260	22	2.7	23	87	5	81	50	1	1	46	1.20
27501928--27501999	12	5.8	12	77	16	51	72	0	5	22	1.05
27501936--27502000	4	15.5	4	81	15	62	73	0	4	21	1.00
27501936--27502003	22	3.1	21	76	16	68	73	0	4	22	1.01
27508097--27508132	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
27508747--27508799	25	2.2	24	86	3	70	32	24	26	16	1.97
27509277--27509318	21	2.0	21	85	0	57	38	26	0	35	1.57
27509288--27509320	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
27518623--27518709	45	1.9	45	83	0	111	41	13	19	25	1.88
27518807--27518870	27	2.4	27	86	0	83	42	23	21	12	1.87
27521075--27521182	42	2.5	42	81	1	108	49	13	22	14	1.79
27528291--27528397	21	5.1	21	69	4	72	44	17	24	13	1.84
27528284--27528438	84	1.8	84	88	0	238	46	17	21	14	1.83
27528286--27528415	42	3.1	42	86	4	190	46	18	23	11	1.81
27528286--27528438	42	3.6	42	84	3	182	46	17	21	14	1.84
27528279--27528456	84	2.1	84	84	0	230	46	16	22	14	1.83
27535876--27535922	2	23.5	2	95	0	85	51	2	0	46	1.13
27537422--27537505	43	2.0	43	88	4	125	34	32	17	15	1.92
27543315--27543360	22	2.1	22	83	0	56	73	0	15	10	1.08
27548671--27548939	78	3.4	77	79	6	240	35	14	11	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27548826--27549059	82	2.9	80	81	6	249	35	12	11	40	1.81
27553595--27553619	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
27564250--27564293	11	4.1	11	80	13	56	25	2	0	72	0.96
27564252--27564295	19	2.2	20	84	12	54	22	2	0	75	0.92
27567973--27568035	30	2.1	30	91	5	101	55	14	3	26	1.54
27569369--27569402	18	1.9	17	88	5	50	52	0	11	35	1.38
27570179--27570215	18	2.0	20	89	10	60	51	5	0	43	1.24
27585667--27585716	26	1.9	26	88	8	75	42	20	8	30	1.80
27587700--27587789	44	2.0	44	86	0	126	41	10	2	46	1.49
27591149--27591430	41	6.8	41	84	4	343	24	27	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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