genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35726063

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27893444--27893533	15	5.5	16	73	20	62	64	0	35	0	0.94
27893445--27893567	48	2.5	49	80	16	130	63	1	34	0	1.04
27893610--27893749	67	2.0	70	86	4	196	33	5	11	49	1.63
27893782--27893831	16	3.2	16	70	13	50	66	4	8	22	1.35
27893816--27893848	17	1.9	17	93	0	57	75	6	9	9	1.18
27893834--27895531	161	10.6	160	95	1	2647	53	7	10	27	1.62
27898456--27898487	12	2.7	12	95	0	55	18	37	34	9	1.83
27902026--27902053	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27902029--27902126	37	2.6	38	84	10	121	55	7	4	33	1.46
27902458--27902529	27	2.7	27	75	0	72	9	30	31	27	1.89
27902929--27902977	19	2.5	19	83	3	62	75	0	14	10	1.04
27902943--27902987	19	2.3	19	84	3	54	68	2	20	8	1.27
27907205--27907249	23	2.0	23	90	0	72	33	4	20	42	1.72
27917119--27918072	253	3.8	253	94	2	1630	35	15	10	38	1.83
27920626--27920659	16	2.1	16	88	0	50	50	23	17	8	1.74
27923366--27923399	11	3.1	11	91	0	50	76	2	11	8	1.12
27929110--27929181	16	4.5	16	87	0	99	41	5	25	27	1.77
27929366--27929486	61	2.0	62	85	6	165	52	4	3	40	1.37
27930298--27930426	63	2.0	63	95	0	231	37	13	13	35	1.84
27931587--27931645	29	2.0	28	83	6	73	22	16	6	54	1.66
27933939--27933965	13	2.1	13	100	0	54	22	7	25	44	1.79
27935903--27935941	18	2.1	19	90	4	62	15	15	2	66	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27938124--27939265	221	5.2	221	99	0	2221	27	23	25	23	2.00
27939123--27939713	264	2.2	263	89	5	895	27	19	24	28	1.98
27939123--27939715	132	4.5	131	88	4	809	27	19	24	28	1.98
27940327--27940360	17	2.0	17	88	0	50	14	55	14	14	1.69
27943784--27943822	16	2.4	16	91	4	60	74	5	0	20	1.01
27944105--27944171	34	2.0	32	85	11	89	31	7	1	59	1.34
27952239--27952552	50	6.3	49	70	7	186	23	19	23	33	1.97
27952270--27952563	100	2.9	101	79	5	337	23	20	23	32	1.98
27952408--27952575	50	3.4	50	72	0	156	20	19	27	32	1.97
27952640--27952801	44	3.5	44	70	22	132	30	18	16	35	1.93
27952630--27952821	98	2.0	98	92	0	321	29	19	16	35	1.93
27952940--27953167	88	2.6	88	90	0	348	22	24	22	29	1.99
27955819--27955891	37	2.0	35	84	5	92	38	13	17	30	1.89
27956570--27956628	12	4.8	12	83	10	66	72	0	6	20	1.06
27956583--27956642	24	2.4	24	83	10	68	71	3	3	21	1.15
27956744--27956873	6	21.7	6	78	3	109	62	0	7	29	1.28
27956746--27956873	15	8.9	15	73	10	106	61	0	7	29	1.29
27958403--27959230	45	18.6	45	78	7	676	26	23	19	30	1.98
27958403--27959232	133	6.2	132	77	6	674	26	23	19	30	1.98
27958447--27959054	222	2.7	221	87	3	828	25	23	19	30	1.98
27965488--27965565	11	6.6	11	70	15	50	73	2	5	19	1.14
27965525--27965579	23	2.3	23	81	12	58	72	5	1	20	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965534--27965624	43	2.1	43	82	8	105	69	3	5	21	1.24
27965681--27965833	3	50.7	3	74	3	119	59	0	7	32	1.29
27965682--27965833	24	6.4	24	76	8	132	59	0	7	32	1.30
27972567--27972594	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
27974126--27974174	6	7.8	6	84	6	62	48	14	18	18	1.80
27978844--27978901	22	2.9	19	85	14	89	27	6	18	46	1.75
27981631--27981660	5	5.8	5	96	4	51	43	0	20	36	1.52
27982055--27982174	64	1.9	64	85	0	168	20	20	23	35	1.96
27988541--27988566	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
27988635--27989003	114	3.2	113	88	1	524	24	22	26	26	2.00
27988935--27989044	41	2.7	41	91	0	166	20	20	30	30	1.97
27988820--27989158	156	2.2	155	87	5	472	23	21	27	28	1.99
27988977--27989248	114	2.4	113	87	3	377	23	20	27	27	1.99
27989505--27989565	7	7.9	7	73	20	50	21	0	47	31	1.51
27989504--27989565	15	3.9	16	89	6	99	20	0	46	32	1.51
27990511--27990820	149	2.1	148	86	3	388	31	18	12	37	1.88
27990950--27991000	26	1.9	27	96	4	95	43	19	25	11	1.85
27992546--27992578	17	1.9	17	100	0	66	30	6	6	57	1.47
27993055--27993304	42	5.9	41	83	2	275	26	20	21	32	1.98
27993100--27993306	85	2.4	84	85	7	283	25	20	22	31	1.98
27994220--27994275	29	2.0	28	82	10	69	50	5	3	41	1.43
28000750--28000797	13	3.7	13	80	0	51	31	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28015589--28015655	29	2.3	29	82	5	73	22	16	16	44	1.86
28015847--28016732	22	40.3	22	99	0	1747	27	36	0	36	1.57
28016766--28016832	32	2.2	30	91	5	107	34	1	0	64	1.03
28017923--28018029	46	2.3	46	100	0	214	28	5	14	50	1.66
28017969--28018124	71	2.2	71	91	3	260	35	3	14	46	1.61
28017991--28018143	71	2.1	72	85	4	211	37	3	13	46	1.59
28018146--28018314	29	6.0	29	81	12	210	46	23	0	29	1.52
28018156--28018235	23	3.2	23	87	10	97	48	23	0	27	1.51
28018156--28018314	52	2.9	52	87	6	219	47	22	0	30	1.52
28019499--28019715	23	9.4	23	98	0	416	44	20	0	35	1.52
28019709--28019833	56	2.2	56	90	2	189	37	13	7	41	1.72
28031430--28031469	17	2.3	18	86	4	55	35	0	7	57	1.27
28031482--28031516	17	2.0	18	88	5	54	40	0	5	54	1.24
28041783--28041870	6	14.7	6	78	0	77	22	11	10	55	1.65
28041782--28041870	18	4.9	18	81	0	97	23	11	10	55	1.65
28042081--28042209	62	2.1	61	94	1	222	23	7	20	48	1.76
28043362--28043433	26	2.8	25	83	4	99	29	8	15	47	1.74
28043447--28043513	26	2.6	25	88	2	89	29	8	13	47	1.73
28043362--28043629	96	2.8	94	85	4	353	26	6	17	48	1.72
28043549--28043609	25	2.4	26	86	2	79	29	4	11	54	1.57
28043580--28043634	28	2.0	28	88	0	83	30	3	16	49	1.63
28044347--28044398	21	2.5	20	84	6	59	34	42	5	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28045105--28045167	18	3.3	20	65	24	55	53	22	6	17	1.65
28045106--28045190	36	2.4	36	86	4	100	55	21	7	16	1.65
28053378--28053504	43	3.0	43	74	12	125	23	18	26	31	1.97
28053708--28053791	36	2.3	37	85	2	107	34	7	17	40	1.77
28056366--28056406	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
28056625--28056669	16	2.6	17	82	10	56	33	2	6	57	1.37
28057526--28057566	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
28060867--28060930	25	2.7	24	73	21	64	62	4	3	29	1.31
28080950--28081006	26	2.2	25	100	0	96	14	12	24	49	1.77
28087924--28087954	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
28087946--28088003	21	2.7	22	77	20	68	3	29	0	67	1.07
28097509--28097632	43	2.9	43	75	11	128	20	18	28	33	1.96
28105814--28105849	15	2.4	15	90	9	56	19	0	0	80	0.71
28112274--28112329	28	2.1	27	83	6	69	66	5	8	19	1.39
28113708--28113749	20	2.1	20	82	8	50	59	7	0	33	1.25
28118019--28118057	3	13.0	3	83	0	51	2	30	0	66	1.05
28124049--28124088	19	2.1	19	90	0	62	37	10	15	37	1.80
28124968--28125258	143	2.0	144	97	2	550	37	10	11	39	1.77
28127160--28127554	125	3.2	125	97	1	713	29	17	22	29	1.97
28129589--28129833	124	2.0	125	91	3	404	30	17	22	29	1.96
28131200--28131456	128	2.0	129	99	0	507	24	22	24	27	2.00
28132976--28133327	114	3.1	114	99	0	695	41	8	9	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28133327--28133536	22	10.0	22	74	10	190	25	0	31	42	1.55
28133327--28133602	43	6.7	43	74	15	208	24	0	31	43	1.54
28133327--28133602	65	4.5	65	81	10	285	24	0	31	43	1.54
28133408--28133559	57	2.6	58	88	3	227	21	0	35	42	1.53
28133467--28133535	21	3.2	21	83	4	93	21	0	36	42	1.53
28133497--28133573	37	2.1	37	90	2	120	16	0	33	49	1.46
28133521--28133576	7	7.9	7	76	23	55	14	0	35	50	1.43
28133521--28133602	22	3.8	22	88	1	112	19	0	31	48	1.49
28133513--28133551	15	2.6	15	100	0	78	12	0	33	53	1.39
28133855--28133901	21	2.2	21	85	7	60	8	21	34	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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