genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3397--3493	31	3.2	30	80	1	113	32	24	23	18	1.97
3675--3758	31	2.7	31	88	0	132	38	9	14	38	1.78
10297--10355	31	1.9	31	89	0	91	44	0	23	32	1.54
18300--18385	29	3.0	29	87	0	127	54	8	3	33	1.47
18540--18676	31	4.5	31	89	0	213	36	23	20	19	1.95
19857--20057	66	3.1	66	94	1	343	40	9	4	44	1.58
38345--38396	24	2.2	24	85	0	68	32	48	5	13	1.66
38351--38468	24	4.8	24	74	10	87	38	42	5	13	1.69
38410--38444	2	17.5	2	93	0	61	48	48	0	2	1.16
39414--39516	54	1.9	54	85	0	143	34	14	20	30	1.92
42370--42427	27	2.1	27	81	12	66	46	0	1	51	1.11
42609--42653	24	1.9	24	86	4	65	57	2	8	31	1.41
42886--42938	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
45490--45525	18	2.0	18	89	10	56	55	5	0	38	1.23
49464--49495	4	8.0	4	100	0	64	25	25	0	50	1.50
52720--52778	26	2.2	27	79	8	68	54	0	3	42	1.17
54038--54076	19	2.0	19	85	5	51	61	2	0	35	1.10
56100--56229	47	2.8	47	80	2	127	26	21	13	37	1.91
56199--56367	91	1.9	91	83	5	225	29	20	16	33	1.95
64228--64405	88	2.0	88	98	0	347	32	11	17	38	1.86
68386--68412	6	4.5	6	100	0	54	18	0	81	0	0.69
68640--68673	17	2.0	17	100	0	68	41	29	5	23	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70419--70462	22	2.0	22	86	8	63	52	4	9	34	1.54
70884--70924	2	20.5	2	89	0	64	43	0	0	56	0.99
77799--77823	4	6.2	4	100	0	50	24	24	24	28	2.00
87513--87823	153	2.0	153	100	0	622	30	17	9	42	1.82
93845--93869	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
101081--101328	69	3.6	69	81	2	257	33	19	21	24	1.97
101081--101402	138	2.3	137	80	6	337	32	19	22	25	1.97
107357--107383	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
110258--110306	6	8.2	6	97	0	71	26	0	57	16	1.40
110277--110317	18	2.3	18	86	0	55	36	0	48	14	1.44
122955--123020	4	17.8	4	93	3	88	0	24	0	75	0.80
135598--135640	12	3.6	11	90	6	59	20	2	2	74	1.04
144534--144559	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
148430--148456	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
148841--148877	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
153150--153202	17	3.3	16	75	24	58	47	7	1	43	1.42
156385--156413	5	5.8	5	100	0	58	0	0	20	79	0.74
174988--175039	27	1.9	28	84	7	72	34	7	0	57	1.27
179416--179480	33	2.0	33	90	0	103	24	3	18	53	1.58
192781--192843	25	2.5	25	84	7	74	3	26	3	66	1.22
194853--194915	29	2.1	30	85	8	85	58	9	3	28	1.45
195355--195397	20	2.2	20	83	8	52	32	2	0	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195355--195397	21	2.1	20	86	4	59	32	2	0	65	1.06
197513--197567	22	2.5	22	85	5	67	21	12	21	43	1.86
197738--197884	52	2.9	52	89	5	216	23	8	22	45	1.79
199033--199105	23	3.3	23	66	11	71	45	2	4	47	1.36
202327--202535	92	2.3	91	85	5	260	44	4	4	45	1.44
202565--202652	15	6.1	15	67	23	55	47	0	1	51	1.08
202558--202683	55	2.3	55	82	5	148	45	0	3	50	1.23
202602--202910	156	2.0	154	94	0	474	47	5	3	42	1.44
202763--202797	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
212729--212851	57	2.1	58	89	5	187	17	23	17	40	1.91
214820--214848	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
217788--217845	26	2.2	26	93	0	98	43	3	13	39	1.61
218219--218243	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
220124--220193	7	9.2	8	79	16	62	32	48	0	18	1.48
220128--220193	22	3.2	22	79	20	97	30	51	0	18	1.46
220142--220200	17	3.8	16	84	13	79	27	55	0	16	1.41
220136--220200	7	8.7	7	82	12	76	27	55	0	16	1.42
220753--220797	22	2.0	22	83	8	56	51	4	0	44	1.21
221114--221243	41	3.1	41	81	10	158	33	29	17	20	1.95
221114--221266	83	1.9	82	82	9	195	35	26	16	20	1.94
221399--221475	40	2.0	40	87	7	113	22	18	19	40	1.92
225137--225167	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225286--225348	30	2.1	30	90	0	99	58	14	1	25	1.45
228016--228041	6	4.3	6	100	0	52	19	0	34	46	1.50
228633--228697	13	5.1	13	77	7	62	30	7	23	38	1.83
230290--230444	83	1.8	84	83	8	208	35	6	11	46	1.66
238069--238122	27	2.0	28	88	3	83	27	7	27	37	1.84
239902--239932	8	3.9	8	95	0	53	22	0	3	74	0.96
250545--250570	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
255441--255471	12	2.6	12	100	0	62	22	0	6	70	1.09
264424--264487	27	2.3	29	81	13	80	40	1	1	56	1.18
267411--267469	24	2.4	25	83	11	77	47	0	6	45	1.29
267888--267947	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
269299--269621	172	1.9	164	80	8	373	33	19	14	32	1.92
272440--272470	15	2.0	16	93	6	55	35	19	6	38	1.77
280239--280266	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
285642--285752	31	3.7	29	77	8	96	39	12	13	34	1.83
297110--297159	20	2.5	20	96	0	91	46	36	8	10	1.67
297577--297602	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
300340--300367	4	7.0	4	100	0	56	75	25	0	0	0.81
302250--302276	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
313685--313866	21	8.7	21	77	2	96	22	8	44	24	1.80
313685--313850	42	4.0	42	77	6	147	22	7	44	25	1.78
313685--313890	42	4.9	42	75	7	114	22	8	43	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313853--313983	63	2.1	63	82	2	156	23	9	39	26	1.86
313859--313980	42	2.9	42	78	4	138	22	10	39	27	1.87
313832--313983	21	7.2	21	78	4	119	23	10	39	26	1.87
314030--314169	42	3.3	43	87	2	169	25	15	40	18	1.90
314075--314172	21	4.7	21	84	0	124	28	17	38	15	1.90
314092--314196	21	5.0	21	84	0	120	28	15	40	16	1.88
314075--314196	42	2.9	42	87	2	138	27	16	39	16	1.90
323146--323229	29	2.9	29	76	3	80	63	4	4	27	1.35
323160--323224	28	2.3	30	76	17	75	66	4	3	26	1.26
333783--333851	31	2.2	31	87	5	95	44	8	18	27	1.79
334664--334706	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
338505--338538	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
338909--338938	4	7.5	4	100	0	60	26	23	0	50	1.50
339551--339591	5	8.0	5	86	2	55	75	21	2	0	0.92
345754--345816	13	4.5	13	76	18	56	61	3	3	31	1.27
347462--347514	26	2.0	26	88	7	79	33	0	1	64	1.05
347477--347517	21	1.9	21	85	5	55	39	0	2	58	1.11
350814--350867	26	2.1	26	89	0	81	37	7	1	53	1.40
350878--350907	15	1.9	15	93	6	51	66	20	6	6	1.38
351090--351127	18	2.1	18	90	0	58	39	13	0	47	1.42
351826--351859	17	2.0	17	94	0	59	5	5	20	67	1.33
351868--351929	26	2.3	28	91	5	101	48	0	6	45	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
353846--353884	19	2.0	20	90	5	62	66	0	0	33	0.92
355968--356002	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
356088--356122	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
361734--361795	18	3.3	20	77	18	64	41	1	3	53	1.27
361736--361795	19	3.3	18	76	6	59	41	1	3	53	1.27
363658--363707	10	5.0	10	77	15	50	28	0	6	66	1.15
363658--363708	20	2.5	21	84	15	72	29	0	5	64	1.17
363675--363718	19	2.2	20	84	11	56	27	0	2	70	0.99
367826--368478	250	2.7	246	86	4	898	28	17	11	41	1.84
378159--378190	17	1.9	16	93	6	55	87	3	9	0	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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