genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7843438--7843489	7	7.3	7	89	4	77	55	0	0	44	0.99
7843425--7843486	21	2.8	22	78	11	74	59	0	0	40	0.97
7866190--7866309	35	3.4	35	80	5	134	15	10	33	41	1.80
7867120--7867157	15	2.4	16	86	8	51	18	23	31	26	1.97
7871867--7871900	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
7872046--7872104	9	6.4	9	74	16	50	35	0	1	62	1.05
7872050--7872105	29	2.0	29	82	3	69	33	0	1	64	1.04
7872234--7872287	8	6.8	8	85	14	76	24	1	0	74	0.92
7872385--7872417	10	3.2	10	95	4	57	42	0	0	57	0.98
7872543--7872596	3	18.0	3	96	0	99	33	1	0	64	1.04
7873897--7873927	6	5.2	6	96	0	53	0	70	16	12	1.16
7874208--7874238	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
7875110--7875329	121	1.8	121	96	0	413	29	16	22	31	1.96
7878570--7879344	29	26.7	29	78	12	754	24	0	29	45	1.58
7878570--7879392	59	14.3	58	81	9	822	24	0	28	45	1.58
7878570--7879344	88	8.9	87	79	9	814	24	0	29	45	1.58
7878851--7878895	13	3.7	13	71	17	51	17	0	28	53	1.44
7878887--7878924	18	2.1	18	100	0	76	15	0	42	42	1.47
7878820--7879097	95	3.0	95	82	14	316	22	0	30	47	1.52
7878946--7878986	13	3.2	13	74	19	50	21	0	26	51	1.48
7879233--7879396	48	3.3	48	86	9	229	25	0	28	46	1.53
7879289--7879329	13	3.2	13	74	19	50	21	0	26	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7879233--7879396	25	6.6	25	78	9	129	25	0	28	46	1.53
7879392--7879576	25	7.7	25	65	22	92	43	15	3	37	1.64
7879436--7879548	36	3.2	36	61	16	90	44	16	6	32	1.73
7879395--7879578	71	2.6	71	97	0	350	44	15	3	36	1.64
7880665--7880717	7	7.6	7	100	0	106	58	13	0	28	1.35
7880858--7880896	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
7881828--7881949	50	2.4	51	89	4	185	43	0	26	29	1.61
7881925--7881969	22	2.0	22	91	0	72	44	0	35	20	1.51
7881930--7881974	11	4.0	11	85	2	63	46	0	35	17	1.49
7883235--7883280	23	1.9	23	82	8	56	30	2	8	58	1.40
7884452--7884503	27	1.9	27	92	0	86	30	15	46	7	1.74
7884451--7884509	27	2.2	27	84	0	82	33	18	40	6	1.77
7884648--7884680	16	2.1	16	88	5	50	51	0	3	45	1.16
7899958--7899985	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
7901349--7901402	3	18.7	3	88	7	85	29	0	0	70	0.88
7901401--7901444	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
7901450--7901479	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7901979--7902003	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
7902951--7902992	20	2.0	21	90	4	68	38	2	0	59	1.10
7908653--7908714	27	2.3	27	86	5	81	32	4	3	59	1.34
7913921--7913961	17	2.5	16	88	11	57	80	0	9	9	0.91
7913917--7913960	20	2.3	19	81	11	54	84	0	9	6	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7913921--7913966	16	2.8	16	83	12	58	78	2	10	8	1.05
7914907--7914941	15	2.2	16	90	5	54	80	2	8	8	1.01
7916205--7916420	44	4.9	44	86	0	306	30	21	26	21	1.98
7916640--7916752	44	2.6	44	81	2	129	27	18	23	30	1.97
7916810--7917893	100	10.9	100	88	4	1457	33	22	19	23	1.97
7917625--7917893	50	5.4	50	68	4	157	34	21	19	24	1.96
7919517--7919578	27	2.3	27	86	5	81	32	4	3	59	1.34
7921695--7921881	51	3.6	51	81	6	198	22	27	22	27	1.99
7923329--7923357	15	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
7930693--7930719	9	3.0	9	100	0	54	44	33	0	22	1.53
7939321--7939389	28	2.4	29	80	2	77	39	0	5	55	1.24
7939763--7939788	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7940708--7940744	18	2.0	20	84	10	51	24	8	45	21	1.78
7941809--7941836	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7946986--7947011	10	2.6	10	100	0	52	73	0	7	19	1.07
7947006--7947072	10	6.9	10	73	13	50	62	1	4	31	1.24
7946986--7947068	20	4.1	20	70	21	57	65	1	6	27	1.24
7946996--7947058	19	3.2	19	79	4	63	65	1	4	28	1.22
7946995--7947122	48	2.6	48	81	7	134	60	2	8	28	1.39
7947454--7947612	85	1.8	86	89	2	248	28	9	22	38	1.85
7947607--7947638	14	2.3	14	100	0	64	53	6	25	15	1.65
7947973--7948013	20	2.0	22	90	9	68	58	7	0	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7948063--7948167	10	11.0	9	68	17	52	62	3	3	29	1.30
7948081--7948132	18	2.8	17	75	13	50	65	3	3	26	1.27
7948578--7948614	19	2.1	19	85	10	51	51	0	2	45	1.15
7948992--7949030	18	2.0	20	85	9	55	51	0	2	46	1.14
7949640--7949683	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
7961233--7961383	76	2.0	76	100	0	302	27	22	13	36	1.91
7965239--7965301	3	21.0	3	100	0	126	66	0	0	33	0.92
7969496--7969529	5	6.8	5	100	0	68	79	0	20	0	0.73
7980188--7980223	18	1.9	19	88	5	56	5	13	13	66	1.41
7985118--7985166	22	2.1	25	85	11	68	34	22	14	28	1.93
7990702--7990751	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
7990727--7990870	57	2.6	55	81	11	168	41	0	3	54	1.22
7991055--7991098	16	2.8	16	86	6	54	25	29	4	40	1.75
7994071--7994228	69	2.3	69	82	2	192	22	25	25	26	2.00
8000451--8000484	16	2.2	15	94	5	59	29	0	0	70	0.87
8000433--8000500	25	2.8	25	76	10	68	33	0	2	63	1.10
8000459--8000502	22	2.0	22	82	8	54	27	0	4	68	1.09
8001524--8001555	15	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
8002746--8002781	11	3.2	11	92	4	54	66	16	16	0	1.25
8010489--8010534	24	2.0	24	86	4	67	8	6	17	67	1.39
8016993--8017047	22	2.5	22	90	0	83	20	29	21	29	1.98
8023452--8023482	13	2.4	13	88	0	53	32	0	25	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023933--8023965	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
8024465--8024490	8	3.2	8	100	0	52	23	0	23	53	1.46
8025290--8025605	41	7.5	41	74	13	218	23	17	26	33	1.96
8025331--8025605	85	3.3	83	78	12	296	21	16	26	35	1.94
8025373--8025655	127	2.2	128	93	0	478	20	16	27	34	1.95
8025335--8025700	171	2.1	170	85	7	476	21	17	27	34	1.95
8025335--8025700	44	8.6	43	76	11	290	21	17	27	34	1.95
8030731--8030774	7	6.4	7	97	2	81	43	0	0	56	0.99
8032435--8032850	208	2.0	208	99	0	814	35	18	16	29	1.93
8043567--8043803	117	2.0	117	98	0	456	33	15	13	37	1.86
8052158--8052203	13	3.5	13	85	5	58	43	23	15	17	1.87
8053759--8053793	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8059003--8059052	18	2.8	18	77	17	50	68	6	2	24	1.23
8063288--8063587	38	7.9	38	80	0	294	14	18	31	36	1.90
8063287--8063597	114	2.7	114	80	0	327	14	18	30	36	1.91
8065405--8065440	18	1.9	19	88	5	56	58	8	22	11	1.59
8065578--8065626	26	1.9	25	91	4	80	42	6	12	38	1.67
8076049--8076115	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
8076755--8076790	18	1.9	18	88	5	54	63	0	2	33	1.08
8077097--8077170	29	2.5	29	77	4	76	25	16	13	44	1.84
8082568--8082927	179	2.0	180	86	1	508	29	17	14	38	1.90
8086354--8086726	184	2.0	185	96	0	685	47	11	14	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8087266--8087298	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
8100614--8100672	3	19.7	3	91	6	93	32	0	3	64	1.10
8100818--8100849	15	2.0	17	88	11	50	37	0	0	62	0.95
8100815--8100868	26	2.0	28	85	7	76	38	0	0	61	0.96
8101838--8101862	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8102052--8102115	3	21.7	3	82	6	69	60	0	1	37	1.06
8103514--8103548	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
8103570--8103600	12	2.6	12	94	0	53	19	9	0	70	1.14
8123379--8123532	39	3.9	39	91	0	236	34	29	20	15	1.93
8123905--8123993	43	2.1	43	97	0	169	42	28	4	24	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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