genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22661050--22661091	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
22662721--22662763	18	2.5	17	82	14	52	72	0	11	16	1.13
22664161--22664198	19	2.0	20	89	5	60	63	7	0	28	1.23
22673931--22673965	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
22674909--22674947	16	2.4	16	95	0	69	17	10	10	61	1.55
22690316--22690419	52	2.1	49	85	5	136	47	11	11	29	1.75
22691431--22691478	19	2.5	19	93	3	78	31	10	6	52	1.60
22701635--22701708	30	2.5	30	84	8	89	21	18	18	40	1.91
22701641--22701698	20	2.9	20	73	19	57	24	17	15	43	1.87
22704406--22704526	6	19.7	6	68	10	57	70	2	19	8	1.24
22704456--22704544	27	3.1	27	76	17	92	69	0	17	12	1.18
22704432--22704562	12	10.9	12	66	17	58	65	1	20	12	1.33
22704484--22704525	19	2.2	19	86	0	57	73	0	14	11	1.09
22704541--22704603	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
22710984--22711008	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
22711026--22711075	25	2.0	25	96	0	91	44	30	12	14	1.81
22720238--22720268	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22720417--22720558	41	3.5	41	91	0	223	23	19	22	34	1.96
22720421--22720603	82	2.2	82	81	1	188	24	18	24	33	1.97
22720991--22721126	70	1.9	69	81	8	159	30	8	16	43	1.79
22737152--22737192	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
22739142--22739186	22	2.0	22	83	8	56	40	8	0	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22743426--22743464	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
22744780--22744873	46	2.0	46	95	0	170	29	27	8	34	1.87
22747098--22747199	34	3.2	34	65	30	98	26	17	13	42	1.87
22747100--22747221	60	2.0	60	100	0	244	24	16	14	44	1.85
22747377--22747672	50	5.8	50	79	3	263	22	29	20	27	1.99
22747453--22747672	106	2.2	99	83	5	260	21	30	21	25	1.98
22749398--22749425	13	2.2	13	100	0	56	50	14	14	21	1.78
22754789--22754927	46	3.0	47	88	5	214	30	25	8	35	1.86
22764014--22764052	21	1.9	20	89	5	60	41	5	10	43	1.61
22764089--22764137	24	2.0	24	100	0	98	48	4	16	30	1.64
22765976--22766024	18	2.6	19	84	9	57	51	4	2	42	1.32
22766386--22766425	21	1.9	21	94	0	71	52	12	12	22	1.72
22778552--22778687	51	2.8	49	82	9	179	24	16	27	31	1.96
22778690--22778781	45	2.0	45	89	0	139	25	17	25	32	1.97
22784727--22784759	17	2.0	17	88	5	50	51	6	3	39	1.42
22788859--22788959	46	2.2	46	82	1	114	32	23	15	27	1.95
22789800--22789863	26	2.5	26	89	0	92	21	26	25	26	2.00
22807690--22807723	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
22807789--22807847	30	2.0	30	83	3	75	49	13	5	32	1.64
22821291--22821321	16	2.0	15	93	6	53	32	0	45	22	1.53
22828440--22828501	28	2.2	29	80	8	74	16	20	12	50	1.78
22836580--22836630	20	2.5	20	83	0	66	39	19	31	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22836615--22836652	20	1.9	20	88	0	58	39	26	26	7	1.83
22838854--22838906	20	2.7	20	81	0	61	37	24	28	9	1.86
22839144--22839173	14	2.1	14	93	0	51	50	13	0	36	1.42
22840455--22840570	61	1.9	61	82	7	146	28	24	12	34	1.92
22840566--22840633	31	2.2	31	81	0	82	30	29	19	20	1.97
22844498--22844569	20	3.6	20	75	0	72	22	23	2	51	1.61
22846947--22847079	51	2.6	51	83	3	171	29	27	18	25	1.98
22848400--22848437	6	6.3	6	100	0	76	0	31	0	68	0.90
22851646--22851708	33	1.9	33	90	0	99	20	26	7	44	1.79
22860616--22860701	42	2.0	42	84	4	111	31	15	22	31	1.94
22868464--22868493	12	2.5	12	94	0	51	23	13	26	36	1.92
22883207--22883251	23	1.9	24	90	4	74	66	11	13	8	1.44
22884618--22884688	29	2.4	29	90	4	108	57	8	32	1	1.37
22884915--22884990	7	10.3	7	72	19	57	46	0	1	52	1.08
22884920--22884989	38	1.9	35	88	8	104	45	0	1	52	1.09
22894636--22894709	29	2.5	29	84	2	94	40	4	24	31	1.74
22896079--22896119	22	1.9	22	85	5	57	56	4	12	26	1.56
22896309--22896393	21	4.2	21	72	17	65	31	3	5	58	1.39
22897433--22897504	31	2.3	31	95	2	126	38	0	4	56	1.18
22900902--22900939	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
22901435--22901526	41	2.2	41	84	3	123	29	28	16	26	1.97
22903363--22903579	43	5.1	43	80	4	242	33	27	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22903364--22903575	85	2.5	86	84	6	268	33	26	15	24	1.95
22903363--22903597	128	1.8	128	80	1	283	34	25	15	24	1.94
22907863--22908011	7	21.3	7	69	5	68	46	30	1	20	1.59
22907887--22908039	14	11.1	13	69	12	58	45	31	1	21	1.60
22907863--22908003	21	6.8	20	67	11	77	47	30	1	20	1.59
22908208--22908254	21	2.2	21	84	0	58	48	38	0	12	1.41
22908216--22908266	14	3.6	14	74	10	50	49	35	0	15	1.45
22908359--22908455	40	2.4	40	85	0	140	25	20	21	31	1.98
22911025--22911060	13	2.8	13	91	0	54	38	19	2	38	1.66
22914284--22914326	22	2.0	22	85	0	59	25	4	37	32	1.77
22915324--22915379	27	2.0	28	83	10	71	25	21	16	37	1.93
22922028--22922279	58	4.4	58	89	0	362	35	11	28	24	1.90
22922028--22922384	58	6.4	57	81	7	304	34	11	28	25	1.90
22922257--22922358	51	2.0	51	80	0	114	34	10	27	27	1.90
22922507--22922571	31	2.1	31	88	0	94	47	16	18	16	1.83
22924531--22924568	20	1.9	20	88	0	58	44	10	0	44	1.38
22927545--22927600	28	2.0	28	100	0	112	53	3	10	32	1.53
22927551--22927610	28	2.1	28	87	0	84	56	3	6	33	1.42
22931634--22931900	32	8.4	32	76	1	223	36	20	22	21	1.95
22931654--22931858	96	2.1	96	85	0	266	36	20	22	20	1.95
22931666--22931900	96	2.4	96	81	1	265	35	21	22	21	1.96
22931903--22931956	26	2.1	26	85	0	72	35	22	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22931944--22932034	27	3.4	27	89	7	125	28	19	27	24	1.99
22932099--22932171	24	3.1	23	84	5	83	49	26	6	17	1.72
22932221--22932320	27	3.7	27	90	0	164	24	21	19	36	1.95
22932438--22932707	27	10.1	27	81	7	236	19	19	20	40	1.91
22932475--22932561	25	3.4	25	79	7	95	19	20	21	37	1.94
22932438--22932707	81	3.4	81	77	10	290	19	19	20	40	1.91
22935239--22935364	33	3.8	32	76	5	126	27	25	15	30	1.96
22935222--22935364	66	2.2	66	89	0	214	26	23	16	32	1.96
22937549--22937583	13	2.6	13	90	4	52	42	0	0	57	0.99
22938061--22938176	61	1.9	59	92	3	196	45	16	10	27	1.79
22946531--22946678	70	2.1	71	83	7	187	40	13	14	31	1.84
22947112--22947136	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
22947265--22947318	28	1.9	28	81	7	65	46	3	0	50	1.19
22947371--22947417	16	2.7	18	77	16	53	29	0	4	65	1.11
22947371--22947417	17	2.6	19	77	16	55	29	0	4	65	1.11
22948336--22948375	18	2.2	18	86	0	53	47	15	2	35	1.58
22953688--22953770	15	5.5	15	73	13	71	40	9	12	37	1.75
22960461--22960493	16	1.9	18	88	11	52	27	0	15	57	1.38
22962579--22962872	42	7.0	42	86	0	374	33	18	20	27	1.96
22968867--22969427	9	62.3	9	68	17	294	33	2	19	44	1.63
22968923--22968961	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
22968883--22969027	62	2.3	64	85	10	185	31	0	20	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22968887--22969094	98	2.2	94	81	6	222	31	1	21	45	1.60
22969131--22969169	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
22968867--22969251	208	1.8	209	98	0	745	31	1	21	45	1.60
22969104--22969257	80	1.9	80	81	5	186	32	1	20	46	1.59
22968867--22969380	89	5.7	89	75	13	325	31	2	20	45	1.64
22969144--22969311	80	2.1	79	82	12	200	29	2	20	47	1.62
22969408--22969493	33	2.7	31	81	13	104	46	3	13	36	1.61
22969510--22969608	13	7.5	13	76	6	92	45	3	10	41	1.53
22969500--22969618	53	2.2	53	89	0	184	44	2	10	42	1.51
22969500--22969646	53	2.8	52	83	2	168	43	2	12	42	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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