genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   

This is table  33  of  150  ( 17918 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717141--8717175	7	5.1	7	93	6	63	42	0	0	57	0.99
8728655--8728794	70	2.0	70	100	0	280	44	11	17	27	1.82
8737477--8737504	8	3.5	8	100	0	56	28	0	46	25	1.53
8738423--8738528	51	2.1	51	85	3	142	22	17	30	29	1.97
8740423--8740457	18	1.9	18	94	0	61	28	28	20	22	1.98
8740718--8740758	19	2.2	19	86	8	57	70	0	2	26	0.99
8744570--8744604	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
8745485--8745525	19	2.2	19	100	0	82	65	4	9	19	1.40
8754028--8754083	29	1.9	29	88	0	85	26	39	21	12	1.89
8754021--8754102	29	2.8	28	78	9	83	26	37	21	13	1.91
8754186--8754215	6	4.8	6	95	4	51	0	0	16	83	0.65
8757204--8757237	6	5.7	6	92	0	50	0	8	35	55	1.31
8757204--8757237	12	2.8	12	90	0	59	0	8	35	55	1.31
8767083--8767872	27	29.4	27	84	1	904	41	21	18	18	1.90
8770924--8771063	70	2.0	70	88	0	208	46	12	10	30	1.75
8771254--8771290	17	2.2	17	90	0	56	10	16	35	37	1.83
8775639--8775688	17	2.9	17	74	11	57	20	16	30	34	1.94
8776931--8776989	26	2.2	26	85	11	84	32	1	3	62	1.21
8777178--8777206	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8777237--8777294	23	2.7	22	81	10	75	74	5	8	12	1.21
8777861--8777887	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8782072--8782184	21	5.4	21	83	6	131	38	16	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8782125--8782191	21	3.2	21	85	4	82	43	16	25	14	1.86
8782072--8782195	63	2.0	63	82	6	153	40	15	26	17	1.89
8789886--8789946	31	2.0	31	90	6	97	36	16	6	40	1.74
8810643--8810796	50	3.1	50	75	0	155	24	20	23	31	1.98
8810610--8810811	100	2.0	100	85	3	273	24	18	22	34	1.96
8810857--8811377	132	3.9	132	90	1	812	26	23	19	31	1.98
8828602--8828663	29	2.1	30	93	3	108	24	3	17	54	1.57
8829848--8829887	18	2.2	18	86	0	53	17	25	2	55	1.55
8832092--8832155	5	12.8	5	76	0	56	39	21	4	34	1.75
8835629--8835717	34	2.6	34	78	1	90	25	7	19	47	1.76
8839886--8839910	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
8843311--8843369	19	3.1	19	90	4	91	50	8	1	38	1.43
8843357--8843385	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
8845017--8845051	18	1.9	18	88	0	52	31	2	11	54	1.51
8850992--8851031	18	2.2	19	86	4	55	60	25	0	15	1.35
8860737--8860808	35	2.1	35	100	0	144	33	11	22	33	1.89
8864358--8864490	31	4.4	31	72	16	109	26	17	9	46	1.79
8864446--8864558	60	1.9	60	83	7	149	22	16	13	47	1.81
8864373--8864543	89	1.9	89	83	7	220	22	18	11	47	1.80
8866018--8866082	29	2.2	29	91	0	103	20	26	29	24	1.99
8874037--8874344	103	3.0	102	93	1	517	20	20	26	32	1.98
8874215--8874268	27	2.0	28	88	3	83	20	25	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8875607--8875657	25	2.0	25	88	0	75	43	3	1	50	1.31
8875613--8875654	20	2.1	20	82	8	50	45	2	2	50	1.27
8875697--8875795	29	3.1	29	68	25	81	51	4	3	41	1.36
8875722--8875813	37	2.4	37	82	12	107	50	5	2	42	1.37
8877414--8877445	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
8883705--8883748	23	1.9	22	82	17	54	34	2	0	63	1.07
8888822--8888881	9	6.4	9	78	14	59	41	0	1	56	1.09
8888823--8888878	10	5.9	10	78	14	57	37	0	1	60	1.07
8888816--8888882	10	6.9	10	71	8	50	40	0	2	56	1.14
8888899--8888937	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
8891191--8891242	19	2.8	18	78	18	61	32	0	3	63	1.12
8891189--8891242	9	5.7	10	75	16	53	33	0	3	62	1.12
8892644--8892808	91	1.8	90	83	11	221	29	24	12	33	1.92
8895056--8895185	43	3.0	43	74	12	149	23	19	26	30	1.98
8895557--8895599	22	2.0	21	81	4	50	27	0	11	60	1.31
8899036--8899097	3	20.7	3	100	0	124	67	32	0	0	0.91
8901239--8901274	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
8901848--8901885	13	2.7	14	84	12	51	28	10	0	60	1.30
8902096--8902126	16	1.9	16	93	0	53	51	0	6	41	1.27
8903990--8904172	43	4.3	43	93	1	305	21	31	19	26	1.98
8904681--8904742	25	2.4	26	89	2	90	38	1	16	43	1.57
8904845--8904904	17	3.5	17	80	8	68	36	0	16	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8904848--8904931	34	2.3	36	88	8	118	34	0	16	48	1.47
8904848--8904904	9	6.8	8	80	7	60	33	0	17	49	1.47
8904848--8904933	17	4.8	17	73	16	66	34	0	16	48	1.46
8906079--8906109	8	3.9	8	95	0	53	48	25	22	3	1.66
8905000--8907160	785	2.7	786	97	0	4065	43	15	14	26	1.86
8906864--8906894	8	3.9	8	95	0	53	48	25	22	3	1.66
8907881--8907927	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
8909210--8909308	47	2.1	48	88	1	146	44	1	9	45	1.42
8909332--8909380	9	5.4	9	88	9	73	30	8	0	61	1.25
8909330--8909385	17	3.2	18	87	10	80	33	7	0	58	1.25
8909342--8909385	8	5.2	8	86	13	54	34	9	0	56	1.31
8909374--8909428	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
8909543--8909583	7	5.9	7	88	0	55	36	48	0	14	1.44
8909534--8909586	14	3.8	14	82	5	63	37	49	0	13	1.42
8909521--8909586	21	3.2	20	82	14	73	37	48	1	12	1.50
8909683--8909722	7	6.0	7	88	11	66	30	55	0	15	1.41
8909683--8909721	12	3.1	12	86	13	60	30	53	0	15	1.42
8909668--8909721	26	2.1	26	85	0	72	31	48	0	20	1.50
8910347--8910510	80	2.0	81	89	1	249	28	22	22	26	1.99
8910428--8911305	114	8.0	114	84	7	1132	28	26	21	24	1.99
8910442--8911305	214	4.0	214	88	2	1183	28	26	21	24	1.99
8915801--8915849	25	2.0	25	83	0	62	34	20	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8915807--8915889	25	3.4	24	80	6	78	33	20	25	20	1.97
8920394--8920572	78	2.3	77	83	2	223	48	12	10	29	1.74
8928695--8928727	10	3.4	10	95	4	59	24	39	36	0	1.56
8934299--8934353	27	2.0	27	85	0	74	16	21	30	30	1.95
8938142--8938174	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
8940785--8941002	111	2.0	110	94	0	382	35	24	11	27	1.91
8943561--8943615	23	2.4	23	93	0	92	47	30	10	10	1.73
8943584--8943761	39	4.6	39	86	2	232	35	30	17	15	1.91
8944092--8944133	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
8951243--8951300	21	2.6	22	75	22	59	58	0	1	39	1.08
8962432--8962479	20	2.4	20	85	0	60	43	16	27	12	1.84
8969852--8970207	84	4.2	84	86	0	489	31	32	16	20	1.94
8970888--8970929	6	6.7	6	80	20	50	80	0	4	14	0.86
8974327--8974372	17	2.6	18	80	13	51	45	4	0	50	1.21
8983422--8983460	17	2.3	17	86	8	53	43	0	0	56	0.99
8983372--8983488	62	1.9	59	86	5	162	43	1	3	51	1.28
8983780--8983893	34	3.4	34	85	0	129	29	16	11	42	1.83
8988365--8988498	45	3.0	45	81	4	128	30	17	14	36	1.91
8988903--8989147	66	3.7	67	90	1	341	33	16	23	26	1.96
8988903--8989147	133	1.8	133	85	1	348	33	16	23	26	1.96
8988858--8989290	67	6.5	67	81	3	223	35	15	22	26	1.94
8988915--8989290	67	5.7	66	81	2	270	35	15	23	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8993897--8994200	67	4.6	67	84	6	393	35	15	23	25	1.94
9011512--9011555	6	7.2	6	92	2	70	0	61	0	38	0.96
9011615--9011664	25	2.0	25	84	0	64	8	36	2	54	1.42
9015350--9015388	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
9015409--9015486	33	2.4	34	81	12	92	48	16	6	28	1.71
9015486--9015525	20	2.0	20	95	4	73	45	15	10	30	1.78
9015933--9015974	21	2.0	21	90	0	66	30	35	9	23	1.87
9030254--9030319	20	3.3	20	70	16	55	28	3	3	65	1.23
9030784--9030824	14	3.0	14	85	3	57	19	9	0	70	1.14
9038049--9038103	21	2.6	21	94	0	92	14	21	16	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150