genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162884--2162924	18	2.4	16	88	11	64	58	4	21	14	1.55
2166598--2166624	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
2167260--2167297	11	3.5	11	85	0	58	52	0	0	47	1.00
2167265--2167326	22	2.7	22	80	7	70	58	0	1	40	1.08
2172904--2172944	17	2.4	17	87	0	55	53	4	19	21	1.63
2174541--2174654	19	5.8	19	87	5	147	37	9	14	38	1.78
2174541--2174640	40	2.6	39	92	6	168	39	10	14	37	1.79
2174541--2174654	59	1.9	58	87	1	165	37	9	14	38	1.78
2175951--2176143	98	2.0	98	94	0	341	27	9	24	37	1.87
2186976--2187029	24	2.2	25	83	9	67	46	1	1	50	1.23
2189400--2189456	26	2.2	26	79	17	66	54	7	10	28	1.60
2190373--2190421	11	4.6	11	76	19	59	51	0	2	46	1.12
2195986--2196062	35	2.2	35	92	0	127	28	7	22	41	1.81
2204489--2204518	14	2.1	14	93	0	51	20	10	0	70	1.16
2204653--2204693	22	2.0	21	85	9	57	43	7	7	41	1.60
2210839--2210902	30	2.1	30	85	5	85	34	7	4	53	1.51
2215798--2215922	63	2.0	63	88	0	187	25	28	14	32	1.95
2216138--2216210	30	2.4	30	84	4	85	56	2	1	39	1.22
2216315--2216428	55	2.1	55	91	3	185	35	19	10	35	1.86
2218521--2218917	195	2.0	195	98	0	767	22	13	19	45	1.85
2222208--2222261	15	3.7	15	87	7	76	29	11	1	57	1.44
2222208--2222261	14	3.8	14	85	4	72	29	11	1	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2227947--2227989	11	3.9	11	81	0	50	76	6	4	11	1.13
2241880--2241913	6	5.7	6	100	0	68	0	14	0	85	0.60
2248229--2248280	24	2.2	24	85	0	68	51	7	3	36	1.49
2250233--2250782	110	5.0	110	91	2	870	32	19	17	30	1.95
2250890--2250925	18	2.1	17	89	5	54	72	8	5	13	1.27
2251247--2251293	22	2.2	21	84	3	58	59	2	4	34	1.29
2251303--2251365	3	21.0	3	90	0	99	63	1	3	31	1.19
2252425--2252458	13	2.5	14	90	4	52	26	8	26	38	1.85
2253585--2253638	24	2.2	24	90	0	81	50	9	3	37	1.52
2255535--2255570	17	2.2	17	90	5	56	30	0	0	69	0.89
2263487--2263532	24	1.9	24	95	0	83	45	0	0	54	0.99
2265220--2265266	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
2271172--2271352	89	2.0	89	97	0	344	41	9	19	29	1.82
2275095--2275175	22	3.7	22	86	0	117	28	14	27	29	1.95
2277758--2277795	6	6.3	6	93	0	67	34	2	15	47	1.60
2289605--2289807	112	1.8	111	83	4	273	23	22	16	37	1.94
2293539--2293567	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2307297--2307492	97	2.0	97	97	0	374	30	11	13	44	1.78
2309814--2309899	43	2.0	43	97	0	163	40	18	24	16	1.90
2314730--2314780	16	3.3	15	70	20	50	56	19	1	21	1.51
2315012--2315056	22	2.1	22	84	12	58	66	2	13	17	1.34
2315128--2315165	18	2.1	19	90	5	60	52	13	5	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2317472--2317515	19	2.2	20	80	4	54	25	6	18	50	1.71
2317930--2317966	18	2.1	18	89	0	56	54	8	5	32	1.53
2322735--2322797	18	3.6	18	75	12	51	65	1	4	28	1.22
2322773--2322816	21	2.2	20	83	4	52	63	0	2	34	1.07
2324835--2324892	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
2326056--2326092	2	18.5	2	94	0	65	0	0	45	54	1.00
2332891--2332966	3	25.7	3	97	2	145	67	0	0	32	0.91
2333152--2333313	80	2.0	80	100	0	324	33	11	22	32	1.89
2340291--2340325	16	2.1	17	89	5	54	11	2	2	82	0.88
2342527--2342659	68	2.0	67	83	5	169	46	18	11	23	1.81
2343633--2343756	46	2.7	46	85	0	185	39	3	8	49	1.49
2344319--2344347	6	4.8	6	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2345340--2345394	24	2.3	22	77	17	56	43	1	0	54	1.10
2348583--2348615	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
2348574--2348611	10	3.8	10	92	0	58	57	0	0	42	0.98
2348574--2348623	12	4.1	12	86	2	64	58	0	2	40	1.10
2349067--2349098	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
2349106--2349155	21	2.4	21	100	0	100	48	8	0	44	1.32
2350745--2350783	19	2.1	19	85	9	53	10	10	10	69	1.38
2352331--2352397	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
2359330--2359354	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2377812--2377867	29	1.9	29	85	0	76	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378099--2378161	31	2.1	31	82	5	76	42	7	12	36	1.72
2382501--2382528	13	2.2	13	100	0	56	0	14	0	85	0.59
2383638--2383676	20	2.0	20	89	0	60	25	30	28	15	1.96
2385526--2385596	19	3.8	18	82	10	65	66	2	1	29	1.15
2385526--2385670	10	15.6	9	70	17	75	66	2	2	28	1.19
2385611--2385670	19	3.1	18	75	15	57	71	1	5	21	1.14
2385619--2385672	11	5.5	10	77	16	51	74	1	3	20	1.07
2385822--2385888	19	3.5	20	69	20	54	28	8	2	59	1.42
2385822--2385946	19	6.6	19	66	16	53	31	7	3	58	1.41
2385847--2385961	57	2.0	58	81	6	135	33	6	2	57	1.39
2385990--2386043	27	2.0	27	85	0	72	44	3	0	51	1.19
2390863--2390918	23	2.5	22	81	16	62	46	7	0	46	1.30
2393244--2393279	8	4.5	8	85	0	54	83	2	13	0	0.76
2397021--2397079	30	2.0	30	86	0	82	37	13	11	37	1.82
2400506--2400545	2	21.5	2	85	14	59	50	0	0	50	1.00
2407688--2407738	12	4.2	12	75	12	50	37	15	13	33	1.87
2409279--2409312	5	6.4	5	87	12	50	64	0	0	35	0.94
2409268--2409312	11	4.0	11	94	2	72	60	2	0	37	1.09
2409279--2409326	16	3.0	16	81	6	53	60	2	2	35	1.20
2412541--2412577	15	2.4	16	86	13	51	48	10	8	32	1.67
2412740--2412777	19	2.1	19	85	14	53	39	2	5	52	1.38
2414058--2414097	13	3.1	13	88	0	62	42	25	5	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416033--2416096	33	2.0	32	84	6	85	51	9	0	39	1.34
2424529--2424589	25	2.4	25	72	0	59	19	14	40	24	1.89
2424877--2424909	15	2.3	15	89	5	50	36	9	0	54	1.32
2428969--2429044	31	2.5	31	93	0	125	47	14	7	30	1.73
2441109--2441151	23	2.0	22	86	9	61	30	13	2	53	1.53
2441724--2441748	10	2.5	10	100	0	50	0	24	0	76	0.80
2446293--2446339	16	2.9	16	72	15	51	29	0	2	68	1.02
2447284--2447347	30	2.1	30	88	0	92	51	4	20	23	1.66
2449107--2449294	93	2.0	93	96	2	351	29	8	13	48	1.72
2450540--2450568	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
2450562--2450619	30	1.9	31	85	3	82	58	5	13	22	1.55
2452102--2452152	25	2.1	24	85	3	66	13	13	0	72	1.12
2453647--2453688	20	2.0	20	86	4	57	2	11	14	71	1.24
2455967--2455991	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2455967--2456028	24	2.5	26	80	15	78	40	4	0	54	1.22
2455991--2456020	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2455954--2456070	36	3.2	37	85	8	161	39	3	0	57	1.16
2459754--2459804	25	2.0	25	84	0	66	50	11	0	37	1.39
2464658--2464691	15	2.2	16	90	10	54	79	0	8	11	0.94
2471852--2471953	28	3.7	27	70	13	75	23	14	9	51	1.72
2472369--2472504	31	4.4	31	66	10	89	44	12	19	23	1.84
2472371--2472600	93	2.5	93	96	0	415	44	11	19	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472446--2472597	31	4.9	30	67	11	83	44	10	18	26	1.82
2473320--2473354	17	2.1	17	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2478922--2478985	31	2.0	32	82	14	80	39	10	9	40	1.73
2482794--2483012	95	2.4	90	80	6	210	35	13	9	42	1.76
2483130--2483225	9	10.4	9	70	12	70	65	3	2	29	1.19
2483184--2483225	19	2.3	19	80	15	52	69	2	2	26	1.13
2483194--2483235	18	2.3	19	88	12	61	66	4	2	26	1.23
2483182--2483237	18	3.1	19	78	14	57	66	3	3	26	1.25
2483424--2483467	19	2.2	20	84	4	54	27	9	0	63	1.24
2483451--2483512	29	2.1	29	88	5	90	32	3	3	61	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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