genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21865664--21865713	10	5.0	10	78	9	57	30	28	12	30	1.92
21867284--21867349	13	5.0	13	74	15	55	77	3	16	3	1.02
21867288--21867349	12	5.0	12	74	16	56	77	1	17	3	0.98
21868391--21868437	15	3.1	15	84	9	60	70	0	17	12	1.17
21868467--21868506	12	3.3	12	82	0	53	60	2	22	15	1.47
21877307--21877357	20	2.6	19	76	14	50	19	7	15	56	1.63
21884613--21884713	52	1.9	52	93	0	175	26	17	21	33	1.96
21890699--21890886	45	4.2	45	95	0	322	38	15	20	25	1.92
21896957--21897042	42	2.0	42	100	0	172	34	13	31	19	1.91
21897098--21897330	45	5.2	45	96	0	412	38	15	20	25	1.92
21910586--21910640	15	3.8	15	80	2	60	1	20	3	74	1.06
21912734--21912766	12	2.9	11	95	4	57	9	3	9	78	1.05
21912737--21912766	11	2.7	11	94	0	51	6	3	6	83	0.90
21914303--21914336	17	2.0	17	88	0	50	32	20	17	29	1.96
21916551--21916651	52	1.9	52	91	0	166	26	16	21	34	1.95
21926841--21926915	33	2.2	35	83	4	91	16	22	0	61	1.34
21926868--21926950	21	4.0	21	75	10	73	9	22	0	67	1.20
21927832--21927882	10	4.7	11	88	11	79	13	1	7	76	1.09
21927831--21927872	12	3.6	12	87	6	68	14	2	7	76	1.10
21927831--21927882	11	4.7	11	80	7	61	13	1	7	76	1.07
21936159--21936368	27	7.8	27	87	4	289	30	25	12	31	1.92
21936158--21936368	81	2.6	81	90	3	318	29	25	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21941113--21941209	50	1.9	50	89	4	151	26	21	29	21	1.99
21949713--21949858	73	2.0	73	97	0	274	39	26	16	18	1.91
21952243--21952268	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21960958--21961024	16	4.2	16	78	0	71	47	5	19	26	1.72
21960958--21961024	32	2.1	32	91	0	107	47	5	19	26	1.72
21961005--21961094	46	2.0	44	83	12	112	32	5	22	40	1.77
21967753--21967782	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21967958--21968000	17	2.5	17	96	0	77	25	39	13	20	1.90
21971397--21971424	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
21971873--21971910	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21975514--21975564	25	2.0	25	88	0	75	47	17	15	19	1.83
21976297--21976334	18	2.1	18	100	0	76	26	0	10	63	1.27
21978843--21978881	19	2.1	19	95	4	71	23	15	5	56	1.59
21983315--21983362	23	2.1	23	92	0	78	16	14	2	66	1.34
21989859--21989889	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
21998408--21998458	25	2.0	25	88	0	75	11	17	27	43	1.84
21999814--22000079	46	5.7	46	79	0	217	31	21	19	28	1.97
21999864--22000079	92	2.3	92	81	6	267	30	21	20	27	1.98
22001087--22001135	26	2.0	24	92	8	80	51	4	0	44	1.20
22016670--22016701	13	2.6	12	95	5	55	78	6	3	12	1.06
22016732--22016767	18	2.0	18	94	0	63	63	5	5	25	1.38
22018777--22018831	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22025474--22025581	41	2.6	41	94	0	180	29	18	18	33	1.95
22028116--22028147	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
22028256--22028300	21	2.3	18	85	11	54	55	0	26	17	1.42
22030178--22030321	49	2.9	49	90	1	216	25	13	28	31	1.94
22050746--22050857	23	4.9	23	78	0	107	36	26	7	29	1.83
22050746--22050857	46	2.4	46	87	0	161	36	26	7	29	1.83
22054525--22054555	16	1.9	16	93	0	53	64	9	0	25	1.24
22056629--22056694	20	3.2	20	61	4	51	36	13	30	19	1.91
22056609--22056750	41	3.5	41	89	0	214	31	15	30	21	1.95
22087970--22088022	18	2.9	18	75	13	54	7	24	0	67	1.16
22101504--22101550	20	2.3	21	79	17	55	27	17	27	27	1.97
22105394--22105433	12	3.3	12	82	0	53	15	22	2	60	1.47
22105463--22105509	15	3.1	15	84	9	60	12	17	0	70	1.17
22109160--22109206	20	2.3	20	88	0	67	23	17	31	27	1.96
22111722--22111784	21	3.0	21	83	2	72	33	31	3	31	1.74
22113553--22113605	14	3.9	13	87	7	79	16	9	1	71	1.21
22113557--22113617	14	4.6	13	86	10	70	14	8	3	73	1.19
22121405--22121442	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
22133449--22133504	8	7.0	8	74	8	51	82	1	12	3	0.88
22133447--22133503	25	2.3	25	88	8	89	84	1	10	3	0.82
22150823--22150874	23	2.3	23	82	0	59	17	7	3	71	1.25
22150833--22150888	23	2.4	23	90	0	85	14	5	7	73	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22150821--22150891	12	5.9	12	86	5	90	15	8	7	69	1.36
22156411--22156475	22	2.9	22	79	2	67	36	4	32	26	1.77
22160393--22160441	13	3.6	13	88	5	71	14	10	4	71	1.27
22160745--22160809	22	2.9	22	79	2	67	36	4	32	26	1.77
22166425--22166561	70	2.0	70	95	0	247	27	26	11	34	1.91
22167072--22167109	20	1.9	19	94	5	67	31	15	28	23	1.96
22168593--22168643	15	3.5	14	79	10	66	3	17	0	78	0.90
22168571--22168654	21	4.0	21	81	6	91	7	22	0	70	1.11
22169482--22169551	28	2.5	28	84	11	90	12	11	1	74	1.14
22169584--22169617	11	3.0	11	86	4	50	23	11	2	61	1.43
22180005--22180051	20	2.3	20	85	7	60	27	29	17	25	1.97
22185023--22185047	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
22192378--22192460	21	4.0	21	81	4	89	69	0	22	7	1.12
22192389--22192439	15	3.5	14	81	7	66	78	0	17	3	0.90
22193921--22193958	20	1.9	19	94	5	67	23	28	15	31	1.96
22194371--22194417	22	2.1	22	96	0	85	19	10	21	48	1.78
22194487--22194623	70	2.0	70	95	0	247	35	12	26	26	1.92
22200153--22200212	10	5.9	10	75	9	50	30	15	28	26	1.96
22200156--22200212	20	2.8	20	81	7	62	28	15	29	26	1.96
22206649--22206693	23	2.0	23	90	0	72	33	11	15	40	1.83
22211475--22211516	18	2.3	18	83	0	57	21	38	4	35	1.75
22214545--22214606	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22214545--22214607	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
22214941--22214978	15	2.5	15	91	4	58	78	2	7	10	1.04
22217182--22217236	19	2.8	20	80	8	67	76	1	14	7	1.08
22217231--22217268	15	2.4	16	82	4	51	71	2	21	5	1.19
22221104--22221165	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
22221104--22221166	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
22226219--22226278	22	2.7	22	86	0	84	40	6	30	23	1.80
22243519--22243711	50	3.7	50	78	9	174	23	27	22	26	1.99
22251655--22251941	144	2.0	144	97	0	538	29	17	16	35	1.92
22252624--22252754	49	2.6	50	81	3	158	29	19	25	24	1.99
22254294--22254430	70	2.0	70	95	0	247	27	25	13	34	1.93
22269916--22269971	25	2.2	25	93	0	94	30	19	25	25	1.98
22271018--22271099	43	1.9	43	97	0	155	43	19	2	34	1.64
22272059--22272092	16	2.1	17	94	5	61	41	0	17	41	1.50
22279191--22279226	19	1.9	19	94	5	65	27	5	22	44	1.75
22279766--22279830	27	2.4	27	85	7	89	35	21	23	20	1.96
22280000--22280131	26	5.1	26	82	3	149	27	18	19	34	1.95
22282630--22282702	27	2.9	25	80	14	87	15	21	31	31	1.94
22282683--22282819	42	3.5	42	74	17	157	21	16	28	34	1.94
22282680--22282821	75	1.9	75	94	0	248	20	16	28	33	1.95
22282723--22282924	102	2.0	103	88	1	298	19	18	28	33	1.95
22283790--22283933	49	2.9	49	90	1	216	25	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22285639--22285670	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
22297136--22297247	23	4.9	23	78	0	107	37	26	6	29	1.81
22297136--22297247	46	2.4	46	87	0	161	37	26	6	29	1.81
22297527--22297570	18	2.4	18	76	0	52	77	4	6	11	1.11
22303746--22303857	23	4.9	23	77	0	107	39	26	4	29	1.76
22307524--22307554	16	1.9	16	93	0	53	64	9	0	25	1.24
22309590--22309655	20	3.2	20	61	4	51	36	13	30	19	1.91
22309570--22309711	41	3.5	41	89	0	214	31	15	30	21	1.95
22312352--22312415	24	2.6	27	83	13	77	56	12	3	28	1.51
22320456--22320492	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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