genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  150  ( 17918 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8125805--8125850	23	2.0	23	91	0	74	39	21	8	30	1.84
8133153--8133349	39	5.1	39	91	0	295	32	30	20	15	1.94
8134585--8134788	39	5.2	39	89	1	284	35	32	18	14	1.90
8138680--8138719	4	9.8	4	89	5	62	50	2	0	47	1.14
8158493--8158542	25	2.0	25	84	7	66	32	20	28	20	1.97
8158498--8158715	25	8.7	25	67	11	65	33	18	27	20	1.96
8158558--8158615	27	2.1	27	83	0	71	36	17	27	18	1.94
8158680--8158726	24	2.0	24	83	8	60	36	12	31	19	1.89
8169993--8170028	19	1.9	19	88	5	56	22	0	2	75	0.94
8173751--8173837	26	3.3	26	86	0	129	35	16	8	40	1.78
8178337--8178402	25	2.6	25	76	9	62	33	24	15	27	1.95
8180307--8180393	3	29.0	3	95	0	156	68	0	31	0	0.89
8182161--8182208	6	8.0	6	92	0	69	0	60	0	39	0.97
8184921--8184987	34	1.9	35	93	3	118	46	11	7	34	1.69
8185505--8185550	16	2.9	15	84	12	56	60	0	2	36	1.09
8188650--8188713	19	3.4	18	79	10	65	65	1	1	31	1.11
8188661--8188723	19	3.3	19	75	16	51	65	0	1	33	1.03
8188661--8188725	20	3.3	20	74	18	57	64	0	1	33	1.03
8188700--8188724	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
8189029--8189161	10	13.7	10	70	12	55	37	2	0	60	1.10
8189029--8189086	20	3.0	20	92	2	91	39	5	0	55	1.22
8189077--8189174	29	3.6	27	74	17	64	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189040--8189161	20	6.3	19	79	10	106	36	1	0	61	1.06
8189077--8189162	9	8.9	10	73	15	74	36	0	0	63	0.94
8189040--8189161	39	3.2	37	76	14	122	36	1	0	61	1.06
8189279--8189458	88	2.0	88	81	6	204	33	10	16	39	1.82
8189295--8189530	89	2.7	87	76	9	192	36	8	17	38	1.79
8190834--8191054	42	5.2	42	87	1	298	30	29	16	23	1.96
8190828--8191037	84	2.5	85	88	0	332	30	29	16	23	1.96
8196766--8196803	19	2.0	19	89	0	58	15	2	2	78	0.97
8197142--8197192	22	2.3	22	86	0	75	29	45	1	23	1.64
8197183--8197223	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
8197389--8197436	25	1.9	25	86	0	69	62	2	0	35	1.07
8197483--8197525	21	2.0	22	86	4	61	37	32	0	30	1.58
8197520--8197583	33	1.9	33	87	6	94	37	42	3	17	1.65
8197681--8197713	14	2.4	14	94	0	57	24	51	6	18	1.68
8198474--8198738	41	6.5	41	88	0	377	31	27	21	18	1.97
8198799--8198909	40	2.8	40	83	1	143	18	19	24	37	1.93
8200331--8200372	2	21.5	2	85	4	59	0	0	47	52	1.00
8204228--8204281	24	2.2	24	87	6	74	12	18	25	42	1.86
8210912--8210956	17	2.6	17	89	6	65	20	4	0	75	0.97
8211149--8211198	24	2.1	24	85	7	66	22	6	0	72	1.07
8213036--8213062	14	1.9	14	100	0	54	29	0	7	62	1.22
8213162--8213404	50	4.8	50	91	0	387	25	23	31	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8216968--8217035	30	2.3	30	89	0	109	42	8	25	23	1.82
8219592--8219674	41	2.0	41	95	0	148	22	16	28	31	1.96
8223634--8224084	225	2.0	225	92	2	753	40	7	10	41	1.67
8224621--8224678	7	8.3	7	80	14	57	15	48	0	36	1.45
8224621--8224669	23	2.1	24	88	3	73	14	48	0	36	1.44
8237088--8237125	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
8244109--8244178	34	2.0	35	91	2	115	35	15	14	34	1.88
8245655--8245692	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
8248602--8248907	94	3.3	95	79	10	281	28	17	21	31	1.97
8251601--8251636	18	1.9	19	88	5	56	52	2	2	41	1.30
8264360--8264411	22	2.6	20	77	16	54	67	1	5	25	1.23
8265614--8265666	13	4.1	13	75	0	61	43	18	0	37	1.51
8266443--8266479	18	2.0	20	89	10	60	27	5	5	62	1.39
8269030--8269092	24	2.7	23	79	13	76	68	4	1	25	1.18
8269028--8269098	27	2.6	27	78	12	67	69	4	1	25	1.15
8270008--8270044	19	2.0	18	94	5	65	5	18	48	27	1.70
8270586--8270683	44	2.2	44	85	1	133	26	26	15	31	1.96
8270856--8271120	44	6.0	44	72	7	169	28	24	17	29	1.98
8270853--8271022	89	1.9	89	86	4	245	27	24	18	28	1.98
8282552--8282607	18	3.1	18	86	2	76	46	0	1	51	1.11
8282604--8282660	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
8283132--8283192	27	2.3	27	88	5	90	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285499--8285560	22	2.8	23	83	11	85	45	14	20	19	1.85
8285551--8285598	25	1.9	25	100	0	96	37	20	20	20	1.95
8285551--8285605	25	2.2	25	93	0	92	38	20	21	20	1.94
8293971--8294199	126	1.8	126	94	1	406	28	15	23	31	1.95
8297313--8297337	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8297329--8297531	56	3.6	56	85	5	295	46	4	12	36	1.63
8297320--8297531	110	1.9	112	94	2	374	46	4	12	36	1.62
8297528--8297826	29	10.5	28	86	8	174	23	0	28	47	1.55
8297548--8297826	58	4.8	58	94	0	468	24	0	27	48	1.52
8297548--8297826	87	3.2	87	93	0	468	24	0	27	48	1.52
8297889--8297937	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
8298466--8298511	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
8299136--8299160	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8300119--8300149	15	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
8300242--8300307	30	2.2	30	86	5	98	59	1	1	37	1.16
8300362--8300405	22	2.0	22	90	0	70	43	2	27	27	1.67
8313524--8313548	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8320205--8320282	5	15.6	5	100	0	156	60	0	0	39	0.97
8326027--8326056	6	5.0	6	100	0	60	66	0	33	0	0.92
8331087--8331137	21	2.5	21	87	3	68	35	11	29	23	1.90
8332982--8333015	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
8337443--8337528	24	3.9	22	69	30	60	46	2	3	47	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8337362--8337563	103	2.0	103	89	2	307	43	3	5	47	1.45
8337443--8337539	42	2.3	42	85	1	124	45	3	4	47	1.37
8338639--8338713	38	2.0	37	87	7	107	36	26	6	30	1.82
8338870--8338929	29	2.1	28	87	6	86	40	43	3	13	1.60
8343229--8343254	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
8345652--8345712	24	2.5	25	91	2	97	42	14	8	34	1.76
8347412--8347441	14	2.1	14	100	0	60	43	36	0	20	1.52
8353091--8353139	23	2.0	24	84	11	64	59	2	0	38	1.09
8356246--8356402	58	2.8	56	81	10	178	52	4	1	41	1.29
8356388--8356430	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
8361219--8361249	13	2.4	13	94	0	53	22	6	12	58	1.58
8367307--8367352	18	2.6	18	83	16	60	52	0	4	43	1.21
8367314--8367356	19	2.2	20	80	19	56	51	0	4	44	1.22
8367402--8367447	20	2.3	21	78	14	53	65	2	0	32	1.05
8368952--8368984	12	2.5	14	80	19	52	24	42	18	15	1.88
8370708--8370787	32	2.5	32	79	0	79	15	36	26	22	1.93
8373051--8373104	27	2.0	27	100	0	108	29	11	7	51	1.64
8376340--8376380	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
8383156--8383242	44	2.0	44	86	0	120	48	3	10	37	1.54
8386524--8386787	41	6.4	41	83	5	304	17	23	22	35	1.95
8387314--8387351	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
8394977--8395045	21	3.3	21	91	0	102	31	18	46	2	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8395522--8395729	85	2.4	85	81	6	251	27	24	17	30	1.97
8395478--8395730	43	5.9	43	80	5	230	27	22	18	30	1.98
8395522--8395740	42	5.1	42	83	2	224	26	24	18	30	1.98
8404912--8405122	24	8.6	25	71	9	105	18	25	21	34	1.96
8404937--8405116	72	2.5	72	77	8	184	19	25	21	33	1.97
8406700--8406840	28	5.0	28	82	7	142	27	15	2	54	1.53
8406700--8406840	57	2.5	57	81	6	153	27	15	2	54	1.53
8406828--8406900	31	2.4	31	84	8	89	26	9	6	57	1.55
8408682--8408829	48	3.2	48	63	28	122	51	4	16	28	1.62
8408644--8408829	90	2.1	90	98	0	363	51	5	16	27	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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