genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24027373--24027425	27	2.0	27	85	7	72	52	3	1	41	1.30
24031469--24031614	43	3.4	43	77	1	141	28	14	23	32	1.94
24033852--24033883	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
24036148--24036178	14	2.2	14	94	0	53	61	0	6	32	1.21
24038675--24039050	184	2.0	184	94	1	655	36	15	14	33	1.88
24049042--24049108	34	1.9	35	90	3	109	32	5	11	49	1.64
24049405--24049455	15	2.8	19	75	22	56	29	0	0	70	0.87
24052746--24052811	35	1.9	33	85	11	89	42	1	3	53	1.25
24052743--24052829	31	2.8	30	73	20	79	43	1	3	51	1.26
24055398--24055643	84	2.9	84	82	3	244	39	19	18	22	1.93
24055437--24055609	42	4.1	42	82	3	206	39	20	16	23	1.92
24055437--24055649	84	2.5	84	85	2	275	40	19	16	23	1.91
24055437--24055638	42	4.8	41	79	6	176	40	19	16	22	1.91
24058851--24060198	673	2.0	672	99	0	2660	36	20	9	33	1.85
24063700--24063735	17	2.1	18	89	5	56	19	8	0	72	1.10
24066595--24066639	22	2.1	21	84	12	56	13	24	4	57	1.54
24074661--24074685	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24076665--24076724	18	3.2	18	80	4	57	38	1	3	56	1.26
24076665--24076705	9	4.6	9	87	0	55	36	2	4	56	1.34
24076687--24076767	20	4.0	20	73	17	60	39	1	2	56	1.20
24077970--24078021	16	3.1	16	83	8	68	19	0	13	67	1.23
24078111--24078190	33	2.4	33	95	0	142	32	21	23	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24078226--24078451	43	5.3	43	90	0	326	24	29	18	27	1.98
24080875--24080922	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
24082145--24082188	22	1.9	24	86	9	65	40	2	36	20	1.65
24082144--24082195	22	2.2	24	80	6	63	40	3	38	17	1.68
24083362--24083402	13	3.0	13	92	7	64	46	39	0	14	1.45
24083362--24083402	7	6.0	7	86	13	59	46	39	0	14	1.45
24083440--24083493	7	7.6	7	77	4	54	50	29	0	20	1.49
24083862--24083968	42	2.6	41	73	5	101	37	23	15	23	1.93
24084044--24084123	41	2.0	41	82	0	97	28	33	16	21	1.95
24085606--24085666	26	2.3	26	78	16	70	31	8	8	52	1.60
24096029--24096084	26	2.1	25	84	12	76	23	10	8	57	1.61
24101831--24101958	63	2.0	63	93	0	220	32	25	0	41	1.61
24104616--24104663	24	2.0	25	83	4	62	56	4	0	39	1.19
24106431--24106600	27	6.3	26	79	7	153	45	22	15	16	1.85
24106432--24106583	81	1.9	80	87	4	225	44	24	15	15	1.85
24114043--24114184	27	5.3	27	86	1	189	40	22	19	16	1.91
24114358--24114410	26	2.0	26	96	0	97	20	16	22	39	1.92
24122516--24122565	20	2.6	19	79	14	59	40	2	4	54	1.31
24124988--24125019	16	2.0	16	93	0	55	25	9	18	46	1.79
24125803--24125847	21	2.0	22	87	8	65	62	6	17	13	1.52
24126349--24126384	19	1.9	19	88	5	56	77	2	2	16	1.00
24129860--24129885	6	4.3	6	100	0	52	0	15	15	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24141590--24141618	14	2.0	15	93	6	51	24	20	13	41	1.89
24142698--24142742	15	2.9	16	76	6	56	44	8	2	44	1.47
24145949--24146099	4	37.8	4	97	0	275	23	0	26	49	1.55
24146085--24146127	2	21.5	2	95	0	77	2	0	46	51	1.13
24149320--24149459	19	7.5	19	73	9	99	32	25	21	20	1.97
24149308--24149458	37	4.0	37	78	5	160	33	25	20	19	1.97
24150503--24150593	47	2.0	46	95	4	166	34	4	10	50	1.58
24165590--24165715	21	6.2	20	67	14	60	65	3	1	30	1.18
24165590--24165717	41	3.2	41	75	12	106	64	3	1	30	1.18
24165967--24166016	10	4.9	10	76	13	57	46	0	0	54	1.00
24176350--24176394	20	2.3	19	84	7	54	24	33	11	31	1.90
24188142--24188259	50	2.4	50	82	2	130	18	28	22	29	1.98
24195360--24195398	12	3.2	12	85	0	51	17	20	5	56	1.60
24198155--24198189	15	2.4	15	95	4	63	57	0	31	11	1.34
24204834--24204971	64	2.1	64	98	1	267	25	21	7	45	1.77
24206539--24206564	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
24206678--24206720	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
24206897--24207081	51	3.7	50	75	5	167	30	27	17	25	1.97
24212700--24213521	413	2.0	410	92	0	1365	26	19	21	31	1.97
24215567--24215653	39	2.2	39	93	0	147	33	18	29	18	1.95
24225654--24225720	33	2.0	34	91	2	109	35	5	14	43	1.71
24227405--24227775	104	3.6	103	94	1	609	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24241427--24241488	31	2.0	31	93	0	106	30	20	20	27	1.98
24243217--24243259	17	2.6	17	85	3	52	74	2	16	6	1.14
24246959--24246997	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
24249145--24249185	21	2.0	21	90	9	66	73	0	24	2	0.96
24249142--24249223	24	3.2	25	78	13	87	70	2	20	6	1.20
24249133--24249257	6	19.5	6	69	11	70	72	3	19	5	1.19
24249172--24249306	18	7.6	18	68	15	84	67	2	19	11	1.32
24249159--24249258	51	2.0	51	83	15	127	70	3	19	8	1.26
24254907--24254941	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
24257057--24257126	28	2.6	28	86	4	99	25	8	12	52	1.67
24260001--24260052	15	3.3	15	81	10	52	5	23	3	67	1.29
24260027--24260073	21	2.1	23	84	7	62	8	19	0	72	1.10
24262510--24262539	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24265609--24265651	23	1.9	21	86	13	59	60	2	20	16	1.46
24274260--24274290	15	2.1	15	93	0	53	35	9	19	35	1.85
24279658--24279697	20	2.0	20	90	5	62	30	12	25	32	1.92
24289419--24289481	23	2.9	21	83	4	72	30	0	30	39	1.57
24289402--24289481	22	3.7	21	77	11	72	26	2	31	40	1.69
24291101--24291222	50	2.4	52	82	6	151	36	14	14	34	1.87
24292835--24292892	31	1.9	30	82	10	73	25	13	13	46	1.81
24301077--24301123	21	2.2	21	84	3	58	14	4	4	76	1.09
24301751--24301777	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24303775--24303804	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
24304295--24304333	6	6.5	6	87	0	60	2	20	0	76	0.90
24304877--24306531	786	2.1	785	97	0	3107	29	19	16	34	1.94
24313089--24313133	23	2.0	23	91	8	74	40	20	8	31	1.83
24315799--24315840	20	2.1	20	86	0	57	35	16	28	19	1.93
24315815--24315871	29	2.0	28	83	13	71	26	12	35	26	1.92
24316513--24316591	39	2.0	39	97	0	149	32	10	31	25	1.89
24325990--24326049	28	2.2	28	84	3	77	55	13	5	26	1.59
24329253--24329292	15	2.7	15	80	0	53	67	7	22	2	1.28
24336149--24336569	151	2.8	151	91	0	655	27	29	18	25	1.98
24347698--24347731	12	2.7	13	86	9	52	58	5	14	20	1.57
24348895--24348965	30	2.5	27	84	13	90	60	1	25	12	1.40
24351437--24351554	50	2.3	50	84	5	139	33	18	12	34	1.89
24353915--24354010	6	15.0	6	68	16	50	71	0	22	5	1.05
24353907--24354008	27	3.9	27	81	13	115	70	0	22	6	1.10
24353924--24354008	13	6.5	13	75	12	75	70	0	23	5	1.09
24355874--24355991	50	2.3	50	82	5	130	33	17	13	34	1.89
24364449--24364499	27	1.9	27	88	4	77	31	33	23	11	1.91
24364520--24364675	33	4.6	34	67	24	96	34	28	19	16	1.94
24364426--24364781	102	3.5	102	90	1	579	32	30	19	17	1.95
24367160--24367211	26	2.0	26	100	0	104	34	7	34	23	1.83
24375525--24375576	20	2.6	20	87	6	70	23	26	0	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379788--24379829	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
24379819--24380088	132	2.0	132	97	0	504	28	11	13	46	1.78
24380866--24380938	29	2.5	29	72	12	69	39	13	26	20	1.90
24385606--24385706	39	2.6	39	85	3	134	45	8	8	36	1.67
24385707--24385733	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
24400958--24401081	50	2.4	52	73	6	119	34	16	12	36	1.86
24401180--24401231	27	1.9	27	84	7	70	30	3	11	53	1.54
24402752--24402798	24	2.0	24	87	8	69	17	10	8	63	1.49
24403618--24403650	15	2.1	17	88	11	52	33	6	21	39	1.78
24404380--24404410	13	2.4	13	100	0	62	32	6	16	45	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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