genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27667886--27667924	14	2.7	15	84	8	53	41	30	0	28	1.57
27667885--27667933	21	2.3	21	79	10	55	38	34	0	26	1.57
27668049--27668111	7	8.7	7	80	5	54	38	38	3	20	1.69
27668047--27668111	29	2.2	30	78	13	73	36	36	3	23	1.70
27668102--27668150	21	2.3	21	82	3	53	30	51	2	16	1.56
27668792--27668990	81	2.4	82	90	0	319	28	29	23	18	1.98
27668792--27668991	41	4.9	41	89	3	296	28	30	23	18	1.98
27669026--27669160	40	3.4	39	76	10	132	20	22	21	34	1.96
27669166--27669191	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
27671526--27671553	6	4.7	6	100	0	56	50	0	50	0	1.00
27673254--27673296	21	2.3	18	84	15	52	32	6	4	55	1.47
27677802--27677886	42	2.0	42	100	0	170	62	9	11	16	1.54
27677878--27677992	18	6.2	17	82	9	95	70	13	2	13	1.27
27677863--27677971	36	3.1	34	79	11	105	72	11	4	11	1.26
27677974--27678023	12	3.7	14	82	12	52	80	4	6	10	1.02
27677922--27677989	6	11.3	6	100	0	136	67	16	0	16	1.23
27678896--27678940	7	6.4	7	82	17	58	68	0	15	15	1.21
27678896--27678922	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
27678880--27678931	8	6.6	8	81	16	56	73	0	15	11	1.11
27678896--27678940	15	3.2	14	87	9	58	68	0	15	15	1.21
27680159--27680593	129	3.4	129	90	1	660	33	18	21	25	1.96
27680533--27681214	217	3.1	217	93	1	1179	32	17	20	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27681580--27681622	21	2.3	18	84	15	52	32	6	4	55	1.47
27688868--27688926	20	3.0	20	84	0	82	6	28	22	42	1.79
27696362--27696394	13	2.5	13	100	0	66	30	18	6	45	1.73
27696357--27696399	13	2.7	18	66	33	51	27	13	4	53	1.60
27698891--27700328	23	62.7	23	67	14	308	31	4	23	40	1.75
27698788--27699226	229	1.9	230	82	3	535	32	4	23	40	1.74
27698892--27700118	182	6.7	182	88	1	1622	31	4	23	39	1.76
27698983--27700108	544	2.1	544	88	1	1671	30	5	23	40	1.76
27698797--27700112	46	28.9	45	68	7	467	31	4	23	40	1.76
27699939--27700338	216	1.9	216	90	1	649	30	3	24	41	1.72
27700241--27700340	46	2.2	46	85	3	130	33	5	24	38	1.77
27701428--27701535	42	2.6	42	92	0	189	26	22	17	33	1.96
27706682--27706723	19	2.2	19	100	0	84	28	23	23	23	2.00
27707439--27707629	9	21.9	9	76	8	189	33	1	19	45	1.60
27707441--27707628	104	1.8	104	92	2	324	33	1	19	45	1.60
27707439--27707554	61	1.9	61	80	7	137	33	1	18	45	1.60
27707613--27707773	57	2.8	57	92	0	268	39	4	9	45	1.58
27707720--27708082	37	9.7	37	68	15	174	38	5	8	47	1.57
27707663--27707865	94	2.2	92	87	1	289	38	4	9	47	1.57
27707815--27708600	206	3.9	204	92	3	1072	38	4	8	47	1.56
27707639--27708600	20	51.2	20	65	17	363	38	4	8	47	1.57
27707613--27708581	263	3.6	262	87	6	1304	38	4	9	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27707613--27707922	149	2.1	151	90	1	498	39	4	9	47	1.56
27707757--27708036	57	4.9	57	92	1	447	38	5	8	47	1.56
27707926--27708128	94	2.2	92	89	1	307	38	5	8	47	1.58
27708020--27708242	57	3.9	57	88	2	333	38	5	9	46	1.59
27708189--27708288	37	2.7	37	90	0	155	35	7	10	48	1.64
27708226--27708448	57	3.9	57	87	2	324	38	4	9	47	1.57
27708393--27708530	37	3.7	37	95	0	231	35	5	9	50	1.57
27708465--27708600	56	2.4	57	90	2	211	38	4	8	49	1.53
27711068--27711109	19	2.2	19	86	0	57	23	2	45	28	1.66
27713274--27713379	41	2.6	41	89	0	158	31	23	24	20	1.98
27713172--27713494	156	2.1	156	84	5	424	29	25	23	21	1.99
27713348--27713567	114	1.9	113	86	4	309	27	25	22	25	2.00
27713536--27713668	40	3.4	39	79	10	119	15	21	22	39	1.91
27714274--27714300	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
27715837--27720181	23	190.8	23	67	10	833	30	5	24	40	1.77
27715823--27716662	182	4.6	182	87	1	1180	30	5	24	39	1.78
27715823--27720187	364	12.2	363	82	6	5140	29	5	24	40	1.77
27716667--27716994	182	1.8	182	89	0	512	31	4	24	39	1.76
27716831--27717153	164	2.0	164	89	0	493	30	5	23	40	1.76
27716995--27718012	182	5.6	182	87	0	1403	30	5	23	40	1.77
27717775--27718134	136	2.6	137	85	4	390	28	5	24	41	1.76
27717974--27720187	182	12.2	182	90	1	3380	29	5	25	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27717827--27718171	136	2.5	136	84	2	354	29	5	24	40	1.78
27723683--27723728	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
27723650--27723798	58	2.7	55	83	7	131	42	0	2	54	1.19
27723677--27723798	58	2.1	56	88	5	174	44	0	2	53	1.14
27724779--27724833	29	1.9	29	88	3	85	23	14	20	41	1.89
27725048--27725326	123	2.3	124	94	1	499	29	15	21	33	1.94
27729159--27729202	20	2.2	20	88	4	72	63	0	0	36	0.95
27729161--27729202	19	2.2	19	91	8	68	64	0	0	35	0.94
27729167--27729213	11	4.5	11	76	15	55	55	0	0	44	0.99
27729153--27729223	30	2.4	30	88	4	101	61	0	1	36	1.05
27729251--27729298	22	2.2	22	88	7	71	35	2	31	31	1.70
27729260--27729301	22	1.9	22	100	0	84	35	0	35	28	1.58
27729273--27729331	30	2.0	30	96	0	109	35	0	35	28	1.58
27729250--27729352	52	2.0	52	96	0	188	35	0	33	30	1.64
27729303--27729352	22	2.3	22	96	0	91	38	0	34	28	1.57
27729690--27729735	20	2.3	20	75	14	51	65	8	2	23	1.32
27729749--27729798	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
27730613--27730651	18	2.2	18	86	4	53	64	2	2	30	1.21
27734835--27734866	11	2.9	11	90	0	55	50	28	9	12	1.71
27734871--27734919	20	2.5	19	77	6	53	63	6	14	16	1.49
27735684--27735749	11	5.9	11	75	20	57	25	30	0	43	1.55
27735805--27735830	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27737929--27737974	21	2.2	21	84	7	58	34	32	21	10	1.88
27738230--27738504	22	12.9	22	75	17	199	51	30	0	18	1.46
27738280--27738356	15	5.2	15	74	12	52	54	24	0	20	1.45
27738230--27738502	44	6.4	44	81	7	287	51	30	0	18	1.46
27738238--27738474	125	1.9	124	90	0	375	51	30	0	18	1.46
27741650--27742212	125	4.5	125	84	2	720	30	22	17	29	1.97
27741648--27742212	250	2.3	249	88	0	835	30	22	17	29	1.97
27749749--27749867	39	3.1	39	87	3	170	31	10	10	48	1.70
27753331--27753369	21	1.9	20	89	5	60	56	10	2	30	1.46
27754750--27754807	20	2.9	20	78	14	57	37	22	27	12	1.89
27761040--27761344	43	7.2	43	83	1	355	27	29	18	25	1.98
27761040--27761330	85	3.4	86	85	1	363	26	28	18	26	1.98
27761589--27761764	87	2.0	87	98	0	343	53	7	12	25	1.65
27761791--27761881	43	2.1	43	86	6	123	46	9	9	34	1.70
27762075--27762113	19	2.1	19	85	4	53	41	20	12	25	1.88
27765780--27765839	10	5.8	10	73	11	50	46	8	0	45	1.33
27765774--27765845	20	3.6	19	73	15	65	48	6	1	43	1.38
27766489--27766629	7	19.7	7	73	11	81	46	34	0	19	1.50
27766491--27766625	29	4.7	28	73	10	112	46	34	0	18	1.49
27766490--27766629	14	9.8	14	75	13	106	47	33	0	19	1.50
27766651--27766684	14	2.4	14	90	0	50	50	35	0	14	1.44
27766574--27766759	75	2.5	75	92	0	300	47	29	2	20	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27766985--27767222	41	5.8	41	89	0	359	29	29	19	21	1.97
27767279--27767385	40	2.7	40	85	7	146	22	24	20	32	1.98
27767950--27767974	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
27767929--27767989	30	1.9	33	87	9	92	49	3	0	47	1.18
27769530--27769683	76	2.0	76	100	0	308	31	4	9	55	1.51
27774045--27774132	44	2.0	44	100	0	176	18	25	27	29	1.98
27783296--27783460	58	2.9	57	88	2	233	40	15	19	24	1.91
27783411--27783465	23	2.4	23	87	0	74	38	16	20	25	1.92
27783754--27783917	57	2.9	58	85	5	201	25	20	14	40	1.90
27792295--27792363	32	2.2	32	89	2	104	21	14	11	52	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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