genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24406394--24406664	136	2.0	138	93	1	465	45	5	8	39	1.59
24409247--24409377	50	2.7	49	86	3	174	29	22	17	29	1.97
24409400--24409558	51	3.1	49	72	10	142	30	24	15	28	1.96
24409343--24409566	101	2.2	102	84	4	283	30	26	15	27	1.96
24409859--24409915	29	2.0	29	86	6	80	29	19	5	45	1.72
24416862--24417248	51	7.7	49	78	8	314	29	25	15	29	1.96
24416860--24417248	102	3.9	102	80	6	355	29	25	15	29	1.96
24416860--24417247	153	2.6	150	77	8	376	29	25	15	29	1.96
24417534--24417591	30	1.9	30	86	6	82	32	18	3	44	1.67
24442501--24442738	39	6.1	39	82	0	233	19	31	15	33	1.93
24442509--24442742	78	3.0	78	81	2	265	20	30	15	34	1.93
24442637--24442738	19	5.3	19	66	13	55	17	34	13	34	1.89
24442501--24442738	117	2.0	117	84	3	309	19	31	15	33	1.93
24452768--24452901	53	2.6	51	80	7	162	32	14	14	38	1.86
24455123--24455178	17	3.2	17	76	2	58	16	37	28	17	1.91
24461934--24462112	54	3.3	53	91	3	277	41	16	12	29	1.85
24462007--24462091	19	4.6	19	70	14	79	43	15	12	28	1.83
24464595--24464650	25	2.4	22	75	16	58	21	10	48	19	1.79
24464601--24464654	25	2.2	25	93	0	90	22	9	48	20	1.78
24470040--24470074	15	2.3	15	100	0	70	48	28	0	22	1.51
24470072--24470130	27	2.2	27	84	6	75	49	13	11	25	1.76
24471417--24471533	50	2.3	49	82	8	128	36	13	16	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24486397--24486433	15	2.5	15	90	0	56	2	8	2	86	0.76
24486404--24486445	17	2.4	17	81	18	59	4	9	4	80	0.99
24489557--24489686	49	2.6	50	85	3	165	28	22	29	20	1.98
24489620--24489741	49	2.5	50	82	4	149	30	21	25	22	1.99
24489951--24489989	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
24496340--24496394	16	3.7	15	75	13	51	45	3	0	50	1.19
24502058--24502339	41	6.8	40	77	7	249	35	25	17	21	1.95
24502009--24502290	84	3.3	84	85	2	377	34	25	19	20	1.96
24503761--24503813	3	17.7	3	76	0	52	32	1	5	60	1.31
24510560--24510786	44	5.2	44	67	8	129	24	26	25	23	2.00
24510680--24510904	45	5.1	44	67	8	118	29	25	24	20	1.99
24510708--24510918	43	4.8	43	67	8	111	27	27	25	19	1.99
24510502--24511036	264	2.0	264	85	2	727	27	26	24	21	1.99
24510504--24510966	88	5.3	88	88	3	664	27	26	23	21	1.99
24510504--24511023	176	3.0	176	84	3	661	27	27	24	21	1.99
24510514--24511033	88	5.9	88	84	4	509	26	27	24	21	1.99
24511004--24511378	44	8.7	44	84	4	494	30	20	22	26	1.98
24511260--24511330	37	1.9	37	88	0	106	32	22	19	25	1.98
24513024--24513076	3	17.7	3	76	0	52	32	1	5	60	1.31
24513450--24513491	22	1.9	22	85	0	57	30	2	0	66	1.04
24515461--24515499	11	3.7	11	80	13	55	35	15	28	20	1.93
24515458--24515499	20	2.1	20	95	0	75	35	16	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24518439--24518470	15	2.1	15	94	0	55	21	18	0	59	1.38
24529541--24529745	100	2.0	100	84	1	268	27	20	23	27	1.99
24529758--24530088	44	7.6	44	72	8	185	29	19	23	27	1.98
24531700--24531762	31	2.0	31	84	6	83	34	6	0	58	1.23
24540205--24540259	14	3.6	14	73	17	56	49	32	5	12	1.64
24540199--24540263	32	2.0	32	100	0	130	49	27	6	16	1.70
24543897--24543938	20	2.1	20	90	0	66	35	14	30	19	1.91
24545523--24545615	19	5.1	19	68	21	63	44	13	12	29	1.82
24547352--24547389	11	3.5	11	89	7	60	76	5	2	15	1.08
24547352--24547396	21	2.1	22	91	4	74	73	4	2	20	1.11
24548714--24548766	21	2.5	21	78	0	61	69	0	24	5	1.09
24548759--24548816	16	3.6	15	75	13	53	56	5	29	8	1.51
24548765--24548836	33	2.2	33	87	5	101	54	5	29	11	1.58
24548787--24548836	16	3.1	15	78	13	55	58	4	26	12	1.51
24554557--24554595	19	2.1	19	85	0	51	48	10	10	30	1.70
24554547--24554672	54	2.3	54	87	0	189	42	13	9	34	1.77
24558490--24558525	13	2.9	12	84	8	54	80	0	2	16	0.83
24558492--24558526	18	1.9	18	88	0	52	80	0	2	17	0.84
24567758--24567808	22	2.3	22	89	0	75	23	27	15	33	1.95
24567769--24567811	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
24567871--24568135	30	8.9	29	71	14	148	39	12	25	21	1.89
24567845--24568135	60	4.9	60	75	7	286	39	12	25	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24567845--24568068	90	2.5	89	77	12	233	39	12	25	23	1.89
24567845--24568094	90	2.8	88	75	13	231	40	12	24	23	1.88
24574316--24574345	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
24582973--24583123	42	3.6	42	85	0	203	23	34	21	20	1.97
24585912--24586011	26	3.8	26	84	5	112	40	23	21	16	1.91
24586188--24586373	27	7.0	27	79	5	182	19	19	18	42	1.89
24590324--24590369	23	2.0	23	86	0	65	13	26	0	60	1.32
24590422--24590468	21	2.2	21	81	7	51	14	19	4	61	1.49
24590369--24590468	48	2.2	45	82	12	114	12	22	2	64	1.37
24590865--24590906	15	2.9	14	80	19	59	16	11	35	35	1.86
24591518--24591562	23	2.0	23	90	0	72	26	13	4	55	1.57
24601793--24601835	21	2.1	21	86	4	61	25	13	39	20	1.90
24605807--24605848	22	1.9	22	95	0	75	45	14	9	30	1.77
24609689--24609721	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
24631103--24631132	15	1.9	16	93	6	53	23	16	0	60	1.36
24633046--24633093	10	4.7	10	80	12	53	33	0	2	64	1.05
24633266--24633295	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
24639549--24639582	15	2.3	15	94	0	59	29	11	26	32	1.92
24639865--24639916	22	2.4	22	96	0	95	19	17	46	17	1.85
24642411--24642471	20	3.1	19	74	25	63	40	21	27	9	1.85
24649094--24649227	66	2.0	66	84	2	171	16	21	17	44	1.86
24655263--24655289	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24655761--24656065	72	4.3	71	79	2	297	47	12	5	34	1.64
24655761--24656065	143	2.1	145	78	4	332	47	12	5	34	1.64
24655886--24656065	71	2.5	70	87	4	202	48	11	4	35	1.59
24656460--24656504	23	2.0	23	90	0	72	42	15	20	22	1.89
24658076--24658124	22	2.3	23	82	13	68	63	12	2	22	1.39
24658249--24658312	25	2.6	24	78	7	74	26	10	45	17	1.81
24658505--24658584	40	2.0	41	87	2	117	18	27	15	38	1.91
24658507--24658595	40	2.2	40	81	2	106	19	24	14	41	1.89
24660265--24660313	17	2.9	17	81	6	55	77	6	4	12	1.09
24660271--24660312	12	3.6	11	87	9	57	80	4	2	11	0.95
24660433--24660502	33	2.1	33	89	0	104	60	0	10	30	1.30
24660427--24660642	6	36.0	6	73	7	107	61	1	6	29	1.32
24660423--24660514	33	2.9	33	83	4	100	60	1	9	28	1.35
24670612--24670663	22	2.4	22	96	0	95	32	21	15	30	1.94
24673247--24673490	50	4.7	50	85	5	301	20	29	24	25	1.99
24673246--24673491	100	2.4	104	89	6	374	21	28	24	25	1.99
24682171--24682336	40	4.2	40	88	0	224	30	16	30	22	1.96
24685565--24685618	25	2.2	25	89	0	81	22	11	48	18	1.79
24687118--24687332	27	8.0	27	83	5	256	42	16	17	23	1.89
24687118--24687332	81	2.7	81	85	0	295	42	16	17	23	1.89
24687121--24687357	54	4.4	53	78	7	235	41	16	18	23	1.89
24687378--24687450	24	3.0	24	82	9	87	21	6	26	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24687388--24687464	24	3.2	24	75	3	75	23	7	24	44	1.80
24692638--24692806	20	8.4	20	62	2	70	31	18	32	17	1.94
24692675--24692815	20	7.1	20	63	12	74	31	17	31	18	1.94
24692630--24692937	120	2.6	120	93	0	526	32	17	30	19	1.95
24692719--24692862	20	7.2	20	61	14	55	30	16	33	19	1.94
24692630--24692939	40	7.8	40	90	0	440	32	17	30	19	1.95
24699255--24699305	21	2.4	22	80	12	61	13	1	13	70	1.25
24703960--24704210	45	5.5	46	85	4	312	23	20	13	43	1.87
24703960--24704210	91	2.8	91	84	4	344	23	20	13	43	1.87
24704499--24704531	15	2.1	17	88	11	52	33	27	0	39	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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