genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14716204--14716228	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
14722151--14722248	51	1.9	51	82	10	121	41	19	12	26	1.86
14722279--14722363	36	2.4	36	78	4	91	48	12	11	27	1.76
14722385--14722472	36	2.4	36	85	7	108	53	15	7	22	1.68
14727663--14727801	46	3.0	45	90	4	208	30	25	8	35	1.86
14728025--14728064	20	2.0	20	95	5	71	62	0	5	32	1.17
14730163--14730220	5	10.5	6	72	23	56	50	0	0	50	1.00
14730405--14730448	23	1.9	23	90	0	70	25	38	18	18	1.92
14739614--14739656	19	2.3	18	80	11	50	32	18	0	48	1.48
14739824--14740017	51	3.8	51	76	4	205	29	27	18	24	1.98
14739831--14740015	101	1.8	102	89	3	293	30	27	17	24	1.97
14740349--14740415	22	3.1	21	78	16	57	43	17	22	16	1.88
14745565--14745611	20	2.3	20	88	0	67	38	14	12	34	1.85
14745575--14745616	20	2.1	20	100	0	84	35	19	9	35	1.84
14746294--14746340	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
14746200--14746457	120	2.1	120	97	0	489	42	1	6	49	1.39
14746233--14746420	61	3.1	61	69	17	192	43	1	6	48	1.39
14746414--14746455	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14746405--14746446	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14746669--14746738	16	4.4	16	85	0	86	25	34	2	37	1.71
14753574--14753611	20	1.9	20	94	0	67	13	31	34	21	1.91
14756612--14756654	19	2.2	19	87	4	59	46	6	16	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14759836--14759905	21	3.2	21	64	18	52	18	7	45	28	1.76
14759820--14759975	45	3.5	45	91	1	260	21	8	45	24	1.79
14762882--14762972	27	3.4	27	78	0	83	18	27	16	37	1.92
14763429--14763463	14	2.6	13	86	8	52	40	5	25	28	1.78
14763434--14763463	14	2.2	14	94	5	53	36	6	30	26	1.82
14766814--14766844	15	2.1	15	93	0	53	12	0	25	61	1.32
14775988--14776024	19	2.0	20	89	10	60	54	16	2	27	1.56
14776718--14776838	20	6.1	20	77	3	118	38	19	28	14	1.90
14776726--14776838	60	1.9	60	83	3	147	37	19	28	15	1.92
14780270--14780447	96	1.9	96	89	1	277	33	18	14	33	1.91
14787396--14787435	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
14790749--14790794	22	2.1	23	84	8	60	32	0	4	63	1.14
14792759--14792788	10	3.0	10	95	0	51	56	33	0	10	1.32
14802904--14802943	21	2.0	21	85	5	55	35	5	7	52	1.51
14805139--14805209	36	2.0	36	91	0	115	26	8	30	33	1.86
14805427--14805480	28	1.9	28	100	0	108	27	12	11	48	1.76
14812668--14812715	25	2.0	25	84	12	64	18	25	18	37	1.94
14827076--14827171	29	2.8	37	70	23	118	47	10	5	36	1.60
14833175--14833206	12	2.7	12	100	0	64	9	28	37	25	1.87
14838167--14838277	51	2.2	51	96	0	204	22	22	24	30	1.99
14846906--14846992	27	3.2	27	80	3	95	45	16	16	21	1.84
14851614--14851642	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14855572--14855603	12	2.7	12	100	0	64	46	6	0	46	1.27
14862424--14862474	25	2.0	25	84	0	66	60	1	7	29	1.36
14862492--14862549	24	2.5	22	81	13	71	24	5	6	63	1.40
14863756--14863815	17	3.5	17	77	4	66	36	1	0	61	1.06
14867350--14867375	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
14868119--14868178	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
14868391--14868427	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
14872658--14872737	32	2.5	32	95	2	144	41	28	2	27	1.69
14875441--14875470	15	2.0	15	93	0	51	13	36	0	50	1.42
14876573--14876984	137	3.0	136	87	3	607	46	6	7	39	1.58
14878819--14878895	30	2.4	33	76	14	88	33	20	23	22	1.97
14879192--14879361	27	6.3	28	85	8	219	22	15	19	41	1.89
14879192--14879361	81	2.1	81	87	2	252	22	15	19	41	1.89
14888262--14888326	3	21.7	3	93	0	103	30	32	0	36	1.58
14890912--14890961	11	4.5	11	84	0	55	14	8	8	70	1.34
14890926--14890984	19	2.9	21	77	12	68	18	10	5	66	1.40
14890909--14890983	33	2.3	33	79	4	80	17	9	6	66	1.41
14891135--14891175	14	3.0	13	86	10	55	70	0	0	29	0.87
14893501--14893662	84	1.9	84	84	9	215	41	14	25	18	1.89
14899837--14899874	19	2.0	19	89	0	58	50	7	2	39	1.46
14909540--14909573	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
14910724--14910772	25	2.0	25	88	8	73	8	4	38	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14911185--14911229	20	2.3	19	84	7	54	24	33	11	31	1.90
14912660--14912851	98	2.0	98	90	0	303	29	20	20	29	1.98
14912739--14913098	142	2.5	143	90	1	562	27	21	21	28	1.99
14913895--14913950	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
14920590--14920652	30	2.1	30	100	0	126	22	22	26	28	1.99
14932622--14933251	322	2.0	322	92	1	1048	37	18	18	25	1.94
14937158--14937373	119	1.8	119	100	0	432	19	13	21	45	1.84
14941126--14941162	16	2.1	18	85	14	51	13	21	2	62	1.44
14943442--14943475	13	2.6	13	86	13	52	14	11	0	73	1.10
14949822--14950526	358	2.0	359	88	2	1051	36	19	17	25	1.94
14952031--14952068	11	3.6	10	89	10	58	84	0	13	2	0.73
14960621--14960682	11	6.0	10	75	16	56	17	8	1	72	1.17
14960632--14960683	11	4.6	11	83	11	70	17	5	1	75	1.10
14962049--14962121	29	2.5	29	95	0	128	45	13	9	31	1.76
14966712--14966737	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
14968760--14968826	31	2.1	32	81	13	77	29	11	26	31	1.92
14969622--14969684	23	2.7	23	85	0	81	38	26	6	28	1.81
14969950--14970003	11	5.1	11	78	15	53	68	1	9	20	1.27
14969950--14969982	12	2.8	12	95	0	57	69	0	12	18	1.18
14972219--14972263	19	2.3	19	88	3	63	77	2	13	6	1.05
14972239--14972304	15	4.5	15	74	16	50	72	1	18	7	1.15
14976389--14976429	13	3.1	14	79	10	50	9	17	12	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14976389--14976431	12	3.3	12	81	12	50	9	18	11	60	1.57
14978358--14978432	33	2.2	34	88	2	107	42	10	6	40	1.66
14980189--14980227	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
14991074--14991125	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
14993068--14993111	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
14995149--14995176	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
15002779--15002833	29	2.0	27	82	13	67	61	10	12	14	1.56
15008368--15008443	20	3.8	20	82	5	93	25	25	17	32	1.96
15008379--15008443	10	6.6	10	72	13	55	26	26	18	29	1.98
15008368--15008443	40	1.9	40	86	7	111	25	25	17	32	1.96
15015311--15015341	16	1.9	16	93	0	53	80	3	9	6	0.99
15019858--15019911	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
15019858--15019931	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
15019858--15019922	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
15035844--15035884	11	3.6	11	86	3	55	73	4	4	17	1.19
15035843--15035885	12	3.7	12	90	6	70	74	4	4	16	1.16
15038385--15038460	20	3.8	20	86	5	102	25	26	17	31	1.97
15038390--15038460	10	7.2	10	72	24	62	25	28	16	29	1.97
15044338--15044393	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
15045180--15045213	11	3.2	11	83	8	52	29	14	32	23	1.94
15045396--15045472	26	3.1	25	70	11	68	46	16	9	27	1.77
15050844--15050887	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15052624--15052659	11	3.3	11	92	0	63	16	2	8	72	1.21
15053465--15053498	11	3.2	11	83	8	52	29	14	32	23	1.94
15062960--15062984	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
15064059--15064164	52	2.1	51	94	1	185	25	17	21	34	1.96
15064762--15064816	29	2.0	27	82	13	67	60	10	16	12	1.60
15067166--15067210	20	2.3	19	84	7	54	31	8	35	24	1.86
15070502--15070570	11	7.0	10	76	17	65	13	10	2	73	1.19
15070513--15070573	11	5.8	11	83	14	67	13	9	3	73	1.20
15070505--15070572	19	3.4	19	84	12	84	10	10	2	76	1.12
15070506--15070572	29	2.2	29	78	19	59	10	10	2	76	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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