genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45765648

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19464547--19464601	6	9.2	6	89	0	65	0	40	0	60	0.97
19465383--19465454	27	2.7	27	77	12	76	30	16	26	26	1.97
19469323--19469355	6	5.5	6	100	0	66	84	0	15	0	0.61
19484169--19484231	26	2.4	26	86	0	90	38	26	11	23	1.89
19501767--19501813	24	2.0	24	86	0	67	29	0	23	46	1.52
19501859--19501942	23	3.5	23	64	12	60	13	3	33	50	1.58
19501830--19501948	50	2.4	50	100	0	238	16	3	29	50	1.61
19501832--19501919	27	3.4	27	64	12	76	14	4	30	50	1.63
19502149--19502266	40	3.0	40	84	0	155	30	16	23	28	1.97
19502324--19502421	40	2.5	40	81	8	128	26	21	21	30	1.98
19502170--19502685	151	3.4	152	81	6	558	30	16	23	29	1.96
19502517--19502739	116	1.9	115	82	1	277	31	14	23	30	1.94
19502864--19502904	21	2.0	21	85	0	55	24	0	29	46	1.53
19503066--19503117	7	7.6	7	78	4	52	17	0	36	46	1.48
19503066--19503124	14	4.3	14	76	4	57	18	0	33	47	1.49
19503481--19503558	40	2.0	40	92	0	129	34	21	30	12	1.91
19503676--19503731	18	3.1	18	89	0	85	8	41	16	33	1.79
19507268--19507365	45	2.2	45	84	0	124	33	23	17	25	1.96
19512838--19512892	24	2.4	23	77	14	60	34	1	5	58	1.32
19513152--19513189	20	1.9	20	84	10	51	63	5	21	10	1.46
19518922--19519146	43	5.3	43	87	3	319	25	30	19	24	1.98
19518922--19519146	85	2.6	86	87	4	337	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19519164--19519196	15	2.1	17	88	11	52	39	6	0	54	1.25
19519361--19519386	9	2.9	9	100	0	52	30	11	11	46	1.76
19521402--19522041	283	2.2	285	89	2	966	41	18	18	21	1.91
19522616--19522661	25	1.9	23	86	8	65	36	8	4	50	1.53
19523500--19523551	21	2.4	22	81	9	63	36	42	0	21	1.53
19523533--19523695	89	1.8	89	89	0	254	45	26	1	26	1.61
19523532--19523719	89	2.1	89	84	3	243	46	26	1	26	1.60
19523712--19523790	14	5.6	14	73	10	63	36	39	0	24	1.55
19524177--19524456	41	6.8	41	92	0	452	30	24	21	23	1.99
19524511--19524609	40	2.5	39	85	4	119	22	25	25	27	2.00
19524631--19524656	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
19525243--19525290	14	3.1	17	72	22	52	58	4	0	37	1.18
19525243--19525326	29	2.9	29	82	10	84	54	4	1	39	1.29
19526909--19526958	26	1.9	26	92	8	84	34	20	8	38	1.82
19529278--19529333	24	2.3	24	81	9	60	53	1	0	44	1.11
19529493--19529526	13	2.6	13	85	0	50	41	23	8	26	1.83
19536105--19536146	21	2.0	20	86	4	57	52	26	7	14	1.67
19542500--19542617	57	2.1	57	93	3	202	30	13	29	26	1.94
19546849--19546893	23	2.0	22	82	4	54	64	4	31	0	1.13
19558025--19558069	21	2.0	24	83	12	60	17	4	6	71	1.25
19566568--19566614	20	2.1	21	81	18	51	61	0	2	36	1.08
19568104--19568151	24	2.0	24	100	0	96	37	16	0	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19573328--19573385	31	1.9	31	85	3	82	43	10	13	32	1.78
19574907--19575204	50	5.9	50	81	5	269	27	21	27	23	1.99
19578776--19579032	27	9.6	27	81	2	232	42	18	15	23	1.88
19578780--19579027	81	3.1	81	83	3	284	43	18	14	24	1.86
19578780--19579032	54	4.7	54	80	4	260	43	18	14	23	1.87
19579229--19579324	26	3.7	26	85	0	120	17	20	22	38	1.93
19579252--19579325	26	2.8	26	91	0	121	14	22	25	36	1.93
19579431--19579553	30	4.2	29	79	7	124	22	23	24	29	1.99
19579432--19579544	60	1.9	59	83	5	147	21	23	24	30	1.99
19584604--19584731	40	3.2	39	80	8	134	33	20	24	21	1.97
19584622--19584755	40	3.4	39	82	4	137	36	20	21	20	1.95
19584791--19585102	41	7.7	41	90	2	452	19	23	27	28	1.98
19584791--19585099	40	7.6	40	90	3	449	19	23	27	29	1.98
19584792--19585102	81	3.8	81	91	3	455	19	23	27	28	1.99
19585726--19585758	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
19585924--19585994	33	2.2	33	89	0	106	21	0	42	36	1.53
19585930--19586002	26	2.8	26	82	11	87	23	0	41	35	1.55
19585924--19586007	33	2.6	33	83	3	91	25	0	38	36	1.56
19585868--19586165	127	2.5	122	83	8	362	26	1	29	42	1.64
19591269--19591518	43	5.9	42	83	6	283	24	19	26	29	1.98
19591254--19591513	86	3.0	86	81	5	314	25	19	26	28	1.99
19591259--19591512	128	2.0	129	87	3	370	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19592208--19592409	101	2.0	101	84	3	264	37	20	14	27	1.92
19595754--19595872	60	2.0	60	96	0	220	37	8	16	36	1.79
19596041--19596114	37	2.0	37	100	0	148	29	16	16	37	1.90
19596326--19596469	72	2.0	72	83	2	182	32	14	18	34	1.91
19602638--19602699	18	3.4	18	86	4	90	50	3	19	27	1.63
19605466--19605495	15	2.0	15	100	0	60	66	0	20	13	1.24
19615962--19616011	24	2.1	24	100	0	100	28	22	4	46	1.70
19620493--19620578	44	2.0	44	92	0	145	52	6	12	27	1.65
19620811--19620839	13	2.2	13	100	0	58	31	37	13	17	1.89
19622954--19622990	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
19623043--19623073	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19631875--19631955	30	2.7	30	73	3	83	30	23	17	28	1.97
19641894--19641945	20	2.6	20	81	0	59	36	7	11	44	1.70
19649903--19649964	20	3.1	20	80	0	70	32	9	12	45	1.75
19657878--19658009	27	4.9	27	83	3	149	22	15	19	41	1.90
19662208--19662256	18	2.6	19	75	18	57	22	26	0	51	1.49
19667001--19667579	307	1.9	296	88	5	858	42	15	11	30	1.82
19670034--19670066	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
19671417--19671449	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
19671794--19671829	14	2.6	14	95	0	63	16	11	0	72	1.12
19675154--19675283	62	2.1	62	98	0	251	21	18	32	27	1.97
19680568--19680630	30	2.1	30	93	0	108	26	4	12	55	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19680755--19680788	12	3.1	11	91	8	52	61	0	0	38	0.96
19689735--19689772	19	2.0	19	100	0	76	47	5	5	42	1.48
19692729--19692785	28	2.0	28	100	0	114	35	7	22	35	1.82
19696061--19696103	18	2.4	18	80	7	52	48	4	11	34	1.60
19696077--19696477	109	3.7	108	90	3	653	31	15	18	33	1.93
19696077--19696477	216	1.8	218	94	1	707	31	15	18	33	1.93
19700110--19700134	6	4.2	6	100	0	50	0	52	16	32	1.44
19700966--19700991	12	2.2	12	100	0	52	0	11	30	57	1.34
19700985--19701063	39	2.0	39	85	0	104	16	26	22	34	1.95
19700139--19701307	399	2.9	401	89	3	1776	29	20	15	33	1.94
19703958--19703993	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
19713112--19713175	13	4.9	13	94	0	110	39	26	9	25	1.86
19713909--19713950	16	2.6	17	85	11	61	64	4	0	30	1.14
19722667--19722729	30	2.1	30	90	0	99	26	9	36	26	1.87
19731410--19731464	16	3.4	16	70	22	51	10	23	1	63	1.36
19731390--19731487	33	2.9	33	93	1	160	11	27	4	57	1.52
19731390--19731481	18	5.4	18	71	23	92	10	26	3	59	1.46
19731530--19731589	6	10.7	6	82	10	56	10	13	0	76	1.01
19731542--19731590	16	3.1	16	85	8	64	12	10	0	77	0.99
19732171--19732204	17	2.0	17	88	11	52	76	0	2	20	0.92
19739051--19739088	16	2.3	17	95	4	69	42	10	0	47	1.38
19746221--19746436	115	1.9	114	82	4	274	32	17	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19752100--19752148	19	2.5	19	86	3	62	38	36	6	18	1.76
19752604--19752956	108	3.3	107	92	2	568	33	16	16	33	1.92
19753469--19753532	29	2.3	28	82	12	78	75	3	6	15	1.14
19761156--19761222	19	3.7	19	79	13	70	58	7	0	34	1.26
19764232--19764266	17	2.0	18	88	5	54	0	14	2	82	0.77
19765043--19765095	27	2.0	25	85	7	70	58	9	11	20	1.60
19765288--19765325	8	4.8	8	81	12	51	71	0	2	26	1.00
19766971--19767109	51	2.7	51	87	0	197	23	15	28	33	1.95
19767113--19767205	45	2.1	45	85	0	123	26	17	21	34	1.95
19781689--19781743	20	2.7	20	86	8	67	40	18	10	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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